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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
该协议用于建立和维持侏罗育美国蟑螂(佩里普拉内塔美洲)通过表面消毒鸡蛋的情况下(oothecae)孵化前。这些侏罗纪昆虫含有垂直传播的 布拉塔细菌 内生菌,但有斧头内脏。
侏儒动物是研究微生物群结构和功能控制的有力工具。这里介绍的是建立和维护侏罗育美国蟑螂(佩里普兰塔美洲)的协议。此方法包括内置的不育检查,以进行持续的质量控制。这里的侏罗纪昆虫被定义为蟑螂,它们仍然含有垂直传播的内膜(Blattab细菌),但缺乏其他通常存在于它们表面和消化道上的微生物。对于此协议,鸡蛋盒(卵子)从(非消毒)种群中取出并进行表面消毒。一旦收集和消毒,oothecae在30°C孵育约4−6周脑心输液(BHI)agar,直到他们孵化或被移除,由于污染。孵化的仙女被转移到一个埃伦迈尔烧瓶,里面装着BHI地板、无菌水和无菌老鼠食品。为了确保仙女不会容纳在给定条件下无法在 BHI 上生长的微生物,额外的质量控制措施使用限制片段长度多态性 (RFLP) 来测试非内分泌微生物。使用这种方法产生的侏儒仙女可以接种简单或复杂的微生物群落,并用作肠道微生物群落研究的工具。
侏儒动物已被证明是微生物群研究的宝贵工具1,2,3。无细菌和定义的植物动物允许阐明宿主-微生物相互作用,包括宿主免疫反应、肠道上皮成熟和宿主代谢1、4、5、6、7。接种简化社区的侏罗育动物也有助于更全面地了解肠道社区的微生物-微生物相互作用,特别是解开交叉喂养和对抗关系8、9、10、11。目前首选的哺乳动物肠道微生物群研究模型系统是穆林模型。虽然该系统在上述发现中至关重要,但一个关键缺陷是所涉及的成本。建立和维护侏罗万象设施需要专门设备和训练有素的技术人员。这一点,结合必须给予格诺特生物动物维护的各个方面的额外照顾,导致侏罗纪动物的繁殖成本比标准动物模型12高出十到二十倍。由于成本高昂,许多研究人员可能买不起侏罗纪穆林模型。此外,虽然穆林模型可能是最广泛接受的研究选择,希望转化为人类健康,仍然有许多生理和形态差异的人和老鼠的肠道13。显然,没有一个奇异的模型足以回答越来越多的关于肠道微生物群许多方面的问题。
与哺乳动物相比,昆虫模型的维护成本较低,因此是一种更便宜的替代品。在各种昆虫物种中广泛开展无细菌和侏罗育研究,导致多种常用模型的发展。蚊子和嗜血杆菌是无细菌工作的常见模型,因为它与全球疾病和遗传可及性有关。另一个新兴的模型系统是蜜蜂(阿皮斯梅利维拉),因为它在授粉和社会研究中的重要性16。然而,许多这些常用的昆虫缺乏哺乳动物肠道群落17的分类复杂性,限制了它们模拟高阶相互作用的能力。不仅美国蟑螂肠道中微生物的完全多样性与哺乳动物更为相似,而且蟑螂肠道中存在的许多微生物都属于哺乳动物和人类肠道微生物群中常见的家族和植物。蟑螂的后腿在功能上也类似于哺乳动物的大肠,因为它是一个发酵室,里面密密麻麻地挤满了细菌,有助于提取19、20的营养物质。最后,蟑螂的杂食性允许多样化的饮食制度,这是不可能与饮食专家。
美国蟑螂可以是一个有用的模型系统,了解肠道微生物群落在更高的生物体,但蟑螂作为害虫的地位也使该系统相关害虫控制21。利用肠道社区对蟑螂健康和生理的影响的基本知识,有助于开发新的害虫管理技术。
这种方法的目的是概述一个全面描述建立和维护侏罗育美国蟑螂(佩里普兰塔美洲),但这个协议可以用来产生任何异性蟑螂的仙女。它包括一种高效、非侵入性地收集成熟卵母细胞的方法,以及一种监测昆虫22、23、24的侏罗育物状态的无损技术。虽然以前实现和维持侏罗纪蟑螂的方法描述 ootheca 集合23,24,25,26,27,ootheca 成熟度要么解释在物种特定的线索 (在布拉特拉德国22,24,25),或没有明确描述27,28,使那些不熟悉该系统的人难以实施.由于此处描述的方法使用自然掉落的卵子,因此不存在过早取卵的错误。该协议包含依赖文化和文化独立的质量控制方法,而依赖文化的方法不需要牺牲昆虫。最后,这种方法汇集了来自多种侏罗育蟑螂研究的信息,以创建一个全面的协议,为实现和维持侏罗育蟑螂提供一切必要的信息。
1. 材料准备
2. 奥特凯收藏
3. 清洗乌特卡
4. 乌特卡的绝育和孵化
5. 维持侏罗万象仙女
6. 不育质量控制
7. 仙女生长的天体跟踪
库存坦克设置如 图1所示。"怀孕"的女性被附着在后腹部的卵母识别,如 图2所示。BHI agar上孵育的卵石允许以无损的方式进行侏罗万象的质量控制。在某些情况下,绝育是不成功的,生长出现在乌特卡周围,如 图3B。这些乌特卡应该被移除和丢弃。在我们手中,观察到灭菌的平均失败率为10%(n = 51)。如 图3A所见,在灭菌后,oothecae平均孵化34天,而介质上没有生长。我们观察到灭菌、无毒卵母的典型孵化率为41%(n = 46),平均每个卵母细胞有11个仙女。较大的仙女被转移到BHI烧瓶覆盖着铝箔,如 图4。铝箔防止污染,仙女有生长的空间。来自同质化仙女的 16S rDNA RFLP 用于确认侏托生物状态。观察到,侏罗纪仙女的生长速度比非无菌的仙女慢, 如图5所示。 图6 显示成功侏罗万象昆虫以及标准(非固醇)仙女的结果。
虽然在没有阳性培养结果的情况下,该测试尚未确定污染,但这一步骤在关键实验期间已定期进行,以排除存在污染氧敏感或挑剔的微生物。与标准/非星体昆虫相比,侏罗纪蟑螂的生长速度较慢。

图1:蟑螂股票文化设置。
纸板管可以看见堆放在坦克的远端。食物和水都在水箱前部附近。棉布盖和弹性带已被移除,以获得可见性。 请单击此处查看此图的较大版本。

图2:一只"怀孕"的美国蟑螂。
箭头表示奥特卡。 请单击此处查看此图的较大版本。

图3:在BHI斜面上成功孵化并成功灭菌的侏罗万象仙女的图像。
正如本议定书所述,Oothecae进行了绝育和孵化。(A) BHI倾斜上微生物生长不足,表明昆虫没有可培育的生物体。(B) 导致殖民地形成的倾斜处的奥特卡应作为污染物丢弃。 请单击此处查看此图的较大版本。

图4:侏罗万象饲养装置。
昆虫被保存在无菌烧瓶中,盖上铝箔盖,以防止污染。二次容器(绿色盖子)用2%漂白剂消毒,然后是70%乙醇。二级容器内不限制气流。 请单击此处查看此图的较大版本。

图5:比较侏罗万象和非固醇仙女体长度的代表性增长率数据。 两组昆虫都食用了自体啮齿动物饮食。侏罗万象昆虫(这里:n = 105)如所述保持在BHI上。非固醇昆虫(这里:n = 50)生活在烧瓶与自动切割木片床上用品与小菜水。非固醇仙女的平均生长速度为0.059毫米/天,而侏罗育仙女生长在0.028毫米/天(p<0.0001)。 请单击此处查看此图的较大版本。

图6:RFLP结果的代表性凝胶图像,用于质量控制。
全16S基因放大器通过RSAI消化。PCR的DNA是从1倍PBS中同质化的仙女中提取的。"G 仙女"车道对应于侏罗万象仙女,而"康夫仙女"车道对应于传统的,不耐人知的同行。根据虚拟限制摘要,内窥镜(Blattabact)的波段尺寸为402 bp、206 bp和163 bp,波段涂抹在163 bp和148 bp之间。侏罗万象昆虫只应显示 布拉塔细菌 带状模式。混合细菌群落预计将有不同大小的带状涂片,标有"其他细菌16S片段"。 请单击此处查看此图的较大版本。
作者没有利益冲突要披露。
该协议用于建立和维持侏罗育美国蟑螂(佩里普拉内塔美洲)通过表面消毒鸡蛋的情况下(oothecae)孵化前。这些侏罗纪昆虫含有垂直传播的 布拉塔细菌 内生菌,但有斧头内脏。
本出版物由国家卫生研究院国家普通医学研究所根据编号为R35GM133789的奖项提供支持。内容完全由作者负责,不一定代表国家卫生研究院的官方观点。作者希望确认JosyDyer跟踪绝育率、孵化率和侏罗万象蟑螂的生长速度。
| 2X 预混液 | New England BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
| 可高温高压灭菌大鼠食物 | Zeigler | NIH-31 改良自体 | |
| 细菌 DNA 提取试剂盒 | Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. 细菌 DNA 试剂盒;包括溶菌酶、玻璃珠、蛋白酶 K、缓冲液(蛋白酶 K、结合、洗涤、洗脱)、DNA 柱、2 mL 收集管 |
| 结合缓冲液 | Omega Bio-Tek | PD099 | 包含在 Omega Biotek 的细菌 DNA 提取试剂盒("HBC"缓冲液) |
| 脑心输液 (BHI) 肉汤 | 研究产品国际 | B11000 | |
| 精致任务湿巾 | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | KimWipes |
| DNA 纯化试剂盒 | Omega Bio-Tek | D6492 | E.Z.N.A. Cycle Pure 试剂盒;也可以使用 D6493;包括缓冲液(纯化、洗涤、洗脱) |
| 洗脱缓冲液 | Omega Biotek 细菌 DNA 提取试剂盒中包含的 Omega | Bio-Tek | PDR048 |
| 珠 | Omega Biotek | n/a | 包含在 Omega Biotek 的细菌 DNA 提取试剂盒 |
| 中 杂交炉 | UVP | 95-0330-01 | 我们使用杂交炉来预热洗脱缓冲液,但水浴也可能是二手 |
| 层流生物安全柜 | NuAire, Inc. | NU-425-400 | 方案将其称为"层流罩",为简洁起见, |
| 溶菌酶 | Omega Bio-Tek | n/a | 包含在 Omega Biotek 的细菌 DNA 提取试剂盒 |
| 中 过氧乙酸原液 (32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
| 凡士 | 林凡士林 | n/a | |
| 蛋白酶 K 缓冲液 | Omega Bio-Tek | PD061 | 包含在 Omega Biotek 的细菌 DNA 提取试剂盒("TL 缓冲液") |
| 中 纯化缓冲液 | Omega Biotek | PDR042 | 包含在 Omega Biotek 的 CyclePure 试剂盒("CP"缓冲液)中 |
| RsaI | New England BioLabs | R0167 | 包括 CutSmart(消化)缓冲液 |
| 二级容器 | n/a | n/a | 带盖的塑料容器(如 Kritter Keeper)非常适合这个(25 厘米长 x 15 厘米宽 x 22 厘米高);它应该足够大,以适合 BHI 斜面和试管 |
| 分光光度计 | ThermoFisher | ND-2000 | 目录信息适用于 NanoDrop2000 |
| 热摇床 | Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R |
| Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | 10 nm Tris,1 mM EDTA,pH 8 |
| 洗涤缓冲液 | Omega Bio-Tek | PDR044 | 包含在 Omega Biotek 的细菌 DNA 提取试剂盒("DNA 洗涤"缓冲液)中木 |
| 片垫料 | PJ Murphy Forest Products | Sani-Chips |