本视频记录了从水体中对微生物生物量进行小体积（约1 L）过滤的过程。
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摘要
摘要
工作流程始于采集近海海水样品，用于后续的微生物群落、营养盐和痕量气体分析。本次演示的样品采自位于萨尼奇湾（Saanich Inlet）运行的 HMS John Strickland 船只甲板上。本视频记录了从水体中过滤获取小体积（约 1 L）微生物生物量的过程。该方案是此前所述大体积采样方案的延伸，主要区别在于：此处省略了预过滤步骤，因此所有尺寸类别的生物量均被收集，直至 0.22 μm 滤膜的截留极限。此类样品特别适用于核酸分析。装置准备、过滤和清洁步骤各需约 20 至 30 分钟。若同时使用两台蠕动泵，可同时处理多达 8 个样品。为防止采样间隔期间形成生物膜，所有过滤设备在使用后必须立即用稀盐酸和去离子水冲洗，并进行高压灭菌处理。
方案
- 过滤装置的设置
- 过滤前，先擦去满瓶外表面的冷凝水，并称重。
- 将一个灭菌桶放在泵的一侧，废液瓶放在另一侧。
- 然后将一个装满样品的瓶子放入灭菌桶中；但此时不要打开瓶盖。
- 将管路穿过蠕动泵，使管路的鲁尔端插入废液瓶中。
- 使用镊子取下无菌25 ml移液管中的棉塞，并将该移液管连接到管路的另一端。
- 海水过滤
- 开始过滤海水时，打开瓶盖并插入移液管。启动泵并将流速设为1。观察确保水流方向正确。
- 让约100 ml水通过整个管路系统。
- 关闭泵，并将Sterivex滤器连接到管路自由端的雄性鲁尔接头上。
- 继续过滤，直至瓶中无剩余海水。
- 滤器的保存
- 为保存滤器，首先用30–60 ml注射器排出残留的水分。
- 用Parafilm封住Sterivex滤器底部。使用移液管向滤器中加入1.8 ml裂解缓冲液，保留约200 µl空间，以便后续加入试剂。
- 然后用一小块Parafilm密封Sterivex滤器顶部，并用日期和样品编号标记滤器。
- 将滤器置于预先标记好的50 ml离心管中，于-80°C保存。
- 清理工作
-
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讨论
使用后必须用湿毛巾擦拭工作台和泵，以清除残留的盐水痕迹，否则会腐蚀设备。尽管该操作步骤简单，但所需时间可能较长，具体取决于待过滤样品中生物量或碎屑的浓度。
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披露
作者无任何利益冲突需要披露。
致谢
我们感谢加拿大创新基金会、不列颠哥伦比亚知识发展基金以及加拿大自然科学与工程研究委员会（NSERC）对沿海和开阔海域低氧区域持续研究工作的支持。D.A.W. 获得了来自NSERC、Killam以及由TULA基金会资助的微生物多样性与进化研究中心提供的博士后奖学金支持。
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材料
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 蠕动泵 | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | |
| Tygon LFL 软管 | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | 用于过滤装置 |
| 软管夹 | Cole-Parmer | 0683204 | 用于过滤装置 |
| 1/4” x 3/16” 管道接头 | Cole-Parmer | 31702-20 | 用于过滤装置 |
| 聚丙烯预滤器外壳 | ADVANTEC | 501200 | 用于过滤装置 |
| 金属鲁尔接头（软管端转雄性鲁尔锁） | Cole-Parmer | 31507-27 | 用于过滤装置 |
| 2“ 磁铁 | 用于过滤装置 | ||
| 三口瓶盖 | 用于过滤装置 | ||
| GV 0.22 μm STERIVIX 滤器 | EMD Millipore | SVGV01R5 | |
| 直径 47 mm、孔径 2.7 μm 的 GF/D 滤膜 | Whatman, GE Healthcare | 1823047 | |
| 裂解缓冲液 | 0.75 M 蔗糖，40 mM EDTA，50 mM Tris (pH 8.3) | ||
| 0.1 % HCl | 用于过滤后冲洗 | ||
| 高压灭菌水 | 用于过滤后冲洗 |
重印与许可
