نصف بروتوكولا عاما يدمج تحليل قياس الطيف الكتلي عالي الدقة والالتحام الجزيئي في أبحاث الطب الصيني التقليدي.
مقالة منهجية
* These authors contributed equally
نصف بروتوكولا عاما يدمج تحليل قياس الطيف الكتلي عالي الدقة والالتحام الجزيئي في أبحاث الطب الصيني التقليدي.
يعد فصل وتحليل المكونات الكيميائية المرغوبة من الموضوعات المهمة للبحث الأساسي للطب الصيني التقليدي (TCM). أصبح قياس الطيف الكتلي الترادفي لوقت الرحلة رباعي الأقطاب الكروماتوغرافيا السائل فائق الأداء تدريجيا تقنية رائدة لتحديد مكونات الطب الصيني التقليدي. جينورا ثنائية اللون DC. (BFH) ، عشب معمر بدون جذع يستخدم في الطب والغذاء في الصين له تأثيرات طبية مثل إزالة الحرارة وترطيب الرئة وتخفيف السعال وتشتيت الركود وتخفيف التورم. تحتوي البوليفينول والفلافونويد على العديد من الأيزومرات التي تعيق تحديد المركبات المعقدة في BFH. تقدم هذه الورقة بروتوكولا منهجيا لدراسة المكونات الكيميائية ل BFH بناء على استخراج المذيبات والبيانات المتكاملة عبر UPLC-Q-TOF-MS.
تتضمن الطريقة الموضحة هنا بروتوكولات منهجية للمعالجة المسبقة للعينات، ومعايرة التصلب المتعدد، واكتساب التصلب المتعدد، ومعالجة البيانات، وتحليل النتائج. تشمل المعالجة المسبقة للعينات الجمع والتنظيف والتجفيف والتكسير والاستخراج. تتكون معايرة MS من تصحيح متعدد النقاط ونقطة واحدة. تتضمن معالجة البيانات استيراد البيانات وإنشاء الطريقة ومعالجة التحليل وعرض النتائج. النتائج التمثيلية لنمط التجزئة النموذجي للأحماض الفينولية والإسترات والجليكوسيدات في Gynura bicolor DC. (BFH) معروضة في هذه الورقة. بالإضافة إلى ذلك ، تتم مناقشة اختيار المذيبات العضوية ، والاستخراج ، وتكامل البيانات ، واختيار طاقة التصادم ، وتحسين الطريقة بالتفصيل. يمكن استخدام هذا البروتوكول العالمي على نطاق واسع لتحديد المركبات المعقدة في الطب الصيني التقليدي.
يمارس الطب الصيني التقليدي (TCM) سريريا في الصين منذ آلاف السنين ، ويلعب دورا حيويا في الحفاظ على صحة الشعبالصيني 1. تكوين الطب الصيني التقليدي متنوع ومعقد ، وقد تم الإبلاغ عن الطب الصيني التقليدي على نطاق واسع في العديد من الدراسات النوعية التي تركز على التركيب الكيميائي2. يمكن تقسيم المكونات الكيميائية في الطب الصيني التقليدي تقريبا إلى الفئات التالية مثل القلويدات, الأحماض العضوية, فينيل بروبانويد, الكومارين, قشور, الكينونات, الفلافونويد, التربينويدات, الصابونين triterpenoid, الصابونين الستيرويد, جليكوسيدات القلب, والعفص3. نظرا للأعداد الكبيرة من المكونات غير المعروفة والأيزومرات التي لا يمكن تمييزها في الطب الصيني التقليدي ، فإن فصل المكونات الكيميائية المرغوبة وتحليلها من الموضوعات المهمة للبحث الأساسي للطب الصينيالتقليدي 4.
تم تطبيق قياس الطيف الكتلي لوقت الرحلة رباعي الأقطاب للكروماتوغرافيا السائلة فائقة الأداء لتحليل المواد في الطب الصيني التقليدي (TCM) ، والتي يمكن فصلها عن طريق الكروماتوغرافيا السائلة فائقة الأداء5،6. يمكن أن توفر الدقة العالية ل MS معلومات أيونية شاملة ، والتي تستخدم لتحليل قاعدة البيانات مع خطأ أقل من 5 جزء في المليون7. بعد تشغيل طاقة الاصطدام ، يمكن لوضع MS الثانوي الحصول على أيونات شظية ثانوية ، تتأثر شدتها وعددها بحجم الطاقة8.
جينورا ثنائية اللون DC. (BFH) ، عشب معمر بدون جذع يستخدم على نطاق واسع في الطب والغذاء (الشكل 1 أ) ، هو نبات نادر ومهدد بالانقراض فريد من نوعه في الصين9. يحتوي BFH على وفير من الأنثوسيانين والبوليفينول والفلافونويد وقدرة قوية مضادةللأكسدة 10. BFH له تأثيرات طبية بما في ذلك إزالة الحرارة ، وتبريد الدم ، وترطيب الرئة ، وتخفيف السعال ، وتشتيت الركود ، وتخفيف التورم ، وتخفيف حرارة الصيف ، والقضاء على الحرارة. ركزت دراسات قليلة على التركيب الكيميائي ل BFH11. تحتوي البوليفينول والفلافونويد على العديد من الأيزومرات ، مما يجعل تحديد المركبات المعقدة في BFH أمرا صعبا. يجب تطوير طريقة عالمية لتحديد المكونات الكيميائية ، والتي يمكن تطبيقها على جميع أنواع الطب الصيني التقليدي. هدفت هذه الدراسة إلى الإبلاغ عن بروتوكول منهجي لدراسة المكونات الكيميائية ل BFH بناء على استخراج المذيبات والبيانات المتكاملة عبر UPLC-Q-TOF-MS.
1. معالجة عينة
2. معايرة MS
3. الاستحواذ على MS
4. معالجة البيانات
5. تحليل النتائج
تم استخدام تحديد التركيب الكيميائي ل BFH كنموذج لعرض النتائج التمثيلية. كروماتوغرامات ذروة القاعدة من Gynura ثنائي اللون المستخرج بالمذيبات. في الملف التكميلي 1-الشكل التكميلي S1-S6 ، ووقت الاستبقاء المرصود (RT) ، واسم المكون ، والصيغة ، ونسبة الكتلة إلى الشحنة (m / z) ، والخطأ الكتلي مذكورة في الجداول S1-S6. في ZBTK ، تم تحديد جميع أنواع المركبات البالغ عددها 35 نوعا من القمم المنفصلة في UPLC-TOF-MS. كما هو موضح في الملف التكميلي 1-الجدول التكميلي S1 ، احتوت المواد الكيميائية الرئيسية على حمض (حمض الكينيك ، حمض DL-malic ، حامض الستريك ، حمض o-coumaric ، وحمض 3-O-trans-coumaroylquinic) ، والجليكوسيدات (gentiopicrin ، و picroside II ، و suffruticoside J ، و copline ، و borneol-2-O-β-D-apiofuranosyl-(1→6) -β-D-glucoside) ، والإسترات (بيلوباليد ، وتريميثيل سترات ، وعبر O-glucosyl-methyl-trans-cinnamate). في ZBTK-CT ، تم الكشف عن 25 نوعا من المركبات الإضافية (الملف التكميلي 1 - الجدول التكميلي S2) ، ولوحظ 45 نوعا من المركبات الإجمالية.
عندما تم استخدام الكلوروفورم كمستخرج ، تم العثور على جميع المركبات الخمسين. من بينها ، تضمنت الأنواع ال 28 من المركبات الإضافية حمض الكوروناريك وحمض سانلينغ وأغريمول أ وميثيل الأرتيميسات (الملف التكميلي 1 - الجدول التكميلي S3). عندما تم استخدام الأثير البترولي كمستخرج ، لوحظ 44 نوعا من المركبات الإجمالية. وجدنا 17 نوعا من المركبات الإضافية بما في ذلك notopterol و onjisaponin و cnideol B (الملف التكميلي 1 - الجدول التكميلي S4). تم الحصول على ما مجموعه 65 مركبا في المذيبات باستخدام أسيتات الإيثيل كمستخرج. بالمقارنة مع المواد المستخلصة الأربعة السابقة ، لوحظ 37 مركبا إضافيا مثل دافنيتين ، أسيتوفانيلون ب ، وستيجماسترول-3-O-β-D-glucoside (الملف التكميلي 1-الجدول التكميلي S5). في استخلاص كحول البوتيل ، وجدنا 67 نوعا من المركبات الإجمالية ، والتي تحتوي على 26 نوعا من المركبات الإضافية بما في ذلك رينجيوزيد C ، والكرومونات ، وأتوراميتلين F ، وديستيلماتريكارين -8-O-β-D-glucopyranoside (الملف التكميلي 1 - الجدول التكميلي S6). باختصار ، وجدنا 168 مركبا بناء على جميع النتائج المركبة لستة مستخلصات.
لفهم مسار الانقسام لأنواع المركبات بعمق في UPLC-TOF-MS ، اخترنا ثلاثة مركبات كأمثلة. بالنسبة للأحماض ، يمكن أن يفقد حمض 3-O-trans-coumaroylquinic مع m / z = 337.09222 مجموعة C7H10O5 أو C9H8O2 عبر تفاعل التحلل المائي لتشكيل مواد وسيطة مع m / z = 163.04116 أو 199.05557 ، على التوالي (الشكل 4 د). بالنسبة للاسترات ، يمكن تحويل trans-O-glucosyl-methyl-trans-cinnamate مع m / z = 385.11308 إلى وسيط مع m / z = 153.07485 أو 135.04679 عبر انقسام C-C في مواقع مختلفة (الشكل 4E). بالنسبة للجليكوسيدات ، تحول الحمضيات C مع m / z = 385.11308 إلى وسيط مع m / z = 272.09174 عبر انقسام رابطة C-C في السلسلة الأليفاتية ، في حين أن فقدان مجموعة C7H6O2 أدى إلى وسيط مع m / z = 113.02534 (الشكل 4F). في مسار آخر ، أدى كسر رابطة C-O-C على حلقة البنزين إلى تكوين وسيط مع m / z = 163.11245 ، بينما اختفت الوحدة السداسية.
كشفت النتائج التمثيلية لالإرساء الجزيئي عن هياكل ثنائية الأبعاد و 3D في الشكل 4G ، H ، على التوالي. أظهر تحليل تخصيب الأنطولوجيا الجينية نتائج وظيفة الجينات من حيث العملية البيولوجية (BP) والمكون الخلوي (CC) والوظيفة الجزيئية (MF; الشكل 4I). أظهرت موسوعة كيوتو للجينات وتحليل التعليق التوضيحي لمسار الجينات نتائج مسار الجينات المعبر عنها تفاضليا ، والتي يمكن استخدامها لفهم وظيفة الجينات بشكل أكبر (الشكل 4J). تظهر النتائج التفصيلية لالإرساء الجزيئي في الملف التكميلي 1 - الجدول التكميلي S7 والملف التكميلي 1 - الشكل التكميلي S7-S9.

الشكل 1: طريقة المعالجة المسبقة للطب الصيني التقليدي. (أ) جينورا ثنائي اللون DC. (ب) التنظيف والتجفيف. (ج) السحق. (د) إضافة المذيبات العضوية. (ه) استخراج الموجات فوق الصوتية. (و) الطرد المركزي للخليط. (ز) ترشيح المادة الطافية. الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

الشكل 2: إجراء تشغيل UPLC-Q-TOF-MS / MS. (أ) تحضير فورمات الصوديوم. (ب) معايرة محور الكتلة. (ج) لحن MS. (د) وضع العينة. (ه) اكتساب الطيف الكتلي. (و) عرض الطيف الكتلي. الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

الشكل 3: معالجة البيانات وتكاملها. (أ) تحويل البيانات. (ب) تعديل الطريقة. (ج) تجهيز البيانات. (د) التحليل الإحصائي للنتائج. الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

الشكل 4: تحليل النتائج العميقة. (أ) الطيف الكتلي الثانوي. (ب) عرض أيون الشظايا الثانوية. (ج) عرض موقع الكسر. (د) نمط التجزئة 1. (ه) نمط التجزؤ 2. (و) نمط التجزئة 3. (ز) عرض هدف العمل المتعلق بالعنصر النشط. (ح) هيكل ثلاثي الأبعاد لهدف عمل العنصر النشط. (ط) تحليل التخصيب GO. (ي) تحليل التعليقات التوضيحية لمسار KEG. الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.
الملف التكميلي 1: تحديد المركبات ، ونتائج الإرساء الجزيئي ، وكروماتوغرامات ذروة القاعدة ، وتحليل الشبكة. الرجاء النقر هنا لتنزيل هذا الملف.
إلى جانب مغلي الماء12 ، يعد استخراج المذيبات العضوية طريقة شائعة أخرى للمعالجة المسبقة للطب الصينيالتقليدي 13. وفقا لمبدأ انحلال الطور المماثل ، تم استخراج العديد من المكونات عن طريق الجمع بين المذيبات العضويةالمختلفة 14. يعد الاستخراج بمساعدة الموجات فوق الصوتية أحد الطرق الرئيسية المستخدمة للحصول على المكونات في TCM15. يعد استخراج ثاني أكسيد الكربون فوق الحرج مفيدا لاستخراج أنواع معينة من المواد مثل القشور16. علاوة على ذلك ، تم فحص الاستخراج بمساعدة الميكروويف في السوائل الأيونية (ILs) كبديل لاستخراج المذيبات العضويةالتقليدية 17. ومع ذلك ، يصعب تحقيق التحكم الدقيق في طاقة الميكروويف ، مما قد يتسبب في تفاعلات ثانوية مثل الجفاف الأثيري والجفاف الأسترة.
يمكن أن تؤدي الإعدادات المثلى لطاقة الاصطدام إلى معلومات إضافية عن أجزاء MS من الدرجة الثانية. تم توفير معلومات من MS الترادفي ، أي وضع MSE ، من خلال فحصين متوازيين متناوبين باستخدام إما طاقة منخفضة للحصول على معلومات الأيونات الجزيئية أو طاقة عالية للحصول على أيونات شظايا كتلة دقيقةللمسح الكامل 18. أثناء إعداد معلمات الطاقة العالية ، عادة ما يتم استخدام النطاق من 10 إلى 35 فولت في طاقة تصادم نقل المنحدر لتعزيز كفاءة تجزئة السلائف19.
تم إنشاء الكمية الهائلة من بيانات MS الأولية من MS عالية الاستبانة. يجب معالجة بيانات MS الأولية ، والتي تضمنت قمم الأيونات الجزيئية في طيف MS وقمم الأيونات الشظية في طيف MS / MS ، ودمجها بدقة. يهدف برنامج تحليل بيانات MS إلى تحليل جميع المستقلبات في عينة بيولوجية بشكل شامل20. استند فحص المستقلبات الكبريتية إلى الاستحواذ المعتمد على البيانات لفحوصات التصلب العصبي المتعدد الكاملة وبيانات مستقلب متعددةالأبعاد 21. على أساس التكنولوجيا المتطورة ، سيكون التنبؤ بالذكاء الاصطناعي اتجاها تطويريا ممكنا لتحليل بيانات MS.
يمكن التعرف على غالبية المركبات بهذه الطريقة. ومع ذلك ، لا يمكن للشظايا الثانوية المحدودة تحديد جميع الأيزومرات بشكل كامل بما في ذلك مركبات الفلافونويد والعفص. لتحقيق تحديد الهيكل ، يمكن للباحثين استخدام قياس الطيف الكتلي الترادفي لتوفير مزيد من المعلومات حول أيونات الشظايا ، مما يساعد في تحديد الهياكل المركبة8. نظرا لمحدودية أيون التأين بالرش الكهربائي أو مصدر التأين الكيميائي لضغط الغلاف الجوي ، فإن MS عالي الدقة غير مناسب لتحليل الجزيئات الكبيرة. يمكن أن يعزز تأين الامتصاص بالليزر بمساعدة المصفوفة تأين المركبات الجزيئية الكبيرة ، مثل البروتينات22. باختصار ، UPLC-Q-TOF-MS / MS هي واحدة من أكثر التقنيات القابلة للتطبيق على نطاق واسع لتحديد مركبات الطب الصيني التقليدي. لديه القدرة على تطبيقه في مجالات أخرى ، بما في ذلك الطب السريري وكيمياء الطاقة.
ويعلن أصحاب البلاغ عدم وجود مصالح مالية متنافسة.
تم تمويل هذا العمل من قبل المؤسسة الوطنية للعلوم الطبيعية في الصين (82104881) ، وفريق الميراث والابتكار التابع لعلاج الطب الصيني التقليدي للأمراض المناعية ، ومشروع تشونغتشينغ للبحث العلمي الطبي (المشروع المشترك بين لجنة الصحة في تشونغتشينغ ومكتب العلوم والتكنولوجيا) (2022DBXM007) ، مشروع خاص لتحفيز الأداء وتوجيه معهد تشونغتشينغ للبحوث العلمية (cstc2022jxjl120005) ، مشروع خاص لمؤسسة تشونغتشينغ لعلوم ما بعد الدكتوراه (2022CQBSHTB3035) ، برنامج المواهب الطبية العليا في تشونغتشينغ ليونغ ومنتصف العمر ، برنامج المؤسسات العلمية في تشونغتشينغ (مشروع بحثي مستقل رقم 2022GDRC015).
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| الكلوروفورم | Sinopharm الكاشف الكيميائي المحدودة | CAS 67-66-3 | |
| الإيثانول | Chuandongالكيميائية | CAS 64-17-5 | |
| أسيتات الإيثيل | Chuandongالكيميائية | CAS 141-78-6 | |
| الكروماتوجراف السائل | Waters | ACQUITY Class 1 بالإضافة إلى | |
| برنامج | |||
| التحكم MassLynx Waters V4.2 MSن-بوتيل كحول | Chuandongالكيميائية | CAS 71-36-3 | |
| الأثير البترولي | Chuandongالكيميائية | CAS 8032-32-4 | |
| رباعي الأقطاب قياس الطيف الكتلي لوقت الرحلة | المياه | SYNAPT XS | |
| UNIFI | برنامج | تحليل البيانات |