Method Article

细胞间相互作用中基因表达模式的控制与分析的 Optogenetic 方法

DOI:

10.3791/57149

⸱

March 22nd, 2018

 , 
1Institute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto University, 2Japan Science and Technology Agency, PRESTO, 3Institute for Integrated Cell-Material Sciences, Kyoto University, 4Graduate School of Medicine, Kyoto University, 5Graduate School of Biostudies, Kyoto University

In This Article

Summary

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本文提出了一种通过 optogenetic 控制和实时监测基因表达来分析振荡信息的细胞间传递的协议。这种方法为测试多细胞系统动态基因表达程序的功能意义提供了一个独特的平台。

Abstract

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细胞应适当地对世俗变化的环境作出反应, 而这种情况受周围细胞各种因素的影响。凹槽信号通路是细胞间通信必不可少的分子机制之一, 在胚胎的正常发育中起着关键作用。这一途径涉及细胞对细胞传递的振荡信息与超的节奏, 但尽管分子生物学技术的进展, 它一直是挑战, 以阐明多细胞相互作用对振荡基因的影响动力学.在这里, 我们提出一个协议, 允许 optogenetic 控制和实时监测的基因表达模式, 在一个精确的时间方式。该方法成功地揭示了凹槽信号的胞内细胞和细胞间周期输入 entrain 在单细胞分辨率下的频率调谐和相移的固有振荡。该方法适用于分析各种信号通路的动态特性, 为多细胞系统动态基因表达程序的功能意义测试提供了独特的平台。

Introduction

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细胞对细胞的通信在胚胎模式的发展过程中起着至关重要的作用。在脊椎动物胚胎中, 称为胚胎背部的 metameric 结构沿前后体轴形成, 在时间保持时钟的控制下精确的时间精度, 称为分段时钟 1.在此过程中, 一组 presomitic 胚层 (PSM) 单元格以同步方式定期转换为胚胎背部。这一过程涉及同步振荡基因表达和 PSM 细胞, 振荡的阶段形成相同的胚胎背部。在小鼠中振荡基因表达的周期约为2至3小时, 斑马鱼中约30分钟。当离解时, PSM 单元格会丢失同步2、3, 但当重新聚合时, 它们可以自组织并恢复人口同步4, 这表明单元格耦合是同步振荡.

广泛的努力表明, 信号分子在三角洲凹槽通路是紧密相连的同步振荡的分割时钟基因。无论是药理抑制剂或凹槽信号的基因突变 desynchronize 的振荡器的数量。在斑马鱼中, 凹槽信号元件 (如 DeltaC、DeltaD 和 Notch1a) 的突变体显示异步振荡5,6。在小鸡或小鼠胚胎中, 不仅有凹槽配体 Delta-like1 (Dll1), 而且还需要有凹槽调制器 (Lfng), 同步振荡7,8,9。然而, 由于基因调控动力学的常规扰动的时间分辨率不足以研究这种分子在细胞到细胞间的动态信息传递的功能能力, 因此很难检测2–3 h (超节律) 的尺度过程。

我们最近开发了一种综合的方法来控制和监测哺乳动物细胞中的基因表达模式10。该技术使超时间尺度上周期性光照对基因表达脉冲的诱导。该协议代表了在细胞间通信的环境下, 通过活细胞发光监测来建立光敏细胞线和观察细胞动态反应的方法。该方法适用于其它许多信号通路的分析。

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Protocol

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1. Tol2 系统生成稳定的细胞系

  1. 将 Tol2-based optogenetic 模块的染质粒向量 (图 1A) 与 transposase (Tol2) 表达式向量 (pCAGGS-mT2TP) 结合到 C2C12 单元格中。在所有步骤中, 培养细胞与 DMEM 培养基补充10% 胎牛血清 (血清) 和青霉素-链霉素在37°c (表 1), 在存在 5% CO2, 否则表示。
    1. 将 trypsinized 单元格计数为单元格计数器, 并将 5 x 104 C2C12 单元格中的每个井在 12-井板中, 在转染前一天。
    2. 用 pAI218 试剂共染0.375 微克的 Tol2-based optogenetic 载体 (pAI177 或 pAI170), 0.125 微克的药物选择载体 (pCAGGS-mT2TP) 和0.5 微克的 lipofection 载体。
    3. 胰蛋白酶处理转染的细胞, 并将其板成100毫米的培养皿后的一天。
    4. 交换培养基为转染的细胞到培养基补充100毫克/毫升潮霉素。
    5. 培养细胞3天, 以消除未转染的细胞。请注意, 中等变化是不必要的。
  2. 胰蛋白酶处理转染细胞, 并纯化细胞的数量, 表达荧光蛋白的选择。对于携带 pAI177 的接收细胞, 将分选门设置为绿色 PE 通道, 以净化 mCherry 阳性细胞种群。对于携带 pAI218 的光敏发件人细胞, 将分拣门设置为 APC 通道以净化 iRFP713-positive 细胞种群。
  3. 选)采用标准方法建立克隆细胞种群, 如有限稀释或单细胞分选。

2. 在人口层面评价工程细胞的光敏感度

注: 本部分描述了一种通过生化检测 (如 qPCR 和西方印迹) 检查 Dll1 配体蛋白在蓝光照射下动态诱导的协议。

  1. 设置两种类型的孵化器, 有或没有光源的光诱发条件或暗条件, 分别。设置光强度的蓝色 LED 反式照明灯, 如图 1B所示, 使用测光表。程序的定时和光照持续时间通过将控制脚本加载到单板微控制器, 允许可编程的照明计划 (图 1C)。
  2. 使用单元格计数器计数 trypsinized 单元格, 1.0 x 105感光发件人细胞携带 pAI218 和 pAI170 在35毫米直径的塑料培养皿上 (超过12个盘子为光情况和1盘为黑暗的情况) 和设置菜在单独的孵化器为黑暗/光的条件。设置餐具后, 保持孵化器的门关闭, 直到收集细胞裂解物。
  3. 电镀后一天半, 开始照明 (细胞预计将超过80% 汇合)。不要把细胞暴露在光线下, 以避免不良的照片刺激。
    注意: 照明的时间表取决于实验的目的。请注意, 持续光照条件 (e. g. 1 分钟持续时间和10分钟间隔, 40 µmol/米2/s 光强度) 足以进行简单的照片感应检查, 而且强光照射对细胞有害。因此, 请确保选择的光照的无害参数。
  4. 电镀后约2天, 用30分钟间隔制备细胞裂解液。将样品碟从孵化器移到冰上, 并开始准备细胞裂解物进行进一步分析。

3. 人口水平动态发件人-接收器分析: PMT 对光刺激时细胞反应的实时监测

  1. 用标准方法胰蛋白酶处理和计数发送方和接收单元的数字。准备1毫升的混合悬浮液的总体积 2.5 x 104接收机和 1.25 x 105发件人单元 (1:5 比率)。
    注意: 2:1、1:1 或1:2 发件人-接收器比率还可以使用 1.5 x 105的总单元格数。10
  2. 24井黑板各井中的板块混合单元, 培养基中含有1毫米荧光素的培养基。
  3. 对平板阅读器中的细胞进行荧光素酶检测, 并确认输出信号对记录系统不太高。
    注: 如果输出信号高于 1 x 106光子计数/秒, 则它们可能已饱和。在这种情况下, 将荧光素的浓度降低到最佳值, 以便输出信号低于 1 x 10 6 光子计数/秒.
  4. 在录音系统上设置车牌, 然后启动录制程序 (图 1D)。例如, 设置录音后, 在18小时开始照明。
    注意: 时间滤波, 如 detrending 信号的运动平均和 Savitzky-Golay 滤波, 对于波形和峰值检测的可视化是有用的。

4. 单细胞水平动态发件人-接收器检测: Optogenetic 摄动控制下单细胞反应的实时成像

  1. 板 0.5 x 105接收机和 2.5 x 105发件人单元格到27毫米直径-玻璃基35毫米直径菜肴。确保正确调整混合比率和总细胞数 (细胞密度)。
  2. 电镀后的一天, 交换介质与2毫升的记录介质 (苯酚-红色自由 DMEM 培养基补充5% 的血清, 青霉素-链霉素和1毫米荧光素), 并设置玻璃基盘在显微镜上。如有必要, 用 PBS (-) 冲洗死细胞的碎片。
    注意: 最好在黑暗条件下执行此步骤。
  3. 在37摄氏度和 5% CO2上安装一个环境室的倒置显微镜。
  4. 设置一个冷却的 CCD 相机。确保 CCD 传感器的温度降低到目标值 (通常为-90 摄氏度)。
  5. 在自动采集软件中设置 "多维 Timelapse" 窗口的参数, 以5分钟间隔和288倍以上 (一夜录音) 捕捉图像。
    1. 打开 "多维 Timelapse" 窗口, 从下拉菜单中选择一个发光通道和一个慢速 50 kHz 读出模式, 并设置 4 x 4 binning, 其曝光率为4分钟。确保读出模式设置为慢速50赫模式, 这对于减少读出的噪声以检测弱发光的生物发光光至关重要。
    2. 打开 "多维 Timelapse" 窗口, 从下拉菜单中选择 "荧光通道" 和 "快速 1 MHz 读出" 模式, 并设置 2 x 2 binning 和 400 ms 曝光。确保读出模式设置为快速 1 MHz 模式, 以减少荧光成像所需的时间。
    3. 通过单击 "获取" 按钮开始定时记录。
  6. 用图像分析软件从时间推移电影中提取出发光通道的单细胞痕迹, 如下所示。首先, 将图像数据导入图像分析软件, 使发光和荧光叠加图像。对于发光图像, 通过比较在世俗相邻图像中像素的强度, 将像素值替换为上一个和下一个帧的时间平均值 (实现为 "SpikeNoise 过滤器"), 删除来自宇宙射线的热像素,将这些已处理的图像应用于空间平滑滤镜, 并从每个帧中减去外场视图的背景像素值。然后, 在每个时间点确定荧光图像上每个单元格的 "感兴趣区域" (roi), 将 roi 应用于发光图像, 并测量每个 ROI 的发光强度。

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Results

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我们适应了 LightOn 系统11,12, 这使得在哺乳动物细胞中的照片诱导的基因表达, 研究的基因振荡器与 2-到 3-小时周期性。该系统包括两部分: 光诱导转录激活剂 hGAVPO 和一个无人机启动盒, 以推动转录的任意基因的兴趣。为了加速光诱导基因表达的脉动动力学, 波利亚 Hes1 3 ' UTR 取代了无人参与启动盒中的序列, 缩短了小鼠成纤维细胞的 mRNA 半衰期为20分钟。

为了建立稳定的细胞系, 使用了基于 Tol2 transposase 系统的三 cistronic 向量13 (图 1A)。Tol2 表达载体对提高质粒盒的染色体整合效率具有重要意义14。这些载...

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Discussion

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我们展示了一种控制基因表达动力学的方法, 周期为2到3小时。这个时间尺度比其他传统系统中的周期要短得多, 包括 LightOn 系统和原始的系统。达到超时间尺度的关键参数是光诱导的分子产物、基因和蛋白质的半衰期。这些动力学参数可能取决于细胞类型和种类。为调整动力学, 替换 Hes1 3 ' UTR 序列与其他是一个直接向前的方式, 因为它不改变目标蛋白质的序列和作用。为了寻求其他 3 ' UTRs 获得理想的脉动模式, 在特定的细胞, 光诱导的活细胞监测 dLuc 是一个良好的出发点, 并用于筛选和验证。

最常问的问题之一是对光敏感细胞的日常处理。在动态发件人-接收器检测的缺口信号, 我们能够做每日细胞通道下的房间灯, 因为我们的系统 (照片诱导 dLuc 或 Dll1 细胞和接收细胞) 不改变细胞增殖和迅速恢复休息状态后6小时内的细胞被移动到一个黑暗的条件。如果感兴趣的基因是命运决定因素, 漏表达可以诱导细胞分化或防止细胞的扩张, 因此, 建立一个红光环境, 以避免不良的 optogenetic 摄动是必要的, 在细胞处理。

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Disclosures

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作者没有什么可透露的。

Acknowledgements

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这项工作得到了 JST (人工智能) 的支持, 进化科学和技术的核心研究 (JPMJCR12W2 (警服)), 为创新领域的科学研究提供资助 (教育部、文化部、体育、科学和技术部 (下个), 日本26119708 (人工智能) 和 16H06480 (警服)), 科学研究 (a) (日本促进科学学会 (jsp) 24240049 (警服)) 和年轻科学家 (A) (jsp 15H05326 (人工智能)) 和一个资助为创新领域的科学研究 "荧光"现场成像" 的下个, 日本和平台的动态方法的生活系统从下个, 日本。

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
FACSBecton， Dickinson and CompanyFACSAriaII SORP
相机AndoriKon M-934
显微镜奥林巴斯IX-81 ZDC
PMT 设备Churitsu eletric corp.CL24B-LIC/B
蓝色 LED 照明器OptoCodeLEDB-SBOXH
DMEMNacalai08459-35
青霉素-链霉素Nacalai26253-84
胎牛血清Sigma172012
KRYSTAL24（黑色 24 孔板）高科技303012
D-荧光素钾盐Nacalai20028-24
测光表LI-COR BiosciencesLI-250A
抗 HA-过氧化物酶抗体罗氏克隆 3F10
抗肌动蛋白-过氧化物酶抗体Wako克隆 2F3

References

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