使用微阵列的细菌基因表达分析

Protocol

逆转录反应

关闭加热块到70-80 ° C和42 ° C。水浴也可以用在这一步。如果使用加热块，放一些水，使热量均匀。

1. 底漆反应
   1. 取3微克的RNA
   2. 调整音量与核糖核酸酶自由水至13μL
   3. 加入2.5μL的六聚体随机引物（2mg/mL）
2. 搅拌均匀，在70-80℃孵育8分钟。然后，放置在冰浴5分钟。
3. 准备RT鸡尾酒（14.5μL/ RXN）:
   
   

   组件	卷
   5X第一链缓冲	6μL
   0.1中号数码地面电视	3μL
   25X aminoallyl dNTP混合液	1.2μL
   标II RT（200U/μl）	2.3μL
   水	2.0μL

   
   * n个反应，准备为n等分0.5鸡尾酒法师组合，以保证你不会用完。
   
   
4. 加入14.5μL冷却反应。
5. 混合（不要旋涡），并在42 ° C孵育3-4小时
6. 如有必要，样品可以储存在-20 ° C。

水解的RNA

1. 每个样品中，添加3μL的1 N NaOH和0.6μL0.5 M EDTA。 （最后conc.s = 100MM 10MM EDTA的氢氧化钠，）
2. 混合并孵育65 ° 10分钟。
3. 加入33.6μL1M HEPES中性，pH值= 7.0（终浓度.= 500MM HEPES）
4. 样品可以储存在-20 ° C，如有必要。

反应净化:清除非法人AA -的dUTP和自由胺

注 :此净化协议是从Qiagen公司的QIAquick PCRpurification套件协议的修改。 Qiagen公司提供的缓冲区，因为Qiagen公司的缓冲区包含自由竞争与CY染料偶联反应的胺取代磷酸盐的洗涤和洗脱缓冲液。也可用于从小型预习套件列。

1. 300μL（或5X反应体积= 336μL）缓冲液PB（QIAGEN提供）混合cDNA反应，并转移到QIAquick列。
2. 将在2 ml收集管中柱（QIAGEN提供）离心1分钟〜13000 RPM。清空收集管。
3. 要洗净，加750μL磷酸盐缓冲液洗（不Qiagen公司）列和离心1分钟〜13000 RPM。
4. 清空收集管，重复750μL洗涤和离心步骤。
5. 清空收集管，并以最大的速度增加1分钟离心列。
6. 列转移到一个新的1.5 ml离心管，小心地添加30μL磷酸盐洗脱缓冲液。 （见溶液的制备部分）
7. 孵育1分钟室温。
8. 1分钟〜13000 RPM离心洗脱。
9. 第二次（与其他磷酸盐洗脱缓冲液30μL）重复步骤6-8到同一管流出。最终洗脱体积应〜60μL。
10. 在这个阶段，可以量化的cDNA量:
    吴的cDNA =（稀释倍数）（OD260）（37）（总量列洗脱）
11. 干样的速度在45 VAC ° C。
12. 如有必要，样品可以储存在-20 ° C。

耦合AA基因CY染料酯

1. 悬浮aminoallyl标记的cDNA 10μL50毫米钠碳酸氢盐，pH值= 9.0，如果必要的。 （此缓冲区应该是新鲜，每两个星期）
2. 在黑暗的地方工作，加上适当的Cy染料管探头。吸取最多几次悬浮染料。
3. 反应在室温避光孵育1小时。 （孵化可以去两个小时）

反应净化:去除耦合染料

1. 添加35μL100毫米NaOAc pH值5.2的反应。调匀。
2. 加入250μL（或5X反应体积= 225μL）缓冲区PB（QIAGEN提供）上下吹打每个样品和混合。
3. 将在2毫升收集管QIAquick离心柱（QIAGEN提供），适用于样品列，离心1分钟〜13000。清空收集管。
4. 要洗净，加0.75 mL缓冲液PE（QIAGEN提供）1分钟〜13000列和离心机。
5. 重复步骤4。
6. 空集合管和离心机以最大的速度增加1分钟的列。
7. 地点列在一个干净的1.5 ml离心管，小心地加入30μl的缓冲液EB（QIAGEN提供）列膜的中心。
8. 孵育1分钟室温。
9. 1分钟〜13000 RPM离心洗脱。
10. 重复第二次到同一管流出步骤7-9。最后的洗脱体积应〜60μL。

标记反应分析

在这个阶段可以量化的cDNA量和标签:

• 测量外径260，550和650（空白是水。）使用nanodrop的芯片方案。
• 计算pmol染料掺入pmol的DNA与国统会/染料的比例给予下面公式:
  
  pmol核苷酸= [OD260 *量（μl）* 37毫微克/μL* 1000皮克/ NG] / 324.5 PG / pmol

注 :1 OD260 = 37纳克/μLcDNA的; 324.5 pg / pmol的一个dNTP的平均分子量）
pmol Cy3标记= OD550 *量（μl）/ 0.15
pmol Cy5的量（μl）/ 0.25 = OD650
核苷酸/染料比率= pmol的cDNA / pmol赛扬染料

如果您正在使用nanodrop的，它已经给每个染料pmol /μL。你只需要这个数字乘以数量得到总pmo​​l染料掺入。

注 :> 150-200 pmol染料掺入每个样品的比例小于20个核苷酸/染料分子杂交的最佳选择。

• 在黑暗的样品可以储存在-20 ° C。
  • 结合探针杂交在一起，干倒在Speed​​Vac在42 ° C。
  • 样品可以储存在-20 ° C，直到准备来HYB。

前HYB幻灯片

1. 放置滑面，跌幅超过RT 100毫升水3-5分钟，在一个干净的红色幻灯片持有人
2. 对齐干，放置在100℃加热块面对几秒钟的幻灯片 - 手表凝结消失
3. 紫外光交联在250 mJoules幻灯片（紫外线交联剂输入2500）
4. 预热42℃的热水中浸渍水合物的幻灯片。旋转700 RPM在室温5分钟。
5. 孵育于50ml Coplin JAR幻灯片包含至少45分钟的预热预HYB（5XSSC，1％BSA，0.1％SDS）@ 42 ° C，并且潜伏期可以去如果必要的时间。
   
   50毫升HYB前缓冲区:12.5毫升20X SSC，10毫升5％BSA，0.5毫升10％SDS，27 mL水
   
   
6. DIP幻灯片和预热水（42℃）搅拌几分钟删除前HYB缓冲区。
7. 异丙醇冲洗和旋转700 RPM，室温，干燥5分钟。

准备样品杂交

1. 悬浮在水中的探头（卷下面给出）
   
   

   对于总卷。 =30μl	对于总卷。 =35μl	总卷.=40μl
   19.8μL水	23.55μL水	27.2μL水
   1.5μL	1.5μL	1.5μL	10毫克/毫升的鲑鱼精子DNA（Invitrogen公司）
   1.2μL	1.2μL	1.2μL	12.5毫克/毫升的tRNA
   4.5μL	5.25μL	6μL	20XSSC（3X最后）
   3μL	3.5μL	4μL	1％SDS

   
   注 :此外试剂的顺序是很重要的。不要准备预混。
   
   
2. 煮沸5分钟，然后旋转14000转5分钟。室温2分钟冷却。

杂交

1. 加入10-12μl的3倍SSC的每个边缘和中间的杂交室井。
2. 添加清洁升降机滑幻灯片的适当区域，并在杂交液轻轻加载（30 -40μL）。应该有额外的样品任盖玻片边缘。
3. 放置在会议厅内的幻灯片。拧紧螺钉和​​地方在65℃水浴过夜。不要直接放在水浴底部的腔。至上腔顶部放置一个块保存一切就绪。继续水浴盖子保护光敏感的样品。

HYB洗

1. 准备以下的缓冲区:
   • 1X SSC，0.05％SDS
   • 0.06 X SSC
2. 孵化后启封杂交室。从试验箱中取出的幻灯片，小心不要打扰盖玻片。
3. 要删除盖玻片，淹菜中含有温暖1X SSC，0.05％SDS的缓冲液洗盖玻片面临的菜底部的幻灯片。盖玻片会脱落移动幻灯片一边到另一边。
4. 盖玻片后取出，放置在一个温暖1XSSCm 0.05％SDS的机架新鲜浴的幻灯片。鼓动几分钟
5. 将幻灯片加上机架0.06 X SSC洗澡。
6. 幻灯片传输到另一个BA日的0.06 X SSC包含一个新的机架，在纸巾上的印迹幻灯片之前删除尽可能多的SDS含缓冲区尽可能放置在新鲜浴。
7. 搅拌几分钟的幻灯片。
8. 立即在室温下自旋为5分钟700转，然后幻灯片准备扫描。商店在黑暗中，直到扫描。

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
AA-dUTP		Sigma-Aldrich	A0410	5-（3-氨基烯丙基）-2'脱氧尿嘧啶-5'-三磷酸
dNTP		Amersham	27-2035-01	100 mM dNTP Set PCR 级
随机 Hexamer 引物		Amersham	27-2166-01	3mg/mL
SuperScript III RT		Invitrogen	80800444	200U/μL
CyDye™		Amersham	RPN5661	标记后反应染料包
QIAquick		Qiagen	28104	PCR 纯化试剂盒
1 M K2HPO4
1 M KH2PO4
1 M KPO4	缓冲液			要制备 1M 磷酸盐缓冲液（KPO4，pH 8.5-8.7）混合：9.5 mL 1M K2HPO4 和 0.5 ml 1M KH2PO4
磷酸盐洗涤缓冲液				对于 100 mL 磷酸盐洗涤缓冲液（5 mM KPO4，pH 8.0,80% EtOH）混合物：0.5 ml 1 M KPO4 pH 8.5 + 15.25 mL MilliQ 水 + 84.25 mL 95% 乙醇。洗涤缓冲液会略微混浊。重要提示：磷酸盐洗涤缓冲液应每天制备。
磷酸盐洗脱缓冲液	缓冲液			用无菌水稀释 1 M KPO4，pH 值 8.5 至 4 mM
碳酸钠缓冲液				（Na2CO3）：0.5 M，pH 值 9.0。将 4.2 g NaHCO3 溶于 80 mL 无菌水中，并用 10 N NaOH 将 pH 值调节至 9.0;用无菌水将体积提高至 100 mL。要制备 50 mM 染料偶联反应溶液，请用水以 1：10 稀释。注意：碳酸盐缓冲液的成分会随着时间的推移而变化;每隔几周到一个月让它新鲜一次。