本文介绍了一种利用电穿孔管对哺乳动物细胞进行高效CRISPR/Cas9核糖核蛋白介导的基因编辑的实验方案。
方法文章
* These authors contributed equally
本文介绍了一种利用电穿孔管对哺乳动物细胞进行高效CRISPR/Cas9核糖核蛋白介导的基因编辑的实验方案。
以CRISPR相关蛋白9(Cas9)为代表的基因编辑核酸酶正成为生物医学研究中的主流工具。通过转染将CRISPR/Cas9元件成功递送至靶细胞,是实现高效基因编辑的前提条件。本实验方案表明,采用电穿孔管(TE)设备介导CRISPR/Cas9核糖核蛋白(RNP)与单链寡脱氧核苷酸(ssODN)供体模板共同递送至多种哺乳动物细胞,可实现高效且精确的基因编辑。首先,应用TE技术将CRISPR/Cas9 RNP与ssODN递送至兔成纤维细胞,以在白细胞介素2受体γ亚基(IL2RG)基因和蝶呤还原酶(SPR)基因中诱导致病性突变。经细菌TA克隆测序分析,获得3.57%–20%的精确突变率。随后,该策略被应用于人诱导多能干细胞(iPSCs),靶向多个临床相关基因,包括表皮生长因子受体(EGFR)、心肌肌球蛋白结合蛋白C(Mybpc3)以及血红蛋白β亚基(HBB)基因。深度测序(DeepSeq)结果显示,突变精确率稳定维持在较高水平(11.65%–37.92%)。本研究证明,采用电穿孔管递送CRISPR/Cas9 RNP是一种适用于哺乳动物细胞基因编辑的高效转染方案。
CRISPR/Cas9 是基因编辑中最常用的可编程核酸酶。其作用机制依赖于单导向RNA(sgRNA)介导的靶序列识别,同时识别基因组中的靶序列和相邻的原间隔序列邻近基序(PAM)。Cas9核酸酶在PAM序列上游三个核苷酸的位置产生双链DNA断裂(DSB)1。这些DSB可通过易错的非同源末端连接(NHEJ)或同源定向修复(HDR)途径进行修复。为了通过HDR途径实现精确的基因编辑,通常需提供供体模板,其形式为质粒DNA(pDNA)或单链寡脱氧核苷酸(ssODN)。
CRISPR/Cas9 与 sgRNA 可通过三种形式递送至细胞:Cas9 蛋白与 gRNA 组成的核糖核蛋白(RNP)复合物2,3;Cas9 mRNA 与 sgRNA4,5;或包含必要启动子、驱动表达的 sgRNA 以及 Cas9 编码区的质粒 DNA(pDNA)6,7,8。许多研究团队已证实,当以 RNP 形式递送 CRISPR/Cas9 时,基因编辑效率通常优于 pDNA 或 mRNA 形式,这归因于 RNP 的尺寸远小于核酸分子9。此外,先前研究已表明,一种新型的试管电穿孔(TE)设备在多种细胞类型的基因编辑应用中尤为高效9。
本研究展示了一种利用转座电穿孔(TE)技术将CRISPR/Cas9核糖核蛋白(RNP)递送至多种哺乳动物细胞中多个临床相关位点的逐步操作方案。这种新型的TE转染技术及其高同源定向修复(HDR)效率现象,可能在生物医学研究中具有广泛的应用前景。
所有动物的饲养、护理和使用程序均经密歇根大学机构动物护理和使用委员会(IACUC)审查并批准。
1. 细胞准备
2. gRNA 和供体寡核苷酸的设计与合成
3. Cas9核糖核蛋白和ssODN的管式电穿孔
4. 基因编辑事件的分析
将 Cas9 RNP 和 ssODN 递送至兔成纤维细胞
TE介导Cas9核糖核蛋白递送至哺乳动物细胞的整体流程如图1所示。首先,在兔成纤维细胞中对IL2RG基因引入C231Y和Q235X突变,并在SPR基因中引入R150G突变。已知IL2RG和SPR基因的功能缺失突变分别会导致原发性免疫缺陷11和运动及认知功能障碍12。
特异的sgRNA设计如图2A所示。用于扩增靶向区域的引物列于表3中。ssODN序列见表1。基因编辑效率通过细菌TA克隆法测定(图2B)。在IL2RG C231位点,共测序28个克隆,其中1个(3.57%)携带精确的C231Y突变,4个(14.28%)携带插入或缺失(indel)突变,其余23个(82%)为野生型。在IL2RG Q235位点,共测序27个克隆,其中2个(7.41%)携带精确的Q235X突变,3个(11.11%)携带indel突变,其余为野生型。在SPG R150位点,共测序20个克隆,其中5个(25%)携带精确的R150G突变,10个(50%)携带indel突变,其余为野生型。
将 Cas9 RNP 和 ssODN 递送至人 iPSC
随后采用TE技术将Cas9核糖核蛋白复合物(RNP)和单链寡脱氧核苷酸(ssODNs)递送至人诱导多能干细胞(iPSCs),以靶向EGFR、Mybpc3和HBB基因中具有临床意义的位点。EGFR基因T790位点邻近区域的点突变可导致携带EGFR激活突变的非小细胞肺癌(NSCLC)患者对EGFR酪氨酸激酶抑制剂产生耐药性13。Mybpc3基因第16外显子的移码突变与肥厚型心肌病相关14。HBB基因的E6V点突变可引发镰状细胞病15。
特异的sgRNA设计如图3A所示。用于扩增靶向区域的引物列于表3中。ssODN序列见表1。基因编辑效率通过深度测序(DeepSeq)确定(图3B)。在EGFR位点,15.68%的等位基因携带精确的点突变(6,315条读长),22.75%携带插入缺失突变(9,162条读长),其余61.57%为野生型(24,797条读长)。在Mybpc3位点,37.92%携带精确的4个碱基TGAA缺失(11,654条读长),2.24%携带插入缺失突变(410条读长),其余59.84%为野生型(18,692条读长)。在HBB位点,11.65%携带精确的E6V突变(6,565条读长),23.35%携带插入缺失突变(13,163条读长),其余65%为野生型(36,644条读长)。

图1:Cas9核糖核蛋白离心管电穿孔流程图。

图2:兔成纤维细胞的基因编辑。(A)靶序列示意图。方框表示靶向位点,带下划线的字母对应gRNA序列,红色字母表示PAM序列。(B)基因编辑事件的TA克隆结果。方框表示精确突变的位点,所示的Indel序列为一种等位基因类型的代表,其他Indel序列未显示。请点击此处查看此图的放大版本。

图 3:人类诱导多能干细胞的基因编辑。(A)靶序列示意图。方框表示靶向位点。带下划线的字母对应 gRNA 序列。红色字母表示 PAM 序列。(B)基因编辑事件的深度测序结果。方框表示精确突变的位点。红色字母表示在供体模板中引入的同义突变。所示插入缺失序列仅代表一种等位基因类型,其他插入缺失序列未显示。请点击此处查看该图的放大版本。
| 位点 | 寡核苷酸序列 | |||||||
| (靶向突变) | ||||||||
| Rabbit IL2RG (C231Y) | AGCGTGGATGGGCAGAAACTCTACACGTTCCGAGTCCGGAGCCGTTTTAACCCTTTGTATGGGAGTGCTCAGCATTGGAGT GAATGGAGCCACCCGATCCACTGGGGGAGCAAAACTTCAAAGGGTAAAATGGGCCT | |||||||
| Rabbit IL2RG (Q235X) | AGCGTGGATGGGCAGAAACTCTACACGTTCCGAGTCCGGAGCCGTTTTAACCCTTTGTGTGGGAGTGCTTAGCATTGGAGT GAATGGAGCCACCCGATCCACTGGGGGAGCAAAACTTCAAAGGGTAAAATGGGCCT | |||||||
| Rabbit SPR | gacctccatgctctgcctgacctcctgcatcctgaaggcgtttcctgccagtcctggCctcagcgggactgtggtgaacatctcgtcgctgtgtgccctgcagcccttcaagggctggg cgctgtac | |||||||
| (R150G) | ||||||||
| Human EGFR | ACGTGATGGCCAGCGTGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCTACAGTCCAACTGATTACCC AGCTCATGCCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTAC | |||||||
| (T790附近点突变) | ||||||||
| Human Mybpc3 | GCCCCCTGTGCTCATCACGCGCCCCTTGGAGGACCAGCTGGTGATGGTGGGGCAGCGGGTGGAGTTTGCGAGGTATCGGA GGAGGGGGCGCAAGTCAAATGGTGAGTTCCAGAAGCACGGGGCATGGGTGTTGGGGGCAT | |||||||
| (4-bp缺失) | ||||||||
| Human HBB | TCTGACACAACTGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACTCCTGTGGAGAAGTCTGCAGTTACTGCC CTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAG | |||||||
| (E6V) | ||||||||
表1:ssODN序列。
| 步骤 | 问题 | 可能的原因 | 溶液 |
| 2.1 | 低插入缺失率 | gRNA设计不佳,gRNA储存液 >6 个月,低浓度向导 RNA | 重新设计向导RNA,制备/订购新的向导RNA。 |
| 2.3 | PGE 效率低 | 供体DNA设计不佳、向导RNA效率低下、供体DNA用量不当或DNA质量差 | 增加同源臂长度,引入PAM突变,对供体DNA引入同义突变,使用更高效的引导RNA,优化Cas9蛋白与引导RNA的比例。 |
| 3.4 | 转染失败 | 电转过程中将细胞-缓冲液混合物转移至电转管时产生气泡,电压/时长设置错误 | 尽量避免气泡形成,调整电压/持续时间设置。 |
| 3.6 | 电穿孔后细胞存活率低 | 人源单个iPS细胞存活率低 | 电穿孔后添加ROCK抑制剂,增加细胞数量。 |
| 4.1 | PCR失败 | 高GC含量或重复序列 | 优化PCR条件,在PCR体系中加入DMSO。 |
表2:常见问题的故障排除指南。
| 引物名称 | 序列 | 备注 |
| Rb-IL2RG-F | CATGACAGTGACAGGGTCCC | 用于扩增兔 IL2RG DNA 片段 |
| Rb-IL2RG-R | TGCCAGAGACACAAGCGAAC | |
| Rb-SPR-F | GTACTTTGGAGGGACAGAGG | 用于扩增兔 SPR DNA 片段 |
| RB-SPR-R | CTCAGCACCCTGACACTGGG | |
| H-EGFR-F | TGATGGCCAGCGTGGACAAC | 用于扩增人 EGFR DNA 片段 |
| H-EGFR-R | ACCAGTTGAGCAGGTACTGGG | |
| H-Mybpc3-F | ATGCCCCGTGCTTCTGGAAC | 用于扩增人 Mybpc3 DNA 片段 |
| H-Mybpc3-R | TCAGGGGAGCCAACCCTCAT | |
| H-HBB-F | TAACCTTGATACCAACCTGC | 用于扩增人 HBB DNA 片段 |
| H-HBB-R | CATTTGCTTCTGACACAACT |
表3:步骤4.3中使用的引物。
管式电穿孔法可有效将CRISPR/Cas9核糖核蛋白(RNP)和单链寡脱氧核苷酸(ssODN)递送至兔和人类细胞,实现高效且精确的基因编辑(PGE)。TE与传统电穿孔设备的主要区别在于使用了一种特殊设计的管状结构,其中两个电极分别位于管的顶部和底部,样品在完全装入后即密封并进行电穿孔(图1)。相比之下,传统比色皿的电极位于两侧,且在电穿孔过程中样品未完全密封。这种新设计减少了气泡的产生并压缩了气泡的尺寸,从而改善了电场电压的均匀分布,最终降低了细胞死亡率并提高了转染效率9。在本研究中,针对人诱导多能干细胞(iPSCs)中的EGFR、Mybpc3和HBB基因,实现了较高的精确基因编辑率(15%–37%)。这些结果与先前在人类干细胞中实现高精确基因编辑率的报道一致9。
在兔细胞中靶向了IL2RG和SPR基因的致病性突变。近期已成功构建IL2RG基因敲除兔,作为人类X连锁严重联合免疫缺陷症(SCID-X1)的模型16,17。本研究显示,可在兔细胞中高效产生患者来源的IL2RG突变(例如C231Y和Q235X),证明了构建携带患者突变的SCID-X1兔模型的可行性。同时证明,SPR基因R150G突变也可在兔细胞中高效构建。该突变可导致儿童出现运动和认知功能障碍12。一旦成功建立,这些携带IL2RG和SPR突变的兔模型可作为转化医学研究中宝贵的临床前模型,并可用于开发基于基因编辑的单基因病治疗策略。
CRISPR/Cas9介导的基因编辑应用的一个关注点是脱靶编辑事件。本研究中使用的sgRNA在预测的主要脱靶位点处的插入缺失(indel)率,采用先前描述的方法进行了分析9(见表S1)。总共分析了sg-rb-IL2RG-01的7个潜在主要脱靶位点、sg-rb-SPR的5个、sg-hEGFR的7个、sg-hMybpc3的5个以及sg-hHBB的7个脱靶位点,所用引物列于表S2中。T7E1检测未发现任何脱靶插入缺失(图S1),表明使用这些sgRNA进行CRISPR/Cas9介导的基因编辑具有极低的脱靶风险。这也说明管式电穿孔方法本身不会引起或增加脱靶编辑。然而,仍应致力于减少或消除不必要的脱靶编辑。对于拟用于临床应用的细胞,可能需要通过全基因组测序来排除此类事件。
在技术层面,以下因素被认为是通过CRISPR/Cas9 RNP电穿孔实现高效精确基因组编辑的关键。首先,建议选择具有预测低脱靶效应的高效sgRNA。在将选定的sgRNA用于精确基因编辑(PEG)应用之前,必须验证其插入缺失(indel)效率。软件预测效果良好的sgRNA在验证步骤中失败的情况并不少见。
其次,为了实现较高的同源定向修复效率(PGE),建议在可能的情况下对单链寡核苷酸(ssODN)供体引入PAM突变。其原理在于,这样做可以防止CRISPR/Cas9在供体模板整合后再次切割。在某些情况下,PGE本身即可引入PAM突变;而在其他情况下,可以在PAM序列中引入沉默突变。如果无法实现PAM突变,则建议尽量在供体中引入多个对应于sgRNA序列的沉默突变。
第三,对于转染电穿孔(TE)而言,尤其需要注意的是,在将细胞和RNP混合物转移至电穿孔管时,应避免产生气泡。尽管电穿孔管的设计本身已尽可能减少气泡的形成,但谨慎操作可进一步降低甚至完全避免气泡的产生。针对在采用电穿孔管进行CRISPR/Cas9核糖核蛋白介导的精确基因编辑过程中可能遇到的常见问题,表2提供了相应的故障排除指南。
综上所述,本文证明了管式电穿孔是一种将CRISPR/Cas9核糖核蛋白复合物(RNP)和单链寡脱氧核苷酸(ssODNs)递送至哺乳动物细胞以实现高同源定向修复(PGE)效率的有效方法。这种新型的TE转染技术及其稳定的精确基因编辑效率,可能有助于推动基因编辑技术的应用发展。
J. C. 供职于 Celetrix LLC,该公司为管式电穿孔仪的制造商。L. M.、L. J.、J. S.、D. Y.、J. Z.、Y. E. C. 和 J. X. 宣布无竞争利益冲突。
本工作由美国国立卫生研究院(R21OD023194,授予JX)资助。本工作使用了密歇根大学医学中心转化科学与治疗学先进模型中心(CAMTraST)资助的核心服务。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| Accutase | STEMCELL Technologies | 792 | 人iPSC的细胞解离溶液,首次使用于步骤1.1.2。 |
| Cas9 Nuclease 3NLS | IDT | 1074182 | Cas9蛋白,首次使用于步骤3.3。 |
| DMEM | Thermo Fisher | 11965092 | 用于细胞培养,首次使用于步骤1.2.3。 |
| DPBS | Thermo Fisher | 1708075 | 用于制备细胞培养液,首次使用于步骤1.2.2。 |
| EDTA | Lonza | 51201 | 用于配制裂解缓冲液,首次使用于步骤4.1。 |
| Electroporation buffer | Celetrix | 13–0104 | 电穿孔缓冲液,首次使用于步骤3.2。 |
| Electroporation tubes | Celetrix | 20 μL: 12–0107; 120 μL: 12–0104 | 电穿孔管,首次使用于步骤3.4。 |
| Electroporator | Celetrix | CTX-1500A LE | 管式电穿孔仪,首次使用于步骤3.5 |
| Fetal bovine serum | Sigma Aldrich | 12003C | 用于细胞培养,首次使用于步骤1.2.2。 |
| Forma CO2 Incubators | Thermo Fisher | Model 370 | 用于细胞培养,首次使用于步骤1.1。 |
| Gel Extraction Kit | Qiagen | 28115 | 用于凝胶纯化,首次使用于步骤4.3。 |
| Human induced pluripotent stem cells | American Type Culture Collection | ACS-1030 | 人iPSC,首次使用于步骤1.1。 |
| Matrigel | Corning | 354277 | 人工细胞外基质;用于细胞培养板的预包被,首次使用于步骤1.1。 |
| mTeSR 1 medium | STEMCELL Technologies | 85850 | 无饲养层人iPSC培养基,首次使用于步骤1.1。 |
| PCR SV mini | GeneAll | 103-102 | 用于PCR产物纯化,首次使用于步骤4.3。 |
| Penicillin-Streptomycin | Thermo Fisher | 15140163 | 用于制备细胞培养液,首次使用于步骤1.2.2。 |
| Phenol-chloroform | Thermo Fisher | 15593031 | 用于DNA提取,首次使用于步骤4.2。 |
| Precision gRNA Synthesis Kit | Invitrogen | A29377 | 用于全长gRNA(向导RNA)的合成,首次使用于步骤2.4。 |
| Proteinase K Solution | Thermo Fisher | AM2548 | 用于DNA提取,首次使用于步骤4.1。 |
| Q5 high-fidelity DNA polymerase | NEB | M0491 | 用于PCR扩增,首次使用于步骤4.3。 |
| Sodium dodecyl sulfate | Sigma Aldrich | L3771 | 用于配制裂解缓冲液,首次使用于步骤4.1。 |
| TA Cloning Kit | Thermo Fisher | K457502 | 用于TA克隆测序,首次使用于步骤4.4。 |
| Tissue Culture Dish (10 cm) | FALCON | 353003 | 用于细胞培养,首次使用于步骤1.2.3。 |
| Tissue Culture Dish (12 well) | FALCON | 353043 | 用于细胞培养,首次使用于步骤3.7。 |
| Tissue Culture Dish (6 cm) | FALCON | 353004 | 用于细胞培养,首次使用于步骤1.2.2。 |
| Tris HCl | Thermo Fisher | BP1757-500 | 用于配制裂解缓冲液,首次使用于步骤4.1。 |
| Trypsin-EDTA | Thermo Fisher | 25200056 | 用于细胞消化,首次使用于步骤1.2.4。 |
| Universal Fit Pipette Tips | Celetrix | 14-0101 | 用于电穿孔,首次使用于步骤3.4。 |
| Y27632 | LC Labs | Y-5301 | 凋亡抑制剂,首次使用于步骤1.1.1。 |