我们描述了一种方法,用于表征通过在大肠杆菌(E. coli)中异源表达并利用法国压破碎细胞所制备的膜囊泡中的质子驱动型膜转运蛋白。
方法文章
我们描述了一种方法,用于表征通过在大肠杆菌(E. coli)中异源表达并利用法国压破碎细胞所制备的膜囊泡中的质子驱动型膜转运蛋白。
目前已开发出多种方法用于功能性表征新型膜转运蛋白。多胺在所有生物体中普遍存在,但植物中的多胺交换体尚未被鉴定。本文概述了一种利用从异源表达植物反向转运蛋白的大肠杆菌(Escherichia coli)细胞裂解后制备的膜囊泡来表征多胺反向转运蛋白的方法。首先,我们在缺乏多胺和精氨酸交换转运蛋白的 E. coli 菌株中异源表达了 AtBAT1。通过使用法国压(French press)裂解细胞制备囊泡,经超速离心纯化后,采用膜过滤法检测标记底物,以验证该转运蛋白的底物特异性。实验结果表明,AtBAT1 是一种介导精氨酸、γ-氨基丁酸(GABA)、腐胺和亚精胺跨膜转运的质子偶联转运蛋白。本研究中为 AtBAT1 功能检测所构建的突变菌株,可能也适用于其他植物和动物多胺交换体家族的功能分析。我们还推测,只要目标蛋白能够在细菌细胞膜中表达,该方法便可推广用于表征多种其他类型的反向转运蛋白。E. coli 是表征新型转运蛋白的理想系统,因为已有多种方法可用于对其内源性转运蛋白进行突变操作。
参与代谢物转运的蛋白质构成了生理调控的一个重要层面,但绝大多数植物膜转运蛋白尚未得到功能表征。已有多种策略被用于表征新的转运蛋白。在模式生物中进行异源表达,例如大肠杆菌(E. coli)以及酵母、非洲爪蟾(Xenopus)卵母细胞、哺乳动物细胞、昆虫细胞和植物细胞等真核细胞系统,均已用于测定其转运活性1。由于真核细胞的基本细胞组成、信号转导通路以及转录和翻译机制更接近天然环境,因此更适合表达真核蛋白。
酵母一直是用于表征植物中新型转运蛋白的重要模式生物。首个在酵母(Saccharomyces pombe)中成功表达的植物转运蛋白是来自小球藻(Chlorella)的己糖转运蛋白HUP12。此后,许多植物转运蛋白已通过酵母表达系统实现了功能表征,其中包括植物糖转运蛋白(SUC1和SUC23、VfSUT1和VfSTP14)以及生长素转运蛋白(AUX1和PIN5)。利用酵母表达植物蛋白的缺点可能包括:由于酵母缺乏质体,导致定位于质体的蛋白活性受损;蛋白错误靶向6;以及由于膜蛋白过量表达而在酵母中形成错误折叠的聚集体并激活应激反应7,8,9。
在Xenopus卵母细胞中进行转运蛋白的异源表达已广泛用于转运蛋白的电生理学表征10。最早通过在Xenopus卵母细胞中异源表达而表征的植物转运蛋白是拟南芥钾离子通道KAT110和拟南芥己糖转运蛋白STP111。自那时以来,Xenopus卵母细胞已被用于表征多种植物转运蛋白,例如质膜转运蛋白12、液泡蔗糖转运蛋白SUT413以及液泡苹果酸转运蛋白ALMT914。然而,使用Xenopus卵母细胞进行转运实验的一个重要局限性在于无法调控细胞内代谢物的浓度1。此外,制备Xenopus卵母细胞需要专业知识,且卵母细胞批次间的变异性难以控制。
在模式生物 E. coli 中进行异源表达,是表征新型植物转运蛋白的理想系统。其基因组已完全测序15,且 E. coli 的分子与生理特性已被充分了解。相关的分子工具与技术已十分成熟16。此外,目前已有多种表达载体、非致病性菌株及突变体可供使用17,18,19。同时,E. coli 具有较高的生长速率,可在实验室条件下轻松培养。许多蛋白质可在 E. coli 中高效表达并大量纯化9。当无法在细胞系统中直接检测蛋白质功能时,将蛋白质重组至脂质体中也是一种成功但具有挑战性的创新方法,可用于纯化后膜蛋白的表征。利用该模型系统,已成功实现了对多种植物线粒体转运蛋白的功能表征,包括大豆、玉米、水稻和拟南芥中的磷酸盐转运蛋白,以及拟南芥中的二羧酸-三羧酸载体蛋白20,21。然而,在重组实验中发现番茄蛋白 SICAT9 的重组蛋白无功能,且 CAT 转运蛋白家族的其他成员在 Xenopus 卵母细胞检测中也显示无功能22。因此,仍需开发更多分子工具以实现对膜转运蛋白的全面表征。
在 E. coli 中已发现五种多胺转运系统23。其中包括两种介导亚精胺和腐胺摄取的ABC转运蛋白、一种腐胺/鸟氨酸交换体、一种尸胺/赖氨酸交换体、一种亚精胺外排蛋白以及一种腐胺内向转运蛋白。腐胺交换体PotE最初通过膜囊泡实验进行表征,该实验通过使用French压滤器裂解细胞制备内翻外膜囊泡,并检测放射性标记的腐胺在鸟氨酸交换条件下进入囊泡的摄取情况24。膜囊泡实验还曾用于表征一种钙离子转运蛋白,该蛋白可响应质子梯度介导钙离子的转运25。这些实验促使我们开发了一种用于表征其他多胺交换体的策略。我们首先构建了一种缺乏 PotE 和 CadB 交换体的 E. coli 菌株。本文中,我们展示了通过在该修饰后的 E. coli 菌株中异源表达植物多胺反向转运蛋白、利用French压滤器制备膜囊泡以及开展放射性标记实验,实现对该转运蛋白的功能表征。
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1. 的生成 E. coli 利用P1转导构建双基因敲除突变体
2. 目标基因(AtBAT1)的表达 E. coli 突变体
3. 胞内向外膜囊泡的制备
4. 蛋白质印迹与转运体实验的方向性
5. 转运实验
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本方案的主要步骤在图1中以示意图形式概括。简言之,培养缺乏所有多胺交换蛋白并表达AtBAT1的E. coli细胞,经离心、缓冲液洗涤后,使用法国压榨器进行细胞裂解。裂解过程通常产生主要为内翻外(inside-out)的囊泡,并将细胞外缓冲液包裹于其中。通过离心去除细胞碎片后,再经第二次超速离心步骤收集膜沉淀。将膜沉淀重悬于pH 5.2的Tris-马来酸缓冲液中,并在-80 °C下保存。转运实验在12 °C下进行,该温度被确定为维持膜稳定性的最佳条件。实验通过加入放射性标记底物并将囊泡悬浮缓冲液的pH值调至8.0来启动反应。1分钟后,加入冰冻的不含放射性的缓冲液和未标记底物以终止放射性标记物进入囊泡的摄取过程。通过硝酸纤维素膜过滤截留带有放射性标记的囊泡。将滤膜转移至闪烁瓶中,利用液体闪烁计数法测定滤膜上的放射性信号。
通过蛋白质印迹实验验证 AtBAT1 是...
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在本研究中,我们概述了一种通过首先在大肠杆菌(E. coli)中表达蛋白,然后制备膜囊泡,以对一种反向转运蛋白进行表征的方法,从而使异源表达的蛋白可在无细胞系统中进行检测。除大多数分子生物学实验室常见的设备外,该策略还需要使用法国压菌器、超速离心机,以及具备开展放射性同位素检测条件的实验设施。
该技术的一个基本要求是异源蛋白被正确靶向至细胞质膜 E. coli该策略也可能适用于细胞器转运蛋白的功能分析,因为质体ADP-葡萄糖转运蛋白已成功定位于 E. coli 细胞膜及其功能表征35所用载体(pBAD-DEST49)包含一个N端硫氧还蛋白,以提高翻译产物的溶解度。N端融合了一个小的 B. subtilus 蛋白mystic被发现能够更高效地将膜转运蛋白靶向至细胞质膜36然而,蛋白质的错误折叠以及无法正确整合到细胞质膜中等问题,限制了许多类型转运蛋白在细菌表达系统中的应用。1
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作者无任何利益冲突需要披露。
本项目得到了鲍灵格林州立大学研究生院以及鲍灵格林州立大学资助项目与研究办公室的支持。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 2-巯基乙醇 | Sigma-Aldrich | M6250 | |
| 3H-腐胺 | PerkinElmer | NET185001MC | |
| 3H-亚精胺 | PerkinElmer | NET522001MC | |
| 4-氯-1-萘酚 | Sigma-Aldrich | C8890 | |
| 14C 精氨酸 | Moravek Inc. | MC137 | |
| 精氨酸 | Sigma-Aldrich | A-5006 | |
| 抗His(C端)-HRP抗体 | ThermoFisher | R931-25 | 检测C端多聚组氨酸(6xHis)标签,检测需要游离羧基 基团 |
| 阿拉伯糖 | Sigma-Aldrich | A3256 | |
| BCA蛋白检测试剂盒 | ThermoFisher | 23227 | Pierce BCA蛋白检测试剂盒 |
| 溴酚蓝 | Bio-Rad | 161-0404 | |
| 羧肽酶B | Sigma-Aldrich | C9584-1mg | |
| 离心机 | Sorvall | SS-34固定角转子和GA-6固定角转子 | |
| Dounce组织研磨器 | LabGenome | 7777-7 | Corning 7777-7高硼硅玻璃匀浆器,带倾倒口 |
| Ecoscint-H | National Diagnostics | LS275 | 闪烁液 |
| EDTA | Sigma-Aldrich | ||
| 过滤装置 | Hoefer | FH225V | |
| French高压细胞破碎仪 | Glen Mills | FA-080A120 | |
| GABA | Sigma-Aldrich | A2129 | |
| 谷氨酸 | Sigma-Aldrich | G6904 | |
| 甘油 | |||
| GraphPad Prism软件 | http://www.graphpad.com/prism/Prism.htm | ||
| 过氧化氢 | KROGER | ||
| 氯化钾 | J.T. Baker | 3040-01 | |
| 液体闪烁计数器 | Beckman | LS-6500 | |
| 马来酸盐 | Sigma-Aldrich | M0375 | |
| Nanodrop | ThermoFisher | ||
| 硝酸纤维素膜滤器 | Merck Millipore | hawp02500 | 0.45 µm |
| PCR纯化试剂盒 | Genscript | QuickClean II | |
| 磷酸氢二钾 | ThermoFisher | P290-500 | |
| 腐胺 | fluka | 32810 | |
| 磷酸二氢钾 | J.T.Baker | 4008 | |
| 亚精胺 | Sigma-aldrich | S2501 | |
| 菌株:E. coli ΔpotE740(del)::kan, ΔcadB2231::Tn10 | 本手稿 | 可应要求提供 | 该菌株缺乏PotE和CadB多胺交换蛋白 |
| Tris碱 | Research Products | T60040-1000 | |
| 超速离心机 | Sorvall MTX 150 | 46960 | Thermo Fisher S150-AT固定角转子 |
| 超速离心管 | ThermoFisher | 45237 | S150-AT转子专用离心管 |
| 载体:pBAD-DEST49 | ThermoFisher | 用于E. coli的Gateway表达载体 |
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