本方案概述了在酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)模型中,针对与肌萎缩侧索硬化症(ALS)和帕金森病相关蛋白过表达所引发的组蛋白翻译后修饰(PTM)全基因组水平变化的表征实验流程。经SDS-PAGE分离后,通过特异性识别修饰位点的抗体,利用蛋白质印迹法(Western blotting)检测各组蛋白PTM的水平。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| -His DO 补充剂 | Clontech | 630415 | |
| 10x 电泳缓冲液 | 配制:141.65 g 甘氨酸(ThermoFisher BP381-1)、30.3 g Trizma 碱基(Sigma-Aldrich T6066)、10 g 十二烷基硫酸钠(Sigma-Aldrich L3771),溶于 1 L 去离子水中,调 pH 至 8.8。 | ||
| 12% 聚丙烯酰胺凝胶 | BIO-RAD | 456-1041 | |
| 2-巯基乙醇 | Sigma-Aldrich | M3148 | |
| 抗乙酰化组蛋白 H3(Lys14)一抗 | MilliporeSigma | 07-353(批号 2762291) | 稀释比例:1/1000 |
| 抗乙酰化组蛋白 H4(Lys16)一抗 | Abcam | ab109463(批号 GR187780) | 稀释比例:1/2000 |
| 抗乙酰化组蛋白 H4(Lys12)一抗 | Abcam | ab46983(批号 GR71882) | 稀释比例:1/5000 |
| 抗二甲基化组蛋白 H3(Lys36)一抗 | Abcam | ab9049(批号 GR266894, GR3236147) | 稀释比例:1/1000 |
| 抗组蛋白 H3 一抗 | Abcam | ab24834(批号 GR236539, GR174196, GR3194335) | 核蛋白上样对照;稀释比例:1/2000 |
| 抗磷酸化组蛋白 H2B(Thr129)一抗 | Abcam | ab188292(批号 GR211874) | 稀释比例:1/1000 |
| 抗磷酸化组蛋白 H3(Ser10)一抗 | Abcam | ab5176(批号 GR264582, GR192662, GR3217296) | 稀释比例:1/1000 |
| BioPhotometer D30 | Eppendorf | 6133000010 | |
| 细胞培养皿(100 × 20 mm) | Eppendorf | 30702118 | |
| 96 孔细胞培养板 | Eppendorf | 30730011 | |
| Centrifuge 5804/5804 R/5810/5810 R | Eppendorf | 22625501 | |
| 驴抗小鼠 IRDye 800 CW | LI-COR | 926-32212(批号 C60301-05, C61116-02, C80108-05) | 稀释比例:1/5000 |
| 驴抗兔 IRDye 860 RD | LI-COR | 926-68073(批号 C60217-06, C70323-06, C70601-05, C80116-07) | 稀释比例:1/2500 |
| 乙醇 | Sigma-Aldrich | E7023 | |
| 加厚印迹纸(滤纸) | BIO-RAD | 1703968 | |
| 半乳糖 | Sigma-Aldrich | G0750 | 配制 20% w/v 储存液。 |
| 葡萄糖 | Sigma-Aldrich | G8270 | 配制 20% w/v 储存液。 |
| 甘油 | Sigma-Aldrich | G5516 | 配制 50% w/v 溶液。 |
| Immobilon-FL 转膜膜 | MilliporeSigma | IPFL00010 | |
| 乙酸锂二水合物(LiAc) | Sigma-Aldrich | L4158 | 配制 1 M 溶液。 |
| 上样缓冲液 | 配制:1.2 g 十二烷基硫酸钠、6 mg 溴酚蓝(Sigma-Aldrich B8026)、4.7 mL 甘油、1.2 mL 0.5 M Trizma 碱基(pH 6.8)、0.93 g DL-二硫苏糖醇(Sigma-Aldrich D0632),加去离子水至总体积 2.1 mL。 | ||
| 甲醇 | ThermoFisher | A412-4 | |
| Mini-PROTEAN Tetra 垂直电泳槽 | BIO-RAD | 1658004 | |
| 多通道移液器 | Eppendorf | 2231300045 | |
| NEB 限制性内切酶缓冲液 2.1,10x | New England Bio Labs | 102855-152 | |
| Nhe I 限制性内切酶 | New England Bio Labs | 101228-710 | |
| 无核酸酶水 | Qiagen | 129114 | |
| Odyssey Fc 成像系统 | LI-COR Biosciences | 2800-03 | |
| OmniTray 细胞培养处理带盖无菌聚苯乙烯培养盘(86 × 128 mm) | ThermoFisher | 165218 | |
| pAG303GAL-a-synuclein-GFP | 由 A. Gitler 惠赠 | ||
| pAG303GAL-ccdB | Addgene | 14133 | |
| pAG303Gal-FUS | Addgene | 29614 | |
| pAG303GAL-TDP-43 | 由 A. Gitler 惠赠 | ||
| 聚乙二醇(PEG) | Sigma-Aldrich | P4338 | 配制 50% w/v 溶液。 |
| Ponceau S 染色液 | Sigma-Aldrich | P3504 | 配制:0.5 g 0.1% w/w Ponceau S 染料、5 mL 1% v/v 乙酸(Sigma-Aldrich 320099),溶于 500 mL 去离子水中。 |
| PowerPac Basic 电源 | BIO-RAD | 164-5050 | |
| 棉子糖五水合物 | Sigma-Aldrich | R7630 | 配制 10% w/v 储存液。 |
| 鲑精 DNA | Agilent Tech | 201190 | |
| SD-His 平板 | 配制:20 g 琼脂(Sigma-Aldrich A1296)、0.77 g -His DO 补充剂、6.7 g 无氨基酸酵母氮源基础(ThermoFisher 291920),溶于 900 mL 去离子水中。 | ||
| SGal-His 平板 | 配制:20 g 琼脂、0.77 g -His DO 补充剂、6.7 g 无氨基酸酵母氮源基础、100 mL 半乳糖溶液,加去离子水至总体积 900 mL。 | ||
| 十二烷基硫酸钠上样缓冲液 | 于 -20 °C 保存。6X 配方:1.2 g 十二烷基硫酸钠、6 mg 溴酚蓝、0.93 g DL-二硫苏糖醇、2.1 mL 去离子水、4.7 mL 甘油、1.2 mL 0.5 M Trizma 碱基(pH 6.8)。 | ||
| 氢氧化钠 | Sigma-Aldrich | 221465 | 配制 0.2 M 溶液。 |
| 蔗糖 | Sigma-Aldrich | 84097 | 配制 20% w/v 储存液。 |
| TBS + 0.1% Tween 20(TBST) | 配制:100 mL 10X TBS、1 mL Tween 20(Sigma-Aldrich P7949),加去离子水至总体积 900 mL。 | ||
| TBS 封闭缓冲液 | LI-COR | 927-5000 | |
| Trans-Blot SD 半干式电转移槽 | BIO-RAD | 170-3940 | |
| 转膜缓冲液 | 配制:22.5 g 甘氨酸、4.84 g Trizma 碱基、400 mL 甲醇、1 g 十二烷基硫酸钠,加去离子水至总体积 1.6 L。 | ||
| Tris 缓冲盐水(TBS) | 10X,pH 7.6:配制 24 g Trizma 碱基和 88 g 氯化钠(Sigma-Aldrich S7653),加去离子水至 1 L。 | ||
| WT 303 S. cerevisiae 酵母 | 由 J. Shorter 惠赠 | ||
| 酵母提取物蛋白胨葡萄糖(YPD)培养基 | Sigma-Aldrich | Y1375 |
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