本文提供了一个详细的SSTD NMR方法实验方案,旨在帮助新用户应用这一新方法,以获得其自身化学交换体系的动力学参数。
本文提供了一个详细的SSTD NMR方法实验方案,旨在帮助新用户应用这一新方法,以获得其自身化学交换体系的动力学参数。
本详细实验方案介绍了我们课题组近期开发的新型自旋饱和转移差值核磁共振技术(SSTD NMR),用于研究传统方法难以分析的相互位点化学交换过程。顾名思义,该方法结合了用于小分子的自旋饱和转移技术与用于研究蛋白质-配体相互作用的饱和转移差值(STD)NMR技术,通过在发生化学交换的小型有机和有机金属分子中测量随饱和时间增加而变化的瞬态自旋饱和转移(即信号增强曲线),实现对交换过程的定量分析。
该方法相较于现有方法的优势在于:无需达到交换信号的合并;只要交换位点中的一个信号是孤立的,即可应用该方法;无需测量T1或达到稳态饱和;速率常数可直接测定,同时在同一次实验中利用一组实验即可获得T1值。
为了验证该方法,我们研究了受阻旋转的动力学行为 N,N二甲基酰胺,已有大量数据可供比较。采用SSTD方法获得的热力学参数与已报道的结果(自旋饱和转移技术及谱线形状分析)非常接近。该方法可应用于此前方法无法研究的更具挑战性的底物。
我们预计,该方法实验装置简单,且可广泛适用于多种底物,将成为有机和有机金属化学领域研究人员的常用技术,即使其不具备核磁共振(NMR)方面的深厚专业知识亦可应用。
化学交换通常指任何分子间或分子内过程,其中原子核从一个环境转移到另一个环境,且其核磁共振参数(化学位移、标量耦合、偶极耦合、弛豫速率)在新环境中发生变化。在有机分子和有机金属分子中存在大量化学交换的实例。例如, 联芳基化合物的旋转势垒、环翻转势垒与构象平衡、氮原子反转、配体结合、等价配体交换及互变异构。1-3 化学交换速率与交换过程能垒的热力学性质相关,因此研究化学交换速率对于理解这些系统的分子动力学至关重要。
核磁共振中动态交换的典型特征是随着温度变化,核磁共振信号的谱线形状发生显著改变。在低温下,交换过程缓慢,可观察到两个不同的化学位移。在高温下,这两个信号合并为一个信号,这一现象称为"聚并"。在中间温度范围内,信号变得非常宽。核磁共振谱对化学交换的这种敏感性使其成为研究溶液中分子动力学的极为强大的方法。目前主要采用两种方法研究溶液中的动态过程:谱线形状分析4-7和自旋饱和转移实验8-9。此外,还应提及反向转移方法10和CIFIT程序11,它们可直接提取速率常数,对于简单体系的交换测量是一种相对高效的方法。尽管这些方法在大多数情况下能获得很好的结果,但仍存在若干缺点。谱线形状分析的主要缺点是某些样品需要较高温度才能达到聚并条件12。进行自旋饱和转移实验时需考虑的主要问题包括:为在交换位点之间达到稳态饱和转移所需的很长的饱和时间,以及需要测定纵向弛豫时间常数T1,而当研究区域中不同信号发生重叠时,这可能难以实现13。
作为我们对有机金属反应机理研究的一部分14-16,本课题组正在研究铂-丙二烯配合物在溶液中的动态行为。这是一项复杂的工作,涉及至少三种不同的过程,其中之一是金属围绕丙二烯分子某一轴的π面交换或旋转。我们发现,以往在类似体系中常用的变温(VT)实验和谱线线型分析技术17-19在本研究中并不适用,原因是我们的铂-丙二烯配合物旋转速率非常缓慢,导致所关注信号的合并温度高于该配合物的分解温度。
为了克服这一局限性,我们开发并近期报道了一种新的核磁共振(NMR)方案(SSTD NMR),用于研究相互位点间的化学交换过程20。顾名思义,该方法将用于小分子的自旋饱和转移方法与用于研究蛋白质-配体相互作用的饱和转移差值NMR方法21-24相结合,通过测量在发生化学交换的小分子中随饱和时间递增的瞬态自旋饱和转移(即信号增强曲线),实现对交换过程的分析。
通过这种新方法(SSTD NMR),我们证明了可以测定小分子有机和有机金属化合物中分子内化学交换的动力学参数,并且相比传统方法具有一些额外优势:无需信号达到合并状态,因此可在更灵活的温度范围内开展研究;即使存在信号重叠也不受影响,但至少应有一个交换共振信号是独立可分辨的;无需测量T1或实现稳态饱和;速率常数可直接测得,同时在同一实验中获得T1值,且仅需进行一组实验即可完成。SSTD NMR方法的另一显著优势在于,与线型分析法不同,其动力学速率常数的测定不受高磁场下合并温度升高的限制。因此,该方法适用于低场和高场磁共振实验。本文旨在帮助新用户将这一新方法应用于自身研究中涉及化学交换的体系,并详细介绍了样品制备、实验设置、数据采集,以及在一种简单有机分子中进行数据处理与分析的示例。
注意:使用前请查阅所有相关的材料安全数据表(MSDS)。
1. 核磁共振样品制备
2. 核磁共振实验设置25
3. 核磁共振数据采集与处理25
4. 数据分析30


=
在极长饱和时间下









SSTD NMR 技术被用于计算酰胺键旋转过程中的动力学参数 N,N-二甲基乙酰胺21 这是一个简单的示例,相关文献中可找到大量可供比较的数据。31
由于酰胺键在共振形式中具有部分双键特性,导致其周围旋转受阻,从而使两个甲基在核磁共振谱中表现为两个不同的信号 1H-NMR 谱(2.61 和 2.17 ppm 处) 22.5 °C)。在2.17 ppm处对甲基信号进行自旋饱和(MeB)导致其信号在 1H NMR。当Me达到饱和后B,饱和度转移至另一个甲基(MeA由于内旋转过程,可通过观察到的减少来确认 1信号在2.61 ppm处H的强度。该降低程度取决于饱和时间。 图15 显示 1H NMR 谱的 N,N-二甲基乙酰胺在 22.5 °C,扩展示意图显示了甲基在2.17 ppm处未饱和(a)和已饱和(b)的谱图,以及用于计算η值的差谱(c)SSTDηSSTD 因子通过将甲基(Me)积分值除以相应参考值计算得出A 在SSTD NMR谱图(c)中,通过Me的积分值A 在谱图(a)中,如实验方案所述。所获得的 η 值SSTD 在不同温度下,针对每个饱和时间的数据均被收集于 表1所获η值的图示SSTD 与饱和时间的关系呈指数曲线,随着饱和时间的增加,曲线趋于平缓。在特定温度下,对该指数拟合曲线进行分析可计算出反应速率常数(k)以及弛豫时间 1测得信号的H(T1A) (图16). 图17 显示所有获得的曲线以及 k 和 T1A 拟合所得的数值。
最后,ln(k/T) 对 1/T 作图,并拟合 Eyring 方程(图18) 用于计算活化焓和活化熵。所确定的活化参数如表中所示。 表 2,以及使用不同方法计算的先前报道参数。
如表2所示,采用自旋饱和转移差值技术(SSTD NMR)测得的活化参数值与其他技术(如SST NMR或谱线形分析)先前报道的数据高度一致。ΔS‡的报道值范围较宽,这是由于使用核磁共振(NMR)技术测量该参数存在较大难度31。对于其余活化参数,本方法所得结果不仅与已有报道值非常接近,而且更为精确,因为在所有情况下,本方法的误差(标准偏差,SD)均更小。

图1:输入 rpar 后显示的实验列表。该图展示了不同的参数集,应从中选择 STDDIFFESGP。 请点击此处查看此图的放大版本。

图2:采集参数。 用红色方框标出的按钮可进入不同脉冲序列的列表。 请点击此处查看该图的放大版本。

图3: 脉冲程序列表。 该图显示了实验中选定的脉冲程序(STDDIFF)。请点击此处查看此图的放大版本。

图4:90°脉冲校准后出现的弹出窗口。 该图显示了在不同功率水平下校准得到的90°脉冲值。 请点击此处查看此图的放大版本。

图5: 命令行界面截图。 该图展示了如何输入已校准的硬脉冲数值。 请点击此处查看此图的放大版本。

图6: 整形脉冲持续时间的取值。 该图展示了如何输入整形脉冲持续时间的数值。请点击此处查看该图的放大版本。

图7: 采集参数。 该图显示了功率参数。 请点击此处查看此图的放大版本。

图 8:整形脉冲的参数。 整形脉冲的数值将在第13行中引入。请点击此处查看此图的放大版本。

图 9:照射频率列表。 该图前 3 行包含以下数据:第 1 行. P (表示后续数据单位为 ppm);第 2 行. 待照射信号的频率(以 ppm 为单位),按 3.1.1 节中测得;第 3 行.40 ppm (一个远离化合物1H 信号的频率,因此在此频率照射不会影响谱图)。请点击此处查看该图的放大版本。

图10: 首个FID的处理。 该图显示了输入efp.后弹出的窗口。 请点击此处查看该图的放大版本。

图 11: 相位校正。 手动相位校正操作界面的截图。请点击此处查看此图的放大版本。

图12: 第二个FID的处理。 该图显示了输入efp.后弹出的窗口。 请点击此处查看此图的放大版本。

图13:谱图2和谱图3的多重显示。 用红色方框标出的按钮用于计算差谱。 请点击此处查看该图的放大版本。

图14:积分表。 该图显示了绝对积分值和相对积分值。 请点击此处查看此图的放大版本。

图15:在22.5 °C下,甲苯-d8 中 N,N-二甲基乙酰胺的结构与1H NMR 谱图。(a)照射前2.13 至 2.66 ppm 区域的 1H NMR 放大图。(b)在2.17 ppm 处照射甲基后,同一区域的放大图。(c)差减谱图 [(a)-(b)]。请点击此处查看该图的高清版本。

图16:ηSSTD 在278 K下的变化曲线及其指数拟合示例。 经英国皇家化学学会许可,转载自参考文献21的补充信息。 请点击此处查看该图的放大版本。

图17: 图示 ηSSTD 不同温度下与饱和时间的关系。 该图显示了以下数据的图示 N,N二甲基乙酰胺以及获得的速率常数和弛豫时间表。 请点击此处以查看此图的放大版本。

图 18: 艾林图。 该图显示了 N,N-二甲基乙酰胺的曲线图。 请点击此处查看此图的放大版本。
| tsat (sec) | ηSSTD | ηSSTD | ηSSTD | ηSSTD | ηSSTD | ηSSTD | ηSSTD |
| (T = 278 K) | (T = 283 K) | (T = 285.5 K) | (T = 288 K) | (T = 290.5 K) | (T = 293 K) | (T = 295.5 K) | |
| 40 | 0.2526 | 0.3957 | 0.4671 | 0.5461 | 0.626 | 0.6969 | 0.7535 |
| 20 | 0.2526 | 0.3957 | 0.4671 | 0.5461 | 0.626 | 0.6969 | 0.7535 |
| 10 | 0.2383 | 0.3806 | 0.4537 | 0.5355 | 0.6199 | 0.6969 | 0.7535 |
| 5 | 0.1904 | 0.3193 | 0.3919 | 0.481 | 0.5734 | 0.6638 | 0.7318 |
| 2.5 | 0.1263 | 0.2204 | 0.2812 | 0.3589 | 0.4449 | 0.5461 | 0.626 |
| 1.25 | 0.0761 | 0.1353 | 0.171 | 0.2247 | 0.2868 | 0.3732 | 0.4449 |
| 0.625 | 0.0467 | 0.0739 | 0.099 | 0.1327 | 0.171 | 0.2291 | 0.2758 |
| 0.3 | 0.0238 | 0.044 | 0.0472 | 0.0644 | 0.0847 | 0.1169 | 0.1463 |
表1:ηSSTD 的数值。 该表格展示了在278–295.5 K温度范围内,N,N-二甲基乙酰胺在不同饱和时间下测得的数值。
| 方法 | SSTD NMR | SST NMR31 | 线型分析 | 线型分析 | 线型分析 |
| 参数 | (本研究) | (1H NMR)4 | (1H NMR)5 | (13C NMR)6 | |
| Ea 298 (KJ mol-1) | 79.7 ± 0.1 | 73.1 ± 1.4 | 70.5 ± 1.7 | 82.0 ± 1.3 | 79.5 ± 0.4 |
| ΔH‡ (KJ mol-1) | 77.2 ± 0.1 | 70.6 ± 1.4 | 68 | 79.5 ± 0.4 | 76.6 ± 0.4 |
| ΔS‡ (J mol-1 K-1) | 11.5 ± 0.4 | -10.5 ± 5.0 | -15.0 ± 5.1 | 13 ± 8 | 3 ± 4 |
| ΔG‡298 (KJ mol-1) | 73.8 ± 0.1 | 73.7 ± 2.0 | 72.5 | 75.3 ± 0.4 | 75.7 ± 0.4 |
| 溶剂 | Tol-d8 | Tol-d8 | CCl4 | Acetone-d6 | neat |
表2: 活化参数。 该表格展示了内旋转的活化参数 N,N通过SSTD核磁共振方法获得的二甲基乙酰胺参数,与使用其他不同核磁共振分析方法所得相同参数的比较。4,5,6 该表中的误差指标准差(SD)。(转载自参考文献)21 经英国皇家化学学会许可。
该方法的一个显著优势在于,仅需一组实验即可获得特定温度下的速率常数和弛豫时间,并且所用脉冲序列具有良好的稳健性(与用于研究蛋白质-配体相互作用的STD实验所采用的序列相同,通常包含在仪器厂商提供的标准实验程序中)。由于无需测量T1或达到稳态饱和,该方法简化了实验设置。此外,值得注意的是,与依赖磁场强度的共熔法不同,该方法不受磁体强度的影响。然而,其主要局限性在于,该技术无法适用于交换速率过快或过慢的化学交换过程,这取决于核磁共振仪的温度范围或所用溶剂的性质。
这种用于计算动力学参数的新技术可适用于多种底物,其适用性已在一些有趣的分子中得到验证21。对于4-N,N-二甲氨基[2.2]对环芳烃这一具有挑战性的底物,其中一个目标甲基信号与其他分子信号重叠,但其动力学参数仍成功地通过SSTD核磁共振(NMR)方法得以计算。有趣的是,只要待研究的信号之一是独立分辨的,该方法即可适用。SSTD NMR 还是一种可用于计算分子动力学参数的有效方案,尤其适用于那些发生信号聚并的温度过高、导致分子在达到该温度前即发生分解的情况。例如 PtCl2(二甲基丙二烯)(吡啶) 就属于此类情况,而该方法在无需达到聚并温度的条件下即成功应用。溶剂和温度的选择对于获得良好结果至关重要,因为化学交换速率会随这些参数发生显著变化。此外,除了常规核磁共振实验中的标准要求外,SSTD NMR 实验的关键步骤还包括照射的选择性以及温度的精确控制。这两个因素都必须精确,以确保实验的成功。
此处展示的代表性结果是关于分子内化学交换的动力学,但该技术也可用于研究分子间化学交换以及配体交换的动力学,这些过程在过渡金属配合物的动态行为中十分常见。
最后,若对相关方程进行适当的修正32,该方法还可拓展用于处理多部位交换和布居不等的情况,正如此前的双重共振实验中所实现的那样8-9,从而进一步提升该技术在研究复杂化合物中化学交换过程方面的应用价值。
作者声明不存在任何竞争性经济利益。
感谢东英吉利大学、英国工程与自然科学研究委员会(EPSRC,项目编号 EP/L012855/1)以及欧盟(H2020-MSCA-IF-2014-EF-ST-658172)提供的经费支持(MTQ)。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| N,N二甲基乙酰胺 | Aldrich | 38840 | 急性毒性 |
| 甲苯-d8 | Fluorochem | D-005 | 易燃且有毒 |
| 500 MHz 7" 选择系列 NMR 样品管 | GPE LTD | S-5-500-7 | |
| TopSpin 2.1 | TopSpin 程序,Bruker Corp.,http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/(2015)。 | ||
| Origin 6.0 | Origin 6.0 软件,OriginLab 公司,http://originlab.com。 | ||
| 配备 5 mm 宽带观测 BBFOplus Z 梯度 SmartProbeTM 探头的 Bruker Avance III 500 MHz 谱仪 | 布鲁克公司,http://www.bruker.com | ||
| 配备 5 mm TXI Z 梯度探头的 Bruker Avance I 500 MHz 反向三共振核磁共振波谱仪 | 布鲁克公司,http://www.bruker.com | ||
| 陶瓷标准探头匀场系统(5 mm) | 布鲁克公司,http://www.bruker.com | H00804 |