本文提供了一种详细的实验方法,用于制备X染色体臂探针,并通过荧光原位杂交(FISH)技术检测处于前中期和中期 I 停滞状态的Drosophila卵母细胞中姐妹染色单体黏连的状态。该实验方案适用于判断不同基因型条件下减数分裂染色体臂部黏连是否保持完整或发生破坏。
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方法文章
本文提供了一种详细的实验方法,用于制备X染色体臂探针,并通过荧光原位杂交(FISH)技术检测处于前中期和中期 I 停滞状态的Drosophila卵母细胞中姐妹染色单体黏连的状态。该实验方案适用于判断不同基因型条件下减数分裂染色体臂部黏连是否保持完整或发生破坏。
在人类中,卵母细胞的染色体分离错误是导致大多数流产和出生缺陷的主要原因。此外,随着女性年龄增长,其怀有非整倍体胎儿的风险显著增加,这一现象被称为母龄效应。在减数分裂过程中实现准确染色体分离的一个前提是卵母细胞经历的长期前期阶段中维持姐妹染色单体的黏连。人类及模式生物的细胞学证据表明,减数分裂黏连在衰老过程中会逐渐衰退。此外,人类卵母细胞中的染色体分离错误主要发生在减数分裂I期,这与染色体臂部黏连的过早丢失一致。利用模式生物对于揭示黏连随年龄依赖性丢失的机制至关重要。 Drosophila melanogaster 在研究卵母细胞减数分裂黏连调控机制方面具有多项优势。然而,直到最近,仍仅有遗传学检测方法可用于评估不同基因型或不同实验条件下卵母细胞中染色体臂黏连的丧失情况。本文提供了一种利用荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization, FISH)直接观察减数分裂前期I和中期I停滞的果蝇卵母细胞中染色体臂黏连缺陷的详细实验方案。 原位 杂交(FISH)直接观察前期I和中期I停滞的染色体臂黏连缺陷 果蝇 卵母细胞。通过构建一个与X染色体远端臂杂交的FISH探针,并采集共聚焦Z轴层扫图像, X 染色体并采集共聚焦Z轴层扫图像,研究人员可以在三维空间中观察单个FISH信号的数量,从而判断姐妹染色单体臂是否分离。该方案使得在数百个果蝇卵母细胞中定量分析染色体臂黏连缺陷成为可能。 果蝇 卵母细胞。因此,该方法为研究参与黏连维持的机制以及导致其在衰老过程中衰退的因素提供了重要的工具。
有丝分裂和减数分裂过程中染色体的正确分离依赖于姐妹染色单体黏连的建立、维持和有序释放1,2。黏连在S期建立,由黏连蛋白复合物介导,该复合物形成物理连接以维持姐妹染色单体的结合。在减数分裂中,交换位点远端的黏连还起到将重组同源染色体连接在一起的作用,这种物理关联有助于确保二价体在减数第一次分裂中期纺锤体上的正确取向(图1)3,4,5。在后期I时,染色单体臂部黏连的释放使同源染色体分离至纺锤体两极。然而,若臂部黏连过早丢失,重组的同源染色体将失去物理连接而随机分离,从而导致非整倍体配子的产生(图1)。
在人类卵母细胞中,染色体分离错误是导致流产和出生缺陷(如唐氏综合征6)的主要原因,且其发生率随母亲年龄呈指数级增长7。姐妹染色单体黏连在胎儿期的卵母细胞中建立,减数分裂重组在出生前完成。随后,卵母细胞停滞在减数第一次分裂的中期前期,直至排卵;在此停滞期间,重组同源染色体之间的持续物理连接依赖于姐妹染色单体黏连。因此,减数分裂过程中的准确分离以及正常的妊娠结局要求黏连结构在长达五十年的时间内保持完整。
在人类卵母细胞长期的减数分裂阻滞期间,黏连结构的过早丧失被认为与母龄效应有关,且多条证据支持这一假说8,9。然而,由于研究人类卵母细胞减数分裂黏连存在诸多挑战,目前对这一现象的理解在很大程度上依赖于模式生物的研究5,10,11,12,13,14,15。
黑腹果蝇 卵母细胞为研究减数分裂黏连和染色体分离提供了多种优势。一种简单的遗传检测方法可使研究者从非整倍体配子中获得后代,并测量其分离保真度 X- 大规模染色体分离11,16,17此外,还可以确定染色体分离错误是否源于重组的同源染色体在减数分裂Ⅰ期发生错误分离,这一表型与染色体臂间黏连的过早丢失一致。11,18,19. 直接观察减数分裂黏连状态在 果蝇 使用荧光技术对卵母细胞进行检测也是可行的 原位 杂交(FISH)。尽管荧光寡核苷酸已用于检测成熟卵母细胞中着丝粒周围黏连十余年,其靶向的是重复卫星序列 果蝇 卵母细胞4,20,对臂 cohesion 的分析一直更具挑战性。要可视化臂 cohesion 的状态,需要一种能够覆盖大片单拷贝序列区域且亮度足够高的探针,以便在臂 cohesion 缺失时仍能清晰显示各个姐妹染色单体的信号。此外,卵母细胞的固定条件以及标记 DNA 的大小必须有利于探针渗透21 进入大型成熟 果蝇 卵母细胞(200 µm 宽,500 µm 长)。最近,已成功利用臂部探针来观察 果蝇 减数分裂I后期的卵母细胞染色单体,但作者指出,在前中期I或中期I停滞的卵母细胞中无法检测到信号22. 本文提供了一种生成 X-染色体臂FISH探针及卵母细胞制备条件,使我们能够检测减数分裂前期I和中期I卵母细胞中姐妹染色单体黏连的过早丢失。这些技术帮助我们鉴定了维持减数分裂黏连所必需的基因产物,也将使其他研究者能够检测成熟卵母细胞中姐妹染色单体黏连缺陷 果蝇 不同基因型的卵母细胞
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1. 准备工作
2. FISH 臂探针的制备
注意:所有离心步骤均在约 16,000 - 21,000 x g(大多数台式微量离心机的最大转速)下进行。短暂离心指离心 5 - 15 秒。涡旋混匀指在未特别说明的情况下,以最高速度涡旋约 15 秒。
注意:用于臂区探针的BAC可从BAC PAC资源中心获取。两种 X 染色体常染色质臂探针已在此方法中成功应用。其中一条臂探针由六个BAC克隆组成,对应于细胞学区带6E-7B(BACR17C09、BACR06J12、BACR35J16、BACR20K01、BACR35A18、BACR26L11)。另一条臂探针由六个BAC克隆组成,对应于细胞学区带2F-3C(BACR13K19、BACR21G11、BACR09H13、BACR30B01、BACR34O03、BACR03D13)。其他区域的BAC克隆也可用于 果蝇 染色体区域可在以下网址浏览:http://www.fruitfly.org/sequence/X1-11-assembly.html。 两个识别359 bp着丝粒卫星重复序列的探针 X 染色体已成功使用该方法。一种22个核苷酸的探针已被广泛使用且效果良好(5'-Cy3-AGGGATCGTTAGCACTCGTAAT)19,23一种28个核苷酸的探针最近经过测试,效果良好(5'-Cy3-GGGATCGTTAGCACTGGTAATTAGCTGC)24. 从商业来源订购了经HPLC纯化并用特定荧光染料在5'端标记的寡核苷酸(例如,Integrated DNA Technologies)。
3. 卵母细胞的解剖与固定
4. 去除卵壳和卵黄膜
注意:所需工具见图3。
5. 荧光原位杂交(FISH)
注意:除非另有说明,所有洗涤步骤均在室温下于摇床上进行。经过滚动处理的卵母细胞在微量离心管底部沉降所需时间较长,尤其是在含有甲酰胺的溶液中。更换溶液时需保持耐心,以免丢失卵母细胞,此过程可能需要在漂洗和洗涤后静置 5 - 15 分钟,以使卵母细胞充分沉降。另需注意,含甲酰胺溶液中的卵母细胞透明度较低。
6. 成像
7. 图像分析与黏连缺陷评分
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图5 呈现了使用与细胞学区域6E-7B杂交的臂探针所获得的图像 X 染色体。该探针产生的信号与DAPI信号共定位,易于与背景区分,并已成功用于量化不同基因型中的染色体臂黏连缺陷19. 黏连缺陷的量化仅限于前期I和中期I阶段;核膜破裂之前的卵母细胞被排除在分析之外19在DAPI通道中扫描时,完整的核膜表现为卵母细胞染色体周围存在一个比周围细胞质更暗的清晰环形区域。
图5B 显示了去卷积和对比度增强后各个Z系列的最大强度投影。量化黏连缺陷需要确定每个探针与DAPI信号重叠的FISH信号数量。进行此类分析时,必须将合并后的图像在三维空间中可视化。只有在三个维度上均明显与DAPI信号相关联的FISH信号点才能纳入分析。
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Drosophila oocytes 在前期 I 和中期 I 使用 FISH 探针评估臂 cohesion 状态是 Drosophila 减数分裂领域的一项重要进展。传统上,Drosophila 研究人员仅能依赖遗传学检测来推断成熟卵母细胞中臂 cohesion 的过早丢失11,18,19。如今,通过本文介绍的方法,可直接利用 FISH 对臂 cohesion 状态进行检测。获得臂 cohesion 过早丢失的物理证据的能力,极大地拓展了可用于研究 Drosophila 卵母细胞中臂 cohesion 过早丢失及染色体错误分离机制的方法体系。
关键步骤
尽管我们尚未对在成熟的 Drosophila 卵母细胞中成功可视化染色体臂上单拷贝序列荧光探针所必需的关键参数进...
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作者声明不存在竞争性财务利益。
本研究由美国国立卫生研究院(NIH)授予Sharon E. Bickel的资助项目GM59354支持。我们感谢Huy Q. Nguyen在开发荧光染色体臂探针制备方案方面的协助,感谢Ann Lavanway在共聚焦显微镜方面的帮助,以及J. Emiliano Reed提供的技术支持。我们还感谢果蝇研究领域众多同行的有益讨论与建议。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 试剂盒 | |||
| Midi Prep 试剂盒 | Qiagen | 12143 | 制备BAC克隆DNA |
| GenomePlex 完整全基因组扩增(WGA)试剂盒 | Sigma | WGA2 | 扩增BAC克隆DNA |
| ARES Alexa Fluor 647 DNA 标记试剂盒 | Invitrogen | A21676 | 标记BAC克隆DNA |
| PCR 纯化试剂盒 | Qiagen | 28104 | 去除BAC克隆DNA标记后未结合的染料 |
| 名称 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
| 化学品 &与解决方案 | |||
| 注意: 所有溶液均使用无菌超纯水配制,并应通过高压灭菌或过滤除菌法进行灭菌。 | |||
| 牛血清白蛋白(BSA) | Fisher Scientific | BP1600-100 | 配制10%的储备液 冻存分装样本 |
| 氯化钙 | Fisher Scientific | C75-500 | |
| DAPI(4’6-二脒基-2-苯基吲哚二盐酸盐 | Invitrogen | D1306 | 有毒的 穿戴适当的防护装备。配制100µg/ml 储液,溶于 100% 乙醇中,分装后于 -20 ℃ 保存 °C. 准备 1 µ使用前将溶液配制成 2X SSCT 中的 g/ml 溶液。 |
| 硫酸葡聚糖 | Sigma | D-8906 | |
| Drierite | Drierite 公司 | 23001 | |
| 二硫苏糖醇 (DTT) | Invitrogen | 15508-013 | 制备 10 mM 储存液 |
| dTTP (10 µ摩尔,100 µl) | Boehringer Mannheim | 1277049 | 制备1 mM储备液 |
| EDTA(乙二胺四乙酸二钠) | Fisher Scientific | S311-500 | 制备 250 mM 储液 |
| 100% 乙醇(分子级,200 proof) | Decon Laboratories | 2716 | |
| Tris(超纯) | Invitrogen | 15504-020 | |
| EGTA(乙二醇双(2-氨基乙基醚)四乙酸) | Sigma | E-3889 | |
| 16% 甲醛 | Ted Pella, Inc. | 18505 | 有毒的 穿戴适当的防护装备 |
| 甲酰胺 | Invitrogen | AM9342 | 有毒 穿戴适当的防护装备 |
| 葡萄糖 | Fisher Scientific | D16-1 | |
| 糖原 | 罗氏 | 901393 | |
| HEPES | Boehringer Mannheim | 737-151 | |
| 庚烷 | Fisher Scientific | H350-4 | 有毒的 穿戴适当的防护装备。 |
| 盐酸 | 默克密理博 | HX0603-4 | 有毒的 穿戴适当的防护装备。 |
| 羟胺 | Sigma | 438227 | 制备 3 M 储存液 |
| 4.9 M 氯化镁 | Sigma | 104-20 | |
| Na2HPO4 Ÿ 7H2O | Fisher Scientific | S373-500 | |
| NaH2PO4 Ÿ 2H2O | Fisher Scientific | S369-500 | |
| 聚-L-赖氨酸(0.1 mg/ml) | Sigma | P8920-100 | |
| 乙酸钾 | Fisher Scientific | BP364-500 | |
| 乙酸钠 | Fisher Scientific | S209-500 | 制备3M储备液 |
| 二甲胂酸钠 | Polysciences, Inc. | 1131 | 有毒的 佩戴适当的防护装备。配制400 mM的储存液 |
| 柠檬酸钠 | Fisher Scientific | BP327-1 | |
| 氯化钠 | Fisher Scientific | S271-3 | 氯化钠 |
| 蔗糖 | Fisher Scientific | S5-500 | |
| 10% Tween 20 | 赛默飞世尔科技 | 28320 | Surfact-Amps |
| 10% Triton X-100 | 赛默飞世尔科技 | 28314 | Surfact-Amps |
| 名称 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
| 溶液 | |||
| 注意: 所有溶液均使用无菌超纯水配制,并应通过高压灭菌或过滤除菌进行灭菌处理。 | |||
| TE缓冲液 | 10 mM Tris,1 mM EDTA,pH = 8.0 | ||
| 20X SSC(氯化钠柠檬酸钠) | 3 M NaCl,300 mM 柠檬酸钠 | ||
| 2X 卡考基酸盐固定液 | 有毒的: 佩戴适当的防护装备。200 mM 二甲胂酸钠,200 mM 蔗糖,80 mM 醋酸钠,20 mM EGTA | ||
| 1.1X 杂交缓冲液 | 3.3X SSC,55% 甲酰胺,11% 硫酸葡聚糖 | ||
| 固定液 | 有毒的 佩戴适当的防护装备。4% 甲醛,1X 卡可基酸盐固定液 | ||
| PBSBTx | 1X PBS,0.5% BSA,0.1% Triton X-100 | ||
| PBSTx | 1X PBS,1% Triton X-100 | ||
| 提取缓冲液(PBSTx + Rnase) | 1× PBS,1% Triton X-100,100 µg/mL RNase | ||
| 2X SSCT | 2X SSC,0.1% Tween 20 | ||
| 2X SSCT + 20% 甲酰胺 | 有毒的 佩戴适当的防护装备。2X SSC,0.1% Tween 20,20% 甲酰胺 | ||
| 2X SSCT + 40% 甲酰胺 | 有毒的 佩戴适当的防护装备。2X SSC,0.1% Tween 20,40% 甲酰胺 | ||
| 2X SSCT + 50% 甲酰胺 | 有毒的 佩戴适当的防护装备。2X SSC,0.1% Tween 20,50% 甲酰胺 | ||
| 名称 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
| 酶 | |||
| AluI | 新英格兰生物实验室 | R0137S | |
| HaeIII | 新英格兰生物实验室 | R0108S | |
| MseI | 新英格兰生物实验室 | R0525S | |
| MspI | 新英格兰生物实验室 | R0106S | |
| RsaI | 新英格兰生物实验室 | R0167S | |
| BfuCI | 新英格兰生物实验室 | R0636S | |
| 100X BSA | 新英格兰生物实验室 | 附带 NEB 酶 | |
| 10X NEB缓冲液#2 | 新英格兰生物实验室 | 限制性内切酶消化缓冲液。随NEB酶提供 | |
| 末端脱氧核苷酸转移酶(TdT)400 U/µl | 罗氏/西格玛 | 3333566001 | |
| TdT缓冲液 | 罗氏/西格玛 | 附带 TdT 酶 | |
| 氯化钴 | 罗氏/西格玛 | 有毒 佩戴适当的防护装备。随附TdT酶 | |
| RNase A(10 mg/mL) | Thermo-Scientific | EN0531 | |
| 名称 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
| 细胞学工具等 | |||
| 镊子 | Dumont | #5 INOX,生物学 | |
| 9” 一次性玻璃巴斯德吸管 | Fisher | 13-678-20C | 高压灭菌 |
| 浅层玻璃解剖皿 | 定制制作 | ||
| 深孔培养皿(3 孔) | Pyrex | 7223-34 | |
| Fisherfinest 品牌显微镜载玻片 | Fisher Scientific | 22-038-104 | 用于覆盖深孔培养皿 |
| 磨砂玻璃载玻片,25 × 75 mm | VWR Scientific | 48312-002 | |
| 载玻片,3 英寸 × 1 英寸,厚度 1 mm | 赛默飞世尔科技 | 3051 | |
| 盖玻片,10 × 10 mm,1.5号 | Thermo-Scientific | 3405 | |
| 钨针 | 自制的 | ||
| Prolong GOLD 封片剂 | 分子探针 | P36930 | |
| 罐装压缩空气 | 多种 | ||
| 名称 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
| 设备 | |||
| PCR仪 | 多种 | ||
| Nanodrop 2000,分光光度计 | 赛默飞世尔科技 | 微量分光光度计 | |
| 涡旋振荡器 | 多种 | ||
| 室温下的台式微型离心机 | 多种 | ||
| 4°C 台式微型离心机 °C | 多种 | ||
| 加热块 | 多种 | ||
| 带有旋转器的杂交炉或培养箱 | 多种 | ||
| 摇床 | 多种 | ||
| A1RSi 激光扫描共聚焦显微镜 | 尼康 | 40倍油镜平场荧光微分干涉差(DIC,数值孔径1.3) | |
| 名称 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
| 耗材等 | |||
| 50 mL 圆底离心管 | 多种 | ||
| 15 mL 圆锥形试管 | 多种 | ||
| 1.5 mL 微量离心管 | 多种 | ||
| 500 µl 微量离心管 | 多种 | ||
| 200 µl PCR 管 | 多种 | ||
| 带紧密盖子的塑料容器 | 多种 | 用于盛放Drierite | |
| Kimwipes | 多种 | 一次性湿巾 | |
| Parafilm | 多种 | 石蜡膜 | |
| 名称 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
| 其他 | |||
| HPLC 纯化的 5'-标记寡核苷酸 | Integrated DNA Technologies | 识别359 bp卫星重复序列的Cy3标记探针 X 染色体 | |
| Volocity 3D 图像分析软件 | PerkinElmer | 版本 6.3 |
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