توليد rd29A: متجه التعبير DREB1A (الشكل 1)
تم تضخيم إطار القراءة المفتوح DREB1A كامل الطول (ORF ، 651 نقطة أساس) من نبات الأرابيدوبسيس ثاليانا L. cDNA باستخدام بادئات خاصة بالجينات تتضمن مواقع تقييد BamHI و EcoRI: إلى الأمام 5 / -GGC GGATCCATGAACTCATTCTGCT-3 / وعكس 5 / -GGCGAATTCTTAATAACTCCATAACGA-3 /. وبالمثل ، تم تضخيم محفز rd29A (499 نقطة أساس) من الحمض النووي الجيني Arabidopsis باستخدام بادئات تحتوي على مواقع KpnI و BamHI: إلى الأمام 5 / -GCG GGTACCCCTATTAGAACGATTAAGGAG-3 / وعكس 5 / -GGC GGATCCGGTGGTTCCTCTGTTTGATCC-3 /. تم إجراء تفاعلات تفاعل البوليميراز المتسلسل بحجم 25 ميكرولتر يحتوي على 2.5 ميكرولتر من المخزن المؤقت 10x PCR ، و 1.5 ملي مولار MgCl2 ، و 0.2 ملي مولار من كل dNTP ، و 0.4 ميكرومتر من كل برايمر ، و 1 وحدة من بوليميراز Taq DNA ، و 1 ميكرولتر من قالب الحمض النووي (حوالي 100 نانوغرام للحمض النووي الجيني أو 50 نانوغرام ل cDNA) ، مع إضافة ماء خال من النوكلياز إلى الحجم النهائي. كانت شروط التضخيم لكل من شظايا محفز DREB1A و rd29A على النحو التالي: تمسخ أولي عند 95 درجة مئوية لمدة 3 دقائق. 35 دورة من التمسخ عند 95 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، والتلدين عند 58 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، والتمديد عند 72 درجة مئوية لمدة دقيقة واحدة ؛ يليه تمديد نهائي عند 72 درجة مئوية لمدة 7 دقائق. تم حل المنتجات المضخمة على جل الاغاروز بنسبة 0.7٪ وتنقيتها بالهلام باستخدام مجموعة استخراج الجل وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة.
تم استنساخ منتجات تفاعل المتسلسل المروج DREB1A و rd29A المضخمة في ناقل الاستنساخ ، pTZ57R / T ، باستخدام استنساخ TA ، وخضعت المنتجات لتسلسل Sanger للتأكيد. تسلسل DREB1A (رقم الانضمام. AM992886) إلى GenBank (تم إدراج مروج rd29A في مواقع KpnI و BamHI ، وتم إدخال تسلسل ترميز DREB1A في اتجاه مجرى النهر في مواقع BamHI و EcoRI ، وبالتالي استبدال المروج الأصلي 2x35S ووضع DREB1A تحت سيطرة rd29A. تم استئصال الكاسيت النهائي (rd29A :: DREB1A :: CamV) باستخدام KpnIو EcoRV واستنساخه في منطقة T-DNA للناقل الثنائي pGA482 لتوليد البناء المستخدم لتحويل النبات (الشكل 1). بعد تسلسل Sanger الأولي للتحقق من صحة المنتجات المستنسخة ، لم يتم إجراء مزيد من التحقق من التسلسل.
تحليل تسلسل الجينات
باستخدام أداة المعلوماتية الحيوية المشار إليها ، تم إجراء تحليل النشوء والتطور لتسلسل البروتين ل AtDREB1A و DREB1 من 13 نوعا مختلفا من الفلقة الدينية والأحادية ومقارنتها عبر طريقة الانضمام إلى الجيران. تم استرداد تسلسل الأحماض الأمينية من Phytozome (http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html) و GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). تم إجراء تحليل محاذاة التسلسل المتعدد باستخدام برنامج Clustal Omega عبر الإنترنت. بمجرد الحصول على التسلسلات الأساسية من Phytozome و GenBank ، لا يلزم المزيد من استرجاع التسلسل.
تحضير المستخلصات ومسدس تحريض الكالس20,34
نمت صنف قصب السكر في الحقل التجريبي في NIBGE ، فيصل أباد. بعد 6 أشهر ، تم استئصال الجزء العلوي من العصا الصحية لاستعادة المنطقة القمية ، والتي تم قصها إلى البرعم الطرفي. في ظل ظروف معقمة ، تم تقشير لفات الأوراق إلى شرائح أسطوانية ~ 5 مم وتعقيم السطح بنسبة 70٪ من الإيثانول. من المنطقة الموجودة فوق النسيج الإنشائي القمي مباشرة ، تم تحضير ما يقرب من 10-15 قرصا قميا (~ 3 مم في الحجم) لكل قصب. تمت زراعة الأقراص على وسط تحريض الكالس (CIM) كما هو موضح سابقا1،20،34. بعد 4-6 أسابيع ، تم زراعة الكالي الجنيني الناتج في CIM جديد لمزيد من التكاثر. ملاحظة: وجد أن استخدام 70٪ من الإيثانول لتطهير الأسطح كاف ، ولم تكن هناك حاجة إلى خطوات تعقيم إضافية.
التحول الجيني ل rd29A: DREB1A في قصب السكر من خلال Gene Gun20،34
تم ترتيب الكالس الجنيني المتكاثر في وسط صفيحة بتري التي تحتوي على CIM. بعد 3 أيام ، تم قصف الكالي بناقل ثنائي قابل للتعبير عن النبات مطلي بالذهب ، pGA482 ، يحتوي على rd29A: DREB1A ، باستخدام PDS-1000 / He مسدس Biolistic كما هو موضح بالتفصيل34. بعد القصف ، تمت زراعة أجزاء صغيرة من الكالي على CIM لمدة 3 أيام ووضعها في الظلام عند 26 ± 2 درجة مئوية. بعد ذلك ، تم استزراع الكالي على وسط اختيار الكالس (CSM) الذي يحتوي على 60 مجم / لتر من الجينتيسين ، ويتم استزراعه في CSM كل 10 أيام ، ووضعه في الظلام عند 26 ± 2 درجة مئوية.
بعد 30 يوما ، تمت زراعة الكالي السليم على وسط اختيار التجديد (RSM) الذي يحتوي على 60 مجم / لتر من المضاد الحيوي للحصول على البراعم. تم وضع الصفائح في غرفة نمو لمدة 4 أسابيع عند درجة حرارة مضبوطة (26 ± 2 درجة مئوية) ، 16 ساعة / 8 ساعة من فترة الضوء / الظلام ، 500 ميكرولتر م 2 ثانية -1 شدة الضوء ، والرطوبة الخاضعة للرقابة35. تمت زراعة البراعم الصحية المتجددة على وسط اختيار التجذير (RtSM) الذي يحتوي على 60 مجم / لتر من المضاد الحيوي في برطمانات زجاجية ووضعها في غرفة النمو في ظل الظروف المذكورة أعلاه. بعد 4-6 أسابيع ، تم نقل المحولات المفترضة إلى أواني بلاستيكية صغيرة تحتوي على تربة رملية معقمة ووضعها في غرفة النمو في ظل الظروف المذكورة أعلاه. لا يلزم المزيد من الزراعة الفرعية على وسط اختيار الكالس (CSM) بعد 10 أيام.
التأكيد الجزيئي لنباتات قصب السكر المعدلة وراثيا
كما هو موضح سابقا ، تم عزل الحمض النووي الجيني من الأوراق الصغيرة لنباتات قصب السكر المعدلة وراثيا المفترضة باستخدام طريقة استخراج CTAB36. تم تقييم جودة الحمض النووي وتركيزه باستخدام مقياس الطيف الضوئي NanoDrop والرحلان الكهربائي لهلام الاغاروز. تم إجراء تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل لجين العلامة القابل للتحديد nptII (750 نقطة أساس) و DREB1A المعدل للجينات (651 نقطة أساس) باستخدام الاشعال الخاصة بالجينات المدرجة في الجدول 1. احتوى كل تفاعل تفاعل تفاعل PCR سعة 25 ميكرولتر على 1x PCR ، و 2.5 ملي مولار MgCl₂ ، و 0.2 ملي مولار dNTPs لكل منهما ، و 0.4 ميكرومتر من كل برايمر ، و 1 وحدة من بوليميراز Taq DNA ، و ~ 100 نانوغرام من الحمض النووي الجيني ، والماء منزوع الأيونات إلى الحجم. تم تشغيل التفاعلات في جهاز تدوير حراري في ظل الظروف التالية: التمسخ الأولي عند 95 درجة مئوية لمدة 3 دقائق. 35 دورة من 94 درجة مئوية لمدة 30 ثانية, 58 درجة مئوية ل 30 ثانية, 72 درجة مئوية لمدة 45 ثانية; متبوعا بتمديد نهائي عند 72 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. تم حل منتجات تفاعل البوليميراز المتسلسل على هلام الاغاروز بنسبة 1٪ وتم تصورها تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية لتأكيد التضخيم. ثم تم نقل النباتات المعدلة وراثيا إيجابية PCR (T0) إلى أواني فخارية كبيرة وتقويتها في بيئة زجاجية خاضعة للرقابة حتى النضج. عند النضج ، تم زرع أجزاء قصب السكر من خمسة أحداث T₁ مؤكدة بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل تم اختيارها عشوائيا ونشرها في قطع صغيرة لمدة 12 شهرا لتوليد مجموعات استنساخية كافية لتجربة إجهاد الجفاف. ملاحظة: بمجرد تأكيد جينات nptII و DREB1A ، لم يتم إجراء تضخيم PCR إضافي.
دراسة تعبير DREB1A
تم تحديد التعبير النسبي ل DREB1A في الأوراق المجهدة لنباتات قصب السكر المعدلة وراثيا وغير المعدلة وراثيا باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي (qPCR). تم عزل إجمالي الحمض النووي الريبي من ~ 100 مجم من أنسجة الأوراق باستخدام كاشف الاستخراج وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة. تم التحقق من جودة الحمض النووي الريبي عن طريق الرحلان الكهربائي لهلام الاغاروز وقياسه باستخدام مقياس الطيف الضوئي. لكل عينة ، تم نسخ 2 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي عكسيا باستخدام مجموعة تخليق (كدنا) باتباع تعليمات المورد ، مع أوليجو (dT).
تم استخدام (كدنا) الناتج كقالب لتضخيم 188 نقطة أساس DREB1A باستخدام بادئات خاصة بالجينات: إلى الأمام 5'-ACAGAGGAGGTTCGTCGGAGA-3 ' والعكس 5'-GAGTCTCCAAGCCGAGTCAG-3'. احتوى كل تفاعل qPCR 25 ميكرولتر على 12.5 ميكرولتر من 2x SYBR Green qPCR Master Mix ، و 0.4 ميكرومتر من كل برايمر ، و 2 ميكرولتر من (كدنا) المخفف (~ 100 نانوغرام قالب) ، وماء خال من النوكلياز لرفع الحجم إلى 25 ميكرولتر. تم إجراء التفاعلات ثلاث مرات على جهاز تدوير حراري باستخدام البرنامج التالي: التمسخ الأولي عند 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ، تليها 40 دورة من 95 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 56 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، و 72 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، مع تمديد نهائي عند 72 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.
لتأكيد كفاءة وخطية تفاعلات qPCR ، تم إنشاء منحنى قياسي في البداية باستخدام تخفيفات تسلسلية 10 أضعاف من الحمض النووي البلازميد الذي يحتوي على جزء DREB1A المستنسخ. ومع ذلك ، لتحليل التعبير ، تم إجراء القياس الكمي النسبي باستخدام طريقة 2−ΔΔCt 37. كان جين الأكتين بمثابة مرجع داخلي ، وتم تطبيع مستوى التعبير عن DREB1A في كل خط معدل وراثيا إلى مستوى التحكم من النوع البري. تم جمع جميع قيمC t باستخدام إعدادات خط الأساس والعتبة الأوتوماتيكية الموصى بها بواسطة برنامج الأجهزة. تم قبول منحنيات الذوبان ذات القمم المفردة الحادة فقط ، مما يؤكد الخصوصية. كان الحمض النووي الريبي عالي الجودة وغير المتدهور ضروريا للقياس الكمي الدقيق. تم استبعاد عينات الحمض النووي الريبي غير النقية أو المتدهورة لتجنب المساس بموثوقية تخليق (كدنا) وتحليل التعبير الجيني النهائي.
دراسة التغيرات بوساطة DREB1A في قصب السكر: تجربة الإجهاد المائي20،34
بعد عام واحد ، زرعت ثلاث نسخ مكررة من خمسة أجزاء من قصب السكر (عقدتان / جزء) من النباتات المعدلة وراثيا وغير المعدلة وراثيا (النوع البري) على عمق 5 سم في أواني ترابية تحتوي على 18 كجم من التربة (ECe 1.34; ريال 2.72; درجة الحموضة 7.8). تم تطبيق ثلاثة أنظمة للإجهاد المائي: 100 و 80 و 60٪ FC (الجدول 2). تمت دراسة نشاط التمثيل الضوئي لقصب السكر (PN و E و gs) والعلاقات المائية النباتية (Ψw و Ψs و RWC) بعد 12 شهرا. لا تغير أنظمة المياه المعمول بها ، لأنها ستؤثر على اتساق العلاجات.
تحديد نشاط التمثيل الضوئي
بعد 180 يوما من الإجهاد المائي ، تم قياس معلمات تبادل الغازات - معدل التمثيل الضوئي (PN) ، ومعدل النتح (E) ، والتوصيل الفموي (gs) - في كل من نباتات قصب السكر المعدلة وراثيا والنباتات البرية باستخدام نظام التمثيل الضوئي المحمول باليد. تم أخذ القياسات بين الساعة 09:00 و 11:00 صباحا باستخدام الورقة الثالثة الموسعة بالكامل من أعلى كل نبات. تم إدخال الورقة المختارة برفق في حجرة الأوراق الشفافة المدمجة (3 سم2 منطقة المشبك) ، مما يضمن التلامس الكامل دون تجعد أو عائق. تم تسجيل الظروف المحيطة في الوقت الحقيقي بواسطة النظام ، بينما تم الحفاظ على شدة الضوء عند حوالي 1,000 ميكرولتر م 2 ثانية - 1 تحت أشعة الشمس الطبيعية. سمح للجهاز بالتوازن لمدة 30-60 ثانية حتى تم الحصول على قراءات الحالة المستقرة لامتصاص ثاني أكسيد الكربون2 وتبادل بخار الماء. تقوم المستشعرات الداخلية للجهاز تلقائيا بتسجيل درجة حرارة الورقة والرطوبة النسبية وتركيز ثاني أكسيد الكربون2 المحيط. لكل نمط وراثي ومعالجة ، تم تكرار القياسات على ثلاثة نباتات مستقلة بيولوجيا على الأقل ، وتم تخزين البيانات داخليا ثم تصديرها لاحقا لتحليلها. تم الحرص على الحفاظ على ظروف بيئية متسقة عبر النسخ المتماثلة لضمان موثوقية البيانات.
تحديد إمكانات المياه للأوراق والجهد التناضحي
تم تحديد إمكانات الماء (Ψw) للورقة الثالثة الموسعة بالكامل من أعلى النباتات باستخدام غرفة الضغط من نوع Scholander. ثم تم تجميد الأوراق عند -20 درجةمئوية في أنابيب 1.5 مل ، وتم استخدام عصارة الخلية التي تم الحصول عليها من الأوراق المجمدة لتحليل الجهد التناضحي (Ψs) باستخدام مقياس التناضح.
تحديد المحتوى المائي النسبي للأوراق
تم فحص المحتوى المائي لأوراق النبات المعدلة وراثيا والأوراق البرية بالتفصيل. تم قياس الأوزان الطازجة للأوراق ، وغمر الأوراق في الماء المقطر طوال الليل. بعد ذلك تم تسجيل الوزن المنتفخ للأوراق ، بينما تم تحديد الوزن الجاف عن طريق احتضان الأوراق عند 70 درجة مئوية لمدة 72 ساعة. تم حساب RWC الورقي باستخدام الصيغة التالية:

ملاحظة: لتحليل الجهد التناضحي بدقة باستخدام مقياس التناضح ، يجب تجميد الأوراق عند -20 درجة مئوية بمجرد تحديد إمكانات الماء.
سمات العائد
تم قياس سمات غلة قصب السكر في مرحلة الحصاد ، مثل ارتفاع القصب (سم) ، القطر ، عدد القصب القابل للطحن ، بريكس (٪) ، والكتلة الحيوية للبراعم والجذور.
التحليلات الإحصائية
تم إجراء التجارب الميدانية (التي تم التحكم فيها باستخدام سياج) باستخدام تخطيط تصميم كتلة كاملة عشوائية مع ثلاث نسخ مكررة لكل معالجة (خمسة نباتات لكل تكرار ؛ ن = 15). تم إجراء تحليل ثنائي الاتجاه للتباين لتحليل التغيرات في السمات الزراعية والفسيولوجية المختلفة عند مستوى معنوي P ≤ 0.05.