RNA干扰(RNAi)是揭示基因功能的极为重要的工具。然而,在主要的人类疟疾传播媒介冈比亚按蚊(Anopheles gambiae)中,利用RNAi在成虫前阶段靶向基因的能力受到限制。本文描述了一种通过在蛹期发育阶段直接注射实现基因功能下调的RNAi实验方案。
RNA干扰(RNAi)是揭示基因功能的极为重要的工具。然而,在主要的人类疟疾传播媒介冈比亚按蚊(Anopheles gambiae)中,利用RNAi在成虫前阶段靶向基因的能力受到限制。本文描述了一种通过在蛹期发育阶段直接注射实现基因功能下调的RNAi实验方案。
RNA干扰(RNAi)是真核生物中一种自然发生的现象,作为一种反向遗传学技术,可在实验室中用于功能基因组学研究,具有极高的应用价值。通过该技术选择性地敲低特定基因,研究人员能够通过评估功能缺失表型,快速揭示多种生物中大量基因的生物学功能。在主要的人类疟疾传播媒介中 Anopheles gambiae,目前用于降低靶基因功能的主要方法是将双链RNA(dsRNA)注射到成蚊的血腔中。尽管该方法已取得成功,但在成蚊中进行基因敲低会排除对在未成熟阶段表达并可能发挥功能的基因,以及在成蚊中仅于少量细胞中表达的基因的功能评估。本文描述了一种注射方法 丝氨酸蛋白酶抑制剂 2 (SRPN2) 在蛹发育早期阶段注射 dsRNA,并通过检测目标蛋白水平降低以及黑化假性肿瘤的形成来验证 SRPN2 蛋白的表达敲低 SRPN2 敲低成蚊。这种明显的表型此前已有报道,见于成虫阶段的基因敲低研究 SRPN2 功能,并通过以下方式重现了这种成年表型 SRPN2 在蛹期发育阶段启动基因敲低。当与染料标记的dsRNA溶液联合使用时,该技术可通过简单的光学显微镜观察,直观评估注射质量及dsRNA在血腔中的分布情况。
疟疾是一种由蚊子传播的传染病,每年影响数以百万计的个体。世界卫生组织(WHO)报告称,2013年约有58.4万人死于疟疾,其中78%为五岁以下儿童1。引起人类疟疾的病原体是属于Plasmodium属的顶复门寄生虫,通过雌性按蚊(Anopheles)在人类宿主之间传播。当蚊子从感染者体内吸血时获得病原体,随后在下一次吸血过程中将具有感染性的寄生虫注入未感染的个体体内,从而完成传播。在Anopheles属中,Anopheles gambiae是传播能力最强的物种,也是撒哈拉以南非洲地区最主要的疟疾传播媒介1-3。
目前,通过使用杀虫剂来控制蚊媒仍是降低人类疟疾负担的主要方法。尽管自20世纪60年代以来杀虫剂的使用已被证明极为有效,但杀虫剂抗性的上升促使人们需要开发新型杀虫剂和替代性的媒介控制策略4-7。2010年,向世界卫生组织报告的63个国家中有49个报告了疟疾媒介中存在杀虫剂抗性现象1。此外,IR Mapper工具利用同行评审文献评估非洲热带地区的抗性数据,报告指出在2001年至2012年期间,蚊媒对拟除虫菊酯类和滴滴涕(DDT)的抗性分别上升了46%和27%7。
RNA干扰(RNAi)于20世纪90年代初被发现,是一种可用于使矮牵牛植物中的基因失活的技术8,9 以及在真菌中 Neurospora crassa9,10不久之后,1998年,RNAi 首次被报道于 秀丽隐杆线虫 通过注射或饲喂方法引入反义RNA或双链RNA(dsRNA),以在动物模型中降低基因表达水平9,11自发现以来,RNAi 通过一种高度选择性的转录后基因沉默机制,使研究人员能够利用反向遗传学快速探究目的基因的功能作用,从而彻底改变了功能基因组学的研究。在某些生物体中,例如 黑腹果蝇,表达干扰RNA构建体的转基因生物在基因敲低(KD)中已得到广泛应用并取得显著成功。尽管转基因在 An. gambiae 由于RNAi已被应用并可能适用于大规模筛选,而转基因蚊株的构建则既费时又费力,通常需要两到三个月才能从目标基因的鉴定完成合适的转基因品系的建立12目前,基因敲低(KD)的主要方法是 An. gambiae 通过在成虫阶段将针对特定基因的dsRNA注射到血淋巴中实现12,13该过程通常需要约一个月即可完成从目标基因的鉴定到基因敲低效果的评估,相较于转基因方法显著更快。12. 近期已建立了幼虫阶段的RNAi方法 An. gambiae 和 埃及伊蚊 通过纳米颗粒喂养14-17 或通过口服基于微藻的dsRNA分子18,为发育早期阶段的功能基因组学分析提供了机会。在直接注射、饲喂和纳米颗粒递送方法中,dsRNA 由靶细胞自主摄取,并被 Dicer 酶切割成 21-25 个核苷酸长度的片段 "小干扰RNA" (siRNAs)19,20这些siRNA随后被整合到RNA诱导的沉默复合体(RISC)中,其中一条链将被丢弃,使与RNA结合的RISC复合体能够结合并切割靶mRNA,从而降低其水平并抑制其翻译。19,20.
蚊子生物学中的许多内在特征会调节其媒介能力,包括宿主偏好(例如,嗅觉、味觉)、交配、繁殖和免疫。鉴于这些生物学过程的重要性,通过遗传或药理学手段对其进行调控,可能为媒介控制提供新的机遇,包括克服杀虫剂抗性,并为更广泛整合的媒介管理策略提供新工具。利用功能基因组学来评估调控这些内在生物学特征的基因功能,将有助于发现新的靶点,并加深我们对如何有效开发更高效防控策略的理解。本文描述了一种在冈比亚按蚊(An. gambiae)蛹期启动RNA干扰(RNAi)的快速注射方法。我们观察到,在蛹期注射RNAi触发物,可在成虫早期阶段即观察到相应的表型,即比在成虫羽化后才启动基因沉默更早地观察到效应。该方法可实现从蛹期发育阶段开始并延续至成虫阶段的基因沉默,使得在蛹期发育过程中启动的基因沉默能够持续存在,并影响成虫早期血淋巴可及的细胞类型,以及在变态过程中比在成虫中更易被血淋巴接触的细胞类型,例如成虫羽化后附肢中所含的感觉神经元。
1. 合成与制备dsRNA
2. 准备快绿FCF染料(FGD)管
3. 拉制注射针头
4. 准备注射站
5. 收集蛹用于注射
6. 双链RNA注射
7. 注射后条件
8. 评估基因敲低效果
在蛹期早期(表皮鞣化程度较低时)进行注射,可获得最佳的基因敲低(KD)效果(图1A,左图;1B)。注射后蛹死亡率随表皮鞣化和硬化程度增加而升高,通常在发育24小时后更为明显(图1A,中图和右图)。蛹的发育速率可能因昆虫饲养条件和个体密度不同而有所差异24,25;因此,最好通过肉眼观察色素沉积情况来判断发育阶段。
注射过程中,将毛细玻璃针以约30°的角度从前向后插入昆虫背部体壁(图2A)。当针头插入并注入dsRNA和0.01%(w/v)FGD后,可见染料在血淋巴中广泛分布(图2B)。
对注射了0.01%(w/v)FGD的蛹进行成虫羽化评估,结果显示平均羽化率为70%,而未注射对照组的羽化率为96.7%(图3A)。值得注意的是,在大量未能存活的蚊虫中观察到从蛹壳部分羽化的现象(图3B)。注射个体在羽化时间上未表现出延迟(图4A),且对任一性别均无偏向性影响(图4B)。对成虫羽化后存活情况的进一步评估持续至羽化后第10天,结果显示对羽化后成虫的存活无明显影响(图4C)。
通过SRPN2基因敲低相关的黑色素假性肿瘤(深色色素组织簇)表型作为敲低的阳性对照,以及dsLacZ注射后无相关表型作为阴性对照,来评估敲低效果的质量21,22。注射后第8天(出蛹后第6-7天)对羽化的成蚊进行评分。在93.5%的dsSRPN2成蚊中可通过表皮观察到黑色素假性肿瘤(图5A和5B),而在dsLacZ成蚊中则未观察到(0%)(图6A)。解剖色素斑块后可识别出深黑色素化组织的簇集(图5C)。假性肿瘤最早在出蛹后第3天即可在成蚊表皮上观察到,且在部分dsSRPN2个体的血淋巴和肠道组织中也存在(数据未显示)。在注射后第5天(成蚊早期阶段),dsSRPN2组血淋巴蛋白提取物中的SRPN2水平显著降低,而dsLacZ组或未注射组则无此变化(图6B)。

图 1:蛹期注射dsRNA的发育阶段选择。 在蛹发育早期注射dsRNA可获得最佳存活率,并顺利进入成虫阶段。在化蛹后0–24小时内,可见较低程度的表皮色素沉积(A,左图;B)。若在注射前蛹体表皮已发生硬化变暗(A,中图和右图),则导致中等至较差的存活率。

图 2:染料标记的 dsRNA 的注射位置及分布情况。(A)以约 30° 角度,从前向后方向,将染料标记的 dsRNA 注射至背侧表皮。(B) 染料在蛹期血淋巴中明显分布。dsRNA 注射体积为 138 nl,含 0.01% FGD (w/v) 标记。

图3:注射后的成虫羽化情况。(A)注射0.01% FGD(w/v)的蛹中,有70%成功羽化(n = 60),而未注射对照组的羽化率为96.7%(n = 60)。实验共进行三次生物学重复。(B)大量未能存活的蚊虫表现出蛹壳部分羽化现象。误差条表示均值的标准误(SEM)。

图4:羽化率、性别评估及成虫存活率。(A)蛹期注射0.01% FGD后,羽化时间与未注射蛹相比无显著差异(24小时:80%,48小时:20%);未注射蛹为24小时83%、48小时17%。(B)注射0.01% FGD的蛹羽化出的成虫中,雌雄比例相近(雌性48%,雄性52%),未注射蛹羽化个体中亦观察到类似比例(雌性52%,雄性48%)。(C)生存分析显示,注射0.01% FGD对成虫存活率无显著影响,观察期至羽化后第10天。数据来自三次独立实验,包括注射0.01% FGD的蛹(n = 60)和未注射蛹(n = 60),雌雄数量相等。误差线表示均值标准误(SEM)。

图5:假肿瘤阳性对照表型反映基因敲低成功。 在注射dsSRPN2的成年蚊子中,第8天观察到(A)腹部和(B)胸部体壁出现假肿瘤,而注射dsLacZ的蚊子未见此现象。(C)体壁高倍放大(400X)图像(a)及色素斑块解剖(b)显示大量深黑色素化细胞聚集。

图6:假性肿瘤形成情况及SRPN2蛋白水平下降的定量分析。(A)蛹期注射后,93.5%的dsSRPN2成虫(n = 21)出现假性肿瘤,而dsLacZ对照组为0%(n = 19)。结果为注射后第8天获得。(B)蛋白质印迹分析(左图)显示,注射dsSRPN2个体的SRPN2蛋白水平降低,而dsLacZ组或未注射组的血淋巴蛋白提取物(注射后第5天)未见降低。结果基于三次独立实验。抗SRPN221和抗SRPN326一抗的稀释比例分别为1:1,000和1:2,000。二抗为山羊抗兔IgG-HRP(产品编号sc-2004,Santa Cruz Biotechnology,Dallas TX),稀释比例为1:5,000。所有蛋白水平(右图)通过条带强度(ImageJ软件,NIH,Bethesda,MD)进行定量,以SRPN3为内参进行标准化,并采用非配对t检验进行统计学比较。P <0.05:*;P ≥0.05:n.s.(无显著差异)。误差线表示均值的标准误(SEM)。
目前用于在蚊子中诱导非转基因RNA干扰(RNAi)的方法包括将双链RNA(dsRNA)直接注射到成虫血腔12,13,或通过幼虫摄食经RNAi触发物包被的纳米颗粒14-17,或摄食基于微藻的dsRNA分子18。虽然以成虫为靶标具有极高价值,但该方法可能遗漏大量在早期发育阶段发挥功能的基因。通过幼虫摄食启动的基因沉默,可能由于蛋白质在蛹期的存留程度存在差异,导致成虫阶段表型不一致。因此,引入一种专门针对蛹期发育阶段启动RNAi的新方法,将有助于更全面地评估基因在成虫前发育阶段的功能,同时增强对成虫阶段基因功能的分析能力。与基于dsRNA注射或表达的基因沉默方法类似,基因沉默的持续时间无法准确预测。因此,应在感兴趣的发育阶段检测目标基因的转录本或蛋白质水平。尽管我们在注射SRPN2 dsRNA的动物中观察到SRPN2蛋白水平在注射后第5天仍持续降低,但不同靶标蛋白的周转率和半衰期可能存在差异。此外,必须确保用于注射的dsRNA浓度足够高,并且在琼脂糖凝胶上显示完整无降解。若基因沉默效果不理想,建议实验人员重新评估这些因素,并针对特定基因靶标通过实验经验性地优化dsRNA的使用浓度。
我们描述了一种在冈比亚按蚊(An. gambiae)发育的蛹期启动RNA干扰的方法。该方法通过显微注射将dsRNA直接导入早期蛹的血腔,并利用染料标记的dsRNA评估注射质量。能够可视化注射质量是确保基因有效沉默的关键改进,而这一方面在以往大多数针对成虫阶段的dsRNA实验方案中尚未被考虑。通过在蛹期发育起始阶段进行干预,可对可能在此关键发育时期或成虫早期阶段发挥功能的基因进行功能评估。此外,该方法可能实现将dsRNA递送至细胞,并在变态过程中可及、但在完全发育的成蚊中较难接近的细胞中建立RNA干扰。
Harker最近进行的一项微阵列分析 等 (2012) 鉴定出 560 An. gambiae 在从胚胎到成虫的不同发育阶段中,表达水平至少上调或下调4倍的转录本。在鉴定出的560个转录本中,有309个在蛹期发育过程中表达上调27这些发现表明,蚊子在发育过程中存在大量差异基因表达的需求,其中包括蛹期发生的基因表达,这一阶段是生物体经历变态的时期。在包括许多昆虫物种中 An. gambiae,参与发育等过程的基因(即蛹期表皮蛋白和几丁质结合蛋白27-31 和免疫反应(即,Toll受体样蛋白)27,32-34 在蛹期高度表达。一旦完全成形的成虫羽化,基因表达仍会持续,以响应环境和生理变化35值得注意的是,在成年早期发育过程中,发育相关基因的表达有所增加(即成虫角质层和肌浆蛋白36,以及其他关键基因(即,精子特异性蛋白和细胞色素P450代谢酶)27,36.
本方案开发中使用的阳性对照 SRPN2 是一种源自An. gambiae的丝氨酸蛋白酶抑制剂(serpin)。SRPN2 在昆虫黑色素化反应的负向调控中发挥重要作用,而黑色素化是昆虫中一种广谱的先天免疫应答21,22。在成蚊中敲低SRPN2会导致假性肿瘤的形成21,22,该表型可通过光学显微镜轻松观察到。鉴于这一明显表型可在活体昆虫中轻易评分,我们选择SRPN2作为初期蛹期RNAi注射的靶基因。此外,SRPN2在所有发育阶段均有表达37,因此是蛹期RNAi注射及在早期成虫中评估基因功能的理想靶点。我们证明,本研究建立的方法能够通过蛹期注射dsRNA,诱导成虫产生类似的黑色素性假性肿瘤表型。在本方案的开发过程中,我们发现,在蛹发育早期(即幼虫-蛹蜕皮后的前24小时)进行注射,对获得最佳的成虫羽化率至关重要。若注射后羽化率较低,我们建议更精确地对幼虫进行分期,以获得表皮硬化程度较低的蛹,确保在早期蛹阶段完成注射。此外,尽量减少对表皮的损伤可提高羽化率,而在注射过程中增加放大倍数有助于确保仅穿刺动物的预定区域。若注射针穿透至腹侧表皮,可见染料标记的液体在蛹体外聚集,或浸润滤纸。强烈建议弃用任何具有多个表皮穿刺孔的蛹。
由于许多实验室在成蚊注射操作方面拥有丰富的经验,先前已确定的显微注射方法只需经过简单的方案修改,即可适用于蛹期RNAi实验。总体而言,本方法旨在使研究人员能够扩展可进行反向遗传学分析的时间窗口,从而进一步推动支持新型媒介控制策略开发的研究。有趣的是,在其他物种(如Rhodnius prolixus和Spodoptera frugiperda)中开展的实验表明,当基因沉默在成虫前阶段启动时,其效应往往显著更强38,39。在发育的各个阶段,RNAi介导的基因敲低均需考虑基因沉默的速度与持续性,以及靶基因编码蛋白的稳定性。理想的RNAi靶基因通常是那些编码半衰期短、周转率高的蛋白或RNA的基因11,40。
尽管转基因RNAi策略也可用于解决在成年前阶段RNAi作用的快速性和持久性问题,但转基因技术存在诸多缺点(例如,生成转基因品系所需时间、用于蚊虫交配以获得可调控dsRNA表达昆虫的实验周期,以及转基因品系的保种维护)。相比之下,本方案提供了一种更为简便且快速的方法,可在蛹期发育阶段启动基因敲低,并靶向那些在变态过程中形成且易于接触、但在成虫中较难接近的细胞类型。使用染料标记的dsRNA悬浮液,可方便地评估注射是否成功以及引入物质在蛹体内的分布情况。我们关于蛹期注射个体成虫中肿瘤形成起始时间的数据,与在蛹期即启动RNAi介导的基因敲低结果一致。在使用G3蚊虫品系及本实验室饲养条件下,对羽化后3至5天的成虫进行注射,最早可在注射后10天观察到成虫中黑色素样假性肿瘤的形成;而通过早期蛹期注射,最早在注射后5天即可观察到明显的黑色素样假性肿瘤形成即,羽化后三至四天)。这些数据表明,该方法能够在此前研究较少的发育阶段启动基因敲低即,蛹期发育)。由于幼虫各龄期的表皮均具有半透明特性,本染料标记方法也可能有助于开发新的幼虫注射方案。本研究中所使用的对照需要发育至成虫阶段才能显现基因敲低表型,而未来针对早期蛹注射后蛹期特异性表型的实验,将有助于进一步拓展该方法至其他发育时期(如晚期蛹发育)的应用。综上所述,本方法提供了一种有效的RNAi技术方案,可实现从蛹期启动RNAi介导的基因敲低,从而扩展了媒介昆虫研究领域可用的功能基因组学工具。
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我们感谢 Flaminia Catteruccia 博士及其研究团队(哈佛大学公共卫生学院,美国马萨诸塞州波士顿)向我们的实验室提供了本研究所用的 G3 蚊株以及 LacZ 模板 DNA。感谢 Adam Jenkins(波士顿学院,美国马萨诸塞州栗树山)在昆虫饲养室维护方面提供的协助。波士顿学院生物系慷慨资助了本技术开发相关的研究工作。
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