1. Exosome عزل
ملاحظة: عزل exosomes من عينات البلازما، وقد أجريت مع مجموعة تجارية، وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة والعلاج ريبونوكلياز مضيفا: (يجب أن يتم تنفيذ كل هذه الخطوات مع معدات الوقاية الشخصية والبيئة، وبعد إجراء قانوني محدد للتلاعب من العينات البيولوجية ).
- خذ 1 مل من البلازما من كل عينة، وتخزينها في -80 درجة مئوية، ووضعه على الجليد.
- الطرد المركزي العينة في 2000 × ز لمدة 20 دقيقة في RT. هذا المقطع هو إلزامي من أجل إزالة الخلايا والحطام.
- نقل طاف تحتوي البلازما نظيفة لأنبوب 1.5 مل جديد.
- أجهزة الطرد المركزي في أنبوب جديد في 10000 × ز لمدة 20 دقيقة في RT.
- نقل طاف تحتوي البلازما نظيفة لأنبوب 1.5 مل جديد.
- إضافة 100 نانوغرام / مل من ريبونوكلياز لطاف واحتضان الأنبوب عند 37 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة فيلكي تتحلل تعميم الرنا.
- نقل جميع البلازما المعالجة لأنبوب 2 مل جديد وإضافة 0.5 حجم برنامج تلفزيوني 1X.
- دوامة عينة من أجل خلط الحلول.
- إضافة 0.05 حجم حل بروتين كاف (أرفق في عدة) للعينة.
- دوامة العينة ثم احتضان عند 37 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة.
- إضافة 0.2 حجم المخزن المؤقت exosome هطول الأمطار على عينة وخلط الحلول من خلال انقلاب.
- احتضان العينة في 2 درجة مئوية إلى 8 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة ثم الطرد المركزي في العينة 10000 × ز لمدة 5 دقائق على RT.
- نضح وتجاهل طاف. بيليه يحتوي على exosomes معزولة.
- إضافة العازلة المحدد إلى بيليه exosome من أجل resuspend وexosomes. اختيار المخزن المؤقت يعتمد على تحليل المصب المخطط لها، في هذه الحالة:
- إضافة 100 ميكرولتر من برنامج تلفزيوني 1X من أجل إجراء تحليل تيم.
- إضافة 346.5 ميكرولتر من BUF تحلل محددةفر لاستخراج الحمض النووي الريبي (من عدة التجارية) (تنبيه: الأخطار الكيميائية).
- إضافة 100 ميكرولتر من تحلل العازلة لاستخراج البروتين (تريس، حمض الهيدروكلوريك 50 ملي درجة الحموضة 7.6 - كلوريد الصوديوم 300 ملي - تريتون X-100 0.5٪ - PMSF 1 ملم - Leupeptin / أبروتينين 10 ميكروغرام / مل) من أجل إجراء تحليل الغربية التنشيف. (تنبيه: الأخطار الكيميائية).
- تخزين exosomes معلق في -20 درجة مئوية.
2. Exosome توصيف بواسطة تحليل لطخة غربية
ملاحظة: من أجل تميز nanovesicles معزولة، فمن المستحسن النشاف الغربية مع الأجسام المضادة ضد ALIX وTSG101 (المعروفة علامات exosomal).
- بعد إعادة تعليق من بيليه exosome في المخزن تحلل، وضعه على الجليد لمدة 1 ساعة من أجل حل غشاء exosomal.
- الطرد المركزي المحللة في 12000 ز لمدة 10 دقيقة، وطاف لنقل أنبوب جديد من دون إزعاج بيليه.
- تحديد مجموع conten البروتين exosomalر من قبل برادفورد الفحص أو وسائل أخرى وتحميل 50 ميكروغرام من البروتينات لكل بئر في تريس / جليكاين SDS - 8٪ هلام بولي أكريلاميد. (تنبيه: الأخطار الكيميائية).
- فصل البروتينات (والوزن الجزيئي علامة المناسبة) في 8٪ SDS-PAGE هلام الكهربائي مع العازلة تشغيل (25 ملي تريس، 192 ملي الجلايسين، 0.1٪ SDS) لمدة 1 ساعة و 30 دقيقة في 120 V. (تنبيه: الأخطار الكيميائية ).
- نقل البروتين إلى غشاء النيتروسليلوز التي كتبها electroblotting مع 4 ° C عازلة نقل الباردة (25 ملي تريس، 192 ملي الجلايسين، 20٪ الميثانول) لمدة 1 ساعة على ثابت 50 V. (تنبيه: الأخطار الكيميائية).
- منع الغشاء لمدة 1 ساعة في التحريض بطيئة مع 5٪ الحليب المجفف منزوع الدسم في 1X TBS -Tween 0.1٪.
- غسل غشاء 4 مرات لمدة 5 دقائق في التحريض سريع مع 1X TBS - توين 0.1٪.
- إضافة الأجسام المضادة الأولية ضد ALIX وTSG101 (واحد لكل غشاء) في المخزن المناسب (وفقا لذلك إلى ورقة البيانات الضد من الشركة المصنعة)، واحتضان الغشاء O / N، في التحريض بطيئة.
- غسل غشاء 5 مرات لمدة 5 دقائق في التحريض سريع مع 1X TBS - توين 0.1٪ لإزالة الأجسام المضادة المفرط.
- إضافة الضد الثانوية المناسب في المخزن المناسب (وفقا لذلك إلى ورقة البيانات الضد من الشركة المصنعة)، واحتضان الغشاء لمدة 1 ساعة في التحريض بطيئة.
- غسل غشاء 5 مرات لمدة 5 دقائق في التحريض سريع مع 1X TBS - توين 0.1٪ لإزالة الأجسام المضادة المفرط.
- اكتشاف بروتين المختارة عن طريق تحليل لمعان كيميائي 11.
3. Exosome توصيف بواسطة تحليل تيم
ملاحظة: من أجل تصور exosomes معزولة، تم إجراء تيم (نقل الميكروسكوب الالكتروني) التحليل.
- مكان ~ 10 ميكروغرام (كميا من قبل برادفورد فحص) من عينة من exosomes سليمة معلق في برنامج تلفزيوني 1X على بارافيلم وضعت على عينة إسقاط الكربون formvar المغلفة شبكة النيكل لمدة 1 ساعة.
<لى> غسل الشبكة 3 مرات بوضعها على ثلاثة 40 ميكرولتر 1X قطرات برنامج تلفزيوني. - غسل الشبكة 5 مرات بوضعها على خمسة 30 ميكرولتر قطرات الماء عالى النقاء.
- إصلاح العينة بإضافة قطرة من 2.5٪ غلوتارالدهيد (تنبيه: الأخطار الكيميائية) لمدة 10 دقيقة.
- غسل الشبكة 3 مرات بوضعها على ثلاثة 40 ميكرولتر 1X قطرات برنامج تلفزيوني.
- إضافة قطرة من 2٪ اليورانيل خلات (تنبيه: الأخطار الكيميائية) ووضع الشبكة على أعلى من ذلك لمدة 15 دقيقة وذلك لتباين العينة.
- تضمين العينة على انخفاض بنسبة 0.13٪ ميثيل (تنبيه: الأخطار الكيميائية) و 0.4٪ خلات اليورانيل واحتضان الشبكة على أعلى من الانخفاض لمدة 10 دقيقة.
- إزالة بلطف فائض السائل مع ورقة امتصاص وتجفيف الشبكة لمدة 5 دقائق مع الجانب حتى المغلفة.
- دراسة الشبكة عن طريق مجهر إلكتروني نافذ 12.
4. Exosomal استخراج الحمض النووي الريبي والكمي
ملاحظة: قررنا PERFاسندت استخراج الحمض النووي الريبي مجموع من عينات exosomal باستخدام طقم التجارية، وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة: (تنبيه: الأخطار الكيميائية، واستعراض بروتوكول الشركة المصنعة والمبادئ التوجيهية).
- بعد إعادة تعليق من بيليه exosome في 346.5 ميكرولتر من تحلل العازلة، إضافة 3.5 ميكرولتر من β-المركابتويثانول (تنبيه: الأخطار الكيميائية) ودوامة بقوة. هذا المقطع هو إلزامي من أجل تدمير الأغشية الدهنية.
- إضافة المحللة إلى العمود الغسيل في أنبوب جمع وأجهزة الطرد المركزي في 11000 × ز لمدة 1 دقيقة. بعد الطرد المركزي، ونبذ العمود ونقل الترشيح إلى 1.5 مل أنبوب جديد ريبونوكلياز خالية.
- إضافة 350 ميكرولتر من الايثانول 70٪ (تنبيه: الأخطار الكيميائية)، ومزيج من قبل vortexing لمدة 5 ثوان.
- تحميل المحللة في عمود حل وأجهزة الطرد المركزي لمدة 30 ثانية في 8000 × ز. بعد الطرد المركزي، وتجاهل flowthrough ونقل عمود إلى أنبوب المجموعة الجديدة.
- تحميل 350 ميكرولتر من العازله تحليةص وأجهزة الطرد المركزي في 11000 × ز لمدة 1 دقيقة. بعد الطرد المركزي، وتجاهل flowthrough والعودة العمود في أنبوب نفس المجموعة.
- إضافة 95 ميكرولتر من مزيج رد فعل الدناز الأول (10 ميكرولتر من الدناز أعيد أنا + 90 ميكرولتر من العازلة الدناز، لكل عينة) على الغشاء السيليكا العمود واحتضانها في RT لمدة 15 دقيقة في RT. (تنبيه: المخاطر الكيميائية)
- إضافة 200 ميكرولتر من غسل العازلة (تنبيه: المخاطر الكيميائية) إلى العمود والطرد المركزي في 11000 × ز لمدة 1 دقيقة. وضع عمود في أنبوب المجموعة الجديدة.
- إضافة 600 ميكرولتر من غسل العازلة إلى العمود والطرد المركزي في 11000 × ز لمدة 1 دقيقة. بعد الطرد المركزي، ونبذ flowthrough ووضع عمود في أنبوب جمع نفسه.
- إضافة 250 ميكرولتر من غسل العازلة إلى العمود والطرد المركزي في 11000 × ز لمدة 2 دقيقة. وضع عمود في أنبوب خالية من ريبونوكلياز 1.5 مل.
- أزل الحمض النووي الريبي في 40 ميكرولتر من ريبونوكلياز خالية من المياه وأجهزة الطرد المركزي في 11000 5؛ ز لمدة 1 دقيقة، من أجل أن يكون تركيز عال الحمض النووي الريبي في هذا الحجم الصغير.
- المكان على الفور RNA مزال على الجليد لمنع تدهور محتمل أو مخزن في -80 درجة مئوية.
- قياس محتوى الحمض النووي الريبي. ملاحظة: وهنا، تم إجراء تكميم RNA باستخدام 1 ميكرولتر من العينة من خلال معمل.
5. Retrotrascription من miRNAs Exosomal
ملاحظة: نظرا لكمية محدودة وصفت من محتوى miRNAs في exosomes، فقد تقرر إجراء النسخ العكسي من miRNAs مختارة من خلال عدة التجارية باستخدام فحص فردي لكل ميرنا، وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة. لكل عينة، تم اختيار 8 miRNAs المترابطة لوضع NSCLC (مير 30B؛ مير 30C، مير-103، مير-122، مير-195، مير-203، مير-221، مير-222، ومير 1228- 3P عن السيطرة الذاتية).
- تحضير مزيج الرئيسي النسخ العكسي (RT المزيج). لكل رد فعل إعداد 7 ميكرولتر من مزيج RT، كما هو موضح فيhttps://www.jove.com/files/ftp_upload/53900/Table1.xlsx">Table 1 (انقر هنا للتحميل) (تنبيه: المخاطر الكيميائية).
ملاحظة: في هذه التجربة، تم إعداد 9 مزيج RT مختلفة لكل عينة. - المزيج بلطف وتخزين مزيج RT على الجليد. إضافة 7 ميكرولتر من مزيج RT لكل أنبوب رد فعل.
- إضافة 5 ميكرولتر من الحمض النووي الريبي عينة (10 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي مجموع) في أنبوب تفاعل ومزيج بلطف.
- إضافة 3 ميكرولتر من الاشعال النسخ العكسي 5X (تنبيه: المخاطر الكيميائية) من كل تجربة وضعت على أنبوب رد فعل المقابلة.
- مزيج ببطء، أغلق أنبوب واحتضان على الجليد لمدة 5 دقائق.
- تحميل أنبوب رد فعل في cycler الحرارية والبدء في رد فعل النسخ العكسي باستخدام القيم المعلمة التالية (HOLD على 16 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة. HOLD في 42 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة. HOLD على 85 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. HOLD ∞ 4 ° C).
6. في الوقت الحقيقي تحليل PCR من Exosomal miRNAs
ملاحظة: كان هذا التحليليقوم باستخدام طقم التجارية في الوقت الحقيقي PCR (QPCR)، مع ثلاثة مكررات البيولوجية والتقنية لكل عينة.
- لكل رد فعل، وإعداد 17.67 ميكرولتر من مزيج الوقت الحقيقي PCR (10 ميكرولتر من PCR ميكس ماجستير + 7.67 ميكرولتر من المياه نوكلياز خالية)، ومزجها ووضعها على الجليد. (تنبيه: المخاطر الكيميائية)
- إضافة 1 ميكرولتر لكل أنبوب PCR، من 20x والاشعال QPCR (تنبيه: المخاطر الكيميائية).
- ضع 18.67 ميكرولتر من مزيج QPCR في كل لوحة بشكل جيد.
- إضافة 1.33 ميكرولتر من المنتج النسخ العكسي إلى مراسل جيدا لوحة.
- إغلاق لوحة وأنها تدور (300 GX 5 ثانية).
- إدراج لوحة في نظام الوقت الحقيقي PCR وبدء التشغيل باستخدام الظروف PCR التالية: عقد في 95 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة. 40 دورة من 15 ثانية في 95 درجة مئوية و 60 ثانية في 60 درجة مئوية. عملية وتطبيع البيانات وفقا للصيغة 2 - ΔΔct 13.