يظهر سير العمل الكامل لهذا البروتوكول في الشكل 1.
1. اختيار الحمض النووي الريبي المحسن (eRNA)
- حدد منطقة محسن مفترضة للاهتمامات باستخدام قمم الربط لبيانات تسلسل الترسيب المناعي للكروماتين (ChIP-Seq) ، أي تعديلات الهيستون (على سبيل المثال ، H3K4me1 و H3K27ac) ، أو منشطات النسخ (على سبيل المثال ، p300).
- حدد الحمض النووي الريبي المرسال محل الاهتمام من خلال تقاطع ذروة ChIP-Seq مع إشارات تسلسل الحمض النووي الريبي (على سبيل المثال ، من إجمالي تسلسل الحمض النووي الريبي أو من تسلسل الحمض النووي الريبي الناشئ مثل تسلسل التشغيل العالمي (GRO-Seq).
ملاحظة: يجب أن تقتصر المنطقة المختارة لتصميم gRNAs عادة على منطقة "قلب المحسن" ، حيث أظهرت TFs أو المنشطات المشتركة (على سبيل المثال ، p300) قمم ChIP-seq واضحة (الشكل 2 أ). سيتم تجنيد dCas9 ومنشطات الاندماج الخاصة به بواسطة gRNA في هذه المنطقة لتقليد الارتباط الأصلي للمنشطات المشتركة (الشكل 2 أ). إذا كانت مجموعات البيانات المحددة مثل تحليل غطاء التعبير الجيني (CAGE) 4 أو GRO-cap26 متوفرة ، فيمكن استخدامها لتحديد "قلب المحسن" بدقة ، وهي المنطقة الواقعة بين موقعي بدء النسخ ل eRNAs التي تم نسخها إلى اتجاهين متعاكسين4،10،26.
2. تصميم الحمض النووي الريبي
- استخدم أدوات تصميم CRISPR gRNA الشائعة مثل CRISPOR27 لتحديد gRNAs ذات إمكانات منخفضة (http://crispor.tefor.net/).
ملاحظة: يمكن أيضا استخدام أدوات أخرى مثل Benchling28 أو CHOPCHOP29 كخيارات إضافية لتصميم gRNA.
- الصق تسلسل الحمض النووي الأساسي للمحسن في عمود الخطوة 1 في موقع CRISPOR على الويب ، ثم انقر فوق زر القائمة المنسدلة لاختيار الجينوم المقابل (على سبيل المثال ، الإنسان) في عمود الخطوة 2 . انقر فوق زر القائمة المنسدلة لتعيين تسلسل Protospacer Adjacent Motif (PAM) ك "NGG" في عمود الخطوة 3 ثم انقر فوق الزر "إرسال" لإنشاء تسلسلات إرشادية بطول 20 نقطة أساس.
- اختر أدلة ذات أعلى درجات الخصوصية في أداة CRISPOR ، أي إمكانات منخفضة خارج الهدف ، ثم أضف "CACCG" إلى النهاية 5 ، و "C" إلى النهاية 3 ، على التوالي.
ملاحظة: حدد الأدلة ذات أعلى درجات الخصوصية (يفضل >85 في CRISPOR).
- اطلب قليل النوكليوتيدات لكل تسلسل حاسة ومضاد للمعنى من مصادر تجارية.
ملاحظة: يمكن العثور على تعليمات إضافية حول تصميم CRISPR / Cas9 gRNA في دراسات أخرى30،31. ستجعل الأجزاء المتدلية في الخطوة 2.2 الحمض النووي الريبي المرسال متوافقا مع العمود الفقري ل SAM gRNA (Addgene # 61427) ، والذي يستخدم إنزيم تقييد BsmBI.
3. استنساخ gRNAs في بنية عدسية
- لإزالة oligos الصلب ، امزج 1 ميكرولتر من كل أوليغو مقترن عند 100 ميكرومتر ، 1 ميكرولتر من 10x T4 المخزن المؤقت للربط ، 0.5 ميكرولتر من T4 DNA Ligase (400،000 وحدة / مل) و 6.5 ميكرولتر من H2O للوصول إلى الحجم الإجمالي 10 ميكرولتر. احتضان عند 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة ، ثم 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ، والمنحدر إلى 25 درجة مئوية عند 5 درجات مئوية / دقيقة. خفف إلى 100 ميكرولتر باستخدام H2O.
- هضم العمود الفقري ل gRNA عن طريق خلط 2 ميكرولتر من 10x إنزيم التقييد (RE) Buffer ، و 300 نانوغرام من lenti_gRNA(MS2)_zeo بلازميد العمود الفقري (Addgene # 61427) في 1 ميكرولتر ، و 1 ميكرولتر من إنزيم BsmBI ، و 16 ميكرولتر من H2O للوصول إلى الحجم الإجمالي 20 ميكرولتر. احتضن عند 55 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة.
- امزج مكونات الربط مع 20 ميكرولتر من منتج الهضم عن طريق إضافة 2.5 ميكرولتر من 10x T4 المخزن المؤقت ، و 1 ميكرولتر من منتج التلدين المخفف و 1.5 ميكرولتر من T4 DNA ligase (400،000 وحدة / مل) في نظام 25 ميكرولتر. احتضن في درجات حرارة الغرفة لمدة 30 دقيقة.
- قم بتحويل 2 ميكرولتر من مزيج الربط من الخطوة 3.3 إلى خلايا الإشريكية القولونية المختصة Stbl3. ضعيها على طبق أمبيسلين LB-agar واحتضنها طوال الليل عند 37 درجة مئوية.
- انتقاء وتلقيح مستعمرة بكتيريا واحدة واستخرج البلازميد. أرسله لتسلسل Sanger للتأكد من إدراج تسلسل gRNA بشكل صحيح.
ملاحظة: تتوفر تسلسلات البادئات و gRNAs في الجدول التكميلي 1. يوصى باستخدام خلايا الإشريكية القولونية المختصة كيميائيا Stbl3 هنا لأنها تتمتع بإنتاجية أعلى من الحمض النووي البلازميد واستقرار بلازميد أعلى عند توليد بلازميدات فيروس العدسات المعرضةلعدم الاستقرار 32.
4. اختبار كفاءة الحمض النووي الريبي
ملاحظة: على الرغم من أنه قد لا يكون ضروريا لكل gRNA ، فمن المستحسن أن يقوم الباحثون بفحص جودة gRNA عن طريق إجراء مقايسة Surveyor (أي مقايسة انقسام عدم التطابق) للكشف عن indels أو الطفرات التي لا يمكن إنشاؤها بكفاءة إلا بواسطة gRNAs عالية الجودة33،34. يمكن أيضا استخدام طرق أخرى مثل تتبع Indels عن طريق التحلل (TIDE) لتحديد كفاءة الحمض النووي الريبي30،35. نوكلياز المساح هو عضو في عائلة من نوكليازات داخلية خاصة بعدم التطابق يمكنها قطع الحمض النووي مزدوج الخيط مع عدم التطابق (الشكل 3 أ). يمكن الكشف عن جودة الحمض النووي الريبي من خلال فعالية إنتاج أنواع أصغر من الحمض النووي. عمليا ، يمكن أن تتأثر فعالية قطع المساح أيضا بكفاءة تعداء gRNAs و Cas9.
- transfect gRNA مع pSpCas9 (BB) -2A-Puro (Addgene # 62988) البلازميد الذي يعبر عن بروتين Cas9 في خلايا 293T باستخدام كاشف تعداء قائم على الدهون. استخدم 1.2 ميكروغرام / مل لكل بلازميد لكل بئر في صفيحة 6 آبار. استمر في زراعة الخلايا لمدة 3 أيام بعد التعداد. حصاد واستخراج الحمض النووي الجيني وفقا لبروتوكول الشركةالمصنعة 36.
- استخدم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) لتضخيم منطقة المحسن المستهدفة من الحمض النووي الجيني. استخدم شروط تفاعل البوليميراز المتسلسل الموضحة في الجدول التكميلي 2. استخدم الاشعال في الجدول التكميلي 1 للحصول على مثال محسن ، NET1e. قم بتغيير طبيعة منتجات تفاعل البوليميراز المتسلسل عن طريق احتضانها عند 95 درجة مئوية لمدة 10 دقائق ، وإعادة تهجينها عن طريق التكثيف من 95 درجة مئوية إلى 25 درجة مئوية بسرعة -0.3 درجة مئوية / ثانية للسماح للحمض النووي أحادي الخيط (ssDNA) مع وبدون indels أو الطفرات التي يسببها gRNA بالتلدين مع بعضها البعض.
- استيعاب الحمض النووي المهجن بواسطة نوكلياز المساح (الشكل 3 أ) باتباع بروتوكول الشركة المصنعة37. امزج 400 نانوغرام من الحمض النووي المهجن من الخطوة 4.2 ، و 1 ميكرولتر من نوكلياز Surveyor ، و 1 ميكرولتر من محسن Surveyor و 5 ميكرولتر من 0.15 MMgClCl 2 في نظام 50 ميكرولتر. احتضان عند 42 درجة مئوية لمدة 60 دقيقة. تحليل الحمض النووي على هلام الاغاروز. استخدم التحكم السلبي ، مثل الخلايا التي تحتوي على Cas9 فقط ولكن دون استهداف gRNAs ، في الفحص والرحلان الكهربائي للهلام (الشكل 3 ب).
5. توليد فيروس العدسي
- أضف psPAX2 و pMD2.G وبلازميد مستهدف (على سبيل المثال ، lenti_dCas9-VP64_Blast ، Addgene # 61425 ؛ أو lenti_MS2-p65-HSF1_Hygro ، Addgene # 61426) بنسبة 3 ميكروغرام: 1 ميكروغرام: 4 ميكروغرام في أنبوب بولي بروبيلين سعة 1.5 مل. امزجها مع 500 ميكرولتر من Opti-MEM واحتضانها لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
- في أنبوب منفصل ، ضع 10 ميكرولتر من كاشف التعدي القائم على الدهون في 500 ميكرولتر من Opti-MEM ، واحتضنه لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
- اجمع المنتجات من الخطوتين 5.1 و 5.2 واحتضانها لمدة 20 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
- لوحة 293T الخلايا قبل يوم واحد من التعدي واتركها تصل إلى التقاء ~ 30٪ في طبق 10 سم في وقت التعدين. أضف 4 مل من الوسط العادي (DMEM مع 10٪ FBS) ، ثم أضف المركب من الخطوة 5.3 بالتنقيط إلى الخلايا. أضف DMEM مع 10٪ FBS لجعل الحجم النهائي يصل إلى 6 مل. احتضان طوال الليل في حاضنة خلية عند 37 درجة مئوية مع 5٪ ثاني أكسيد الكربون2.
- في اليوم التالي، قم بتغيير الوسيط إلى 10 مل من DMEM الجديد مع 10٪ FBS. احصد الوسط بعد 24 ساعة من التغيير المتوسط. استخدم مرشح حقنة (على سبيل المثال ، 0.45 ميكرومتر) لتصفية الوسط المحتوي على الفيروس ثم انتقل إلى الخطوة 6 أو قم بتخزين الفيروس في -80 درجة مئوية.
ملاحظة: تتطلب عمليات الفيروسات الخالية من الحشرات خزانة السلامة البيولوجية من المستوى الثاني. يجب توخي الحذر للتعامل مع التجارب المرتبطة بالفيروسات بأمان. وإذا كانت أي حاوية على اتصال مباشر بالوسط الفيروسي ، فيجب تبييضها لأكثر من 20 دقيقة قبل التخلص منها كخطر بيولوجي.
6. زراعة الخلايا
- الحفاظ على الخلايا في حاضنة زراعة خلايا ثاني أكسيد الكربون2 عند 37 درجة مئوية مع 5٪ ثاني أكسيد الكربون2.
- زراعة الخلايا MCF7 و 293T في وسط Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) مع FBS بنسبة 10٪.
- تنمو الخلايا في أطباق مقاس 10 سم وتنقسم بنسبة 1: 3 إلى 1: 5 عند التقاء.
7. عدوى الخلايا والاختيار
- زرع الخلايا المستهدفة (على سبيل المثال ، MCF7) مباشرة في خليط متوسط فيروسي يحتوي على 0.5 مل من lenti_dCas9-VP64_Blast (Addgene # 61425) و 0.5 مل lenti_MS2-p65-HSF1_Hygro (Addgene # 61426). أضف 8 ميكروغرام / مل سداسي ديميثرين بروميد لزيادة كفاءة العدوى. استخدم بئر من الخلايا غير المصابة كعنصر تحكم سلبي لفحص فعالية اختيار المضادات الحيوية.
ملاحظة: يوصى بكمية الوسط الفيروسي على النحو التالي: 6 مل وسط فيروسي لطبق 10 سم ، و 1 مل لبئر من صفيحة 6 آبار ، و 0.5 مل لبئر من 12 بئر.
- بعد 24 ساعة من الإصابة ، أضف إلى الخلايا وسط طازج يحتوي على Blasticidin (5 ميكروغرام / مل لخلايا MCF7) و Hygromycin (200 ميكروغرام / مل لخلايا MCF7).
- احتفظ بالخلايا في وسط اختيار المضادات الحيوية حتى تموت خلايا التحكم السلبية.
ملاحظة: قد يختلف الوقت لتصبح خطوط الخلايا المختلفة مستقرة. بالنسبة ل MCF7 ، عادة ما يستغرق الأمر من 5 إلى 7 أيام حتى تموت الخلايا غير المصابة تماما. يجب اختبار منحنى القتل باستخدام مجموعة من تركيزات المضادات الحيوية بحثا عن خط خلوي جديد قبل التجارب. من المقبول استخدام خليط خلوي للخطوات التالية ، ولكن البديل هو اختيار مستعمرات أحادية الخلية متجانسة من حيث التعبير عن البروتينين المستجيبين. يشار إلى الخط المستقر الذي تم الحصول عليه باسم الخط الأبوي المستجيب SAM (على سبيل المثال ، خط مستجيب MCF7 SAM) في هذه الورقة. يوصى باستخدام خط خلوي أبوي مشترك من SAM المستجيب للإصابة بمختلف الاستهداف أو غير الاستهداف gRNAs ، خاصة إذا تمت مقارنة آثارها.
- استخدم النشاف الغربي لتحديد ما إذا كانت الخلايا تعبر بثبات عن البروتينين المستجيبين (يظهر مثال في الشكل 4 أ). استخدم النسخ العكسي لإجمالي الحمض النووي الريبي متبوعا ب PCR الكمي (RT-qPCR) كطريقة بديلة لفحص مستويات التعبير عن اثنين من mRNAs (dCas9-VP64 و MS2-p65-HSF1 ، الشكل 4 ب).
ملاحظة: تتوفر البادئات لفحص مستويات mRNA لمؤثري dCas9 في الجدول التكميلي 1.
- قم بتوليد فيروس عدسي من gRNAs التي تم إنشاؤها في الخطوة 3.5 وإصابة خط خلايا SAM المستقر الذي يعبر بشكل مزدوج عن dCas9-VP64 و MS2-p65-HSF1 مع فيروس lentivirus gRNA الفردي. أضف زيوسين (100 ميكروغرام / مل لخلايا MCF7) إلى متوسط 24 ساعة بعد نقل الفيروس gRNA. إنشاء عنصر تحكم سلبي يعبر عن gRNA غير المستهدف (NT-gRNA) في خط خلايا SAM الأبوي.
ملاحظة: تأكد من أن دواء الاختيار محدد لبناء الاهتمام.
8. استخراج الحمض النووي الريبي والكمي RT-PCR لفحص مستويات eRNA
- استخرج إجمالي الحمض النووي الريبي من خطوط خلايا SAM التي تعبر عن NT-gRNA أو استهداف gRNAs باستخدام مجموعة استخراج الحمض النووي الريبي38 ، أو طريقة أخرى قائمة على كلوروفورم الفينول. استخدم خلايا التقاء ~ 80٪ في بئر واحد من صفيحة من ستة آبار لاستخراج الحمض النووي الريبي.
ملاحظة: لم يلاحظ أي فرق كبير في ممارستنا للكشف عن الحمض النووي الريبي عند استخراج الحمض النووي الريبي إما عن طريق أعمدة الربط التجاري أو بواسطة كواشف كلوروفورم الفينول.
- اصنع الحمض النووي التكميلي (cDNA) من الحمض النووي الريبي المنقى عن طريق تفاعل النسخ العكسي باستخدام سداسي عشوائي ، باتباع بروتوكول الشركةالمصنعة 39. شروط الاستخدام في الجدول التكميلي 2.
ملاحظة: نظرا لأن غالبية eRNAs غير متعددة الأدينيل1،2،4،9،10 ، يتم استخدام السداسي العشوائي بشكل روتيني لتوليد (كدنا).
- صمم بادئات ل RT-qPCR لقياس eRNAs المستهدفة باستخدام أداة تصميم برايمر ذات سمعة طيبة (على سبيل المثال ، التمهيدي 3). اختبر خطية التضخيم لأزواج التمهيدي من خلال فحص ما إذا كانت البادئات ستضخم خطيا cDNAs المخففة التسلسلية وتظهر الاختلافات المتوقعة في دورة qPCR. شروط الاستخدام في الجدول التكميلي 2.
ملاحظة: يجب أن تستهدف بادئات RT-qPCR المنطقة المنسوخة للغاية في تسلسل الحمض النووي الريبي الناشئ ، ويجب أن يتضمن اختبار الخطية للبادئات مجموعة واسعة من تخفيفات الحمض النووي (كدنا) لضمان اختبار جميع مستويات الحمض النووي الريبي المرسال التي يمكن مواجهتها. يظهر مثال على اختبار الخطية في الشكل 5 أ.
- قم بإجراء RT-qPCR وتحليل مستويات تعبير eRNA في خلايا التحكم (خط خلية SAM مع NT-gRNA) وفي خط خلية SAM باستخدام gRNAs التي تستهدف eRNA (على سبيل المثال ، NET1e gRNA # 1) (على سبيل المثال ، الشكل 6 أ). يتم عرض بادئات NET1e RNA في الجدول التكميلي 1. شروط الاستخدام في الجدول التكميلي 2.
9. dCas9 ChIP و qPCR
ملاحظة: هذه الخطوة هي تجربة اختيارية للتحقق من صحة ارتباط مركب dCas9 / SAM-gRNA بمحسن الهدف بواسطة gRNAs المحددة. بينما يتم تشجيع المستخدمين على تنفيذ هذه الخطوة ، فليس من الضروري اختبار كل gRNA على حدة. راجع المثال الموضح في الشكل 5 ب. راجع البادئات المدرجة في الجدول التكميلي 1.
- خلايا الارتباط المتقاطع
- قم بإزالة الوسط من الخلايا وأضف 1٪ فورمالديهايد المذاب في محلول ملحي مخزن بالفوسفات (PBS). اتركيه لمدة 10 دقائق.
- أضف 2.5 M glycine بحجم 1:20 لإخماد الربط المتقاطع وغسل الخلايا مرتين باستخدام PBS المثلج. أضف 700 ميكرولتر من PBS المثلج وكشط الخلايا إلى أنبوب سعة 1.5 مل.
- جهاز طرد مركزي عند 2,000 × جم لمدة 5 دقائق عند 4 درجات مئوية. انتقل إلى الخطوة 9.2 ، أو قم بالتجميد وتخزينه في درجة حرارة -80 درجة مئوية.
- سونيكات
- اصنع مخازن LB1 و LB2 و LB3 جديدة. LB1: 50 ملي مولار Hepes-KOH (درجة الحموضة 7.5) ، 140 ملي كلوريد الصوديوم ، 1 ملي EDTA ، 10٪ جلسرين ، 0.5٪ NP-40 ، 0.25٪ تريتون-X 100 و 1x مثبط البروتينات. LB2: 10 ملي Tris-HCl (درجة الحموضة 8.0) ، 200 ملي كلوريد الصوديوم ، 1 ملي EDTA ، 0.5 ملي EGTA و 1x مثبط للبروتين. LB3: 10 ملي مولار تريس حمض الهيدروكلوريك (درجة الحموضة 8.0) ، 100 ملي كلوريد الصوديوم ، 1 ملي EDTA ، 0.5 ملي EGTA ، 0.1٪ Na-Deoxycholate ، 0.5٪ N-lauroylsarcosine و 1x مثبط البروتين. مكمل 1x مثبط البروتياز طازجا إلى المخزن المؤقت قبل التجربة.
- أضف 1 مل من المخزن المؤقت LB1 إلى كريات الخلية، وقم ببئر الماصة، وقم بالتدوير عند 4 درجات مئوية لمدة 10 دقائق، ثم قم بالدوران عند 2,000 × جم لمدة 5 دقائق عند 4 درجات مئوية. اسكب المادة الطافية ، وأضف 1 مل من المخزن المؤقت LB2 ، وقم بالتدوير عند 4 درجات مئوية لمدة 10 دقائق ، ثم قم بالدوران عند 2,000 × جم لمدة 5 دقائق عند 4 درجات مئوية. اسكب المادة الطافية وقم بإزالة فائض المخزن المؤقت LB2. أضف 300 ميكرولتر من المخزن المؤقت LB3.
- صوتنة وتقطيع الحمض النووي للكروماتين إلى متوسط حجم ~ 200-400 نقطة أساس باستخدام نظام صوتي مناسب. بعد الصوتنة ، أضف 30 ميكرولتر من 10٪ Triton-X 100 واخلطها جيدا. اختبر وقت الصوتنة المناسب إذا تم استخدام خط خلية جديد.
- جهاز طرد مركزي عند 14,000 × جم لإزالة الحبيبات. انقل المادة الطافية إلى الأنبوب الجديد وأضف 630 ميكرولتر من LB3 و 70 ميكرولتر من 10٪ Triton X-100 إلى حجم إجمالي قدره 1 مل. أضف 2 ميكروغرام من الجسم المضاد Cas9 إلى المادة الطافية وقم بتدويرها عند 4 درجات مئوية طوال الليل.
- التقاط المركب المناعي والربط المتقاطع العكسي
- تحضير المخزن المؤقت RIPA (50 ملي مولار هيبس الرقم الهيدروجيني 7.6 ، 1 ملي EDTA ، 0.7٪ Na-deoxycholate ، 1٪ NP-40 ، 0.5 M LiCl) ومخزن الشطف (1٪ SDS و 0.1 M NaHCO3).
- اغسل Protein G dynabeads مع 1٪ BSA في PBS 3 مرات و LB3 buffer مرة واحدة.
- أضف 30 ميكرولتر من دينابيدات البروتين G إلى العينة واحتضانها عند 4 درجات مئوية لمدة 4 ساعات.
- اغسل مركب الخرز المناعي في 500 ميكرولتر من المخزن المؤقت RIPA 6x. لا تدع الخرز يجف.
- اغسل مركب الخرز المناعي مرة واحدة باستخدام عازلة TE ؛ قم بإزالة المخزن المؤقت.
- أضف 200 ميكرولتر من المخزن المؤقت للشطف إلى مركب الخرز المناعي والدوامة. ثم ضعه في شاكر ساخن قابل لضبط درجة الحرارة على 65 درجة مئوية مع اهتزاز 600 دورة في الدقيقة لمدة 6-16 ساعة لعكس التشابك.
- استخراج الحمض النووي
- قم بإزالة الأنابيب من شاكر ، وقم بتدوير الخرزات لفترة وجيزة وضعها على حامل مغناطيسي. انقل 200 ميكرولتر من المادة الطافية إلى أنبوب جديد وأضف 200 ميكرولتر من المخزن المؤقت TE.
- أضف 1 ميكرولتر من RNase A (1 مجم / مل) إلى الأنبوب واحتضانه عند 37 درجة مئوية لمدة ساعة واحدة.
- بعد ساعة واحدة من الحضانة ، أضف 2 ميكرولتر من البروتيناز K (20 مجم / مل) إلى العينة واحتضانها عند 65 درجة مئوية لمدة ساعتين.
- جهاز طرد مركزي لفترة وجيزة وأضف 400 ميكرولتر من خليط الكحول الفينول - الكلوروفورم - الأيزواميل. تخلط جيدا ، ثم جهاز الطرد المركزي لمدة 5 دقائق عند 10,000 × جم.
- انقل 400 ميكرولتر من الطبقة العليا إلى أنبوب سعة 1.7 مل يحتوي على 16 ميكرولتر من 5 M كلوريد الصوديوم و 1 ميكرولتر من الجليكوجين (20 ميكروغرام / ميكرولتر) واخلطه جيدا.
- أضف 800 ميكرولتر من الإيثانول بنسبة 100٪ واتركه طوال الليل عند -20 درجة مئوية.
- في صباح اليوم التالي ، قم بالطرد المركزي للأنابيب عند 4 درجات مئوية عند 14,000 × جم لمدة 15 دقيقة.
- قم بإزالة المادة الطافية واغسل الحبيبات ب 1 مل من 70٪ إيثانول. قم بالدوران عند 14,000 × جم لمدة 10 دقائق.
- قم بإزالة الإيثانول ، والحبيبات الجافة في الهواء ، وأعد تعليقها في 50 ميكرولتر من TE (10 ملي مولار Tris-HCl ، درجة الحموضة 8.0 ، 1 ملي مولار EDTA).
- قم بإجراء ChIP-qPCR لفحص تجنيد مجمع SAM في موقع الاستهداف بواسطة زوج من التمهيدي المحسن لاستهداف النواة. استخدم زوجا تمهيديا يستهدف منطقة غير ذات صلة كعنصر تحكم سلبي.
10. مقايسة نمو الخلية والاختبارات الوظيفية الأخرى للتنشيط المفرط للحمض النووي الريبي المرسال
- قم بترشيح خطوط خلايا SAM التي تعبر عن gRNA غير المستهدفة أو gRNAs التي تستهدف eRNA ولوحة ~ 3,000 خلية لكل بئر في لوحة 96 بئر.
- قم بقياس نمو الخلايا باستخدام جهاز تصوير الخلايا الحية أو طرق أخرى (على سبيل المثال ، عد الخلايا ، أو فحص ملح التيترازوليوم القابل للذوبان في الماء -1).
- استخدم التركيز المثبط نصف الحد الأقصى (IC50) لاختبار الاستجابات الخلوية لأدوية سرطانية معينة في الخلايا التي تحتوي على أو بدون تعبير NET1e عن طريق SAM15.
ملاحظة: يتم تقديم نتائج فحوصات نمو الخلايا واختبارات حساسية الدواء لخلايا سرطان الثدي بعد الإفراط في التعبير عن eRNA المنسوخ بجوار جين NET1 ، والذي تمت الإشارة إليه باسم NET1e15. يمكن إجراء فحوصات أخرى على المستوى الخلوي أو الكائنات الحية بناء على حاجة كل مشروع محدد.