$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
ملاحظة: هذا البروتوكول ينقسم إلى خمسة أقسام. ويرد في الأجزاء 1-3، البروتوكول الرئيسي للثقافة C. ايليجانس على نطاق واسع. 4 أبواب و 5 توفر البروتوكولات الإضافية لتقييم مثال ذلك نواتج الأيض التي تحدث في نواتج الأيض السكري. بالتفصيل، يصف القسم 1 ثقافة عامة واسعة النطاق على لوحات. 2 قسم يركز على نقل كميات كبيرة من C. ايليجانس، بينما يوضح القسم 3 حصاد عينة واسعة النطاق. يشرح الجزء 4 عزل البروتينات من العينة ويصف القسم 5 إعداد العينات للتحاليل اللاحقة السائل اللوني-جنبا إلى جنب الكتلي (LC-MS/MS).
1-على نطاق واسع الثقافة على لوحات
- بشكل عام، تعمل تحت غطاء معقم أو بجوار لهب المكشوف لتجنب التلوث.
-
لثقافة الديدان حتى بلوغهم مرحلة الشباب البالغين، اتبع هذا البروتوكول منشورة سابقا7 مع التعديلات التالية.
- استخدام البكتيريا الحية الإشريكيّة القولونية OP50 آر الديدان الخيطية وإعداد 400 ميكرون فلوروديوكسيوريديني أجار (لا الأمبيسلّين/فودر) للتجارب.
- لإعداد السكان متزامن، استخدام OP50 فاقة، وعن نجاح تجارب مع الكبار، استخدام 3.3 × OP50 مركزة عن طريق إزالة 70% من المادة طافية.
- ويوصي بفترات التغذية اليومية. وعند تقييم الأكسدة، فترات مختلفة وأحجام للتغذية قد تتداخل مع النتائج.
- للتلقيح، تأخذ صفيحة مع العديد من الديدان الخيطية وأجزاء من حوالي 0.5 × 1 سم2 مع مشرط. نقل قطع اثنين أو ثلاثة على لوحات إعلامية (NGM) نمو السلكية من 60 مم في القطر، والتي تحتوي على OP50 فاقة.
- احتضان لوحات عند درجة حرارة مناسبة للسلالة (N2 البرية من نوع ينبغي أن يكون مثقف في 20 درجة مئوية) حتى البيض مرئية على اللوحة.
- يغسل معظم البيض والحيوانات الكبار مع 2 مل من المخزن المؤقت M9 وجمعها في أنبوب 15 مل. الطرد المركزي بتعليق على 800 x ز 2 دقيقة. ومن ناحية أخرى، البدء في إعداد الحل تبيض.
- إخراج الأنبوب سينتريفوجيد وإزالة المخزن المؤقت M9 مع بيبيت 10 مل. أضف 10 مل من الحل ومزيج تبيض في الدوامة حتى يتم تفكيك للخيطيات الكبار. وهذا يأخذ عادة حوالي 5 – 7 دقيقة، ولكن لا ينبغي أن تستغرق وقتاً أطول من 15 دقيقة أو لا ستضع البيض تماما في وقت لاحق في التجربة.
- الطرد المركزي التعليق في 800 x ز 2 دقيقة أغسل 3 مرات مع 10 مل M9 المخزن المؤقت لمسح البيض من التبييض الحل.
- الآن إضافة 150 ميليلتر لتعليق البيض على لوحات OP50. ينبغي التوصل إلى كثافة البيض 200-300 في كل لوحة. انتظر حتى الحبليات وصلت إلى مرحلة الكبار.
ملاحظة: المخزن المؤقت M9 (pH 7.0) المستخدمة لتجارب يصور يتكون من المواد التالية: 22 مم خ2ص4، 42 مم نا2هبو4و 86 مم كلوريد الصوديوم. بعد التعقيم الخليط، إضافة 1 مم MgSO4. ويتضمن الحل تبيض 0.5 M هيدروكسيد الصوديوم، 2.3 مم NaOCl حلها في الماء المقطر.
- إعداد العقيمة M9 العازلة، تلميح نصائح ماصة معقمة مع قطع يغسل بالديدان، وأنابيب 15 مل لجمعها في.
- تطبيق حوالي 1 مل من المخزن المؤقت M9 على اللوحات، بلطف توزيع المخزن المؤقت يتأرجح ولطف بيبيت للخيطيات خارج اللوحة.
- والآن، جمع الحبليات في الأنبوب. تطبيق 150 ميليلتر من التعليق مباشرة على اللوحات (المصنف مع OP50) مع نصائح قطع ماصة، وتقييم كثافة للخيطيات مجهريا (أوصى: 50 – 100 الديدان الخيطية كل لوح 60 ملم).
- إذا كانت كثيفة جداً، يؤدي إلى تمييع التعليق مع المخزن المؤقت M9 وتقييمها تحت المجهر حتى الوصول إلى الكثافة المرغوبة. إذا كان العائد القليل جداً، الديدان يستقر أو الطرد المركزي s تعليق 10 في 800 x ز لإزالة السائل.
ملاحظة: يرد مثال لكثافة كافية في الشكل 1A (العيانية) و 1B (مجهرية) في 20 X تكبير. تابع تجريبيا كما هو موضح.
- نضع في اعتبارنا أن الديدان تستقر بسرعة. لضمان توزيع المتساوي بين اللوحات، عكس الأنبوب بعد كل مكدس لوحات (لوحات 4 – 5).
ملاحظة: القطع "الماصة؛" تلميح، فضلا عن يتأرجح لطيف والغسيل من اللوحات، ويقلل من إجهاد القص.
2- "نقل من كميات كبيرة" من ايليجانس كاينورهابديتيس
- يغسل للخيطيات مع حوالي 500 ميليلتر من المخزن المؤقت M9، تبعاً للعمر وجفاف اللوحات. استخدام المخزن المؤقت نفسه، كرر فصل للخيطيات حتى يتم جمع معظم الحيوانات في التعليق.
- ببطء يستغرق للخيطيات مع تلميح قطع ماصة ونقلها على لوحة أعدت مع OP50. تسمح لوحة جاف.
ملاحظة: احرص على عدم تطبيق أكثر بكثير من حجم الموصى بها. لا سيما في تجارب طويلة الأمد، اللوحات قد لا تتسامح مع ذلك ويمكن كسر أجار، السماح للديدان الخيطية الزحف في الشقوق.
3-حصاد كبير عينة ايليجانس كاينورهابديتيس
- وفقا للأسلوب المحدد، بدء تجارب مع كمية كافية من C. ايليجانس. لتحليلات LC-MS/MS، وإعداد لوحات 20 (60 ملم × 15 ملم) كل مجموعة مع حوالي 100 من الديدان الخيطية للوحة الواحدة لضمان عائد من مالا يقل عن 200 ميكروغرام من البروتين من كل عينة.
ملاحظة: هذا الجزء من البروتوكول لا تتطلب العمل تحت ظروف معقمة بعد الآن، كما سيتم جمعها الديدان الخيطية والمجمدة.
- في اليوم لجمع العينات، إعداد النتروجين السائل الأداة الإضافية-تجميد العينات التي تم جمعها. الحفاظ على الجليد لإبطاء الأيض لديدان أسطوانية غير معقمة المخزن المؤقت M9.
- يغسل C. ايليجانس من اللوحات بتطبيق 1 مل من المخزن المؤقت M9 ويحوم بلطف اللوحات. هذا يؤدي إلى تجنب جمع الديدان الخيطية المتوفى ومعظم البيض، إذا كان هناك أي الحالية، نظراً لأنهم يتمسكون بالبكتيريا واجار.
- أن يصل الحجم وتحويلها إلى أنبوب 15 مل.
- وبعد جمع العينة كاملة، انتظر الحبليات تسوية أو الطرد المركزي الأنبوب بإيجاز في 800 x ز وإزالة أكثر من المخزن المؤقت M9. تغسل العينة 3 x مع ما يقرب من 10 مل M9 (10 x حجم العينة) لإزالة أي البكتيريا.
ملاحظة: لضمان أن تتم إزالة جميع الحبليات المتوفى، التعويم السكروز خيار آخر. إلا أن هذا لم يكن مناسباً ل عرض تجارب15. هو تحلل السكروز إلى جلوكوز وسكر. وقيمت دور الجلوكوز في التجارب يصور، لتشجيع التغييرات البيوكيميائية التي وجدت في مرض السكري المزمن. وهكذا، يمكن أن يحتمل أن إرباك التعويم السكروز النتائج.
- إعداد أنبوب 1.5 مل واحد مع 1 مل من المخزن المؤقت M9 وأنبوب فارغ 1.5 مل واحد لكل عينة. نقل بيليه مع بيبيت زجاج من أنبوبة 15 مل إلى أنبوب فارغ 1.5 مل. تعد هذه الخطوة الحاسمة لضمان نقل كمية.
ملاحظة: على خلاف خلال الخطوات السابقة، هنا للخيطيات تتركز أكثر. بسبب انضمام إلى نصائح بيبيت البلاستيك ممكن، يتوقع خسارة جزء كبير من العينة. ولذلك، استخدام الماصات الزجاجية بدلاً من ذلك.
- بعد التحويل، استخدم ماصة زجاجية لتناول 1 مل من المخزن المؤقت M9 من أنبوب 1.5 مل الثاني شطف للخيطيات من الجدار ماصة. أيضا، يغسل للخيطيات المتبقية من أنبوبة 15 مل وتحويلها إلى أنبوب عينة.
- الطرد المركزي أنبوب عينة في س 19,000 ز لمدة 1 دقيقة ثم قم بإزالة المادة طافية قدر الإمكان.
- ختم الأنبوب مع بارافيلم فورا المفاجئة-تجميد وأنها في نيتروجين سائل. تخزين الأنبوب في-80 درجة مئوية حتى إعداد ليستي.
4-البروتين عزل الكتلي
ملاحظة: عزل البروتين الموصوفة هنا يمكن أيضا استخدامها لفحوصات أخرى (مثلاً، وصمة عار الغربية).
- للعينة المجمدة، قم بإضافة نفس أحجام الخرز أكسيد الزركونيوم 0.5 مم وعلى الأقل 2 x حجم ليستي المخزن المؤقت الذي يحتوي على كوكتيل مثبط بروتيناز.
ملاحظة: أجريت التحليلات يصور الديدان الخيطية للبروتين الارتباط باستخدام 100 ميليلتر من المخزن المؤقت. تم تفكيك عينات LC-MS/MS مع 200 ميليلتر من المخزن المؤقت.
- بدء الخالطون لمدة 1 دقيقة على سرعة 9. ضمان أن يتم تفكيك العينات تماما. كرر هذه الخطوة إذا لم يتم تفكيك تماما.
- الطرد المركزي في نماذج لمدة 30 دقيقة في 4 درجات مئوية في س 19,000 ز. نقل المادة طافية إلى أنبوب جديد على الجليد وتخزينها في-80 درجة مئوية حتى كذلك تسير القياسات التي يمكن اتخاذها.
ملاحظة: المخزن المؤقت غير يشوه المستخدمة لتجارب يصور يتكون من المواد التالية: 20 مم تريس HCl (pH 8)، 137 مم يدتا كلوريد الصوديوم و % تريتون-X 1 و 2 مم.
ملاحظة: بعد اتباع الخطوات من هذا البروتوكول، وبعد أن طبقت الجدول المقترح، ينبغي أن يكون العائد بيليه البروتين من الديدان الخيطية 1,000 تقريبا حوالي 500 ميكروغرام. لمقارنات أكثر، راجع الشكل 2 و النتائج الممثل.
5-نموذج إعداد لقياسات السائل اللوني-جنبا إلى جنب الكتلي
ملاحظة: الاعتماد على المعلمة الاهتمام، سوف تختلف إعداد عينة. ويركز هذا البروتوكول ميثيلجليوكسال وتحديد العمر.
-
قياس ميثيلجليوكسال داخل الخلايا التي derivatization مع 1، 2-ديامينوبينزيني (DB) كما هو موضح سابقا9.
- مجانسة العينات مع 20 ميليلتر من حمض التريكلوروسيتيك 20% (wt/المجلد) المثلج في كلوريد الصوديوم 0.9% (wt/المجلد) و 80 ميليلتر من الماء في أنبوب 1.5 مل.
- سبايك العينات من 5 ميليلتر مع معيار الداخلية (13ج3-ملغم؛ 400 نانومتر) ومزجها فورتيكسينج، وثم الطرد المركزي في س 21,000 ز لمدة 5 دقائق في 4 درجات مئوية.
- نقل 35 ميليلتر من المادة طافية إلى القنينة عينة [هبلك] يتضمن إدراج زجاج 200 ميليلتر.
- إضافة 5 ميليلتر من أزيد الصوديوم 3% (wt/المجلد) لكل عينة متبوعاً 10 ميليلتر من 0.5 مم DB في 200 ملم HCl المحتوية على 0.5 مم ديثيلينيتريامينبينتاسيتيك الحمضية (ديتاباك) في المياه.
- احتضان هذه العينات ح 4 في درجة حرارة الغرفة، محمية من الضوء.
- تحليل العينات من LC-MS/MS، كما هو موضح سابقا9.
ملاحظة: لقياس الإعمار، عزل البروتينات كما هو موضح في القسم 4 من البروتوكول.
-
قياس تركيز البروتين ليساتيس (المذابة) باستخدام مقايسة برادفورد10.
- تحضير مختبرين من 30 ميليلتر لمنحنى قياسي ارتفعت مع ألبومين المصل البقري (BSA) تحل في مخزنة الفوسفات المالحة (PBS) تركيز التالية: 0؛ 0.1؛ 0.2؛ 0.3؛ 0.4؛ 0.6؛ 0.8؛ و 1.0 ملغ/دل.
ملاحظة: إذا كان قد أعد العينة في الحجم المقترح (راجع الخطوة 4.1 لإعداد ليستي مع 200 ميليلتر من المخزن المؤقت)، ينبغي أن يكون تركيز المقدرة في المجموعة من حوالي 2 – 7 مغ/مل. وفي هذه الحالة، تضعف العينات 01:10 مع برنامج تلفزيوني قبل القياس.
ملاحظة: للتجارب الأولى باستخدام هذا الأسلوب، ينصح بقياس العينات في تخفيف مختلف (1، 01:10، و 1: 100). حيث لا يوجد أي تحديد العدد من الديدان الخيطية الدقيقة، يمكن أن تختلف العائد بين الباحثين من الأفراد.
- استخدم لوحة 96-جيدا شفافة (البوليسترين) و "الماصة؛" 10 ميليلتر من كل تركيز القياسية والعينات في تخفيف المختار في التكرارات في الآبار.
- يضعف بروتين الإنزيم صبغ كاشف التركيز 1:5 مع الماء المقطر (aq. dest.) وإضافة 200 ميليلتر من إضعاف لكل عينة على اللوحة. احتضان لوحة لمدة 10 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
- قياس امتصاص داخل 30 دقيقة في 595 نانومتر مع قارئ لوحة. يمكن محرف العينات من المنحنى المعياري المحسوب. المزيد من التفاصيل عن الطريقة التي وصفت على نطاق واسع في الأدب10.
-
قياس الإعمار داخل الخلايا كما هو موضح سابقا11،12.
- أغسل مقتطفات مجموع البروتين (حوالي 200 ميكروغرام) x 3 بالمياه بواسطة تنبيذ فائق في 10 وحدات الطرد المركزي تصفية كاتشين.
- إضافة 10 ميليلتر من 100 ملم HCl و 10 ميليلتر من بيبسن (2 ملغ/مل في 20 مم HCl) 10 ميليلتر من ثيمول (2 ملغ/مل في 20 مم HCl) للبروتين المستردة (حوالي 100 ميليلتر)، واحتضان هذه العينات في 37 درجة مئوية ح 24.
- تحييد والمخزن المؤقت العينات في درجة الحموضة 7.4 بإضافة ميليلتر 12.5 0.5 M بوتاسيوم فوسفات المخزن المؤقت (درجة الحموضة 7.4) و 5 ميليلتر من 260 مم كوه.
- إضافة 10 ميليلتر برنس ه [2 مغ/مل في المخزن المؤقت لفوسفات البوتاسيوم 10 مم (درجة الحموضة 7.4)] و 10 ميليلتر من حل البنسلين والستربتوميسين، واحتضان هذه العينات في 37 درجة مئوية ح 24.
- إضافة 10 ميليلتر من أمينوبيبتيداسي [2 مغ/مل في المخزن المؤقت لفوسفات البوتاسيوم 10 مم (درجة الحموضة 7.4)] و 10 ميليلتر من البروليديز [2 مغ/مل في المخزن المؤقت لفوسفات البوتاسيوم 10 مم (درجة الحموضة 7.4)]، واحتضان هذه العينات في 37 درجة مئوية ح 48.
- تحليل هيدروليساتي الناتجة من LC-MS/MS، كما هو موضح سابقا12.