本文所述方案介绍了一种新型机器人系统Spotiton的使用方法,该系统可将两种待测样品递送至自吸液纳米线网格上,在液态冷冻剂中玻璃化之前,样品混合时间不少于90毫秒。
本文所述方案介绍了一种新型机器人系统Spotiton的使用方法,该系统可将两种待测样品递送至自吸液纳米线网格上,在液态冷冻剂中玻璃化之前,样品混合时间不少于90毫秒。
通过两个或多个相互作用的粒子在初始相遇时触发捕获短寿命分子状态,一直是冷冻电子显微镜(cryo-EM)领域备受关注的实验挑战。目前已开发出若干方法学策略以支持此类"时间分辨"研究,其中一种名为Spotiton的新型机器人系统,能够以精确的时间和空间控制,分配皮升级别的样品液滴。时间分辨的Spotiton工作流程提供了一种独特高效的手段,可利用极少量样品探究早期结构重排。该系统通过独立控制的压电分配器发射两种样品,使其在纳米线电镜载网上快速混合,随后载网迅速浸入冷冻剂中。仅需数微升样品,即可在短时间内连续制备潜在数百个载网。本文提供Spotiton系统操作的详细分步方案,并重点讨论载网制备过程中可能出现的具体问题及其解决方案。
多个研究团队已实现利用冷冻电镜(cryo-EM)在亚秒时间尺度上捕获并揭示蛋白质瞬时构象状态的潜力(即时间分辨冷冻电镜),该领域的工作始于Berriman和Unwin1,其技术建立在Dubochet为制备冷冻电镜载网而开发的标准 plunge freezing 方法基础之上2。他们在冷冻剂杯上方增加了一个雾化器,利用压缩氮气将第二种样品喷成细雾,使其与已施加并用滤纸吸至形成薄水层的第一种样品的EM载网进行混合。尽管该系统可实现低至1毫秒的混合时间,但仍需用户手动对第一种样品进行滤纸吸液——这是一项技术上具有挑战性的操作——并且需要相对大量的第二种样品。此外,在实际操作中难以确定两种样品混合的具体位置,因此需要在混合样品中使用铁蛋白纳米颗粒作为定位标记物。随后,Howard White及其同事通过引入计算机控制滤纸吸液和喷雾步骤,提高了该喷雾混合方法的控制性和可重复性3,4。为解决样品混合程度及混合位置的问题,同一研究团队5及其他研究者6,7,8,9,10转而采用混合-喷雾方法11,即在注射泵压力作用下的狭窄毛细管中,或在由氮气驱动的微加工微流控芯片中预先混合两种样品。这些预混合系统不仅确保了样品的充分混合,还可精确调节混合时间,从而提高时间分辨研究的分辨率。
在Spotiton系统中引入压电分配器作为将样品施加到电镜载网的替代方法,不仅实现了对样品沉积位置的精确定位,还显著减少了制备载网所需的样品体积12。随后,纳米线载网的使用以及“飞行中”样品施加("on-the-fly" spotting)技术消除了 blotting 步骤的需求,并缩短了从样品施加到玻璃化冷冻的时间13,14。对于本文所描述的新型时间分辨冷冻电镜方法,Spotiton系统新增了第二个分配器,并对相应的控制硬件和软件进行了升级,从而能够在第一个样品沉积后几乎立即向移动的纳米线载网上施加第二个样品15。当两个重叠的样品被纳米线迅速吸入形成一层薄水层并进入玻璃化前时,它们在载网上混合。混合时间可短至90 ms。本实验方案旨在提供利用压电分配技术和纳米线载网开展时间分辨实验的实用操作信息。此外,随着硬件和软件不断改进以提升易用性、一致性和通量,本方案也对先前报道的方法15进行了更新和详细说明。
1. 设置 Spotiton 仪器及软件
2. 准备双样本混合载网
图4 展示了在单次时间分辨的 Spotiton 实验中,RNA 聚合酶与一段携带启动子序列的 105 bp DNA 寡核苷酸混合 150 ms 后进行玻璃化冷冻所制备的载网图像15。图中显示的是在样品施加后的两个时间点,由两台高速相机拍摄的六张载网图像。这些相机在浸入式冷冻设备中独具特色,可让用户立即根据纳米线吸液程度以及液体样品是否被吸入适合电镜成像的足够薄的水层,来判断是否保留或弃用某张载网。尽管单张载网即可提供完整数据集所需的冰层,但在达到最佳条件后,通常会制备多张载网以备不时之需,以防其中一张或多张丢失或污染。在本次实验制备的六张载网中,图像显示仅有一张存在吸液不理想的情况(图4F)。
图中所示的载网是在1小时的准备时间后,连续用时40分钟完成制备的(步骤2.5.1至2.5.8),以按照方案中的描述准备好样品和仪器(步骤1.1.1至2.4.6)。在六个载网中,有两个用于数据采集,其余则保存以备后续分析之需。玻璃态冰在载网上的分布模式(图5C)与上部相机图像中观察到的液滴沉积模式高度一致(图5B)。混合样品的有效吸除效果可通过下部相机图像中无明显液带体现(图5A),该过程主要沿覆盖有纳米线的载网条带进行,样品极少溢入其初始落点以外的相邻方格。在充满冰的方格内,冰层通常在方格中心区域的孔洞中最厚,而靠近载网条带的孔洞中冰层逐渐变薄(图5E)。由于紧邻纳米线,靠近载网条带的孔洞常常为空(图5F)。

图1:时间分辨的Spotiton系统。 1. 操作员工作站;2. 环境控制舱;3. 氮气供应;4. 乙烷供应;5. 上部浸入路径相机的背光控制;6. 压电分配控制器;7. 注射泵;8. 真空泵;9. 清洗水供应及废液瓶。请点击此处查看此图的放大版本。

图 2:Spotiton 软件用户界面。(A)桌面图标和启动画面。(B)主界面由六个区域组成:1. 上部浸入路径(“上部”)和针尖检测摄像头的显示区域;2. 下部浸入路径(“下部”)摄像头的显示区域;3. 针尖检测视频的回放区域;4. 多功能选项卡区域;5. 实时湿度监测器;6. 实时系统日志文件。缩写:UI = 用户界面。请点击此处查看此图的放大版本。

图3:Spotiton腔室内部视图(机器人位于安全位置)。1. 网格机器人(红色);2. 分液机器人(黄色);3. 上部浸入路径相机(粉红色);4. 下部浸入路径相机(浅蓝色);5. 吸头检测相机(橙色);6. 湿度屏蔽罩(绿色);7. 样品托盘;8. 雾化器组件(深蓝色);9. 系统储液罐及水管线。请点击此处查看此图的放大版本。

图 4:Spotiton 网格制备过程中时间分辨的系统相机图像。(A-F) 使用 Spotiton 点样 RNA 聚合酶和启动子 DNA 序列的六个网格的上部(左)和下部(右)浸入路径相机图像。比例尺 = 500 µm。 请点击此处查看该图的放大版本。

图5Spotiton 制备载网上冰沉积的模式 (的若干部分A)下部和(B)上方相机图像和(C所示网格的图谱 图4F样品沉积与混合后形成的冰的大致位置以淡紫色标示。黄色箭头所标记方框内的区域被成像于 (E-G)。所示区域为 (E) 用黄色标出的框内D)。代表性方格(E),孔(F),以及(G) 从所示网格中采集的曝光图像A-D)方框区域在方形和孔洞图像中分别对应于孔洞图像和曝光图像。比例尺 = 100 µm (A-D), 5 µm (E), 2 µm (F),100 nm(G). 请点击此处以查看此图的放大版本。
图 S1:尖端放电的检测。 在用户界面左侧的上部摄像头监视器中可观察到尖端 2 的实时放电情况,而右侧视频回放区域则循环播放先前记录的尖端 1 放电视频,用于对比。请点击此处下载该文件。
图S2:分配头尖端的超声清洗。 尖端中的气泡会干扰液滴形成,并阻止尖端喷射。(A)尖端内的气泡。(B)将尖端浸入超声清洗站的水中,以去除气泡或清除堵塞尖端孔口的干燥蛋白质。请点击此处下载该文件。
图S3:镊子中加载载网。 (A)将载网有纳米线的一面朝上放置在载网盒边缘。(B)将载网正确放入自闭合镊子中。请点击此处下载本文件。
图S4:湿度追踪图。 在一次典型的载网制备过程中,记录到的腔室(深蓝色)和外罩(浅蓝色)内的相对湿度百分比。图中同时标出了载网浸入液氮的时间点(绿色方块)。请点击此处下载该文件。
图S5:浸入过程中纳米线网格上的毛细渗透。 纳米线网格在浸入过程中毛细渗透过慢(A, B)、理想(C, D)和过快(E, F)的典型上部(A, C, E)和下部(B, D, F)路径相机图像。轻微增厚区域(白色箭头)表示已被样品浸润的带纳米线的网格条。这些区域内的方格通常含有适合电子显微成像的适当厚度的冰。比例尺 = 500 µm。请点击此处下载该文件。
本方案概述了使用 Spotiton 机器人系统制备冷冻电镜成像用载网的流程,该载网上含有两种样品——通常为目标蛋白及其激活配体——两者混合时间为 90–500 毫秒。尽管工作流程较为直接,但用户仍需注意若干事项,以确保载网制备过程顺利进行。首先,压电分配喷头中的一个发生堵塞或阻塞而无法正常喷射的情况并不少见,这将导致在上部或下部相机拍摄的图像中观察到的液流条带明显比两个喷头均正常喷射时更窄。喷头堵塞可能由气泡滞留在喷头内干扰液滴形成所致,也可能因蛋白样品干涸并封闭了喷头狭窄的孔口引起。尽管在此过程中吸入的样品会损失,但上述两种问题均可通过超声清洗喷头并重新吸入样品来解决。为防止后续再次堵塞并减少样品浪费,关键在于样品吸入前必须充分预启动(冲洗)流体管路,并在腔室和防护罩内维持高且稳定的湿度水平。此外,即使湿度保持良好,浓度过高的蛋白样品仍可能影响喷头正常喷射。虽然在 Inspect 选项卡 中提高喷射振幅可在一定程度上补偿因蛋白浓度过高导致的喷射无力,但将样品至少稀释至 1:2 比例将更有效地改善喷头喷射性能并避免堵塞。
其次,要实现理想的毛细渗透速度以生成适合目标混合时长的最佳冰层厚度,可能较为困难。通常情况下,较短的混合时间需要较快的毛细渗透,而较长的混合时间则需要较慢的毛细渗透。对于理想的毛细渗透载网,在上部相机图像中应能清晰分辨出一条液体条带,而在下部相机图像中,仅在条带位置处可见载网栅条有轻微增厚。下部相机图像中出现深色条带表明渗透过慢,通常会导致冰层过厚而不适合成像。若两幅图像中均无条带,则表明渗透过快,可能导致孔洞中已无残留水分(图S5)。多种因素可能影响毛细渗透速度,包括纳米线密度、等离子清洗的参数与持续时间、以及载网暴露于湿度环境的时间和腔室湿度设定水平。渗透不良(过慢)可能是由于载网上纳米线涂层稀疏所致。通过略微稀释纳米线溶液并延长其暴露时间16,可提高载网栅条上纳米线的密度和覆盖度,从而促进更快的毛细渗透。若纳米线密度已足够,提高等离子清洗的功率或延长处理时间也可改善渗透效果。本文推荐的参数为相对低功率、长时间处理,但可根据需要进行调整。
然而,如果特定批次的载网和等离子清洗参数在之前的实验中表现良好,则润湿性能下降可能是由于纳米线在腔室内长时间暴露于高湿度环境中,导致其吸湿饱和,从而降低了持液能力。可通过缩短镊子装载到载网浸入之间的时间间隔,或在浸入前降低系统内的湿度水平,来减轻腔室湿度对载网的饱和效应。但需要注意的是,后者会增加装载蛋白样品的枪头堵塞的风险。为降低该风险,可将枪头保留在维持高湿度的保护罩内,从而延长装载新载网的镊子的操作时间。最后需要指出的是,缩短浸入时间(通过提高载网加速度和/或最大速度实现)可在不改变载网润湿特性的前提下获得更薄的冰层。然而,由于两种样品的混合时间也会随之缩短,因此浸入时间通常不作为调节润湿过慢的主要参数。对于润湿过快导致载网孔中冰层过薄或缺失的情况,可采取与上述措施相反的方法予以解决。
与用于亚秒级时间分辨研究的其他技术相比,Spotiton 具有一些优势和局限性。由于混合样品条带中每个分配器仅含有 2–4 nL 液体,因此每种样品仅需 3 µL 的单次分装量即可制备大量载网——当样品量有限时,这一优势尤为突出。此外,通过集成摄像头观察样品沉积过程(尽管该功能并非 Spotiton 独有17),但其他混合装置通常不具备此功能,这使得浸入式载网可进行初步的合格/不合格评估,从而显著缩短筛选时间。该系统的一个主要局限是最低混合时间为 90 ms,受限于机械部件的物理限制,导致无法研究更快的生物反应过程。相比之下,现有的微流控系统通常可实现低于 10 ms 的时间分辨率。在基于 Spotiton 的商业化变色龙(chameleon)系统中,通过设计和结构改进,已将最低浸入时间缩短至 54 ms,并且未来若增加第二个分配器,可能实现比当前 Spotiton 更快的混合时间。
迄今为止,已利用 Spotiton 开展了一系列实验,用于研究早期且短暂存在的分子状态,包括 70S 核糖体的组装、钙离子触发的跨膜离子通道构象变化,以及动力蛋白在 GTP 水解作用下的收缩过程15。自这些研究成果发表以来,该系统已进行了多项改进,以提高 Spotiton 网格制备过程的通量、可重复性及数据报告能力。这些改进包括双区域自动湿度监测与控制系统、实验查看功能、并排喷头检测功能,以及用户界面的若干项小幅升级。升级后的系统将更有效地支持未来类似于此前报道的双样品混合实验,以及小分子药物与其靶标蛋白之间的快速结合分析,甚至抗体-抗原复合物形成的实验。尽管目前及未来涉及两个相互作用组分的时间分辨实验仍将持续进行,但增加第三个压电分配器及相关硬件可进一步拓展可能开展的实验范围。例如,可先沉积去垢剂,再沉积目标蛋白,最后加入相互作用或激活配体,从而消除蛋白长时间暴露于去垢剂可能带来的不利影响——这种去垢剂处理通常对于防止常见的成像缺陷(如优势取向)是必要的。鉴于已有发表的研究成果及潜在的未来应用,Spotiton 已成为冷冻电镜领域的重要工具,有助于推动亚秒级时间分辨研究的开展。
B.C./C.S.P. 与 SPT Labtech 公司存在商业合作关系,该公司生产一种基于 Spotiton 原型的商用仪器 chameleon。
我们感谢美国亚利桑那州Engineering Arts LLC公司的Peter A. Kahn和Terry Rohde对Spotiton系统的初始设计及后续开发工作。感谢纽约结构生物学中心西蒙斯电子显微镜中心的工作人员提供的帮助和技术支持。本文所展示的工作是在位于纽约结构生物学中心的自动化分子显微镜国家资源中心完成的,该中心得到了美国国立卫生研究院(NIH,项目号GM103310)和西蒙斯基金会(Simons Foundation,项目号SF349247)资助的支持。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 缓冲液 | N/A | N/A | |
| 冷冻电镜载网储存盒 | EMS(美国宾夕法尼亚州哈特菲尔德) | N/A | |
| Cu/Rh 300 目 EM 载网 | EMS(Hatfield,宾夕法尼亚州;美国) | EMS300-Cu-Rh | 经处理以纳米线包被,方法如前所述(Wei et al, 2018) |
| 乙烷气体 | TW Smith 公司(美国纽约州布鲁克林) | N/A | |
| 网格镊 | EMS(美国宾夕法尼亚州哈特菲尔德) | 78320-5B | |
| 液氮 | Airgas, Inc.(美国宾夕法尼亚州拉德诺) | N/A | |
| 液氮储存罐配黄铜乙烷杯(来自 FEI Vitrobot) | 赛默飞世尔科技公司(美国马萨诸塞州沃尔瑟姆) | ||
| 皮系统 | Hydro System and Supplies(达勒姆,北卡罗来纳州;美国) | N/A | 水纯化系统 |
| 蛋白质/其他样品 | N/A | N/A | |
| Solarus 950 等离子清洗仪 | Gatan, Inc.(普莱森顿,加利福尼亚州;美国) | N/A |