JoVE Encyclopedia of Experiments
علم الأعصاب
0 مشاهدات • 3:47 د • April 28th, 2025
ابدأ بالببتيدات المشتقة من حبيبات الميلانين العصبي (NMGs) المعزولة من أنسجة المخ البشري بعد الوفاة.
NMGs ، الموجودة في الخلايا العصبية المنتجة للدوبامين ، تحتوي على صبغة الميلانين العصبي والبروتينات والدهون.
خذ عمودا عالي الأداء للكروماتوغرافيا السائلة (HPLC) يحتوي على طور ثابت قائم على السيليكا يعمل بروابط كارهة للماء.
قم بتحميل الببتيدات على العمود.
ترتبط الببتيدات الكارهة للماء بالعمود بقوة أكبر من الببتيدات المحبة للماء.
تمرير مخزن مؤقت للشطف عبر العمود.
البتيدات الأقل كارهة للماء تتخلص أولا، بينما تتخلص الببتيدات الأكثر كارهة للماء لاحقا.
تدخل الببتيدات المملوءة بمصدر التأين بالرش الكهربائي لمطياف الكتلة، حيث يتم تأين إلى أيونات الببتيد المشحونة.
ثم تدخل الببتيدات المتأينة إلى محلل الكتلة، حيث يتم فصلها بناء على نسب الكتلة إلى الشحنة.
يتم توجيه أيون الببتيد المحدد إلى خلية التصادم ويتم تجزئته إلى أيونات أصغر ، يتم قياس نسب كتلتها إلى شحنتها مرة أخرى.
أخيرا ، تتم مقارنة البيانات بقاعدة بيانات مرجعية لتحديد البروتينات الموجودة في عينة NMG.
بعد إجراء الهضم الثقبي، كما هو موضح في النص، قم بإعداد العينة لتحليل HPLC-MS عن طريق إذابة 200 إلى 400 نانوجرام من عينة الببتيدات في حجم محدد قدره 0.1٪ TFA في مداخل قارورة زجاجية طيفية الكتلة الخاملة. إذا كان تحديد التركيز غير قابل للتطبيق بسبب انخفاض كمية العينة ، فتحقق من تحميل العينة المتطابق من خلال مقارنة إجمالي تيار الأيونات.
لبدء تحليل البيانات الأولية البروتينية، انقر فوق تحميل لتحميل الملفات الأولية في البرنامج. انقر فوق تعيين التجربة لتعيين أسماء العينات. لتحديد المعلمات الخاصة بالمجموعة ، أضف التعديلات عن طريق اختيار Deamidation NQ و Oxide M و Carbaminomethylation N-Term كتعديلات متغيرة. ثم أضف Carbaminomethylation C كتعديل ثابت. اختر التربسين كإنزيم هضم في علامة تبويب الهضم.
في علامة التبويب القياس الكمي الخالي من التسميات. أضف الخيار، LFQ. وإذا كان سيتم معالجة أكثر من 10 ملفات ، فاختر خيار LFQ السريع لتقصير وقت المعالجة. تأكد من بقاء جميع المعلمات الأخرى الخاصة بالمجموعة في إعدادات المصنع، انتقل إلى علامة التبويب المعلمات العامة، وأضف ملف FASTA المشتق من uniprot.org في علامة التبويب التسلسلات. قم بتعديل قاعدة المعرف وفقا لذلك ، وأضف معرف التصنيف 9606 ل Homo sapiens.
لقياس البروتين الكمي، اختر الببتيدات الفريدة والشفاقة. بعد ذلك ، أضف خيار iBAQ كمقياس لقياس البروتين في علامة التبويب القياس الكمي الخالي من الملصقات. تأكد من بقاء جميع المعلمات العامة الأخرى في إعدادات المصنع ، وانقر فوق ابدأ. بعد إجراء التحليل بنجاح ، استرجع مخرجات .txt لمجموعة البروتين.