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Predictive Immune Modeling of Solid Tumors

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Washington University in St. Louis

Cofactor Genomics

&#x901A;&#x8FC7;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5341;&#x4E5D;&#x73AF;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x78F7;&#x9178;&#x7ED3;&#x5408;&#x57DF;&#x4ECE;&#x516D;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7ED3;&#x6784;&#x68C0;&#x67E5;&#x5E8F;&#x5217;&#x3001; &#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x987A;&#x5E8F;&#x7684;&#x5BF9;&#x9F50;&#x65B9;&#x5F0F;&#x548C;&#x901A;&#x8FC7; 3610 &#x540C;&#x6E90;&#x6A21;&#x578B;&#x751F;&#x6210;&#xFF0C;&#x4F1A;&#x4F5C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x672C;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x4EC5;&#x6709;&#x5F31;&#x5173;&#x7CFB;&#x529F;&#x80FD;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x3001; &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x548C;/&#x6216;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x786E;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x7279;&#x6743;&#x7684;&#x6A21;&#x677F;&#x7ED3;&#x6784;&#x53D1;&#x751F;&#x540C;&#x6E90;&#x5EFA;&#x6A21;&#x7684;&#x73AF;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x78F7;&#x9178;&#x7ED3;&#x5408;&#x57DF;&#x3002;&#x7279;&#x6743;&#x7684;&#x6A21;&#x677F;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF0C;&#x80FD;&#x591F;&#x521B;&#x5EFA;&#x7CBE;&#x786E;&#x5EFA;&#x6A21;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x6539;&#x8FDB;&#x540C;&#x6E90;&#x5EFA;&#x6A21;&#x534F;&#x8BAE;&#x3002;

&#x5E8F;&#x5217;&#x6216;&#x7ED3;&#x6784;&#xFF1A; &#x4F7F;&#x7528;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x548C;&#x540C;&#x6E90;&#x5EFA;&#x6A21;&#x4E86;&#x89E3;&#x8425;/cGMP &#x7ED1;&#x5B9A;&#x57DF;&#x4E2D;&#x7684;&#x51FD;&#x6570;&#x5173;&#x7CFB;&#x3002;

The relationship between sequence, structure, and function is examined by comparing nineteen cyclic nucleotide monophosphate binding domains of known structure from six different functional families. Comparisons are made by structure and sequence alignment and through the generation of 3610 homology models. This analysis suggests there are only weak relationships between functional families, sequence, and/or structure. However, we have identified that for cyclic nucleotide monophosphate binding domains privileged template structures occur for homology modeling. The existence of privileged template structures, capable of creating accurate modeling for a broad family of proteins, may lead to improved homology modeling protocols.

Sequence or structure: using bioinformatics and homology modeling to understand functional relationships in cAMP/cGMP binding domains.

La relation entre la s&#xE9;quence, la structure et la fonction est examin&#xE9;e en comparant dix-neuf domaines monophosphate cyclique de liaison nucl&#xE9;otidique de structure connue de six diff&#xE9;rentes familles fonctionnelles. Des comparaisons sont faites par la structure et l&#x26;#39;alignement de s&#xE9;quences et &#xE0; travers la g&#xE9;n&#xE9;ration de 3610 mod&#xE8;les par homologie. Cette analyse sugg&#xE8;re qu&#x26;#39;il ya seulement la faiblesse des relations entre les familles fonctionnelles, les s&#xE9;quences et / ou la structure. Toutefois, nous avons d&#xE9;termin&#xE9; que pour cycliques domaines nucl&#xE9;otide monophosphate contraignantes structures mod&#xE8;les privil&#xE9;gi&#xE9;s se produire pour la mod&#xE9;lisation par homologie. L&#x26;#39;existence de structures de mod&#xE8;les privil&#xE9;gi&#xE9;s, capables de cr&#xE9;er une mod&#xE9;lisation pr&#xE9;cise pour une grande famille de prot&#xE9;ines, peut conduire &#xE0; l&#x26;#39;am&#xE9;lioration des protocoles de mod&#xE9;lisation par homologie.

S&#xE9;quence ou de structure: Utilisation de la bioinformatique et la mod&#xE9;lisation par homologie de comprendre les relations fonctionnelles au camp / cGMP domaines de liaison

Die Beziehung zwischen Sequenz, Struktur und Funktion wird durch den Vergleich von neunzehn zyklische Nukleotid Monophosphat Bindung Dom&auml;nen der bekannten Struktur aus sechs verschiedenen funktionalen Familien untersucht. Vergleiche werden durch Struktur und Reihenfolge Ausrichtung und durch die Erzeugung von 3610 Homologie-Modelle hergestellt. Diese Analyse schl&auml;gt vor, es gibt nur schwache Beziehungen zwischen funktionalen Familien, Sequenz und/oder -Struktur. Jedoch haben wir, die f&uuml;r zyklische Nukleotid-Monophosphat-Bindung-Dom&auml;nen identifiziert, die privilegierten Vorlage Strukturen f&uuml;r Homologie Modellierung auftreten. Die Existenz von privilegierten Vorlage Strukturen erzeugen genaue Modellierung f&uuml;r eine breite Familie von Proteinen, kann zu verbesserter Homologie Modellierung Protokolle f&uuml;hren.

Reihenfolge oder Struktur: mit Hilfe der Bioinformatik und Homologie Modellierung um funktionelle Beziehungen in cAMP/cGMP-Bindung Dom&auml;nen zu verstehen.

La relazione tra sequenza, struttura e funzione &egrave; esaminata confrontando diciannove domini di associazione monofosfato di nucleotide ciclico della struttura conosciuta da sei famiglie funzionali differenti. I confronti sono fatti di allineamento di sequenza e struttura e attraverso la generazione di modelli di omologia 3610. Questa analisi suggerisce che ci sono solo deboli relazioni tra famiglie funzionali, sequenza e/o struttura. Tuttavia, abbiamo identificato che per i domini di associazione monofosfato nucleotide ciclico strutture modello privilegiato si verificano per la modellazione di omologia. L&#39;esistenza di strutture modello privilegiato, capace di creare accurata modellazione per una vasta famiglia di proteine, pu&ograve; portare a maggiore omologia protocolli di modellazione.

Sequenza o struttura: utilizzare bioinformatica e modellistica di omologia per comprendere relazioni funzionali in domini di associazione cAMP/cGMP.

&#x914D;&#x5217;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3068;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306F;&#x3001;6&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x5BB6;&#x65CF;&#x304B;&#x3089;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x69CB;&#x9020;&#x4F53;&#x306E;19&#x74B0;&#x72B6;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x4E00;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x7D50;&#x5408;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x691C;&#x8A0E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x3001;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x914D;&#x5217;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3055;&#x3068;3610&#x30DB;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x751F;&#x6210;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x884C;&#x308F;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x5BB6;&#x65CF;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;/&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x306F;&#x5F31;&#x3044;&#x95A2;&#x4FC2;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x72B6;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x4E00;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x7D50;&#x5408;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x7279;&#x6A29;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x69CB;&#x9020;&#x306F;&#x3001;&#x30DB;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x7279;&#x6A29;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x69CB;&#x9020;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x304C;&#x3001;&#x6539;&#x5584;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30DB;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x914D;&#x5217;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x69CB;&#x9020;&#xFF1A;CAMP / cGMP&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9;&#x3068;&#x30DB;&#x30E2;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;

6 &#xAC1C;&#xC758; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xAC00;&#xC871;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; 19 &#xC8FC;&#xAE30;&#xC801; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; monophosphate &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778;&#xC744; &#xBE44;&#xAD50; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;, &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xAD00;&#xACC4;&#xB97C; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBE44;&#xAD50; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xC21C;&#xC11C; &#xC815;&#xB82C; &#xBC0F; 3610 homology &#xBAA8;&#xB378;&#xC758; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5B4;&#xC9D1;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBD84;&#xC11D;&#xB9CC; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xAC00;&#xC871;, &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;, &#xB610;&#xB294; &#xAD6C;&#xC870; &#xAC04;&#xC758; &#xC57D;&#xD55C; &#xAD00;&#xACC4;&#xB294; &#xB098;&#xC654;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC8FC;&#xAE30;&#xC801; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; monophosphate &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAD8C;&#xD55C; &#xD15C;&#xD50C;&#xB9BF; &#xAD6C;&#xC870; homology &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC81C;&#xD488;&#xAD70;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xB9CC;&#xB4E4; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAD8C;&#xD55C;&#xC774; &#xC788;&#xB294; &#xD15C;&#xD50C;&#xB9BF; &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;&#xB294; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1; &#xD5A5;&#xC0C1;&#xB41C; homology&#xB85C; &#xC774;&#xC5B4;&#xC9C8; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB610;&#xB294; &#xAD6C;&#xC870;: &#xC0DD;&#xBB3C; &#xC815;&#xBCF4;&#xD559; &#xBC0F; &#xC0C1; &#xB3D9; &#xBAA8;&#xB378;&#xB9C1;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xCEA0;&#xD504;/cGMP &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xAD00;&#xACC4;&#xB97C; &#xC774;&#xD574; &#xD558;.

La relaci&#xF3;n entre la secuencia, estructura y funci&#xF3;n se examin&#xF3; mediante la comparaci&#xF3;n de diecinueve dominios c&#xED;clicos nucle&#xF3;tidos monofosfato de uni&#xF3;n de estructura conocida a partir de seis familias funcionales diferentes. Se hacen comparaciones por la estructura y la alineaci&#xF3;n de secuencias y mediante la generaci&#xF3;n de 3610 modelos de homolog&#xED;a. Este an&#xE1;lisis sugiere que s&#xF3;lo hay debilidad de las relaciones entre las familias funcionales, la secuencia, y / o estructura. Sin embargo, hemos identificado que para dominios monofosfato c&#xED;clico de uni&#xF3;n de nucle&#xF3;tidos estructuras privilegiadas de la plantilla se producen para el modelado de homolog&#xED;a. La existencia de estructuras de plantilla privilegiados, capaces de crear modelos precisos de una amplia familia de prote&#xED;nas, puede conducir a la mejora de los protocolos de homolog&#xED;a de modelado.

Secuencia o estructura: El uso de la bioinform&#xE1;tica y el modelado de homolog&#xED;a para entender las relaciones funcionales en CAMP / cGMP DOMINIOS DE UNI&#xD3;N

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Publication title Cited by 5	2011
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Natalie A. LaFranzo

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