该协议概述了实验程序, 以描述全基因组的变化, 在与 ALS 和帕金森病相关的蛋白质过度表达的情况下, 组蛋白翻译后修饰 (PTM) 的水平发生。酿酒酵母模型。SDS-PAGE 分离后, 通过西方印迹, 通过修正特异性抗体检测单个组蛋白 PTM 水平。
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| Name | Company | Catalog Number | Comments |
|---|---|---|---|
| -His DO 补充剂 | Clontech | 630415 | |
| 10x 跑步缓冲液 | 混合物:141.65 g 甘氨酸 (ThermoFisher BP381-1)、30.3 g Tizma 碱 (Sigma-Aldrich T6066)、10 g 十二烷基硫酸钠 (Sigma-Aldrich L3771) 和 1 L 去离子水,pH 8.8。 | ||
| 12% 聚丙烯酰胺凝胶 | BIO-RAD | 456-1041 | |
| 2-巯基乙醇 | Sigma-Aldrich | M3148 | |
| 抗乙酰组蛋白 H3 (Lys14) 一抗 | MilliporeSigma | 07-353(批号 2762291) | 稀释度:1/1000 |
| 抗乙酰组蛋白 H4 (Lys 16) 一抗 | Abcam | ab109463(批号GR187780) | 稀释度:1/2000 |
| 抗乙酰组蛋白 H4 (Lys12) 一抗 | Abcam | ab46983(批号)GR71882) | 稀释度:1/5000 |
| 抗二甲基组蛋白 H3 (Lys36) 一抗 | Abcam | ab9049(批号)GR266894、GR3236147) | 稀释度:1/1000 |
| 抗组蛋白 H3 一抗 | Abcam | ab24834(批号。GR236539、GR174196、GR3194335) | 核负载控制;稀释度:1/2000 |
| 抗磷酸化组蛋白 H2B (Thr129) 一抗 | Abcam | ab188292(批号)GR211874) | 稀释度:1/1000 |
| 抗磷酸化组蛋白 H3 (Ser10) 一抗 | Abcam | ab5176(批号)GR264582、GR192662、GR3217296) | 稀释度:1/1000 |
| 生物光度计 D30 | Eppendorf | 6133000010 | |
| 细胞培养皿 (100 x 20 mm) | Eppendorf | 30702118 | |
| 细胞培养板,96 孔 | Eppendorf | 30730011 | |
| 离心机 5804/5804 R/5810/5810 R | Eppendorf | 22625501 | |
| 驴抗小鼠 IRDye 800 CW | LI-COR | 926-32212(批号C60301-05、C61116-02、C80108-05) | 稀释度:1/5000 |
| 驴抗兔 IRDye 860 RD | LI-COR | 926-68073(批号C60217-06、C70323-06、C70601-05、C80116-07) | 稀释度:1/2500 |
| 乙醇 | Sigma-Aldrich | E7023 | |
| 超厚印迹纸(滤纸) | BIO-RAD | 1703968 | |
| 半乳糖 | Sigma-Aldrich | G0750 | 制备 20% w/v 储备液。 |
| 葡萄糖 | Sigma-Aldrich | G8270 | 制备 20% w/v 储备溶液。 |
| 甘油 | Sigma-Aldrich | G5516 | 制备 50 % w/v 溶液。 |
| Immobilon-FL 转移膜 | MilliporeSigma | IPFL00010 | |
| 乙酸锂二水合物 (LiAc) | Sigma-Aldrich | L4158 | 制备 1 M 溶液。 |
| 上样染料 | 混合物:1.2 g 十二烷基硫酸钠、6 mg 溴酚蓝 (Sigma-Aldrich B8026)、4.7 mL 甘油、1.2 mL 0.5M Trizma 碱 pH 6.8、0.93 g DL-二硫苏糖醇 (Sigma-Aldrich D0632) 和 2.1 mL 去离子水。 | ||
| 甲醇 | ThermoFisher | A412-4 | |
| Mini-PROTEAN Tetra 垂直电泳槽 | BIO-RAD | 1658004 | |
| 多通道移液器 | Eppendorf | 2231300045 | |
| NEB 限制性内切酶缓冲液 2.1,10x | New England Bio Labs | 102855-152 | |
| Nhe I 限制性内切酶 | New England Bio Labs | 101228-710 | |
| 无核酸酶水 | Qiagen | 129114 | |
| Odyssey Fc 成像系统 | LI-COR Biosciences | 2800-03 | |
| OmniTray 细胞培养物,带盖无菌,PS (86 x 128 mm) | ThermoFisher | 165218 | |
| pAG303GAL-a-突触核蛋白-GFP | 来自 A. Gitler | ||
| pAG303GAL-ccdB | Addgene | 14133 | |
| 的礼物pAG303Gal-FUS | Addgene | 29614 | |
| pAG303GAL-TDP-43 | 来自 A. Gitler | ||
| 聚乙二醇 (PEG) | Sigma-Aldrich | P4338 | 的礼物 准备 50% w/v 溶液。 |
| 丽春红 S 染色 | Sigma-Aldrich | P3504 | 混合物:0.5 g 0.1% w/w 丽春红 S 染料、5 mL 1% v/v 乙酸(Sigma-Aldrich 320099)和 500 mL 去离子水。 |
| PowerPac 基本电源 | BIO-RAD | 164-5050 | |
| 棉子糖五水合 | Sigma-Aldrich | R7630 | 准备 10% w/v 储备溶液。 |
| 鲑鱼精子 DNA | Agilent Tech | 201190 | |
| SD-His 板 | 混合物:20 g 琼脂 (Sigma-Aldrich A1296)、0.77 g -His DO 补充剂、6.7 g 酵母氮碱(不含氨基酸)和 900 mL 去离子水。 | ||
| SGal-His 板 | 混合物:20 g 琼脂、0.77 g -His DO 补充剂、6.7 g 不含氨基酸的酵母氮碱、100 mL 半乳糖溶液和 900 mL 去离子水。 | ||
| 十二烷基硫酸钠上样缓冲液 | 储存在 -20 oC。6X,混合:1.2 g 十二烷基硫酸钠、6 mg 溴酚蓝、0.93 g DL-二硫苏糖醇、2.1 mL 去离子水、4.7 mL 甘油和 1.2 mL 0.5 M Trizma 碱,pH 6.8。 | ||
| 氢氧化钠 | Sigma-Aldrich | 221465 | 制备 0.2 M 溶液。 |
| 蔗糖 | Sigma-Aldrich | 84097 | 制备 20% w/v 储备液。 |
| TBS + 0.1% 吐温 20 (TBST) | 混合物:100 mL 10X TBS、1 mL 吐温 20 (Sigma-Aldrich P7949) 和 900 mL 去离子水。 | ||
| TBS 封闭缓冲液 | LI-COR | 927-5000 | |
| Trans-Blot SD 半干电泳转移槽 | BIO-RAD | 170-3940 | |
| 转移缓冲液 | 混合物:22.5 g 甘氨酸、4.84 g Tizma 碱、400 mL 甲醇、1 g 十二烷基硫酸钠和 1.6 L 去离子水。 | ||
| Tris 缓冲盐水 (TBS) | 10X,7.6 pH 值,溶液:混合 24 g Trizma 碱和 88 g 氯化钠 (Sigma-Aldrich S7653)。用去离子水填充至 1 L。 | ||
| WT 303 酿酒酵母酵母 | J. Shorter | ||
| 酵母提取物蛋白胨葡萄糖 (YPD) | Sigma-Aldrich | Y1375 |
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