التحليل التمهيدي والتحقق من صحة بيانات تسلسل CUT &RUN

يستكشف بحثنا دور عناصر الحمض النووي المتكررة في بدء السرطان وتطوره. نسأل عما إذا كانت هذه العناصر متورطة بشكل مباشر في آليات بدء السرطان ، وإذا كان الأمر كذلك ، فهل يمكننا استخدام هذه المعلومات لتحسين نتائج المرضى. تم تطوير العديد من تقنيات التسلسل من الجيل التالي وخطوط الأنابيب التحليلية لالتقاط ميزة وتغيرات العوامل اللاجينية مثل تغيرات الكروماتين النسخي أو ما بعد الترجمة والارتباط عند التوطين المحدد على الكروماتين وتسلسل الحمض النووي أو الحمض النووي الريبي الذي يتم التقاطه بواسطة البروتين الدفاعي في كل من الدقة السائبة والخلية الواحدة.

التقنيات المستخدمة لتطوير البحث في مجالنا هي تلك التي يمكنها رسم خريطة للمواقع الجينومية للهيستونات المعدلة أو عوامل النسخ على الكروماتين. لأغراضنا ، فإن التقنية الأكثر صلة ضمن هذه المظلة من التقنيات هي تقنية تسمى CUT & RUN. تعد العديد من خطوط أنابيب تحليل CUT &RUN المتاحة للجمهور معقدة نسبيا بالنسبة للمبتدئين في المعلوماتية الحيوية الذين يرغبون في فهم تدفق التحليل وتطوير خط أنابيب التحليل الخاص بهم لمشروعهم.

لكن خط أنابيب تحليل CUT &RUN الخاص بنا تم تطويره بطريقة خطوة بخطوة بلغة برنامج واحدة ، والتي يسهل فهم التدفق وأسهل في التعديل للحصول على بيانات جودة النشر وبناء تجربة المعلوماتية الحيوية. نحن نركز بشكل أساسي على إيجاد إجابة حول كيفية تأثير تعبير الحمض النووي الريبي المزمن مزدوج الشريطة على التهرب من المحاكاة الحيوية ومعدلات العلاج المناعي في تطور السرطان ، وكيف يمكن لبروتين TP53 تنظيم تعبير الحمض النووي الريبي المزمن مزدوج الشريطة والتهرب من المحاكاة الحيوية. وفي النهاية ، نريد أن نفهم كيف يمكننا علاج السرطان المقاوم للعلاج المناعي من خلال فهم واستهداف تعبير الحمض النووي الريبي المزمن مزدوج الشريطة وعملية التهرب من المحاكاة الحيوية.