عالية الإنتاجية تحليل صورة الأجسام الشبه الكروية ورم: A برمجيات صديقة للمستخدم التطبيق لقياس حجم الأجسام الشبه الكروية تلقائيا وبدقة

الهدف العام من التجربة التالية هو استخدام برنامج تحليل الصور عالي الإنتاجية لقياس حجم الورم ثلاثي الأبعاد S الذي تم تصويره باستخدام الفحص المجهري الساطع. ويتحقق ذلك عن طريق ترتيب جميع الصور أولا مع الستيرويد الورم 3D في هيكل الدليل الصحيح وأسماء الملفات لهذا البرنامج حجم الستيرويد. كخطوة ثانية الستيرويد, قياس تلقائيا يحسب حدود هذا الستيرويد استنادا إلى خوارزمية كفاف نشطة ويقيس حجم هذا الستيرويد.

بعد ذلك ، يتم إجراء مسح لمراقبة الجودة مصمم جيدا لضمان أفضل النتائج لكل صورة. بعد تحليل النتيجة في البيانات, يمكن توضيح نمو الستيرويد 3D تحت العلاج التجريبي. تتمثل الميزة الرئيسية لبرنامج الكمبيوتر هذا في أنه يدمج خوارزمية تحليل الصور الآلي القوي وسير عمل مراقبة الجودة لدعم تحليل الصور عالي الإنتاجية.

البرنامج يتسامح مع خلفية الصورة غير المتساوية أو الصاخبة. يقلل من العمالة بشكل ملحوظ ويسرع عملية التحليل. يعد تنفيذ البرنامج مفيدا للمنشطات الورم ثلاثية الأبعاد لتصبح نموذجا روتينيا في المختبر لشاشات المخدرات في كل من الصناعة والأوساط الأكاديمية.

يتطلب مقاس Sphe MATLAB مع صناديق أدوات معالجة الإشارات ومعالجة الصور. صندوق الأدوات الاختياري لاستخدامه هو المعالجة المتوازية التي تقوم بتنزيل حجم OID من خادم Rutgers وفك ضغطه إلى دليل التثبيت ، والذي ستكون مطلوبا في الخطوات اللاحقة. الآن قم بإعداد صورك.

أولا ، حدد دقة الصورة لنظام التصوير والمقياس المطلق للصورة بالميكرون لكل بكسل. في النهاية ، يجب أن يكون حجم كل صورة في التجربة هو نفسه. تأكد من تحويل أي تنسيقات ملفات صور خاصة إلى تنسيق ملف مقبول ، مثل TIFF أو jpeg.

الآن ، حفظ الملفات باستخدام أسماء ملفات محددة وبنية الدليل التي تتطلبها أسماء ملفات البرنامج يجب تسميتها حسب اللوحة والصف والعمود يجب ترتيب أدلة الملفات كتجربة واحدة لكل دليل مع دليل فرعي واحد لكل نقطة زمنية في التجربة. يجب أن تشترك كل صورة من كل لوحة في نقطة زمنية في دليل فرعي. ابدأ بفتح MATLAB وفي نافذة الأوامر ، توجه إلى دليل تثبيت sphe sizer.

ثم أدخل مقاس Sphe صفرا واحدا واضغط على العودة لتشغيل برنامج حجم OID هذا. انقر الآن فوق الزر "استعراض" في النافذة الجديدة وحدد الدليل المعد بجميع الصور من التجربة. ثم ضمن حقل نص المجلد ، حدد تبديل تضمين المجلدات الفرعية لمراقبة الجودة.

حدد خيار العرض أثناء الطيران. الخطوة التالية هي تحديد دقة الصور ، والتي يجب القيام بها حتى يتمكن البرنامج من تحويل وحدات البكسل إلى ملليمترات بشكل صحيح. في هذه المرحلة ، يمكن للمستخدم الدخول إلى القائمة المتقدمة للوصول إلى المزيد من الإعدادات في مربع الألوان الخاص هذا.

اتركه لا شيء لصور ثمانية بت أو 16 بت. إذا تم التقاط الصور بمعدل 12 بت. اختر 12 عرض سعر.

بعد إعداد جميع التكوينات بشكل صحيح ، ابدأ الحساب بالنقر فوق حساب أثناء إجراء الحساب لمجموعة الصور بأكملها. يتم عرض نتائج التجزئة الفردية على البرنامج أثناء التنقل عند اكتمال الحساب ، ويعرض جدول النتائج حجم ملف المجلد وطوله وعرضه ومفتاح تبديل صالح لجميع المجالات التي تم تحليلها. التبديل الصالح مخصص لمراقبة الجودة.

عندما ينقر المستخدم على أي خلية في جدول النتائج ، سيتم عرض الصور الأصلية ومراقبة الجودة على الجانب الأيمن للمراجعة ، وفحص جميع الصور بالتتابع باستخدام السهم لأسفل على لوحة المفاتيح. عند مواجهة حدود كروية مشبوهة ، قم بتحسينها بالنقر فوق التهيئة اليدوية على الصورة الأصلية. اسحب أداة القطع الناقص لتغطية الستيرويد بشكل أكثر دقة.

سيقوم جدول النتائج بتحديث القياسات وفقا لذلك. إذا فشل التهيئة اليدوية في العثور على الحدود المثلى للستيرويد المطلوب, ثم استخدام زر الرسم اليدوي لعرض الصورة الأصلية وتتبع حدود الستيرويد. إذا كانت الصورة لا تحتوي على ستيرويد صالح ، فما عليك سوى إلغاء تحديد مفتاح التبديل الصالح لتلك الصورة.

عند اكتمال مراقبة الجودة ، انقر فوق مربع تنسيق النتائج لحفظ النتائج. يمكن تكوين أسماء الملفات المصدرة في نافذة الخيار خيارات متقدمة إلى. ملف إخراج القائمة عبارة عن جدول محدد بعلامة تبويب يمكن أن يحتوي على جميع القياسات.

ملف إخراج التنسيق عبارة عن جدول محدد بعلامة تبويب وينظم قيمة الحجم في تنسيق اللوحة الأصلي لتحليل البيانات بسهولة ومرئية ونهائية. يمكن لمقاس Sphe اكتشاف حدود المجالات على الصور بقوة حتى في ظروف الصورة المختلفة غير المواتية. في بعض الأحيان, الكشف غير السليم عن هذا OID يحدث ثم أداة التهيئة اليدوية يعمل من خلال السماح للمستخدم بتحديد موقع وحجم هذا الستيرويد يدويا بشكل صحيح.

وفي الحالات القصوى, الستيرويد قد لا تكون مجزأة بشكل صحيح من تشتيت الانتباه والخلفية صاخبة تلقائيا أو مع أداة التهيئة اليدوية. وفي مثل هذه الحالات, يسمح البرنامج للمستخدم برسم حدود الستيرويد باليد وذلك لتوليد قياسات طولية وحجمية دقيقة. يتم التحقق من كفاءة البرنامج من خلال تحليل نفس المجموعة المكونة من 288 صورة عن طريق التحليل اليدوي مقابل أجهزة الكمبيوتر أحادية النواة ومتعددة النواة.

تحليل الصور أسرع بأكثر من 18 مرة لكل صورة باستخدام حجم الستيرويد من القياسات اليدوية لإثبات قابلية تكرار البرنامج. مجموعة من 24 تم تحليل الستيرويد ثلاث مرات بكل طريقة. عرض حجم الستيرويد الموضح باللون الأخضر تعدينا قياسيا أصغر في القياسات من التحليل اليدوي.

في تجربة جعلت ممكنة بمساعدة حجم الستيرويد نمو الورم ينظر إليها على أنها الستيرويد مع HSP 90 مثبطات وعلاجات كلادريبين. أظهرت النتائج أن العلاج المشترك قد يكون له تأثير مضاد للورم في الجسم الحي. تقدم هذه الدراسة سريعة, مرنة, برنامج فعال لتحديد دقيق لحجم المنشطات الورم 3D.

برنامج حجم المحرك سهل الاستخدام ويتطلب الحد الأدنى من مدخلات المستخدم. أثناء محاولة هذا الإجراء, من المهم أن نتذكر أن المنشطات يتم تصويرها في وسط الحقل دون لمس حافة الجدار. يجب التقاط جميع الصور تحت نفس الهدف وأن يتم تسمية جميع الملفات بشكل صحيح وترتيبها كما هو موضح في البروتوكول.