微观系统的物理建模有助于获得通过其他方法难以获取的认知。为了促进物理分子模型的构建,我们展示了如何利用3D打印技术组装具有功能性的宏观模型,以触觉方式呈现分子系统的特性。
微观系统的物理建模有助于获得通过其他方法难以获取的认知。为了促进物理分子模型的构建,我们展示了如何利用3D打印技术组装具有功能性的宏观模型,以触觉方式呈现分子系统的特性。
随着3D打印技术的普及,增材制造工艺在化学实验室和化学教育中的应用日益广泛,兴趣也不断增长。在分子体系物理建模长期而成功的传统基础上,我们展示了一系列精选模型,并提供了一套协议,以促进能够超越分子形状与连接性表达的分子结构3D打印。按所述方式组装的模型将动态特性与自由度引入饱和烃结构中。以环己烷为例,该模型由采用不同热塑性材料打印并后处理的部件组装而成,所得模型在多种尺度下均保持其功能特性。最终构建的结构展现出与理论计算和文献报道一致的构型空间可及性,这些结构的不同版本可作为教学辅助工具,用于阐释其他方式难以表达的概念。本实践使我们能够评估成功的打印方案,提出切实可行的组装建议,并阐明分子体系物理建模的设计原则。所提供的结构、操作流程与结果为个人自主制造与探索分子结构及动力学特性奠定了基础。
分子结构构建长期以来一直是发现和验证我们对分子形状及其相互作用理解的关键环节。物理模型构建在确定蛋白质的α-螺旋结构(由Pauling等人提出)1、水的主要笼形水合物结构2,3以及Watson和Crick提出的DNA双螺旋结构4的过程中起到了重要的推动作用。在James Watson关于DNA结构的出版记述中,他详细描述了此类模型构建过程中遇到的诸多困难,例如用铜丝缠绕模型碳原子以构成磷原子、原子结构的悬吊极为脆弱易损,以及在等待机加工车间提供锡制碱基模型的同时,不得不自行制作纸板碱基模型5。这些模型构建中的困难在很大程度上已通过计算建模得以解决,计算建模或补充或完全取代了物理方法;尽管如此,物理模型在化学教育与实验中仍具有不可或缺的作用6,7,8,9。
自2010年左右以来,3D打印作为创意设计和制造工具的采用率显著增长。这一发展得益于多家新兴公司致力于该技术的广泛商业化,推动了多种熔融沉积成型(FDM)打印机之间的竞争与普及。随着可及性不断提高,这些技术在化学教育和实验教学环境中的应用也同步增长10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21。在此期间,商业性及开放社区的3D模型资源库(如美国国立卫生研究院3D打印交换平台22)使3D打印模型系统变得更加易于获取,但这些模型大多集中于特定目标分子,仅提供强调键连关系和键类型的简单静态结构。更具通用性的原子和分子基团可支持更富创造性的构建12,23,而目前仍亟需能够实现通用结构构建、并提供触觉、动态及力敏感反馈的分子结构模型。
本文介绍了一种可直接打印并组装成饱和烃动态分子模型的分子模型结构组件。这些组件结构是我们为实验室和大学开发的扩展与推广活动套件的一部分。所设计的部件可使用多种聚合物线材,在常见的FDM 3D打印机上进行打印。我们展示了使用单挤出头和双挤出头FDM打印机,结合不同聚合物材料及后处理技术所获得的模型效果。这些组件具有可缩放性,适用于个人研究以及大型讲座环境中的演示应用。
本报告的主要目的是帮助其他研究人员和教育工作者通过3D打印,以更直观的方式转化化学结构细节与知识。为此,我们通过在不同尺度下组装和操控环己烷,展示了一个具体的应用实例。六元环体系的构象是基础有机化学课程中的核心内容24,这些构象对环状结构和糖类结构的反应性具有重要影响25,26,27。所打印的模型能够灵活地呈现关键的环状构象24,并通过手动直接探索和定性评估环结构相互转化过程所需的力。
1. 3D打印模型文件的制备
注意:由于3D打印机种类繁多,且存在大量免费和商业打印软件,因此具体操作步骤已超出本文范围。本文提供通用的实验流程和建议,并针对所列软件和3D打印机的代表性型号给出具体考虑因素(见材料表)。对于读者所使用的特定打印机和切片软件组合,应优先遵循制造商提供的专用说明,而非本文的建议。

图1:相同颜色的原子或化学键可打印为阵列形式。为在略微牺牲质量的前提下提高打印效率,相同颜色的部件可方便地以阵列形式进行打印。此处,六个PLA碳原子被一同打印,每个原子均位于小型筏式结构上,并带有轮廓边缘结构。请点击此处查看该图的放大版本。
2. 打印零件前的打印机准备
3. 模型结构的完成与组装
警告:丙酮具有易燃性,应在通风橱或通风良好的区域少量使用。丙酮可溶解ABS材料,因此因退火不良而存在分层缺陷的部件不得用液态丙酮处理。丙酮会通过此类缺陷渗入模型内部,溶解模型的填充结构(图3C)。使用丙酮蒸气进行抛光是一种较慢的过程,但可达到类似效果,不过鉴于丙酮的易燃性,仍需采取适当的安全防护措施。

图 2:双喷嘴打印可实现更佳的视觉效果。(A)双喷嘴打印的氢原子模型在视觉上比(B)全白色模型的氢原子打印更协调。当连接在一起形成完整的环己烷环时,组装的 PLA 模型在功能上完全相同。(C)请点击此处查看此图的放大版本。

图3:ABS模型可通过化学处理获得光泽表面。(A)ABS模型打印件通常呈现较为弥散或哑光的外观,但(B)在丙酮中短暂浸泡进行化学处理后,其表面可获得高光泽效果。(C)若丙酮通过层间分离缺陷进入打印件内部,将从内到外溶解模型,导致其坍塌。请点击此处查看该图的放大版本。
本方案提供了多种可用于构建交互式分子模型的潜在选择。作为使用这些模型组件构建分子组装体的一个基础且统一的示例,我们选择在不同尺度上组装环己烷的交互式结构。图2展示了构建该结构所需的组件:6个碳原子、6条碳-碳键和12个氢原子。这些特定的打印部件使用材料表中列出的两种打印机分别制作而成。成本较高的双喷嘴打印机可制造双色组件;例如,在键的中点处发生颜色变化的双色氢原子结构(图2A)。而图2B中的单色氢原子由于无需防渗漏屏蔽结构,且在切换活动喷嘴时无需进行聚合物回抽,因此打印时间大约减少50‒60%。组装完成的环己烷结构(图2C)在功能上是等效的,尽管双喷嘴打印机打印的部件通常外观略显精致。
PLA 模型在 图2 具有相对良好的表面光洁度,比直接从打印机输出的ABS模型更为精细图3A)。使用丙酮对ABS模型进行化学处理,可获得光滑且高光泽的表面,几乎使表面呈现出湿润的外观(图3B)。这种后处理可能会带来问题,特别是当ABS模型未充分退火时。使用ABS打印的大型模型容易出现层间分离缺陷。当上一层材料在挤出头移动至该区域打印下一层之前已冷却,就会发生层间分离缺陷。对于大型ABS打印件而言,至关重要的是打印机加热平台周围的环境必须保持均匀且温暖的温度,以减缓冷却速率。如果将存在层间缺陷的打印件浸入丙酮中,丙酮会渗入模型内部并溶解其内部支撑结构,从而导致模型从内部坍塌,如图所示 图 3C.
模型结构的功能性优先于其外观的视觉差异。连接件的设计旨在实现单键的自由旋转。为测试其在不同体系中的实用性,打印了四组不同尺寸的部件,碳原子直径分别为17.5 mm、35 mm、70 mm和112 mm。组装后的环己烷结构(图4所有这些模型均能以相同的方式进行弯曲、扭曲并采用相应的构象体。其中最小的模型最容易出现打印缺陷,表明该尺寸可能过小,除非调整部件的相对大小,否则不建议使用。较小模型的主要优势之一是打印速度快。六个最小的碳原子模型打印耗时约2小时,而单个最大尺寸的碳原子模型则需要10小时。尽管大型模型打印速度较慢,但在讲座环境中可能更有效,因为从小尺寸结构在远距离观察时难以看清其运动情况。

图 4:模型在多种尺度下均具有功能性。为说明模型如何根据不同用途进行打印,此处将环己烷模型以四种不同尺度组装,所有尺度的模型均保持相同的功能性。其中最大模型的碳原子直径超过垒球(112 mm),而最小模型组装后的环己烷整体可容纳于一个垒球之内。请点击此处查看该图的放大版本。
动态性是将这些结构与其他可打印的分子模型区分开的关键特征之一。由于原子之间可以相对自由地旋转,这些结构能够被扭曲并快速转变为环己烷的不同典型构象体。图5展示了椅式构象、船式构象以及它们各自构型空间之间相互转化的过渡态结构。该过渡态具有四个近似共平面排列的碳原子24,28,与采用B3LYP/6-311+G(2d,p)方法计算所得的过渡态结构一致29。沿着该过渡态的虚频振动方向,轻微地将碳2向上扭转、碳3向下扭转,即可使模型迅速进入船式构象;而轻微地将碳2向下扭转、碳3向上扭转,则可使结构恢复至椅式构象。

图 5:环己烷的构象异构体完全可实现。 由于原子可绕其化学键旋转,模型可采取空间位阻锁定的椅式构象,以及构象自由度更高的船式构象。这两种构象之间的过渡态包含环中四个几乎共平面的碳原子。将2号碳轻微向上扭转、3号碳向下扭转,可使模型转变为船式构象;而将2号碳向下扭转、3号碳向上扭转,则可使模型恢复为椅式构象。 请点击此处查看该图的放大版本。
状态点自由能估计(补充表 S1) 来自优化态点的 B3LYP/6-311+G(2d,p) 计算结果补充文件 S6‒S9) 扭船式与船式构象体之间的能隙为 0.8 kcal/mol,接近 298.15 K 下的热能,表明两者之间的相互转化应几乎可以自由发生。而椅式构象体与构象互变过渡态之间的能隙超过该数值的十倍,表明相比之下椅式构象应处于构象锁定状态。这一点在图中得到说明。 图6,该图显示了在气相分子动力学计算过程中,当每个碳原子相对于环平面的位置在纬度方向上投影到球面上时,估计的平均构象体能量30,31在左侧的椅式构象中,当碳原子偏离环平面而位于其上方或下方时,能量较低;但若碳原子向环平面方向位移以与之对齐,能量则急剧升高。在船式构象中,当碳原子处于环平面内时(即扭船式状态),构象能量相对较低,而位移程度更大的船式构象其能量也并未显著升高。这些构象能景可通过3D打印的环己烷模型进行探索:椅式构象仅能发生局部振动,而船式构象则可从一对相对的碳原子平滑地波动至下一对相对碳原子。

图6:模型行为与计算结果一致。 在椅式和船式构象状态下,分子动力学计算过程中环平面周围碳原子的纬向位移可以投影到一个包围球体的表面上。尽管椅式构象能量最低、最为稳定,但它处于锁定状态,只能通过一个高能过渡态才能转变为反式构象。计算结果和实体模型的柔韧性均表明,在298.15 K时,船式与扭船式构象之间的能量差接近1 kBT,使得该构象下的碳原子几乎可以自由地发生纬向位移。请点击此处查看该图的放大版本。
补充表 S1:状态点自由能估计值。 请点击此处下载该表格。
补充文件 1。 请点击此处下载该文件。
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本研究的主要目的是报告一种利用普通3D打印机制造动态分子模型的实验方案。这些3D打印机正变得越来越普及,通常在图书馆、学校及其他场所甚至可以免费使用。入门阶段需要对所要打印的模型和所使用的材料做出选择,而从这些选项中进行决策可能需要一些关于增材制造在科研与教学中所能发挥的创造性作用的启发。为解决这些问题,我们提供了一些实用的材料建议、推荐的模型组件、一份3D打印操作流程以及一个应用示例,每一项内容都值得进一步讨论。
用于3D打印的热塑性塑料有多种选择。本方案重点介绍其中三种材料,因为这三种材料目前在DIY 3D打印中最为普及。具体选择可能取决于现有3D打印机所支持的材料类型;例如,许多开放使用的设施仅支持使用PLA进行打印,这是出于环境因素的限制。PLA是一种可生物降解且可堆肥的材料,其打印过程所需的温度条件较为温和。ABS和PETG的环境友好性较差,通常不可回收,但PETG基于高度可回收的聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET),未来或许能像PET一样实现更广泛的再加工利用。可持续的打印实践应包括每次打印少量部件,以确保打印质量和成功率,同时尽可能减少废弃材料(如支撑结构、底板、溢料挡板等)的使用。PLA可能较脆,因此在条件允许的情况下,使用ABS和PETG热塑性塑料可分别获得机械韧性更强、层间粘附性更优的打印成品。这些特性对于需要在实验室或课堂环境中频繁操作的交互式分子模型而言可能是理想的选择。
本文所展示的模型已将上述因素纳入考虑,但其首要设计目标是协同工作,以实现动态分子模型的构建。在默认比例下,这些模型能够成功组装成可交互的分子结构。它们也可轻松放大为大型模型,尽管在尺寸增大后,连接插销更难变形,因此组装时需要更大的力。在缩小组件时,将尺寸减小50%仍可正常工作,但需进行少量调整,例如将碳原子模型缩小至48%–49%,同时保持化学键和氢原子为50%,以便在PLA打印中实现部件之间更紧密的连接。此类小型模型更为脆弱,打印时通常需要加装筏板结构才能成功,但它们仍可作为功能完整的动态分子模型使用。
热塑性材料和选定的打印模型是3D打印方案中两个最关键的方面。所选择的热塑性材料将决定打印过程中的温度、附着力、退火以及后处理等方面的考虑与选项。如果可用的3D打印机没有加热平台,则在所提供的热塑性材料选项中,只有PLA能够稳定地打印出可重复的部件。尽管所提供的部件设计为可使用不同热塑性材料进行可重复打印,并能承受动态操作,但在使用过程中打印件会逐渐磨损,并在承受持续增加的应力时出现开裂,通常发生在打印层之间。在这种情况下,重新打印并更换部件既简便又相对经济。
由所提供模型打印出的分子组装体所展现的动态功能,使本研究不同于其他现有的、可进行3D打印的分子模型,后者主要突出分子间的连接方式和键合类型。这种动态特性在环己烷结构示例中得到了部分体现。通过这些模型,可直接用手操作来探索环己烷的构型空间,其构型空间的拓扑特征总体上与计算研究结果一致。这在很大程度上得益于这些物理模型组件对分子几何结构细节及自由度的准确还原。在莱纳斯·鲍林(Linus Pauling)对其成功解析 α-螺旋1他们声称,他们的同代人面临着源于理想化整体假设以及采纳这些假设时所带来的困难 "……仅粗略地近似了我们对较简单物质研究所得的关于原子间距离、键角以及共轭酰胺基团平面性的要求。" 沿这些方向获得更定量的洞察需要比构建这些模型部件时所考虑的更为具体的细节,但这些模型和建议为分子系统的通用交互式物理研究提供了基础。这些模型是我们多年来为科研和科普活动所开发的可3D打印模型套件的延伸,在本报告发表之前已持续改进数年;作者可提供与这些模型及所述方案均兼容的额外组件,以实现更多样化的成键构型和动态操作。
作者无任何利益冲突需要披露。
本工作获得了美国国家科学基金会(NSF)资助号 CHE-1847583 的支持。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
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| PLA:黑色 1.75 mm 丝材卷,2 磅 | MakerBot | MP05775 | 通过经销商(B&H 和/或 Amazon)获取。 |
| PLA:冷灰色 1.75 mm 丝材卷,2 磅 | MakerBot | MP05784 | 通过经销商(B&H 和/或 Amazon)获取。 |
| PLA:白色 1.75 mm 丝材卷,2 磅 | MakerBot | MP05780 | 通过经销商(B&H 和/或 Amazon)获取。 |
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| Simplify3D | Simplify3D | 用于打印的切片软件。该软件可直接从该公司购买,也可通过 MakerGear 及其他 3D 打印机制造商购买。 |