本实验方案描述了通过向受精卵显微注射CRISPR-Cas9系统和供体DNA,高效制备基因盒敲入和条件性敲除(floxed)小鼠的方法。
方法文章
* These authors contributed equally
本实验方案描述了通过向受精卵显微注射CRISPR-Cas9系统和供体DNA,高效制备基因盒敲入和条件性敲除(floxed)小鼠的方法。
CRISPR-Cas 技术实现了转基因小鼠的快速且简便的制备。具体而言,通过将 CRISPR 因子(以及单链寡核苷酸 DNA 供体)电穿孔导入受精卵,可高效地制备敲除小鼠和点突变小鼠。相比之下,基因盒(>1 kb)敲入小鼠和 floxed 小鼠主要通过显微注射 CRISPR 因子和双链 DNA 供体至受精卵中来制备。基因组编辑技术也提高了转基因小鼠制备的灵活性。现在已可在多种优良的近交系小鼠品系中,于目标基因组区域引入预期的突变。我们的团队已根据包括日本在内的多个国家的研究需求,通过受精卵显微注射 CRISPR-Cas9 技术,成功制备了超过 200 个基因盒敲入小鼠品系和超过 110 个 floxed 小鼠品系。其中部分基因组编辑使用了 BALB/c、C3H/HeJ 和 C57BL/6N 近交系,但大多数使用的是 C57BL/6J 品系。与电穿孔方法不同,在多种近交系小鼠中通过受精卵显微注射进行基因组编辑并不容易。然而,在单一近交系遗传背景下构建的基因盒敲入小鼠和 floxed 小鼠,其重要性与基因人源化、荧光报告基因以及条件性基因敲除小鼠模型相当。因此,本文提供了在 C57BL/6J 小鼠中通过受精卵显微注射 CRISPR 因子和双链 DNA 供体以制备基因盒敲入和 floxed 小鼠的实验方案。本文仅聚焦于原核显微注射,而非胞质注射。除受精卵显微注射外,我们还概述了整个制备流程的时间线以及相关辅助技术,如超数排卵诱导和胚胎移植。
基因敲入小鼠,即在目标位点引入预期外源基因的小鼠,被广泛应用于多个研究领域 体内 基因人源化小鼠、荧光报告小鼠和Cre驱动小鼠的研究1,2在小鼠合子中通过基因组编辑诱导敲入突变时,使用单链DNA(单链寡核苷酸DNA供体,ssODN)或双链DNA(dsDNA)作为供体DNA2,3ssODN 主要用于敲入长度小于 200 bp 的较短基因片段4使用长单链寡脱氧核苷酸(lsODN)可实现超过1 kb DNA片段的敲入。5,6,但其制备过程耗时较长。当使用双链DNA供体时,基因表达盒(>1 kb)敲入小鼠的制备无需繁琐的供体DNA准备7.
使用ssODN的主要优势在于,可以通过电穿孔8技术制备基因敲入小鼠。然而,dsDNA供体必须通过受精卵显微注射直接导入细胞核。为了构建条件性基因敲除(floxed)小鼠,需要在两个位点同时进行基因敲入,使每个loxP序列分别插入目标基因的上游和下游。通过基因组编辑在小鼠受精卵中构建floxed小鼠有两种方法:使用两个独立的ssODN,每个携带一个loxP位点,或使用一个包含floxed序列的单一dsDNA(或lsDNA);其中前一种方法效率极低9,10,11。如果实验条件适合受精卵显微注射,使用dsDNA供体进行基因组编辑是制备基因盒敲入和floxed小鼠的最简单方法。
最初,小鼠受精卵的基因组编辑采用Cas9 mRNA与sgRNA的混合物,或编码sgRNA和Cas9的DNA载体进行12,13。由于目前可获得高质量、稳定性好且成本较低的Cas9蛋白,将crRNA-tracrRNA-Cas9核糖核蛋白复合物(RNP)导入小鼠受精卵的方法已变得普遍14。最近,通过在最有利于敲入发生的细胞周期阶段,将crRNA-tracrRNA-Cas9 RNP和供体DNA同时导入小鼠受精卵的两个原核中,已实现了高效构建敲入小鼠模型15。因此,本实验方案详细描述了利用该方法制备多种类型敲入小鼠的技术。
实验室小鼠有许多有用的近交系16。在近交系背景下进行基因改造可排除遗传背景对表型的影响。本文介绍了一种在最常用的近交系小鼠品系C57BL/6J17的受精卵中诱导基因盒敲入和floxed突变的方法。此外,还讨论了转基因小鼠制备的时间线以及所用的辅助技术,包括超数排卵和胚胎移植的诱导。
所有动物实验均依照日本文部科学省管辖下的学术研究机构动物实验适当实施基本指南,以及筑波大学动物实验规定,在获得筑波大学机构动物实验委员会批准后人道地进行。选用10至25周龄的C57BL/6J小鼠(两性均有)作为受精卵供体,选用10周龄以上的ICR小鼠作为受体小鼠。小鼠购自商业来源(见材料表)。
1. 在无细胞系统中验证crRNA的切割活性
2. 准备用于受精卵显微注射的crRNA、tracrRNA、Cas9蛋白和供体DNA混合物
3. 通过自然交配获得小鼠受精卵
4. 显微注射针的制备
5. 合子显微注射
6. 胚胎移植至输卵管
7. 动物恢复
使用本方案进行基因盒敲入和条件性敲除小鼠制备的结果见表1和表2。由于每种基因编辑小鼠品系目前均用于独立的未发表项目,因此未说明靶基因;取而代之的是描述了靶向的染色体区域。
基因分型分析采用先前报道的方法进行18。在此基因分型方法中,即使发生了预期的基因组编辑,若供体DNA插入到非预期的染色体位点,这些小鼠也不会被计为阳性个体。因此,所展示的是真正可用于实际研究目的的首建小鼠(founder mice)的制备效率,而非基因组编辑本身的效率。
13个独立基因盒敲入小鼠的中位生产效率为20.8%,最高为39.5%,最低为7.9%(表1)。该效率被认为已具有足够的实用性。在进行基因盒敲入时,未靶向任何导致胚胎致死的基因。在此非致死性基因靶向条件下,中位出生率为34.0%(最高43.3%,最低15.9%)。由于该出生率与未进行遗传操作的胚胎移植出生率相当,我们认为所引入的基因组编辑元件的毒性以及受精卵显微注射造成的物理损伤不太会影响胚胎发育。
10只独立的条件性基因敲除小鼠的平均制备效率为7.7%,最高为20.7%,最低为2.1%(表2)。尽管部分靶基因功能尚不明确,其平均出生率为30.2%,最高为43.8%,最低为17.3%。该出生率与基因盒敲入小鼠相当,表明显微注射操作对条件性基因敲除小鼠胚胎发育的影响可忽略不计。

图1:受精卵显微注射时间线。 白色和深色分别表示光照和黑暗周期。小鼠维持在14小时光照/10小时黑暗的循环条件下。PMSG:孕马血清促性腺激素;hCG:人绒毛膜促性腺激素 请点击此处查看该图的放大版本。

图2:培养皿的制备。(A)注射前受精卵的培养皿。在35 mm塑料培养皿中放置两滴M16培养基(每滴20–25 µL)。(B)注射后受精卵的培养皿。在35 mm塑料培养皿中放置10滴M16培养基(每滴10–20 µL),滴液表面覆盖矿物油(3 mL)。请点击此处查看该图的放大版本。
| 靶向染色体区域 | 数量 | 基因敲入插入长度 (kb) | 同源臂长度 (kb) | ||||||
| 胚胎 | 新生个体 | 检测数量(断奶个体) | 无rTG的基因敲入 | rTGc | |||||
| 注射数量 | 移植数量 | 5'臂 | 3'臂 | ||||||
| 2qE2 | 349 | 331 | 114 (34.4%)a | 114 | 9 (7.9%)b | 5 (4.4%)d | 1.0 | 1.0 | 1.0 |
| 2qE2 | 231 | 215 | 78 (36.3%)a | 74 | 15 (20.3%)b | 23 (31.1%)d | 2.2 | 1.0 | 1.1 |
| 5qG2 | 288 | 262 | 90 (34.4%)a | 81 | 19 (23.5%)b | 18 (22.2%)d | 1.6 | 2.0 | 2.0 |
| 6qB1 | 278 | 259 | 58 (22.4%)a | 46 | 11 (23.9%)b | 11 (23.9%)d | 4.2 | 1.2 | 1.0 |
| 6qE3 [ROSA26] | 295 | 277 | 97 (35.0%)a | 23 | 2 (8.7%)b | 4 (17.4%)d | 6.5 | 1.1 | 3.0 |
| 6qE3 [ROSA26] | 246 | 219 | 87 (39.7%)a | 83 | 22 (26.5%)b | 18 (21.7%)d | 5.8 | 1.1 | 3.0 |
| 7qF5 | 279 | 268 | 116 (43.3%)a | 114 | 45 (39.5%)b | 44 (38.6%)d | 1.4 | 3.1 | 1.0 |
| 11qB4 | 405 | 353 | 56 (15.9%)a | 47 | 8 (17.0%)b | 12 (25.5%)d | 1.7 | 1.0 | 0.8 |
| 11qD | 310 | 294 | 100 (34.4%)a | 98 | 15 (15.3%)b | 76 (77.6%)d | 1.0 | 1.8 | 2.4 |
| 12qE | 368 | 320 | 86 (26.9%)a | 84 | 12 (14.3%)b | 19 (22.6%)d | 3.4 | 1.1 | 1.3 |
| 12qF1 | 315 | 265 | 76 (28.7%)a | 72 | 17 (23.6%)b | 28 (38.9%)d | 1.0 | 1.1 | 1.1 |
| 14qE5 | 256 | 215 | 48 (22.3%)a | 48 | 11 (22.9%)b | 21 (43.8%)d | 3.1 | 1.0 | 0.9 |
| 14qE5 | 287 | 285 | 85 (29.8%)a | 72 | 15 (20.8%)b | 19 (26.4%)d | 2.6 | 1.0 | 0.9 |
表1:通过显微注射法生产基因敲入小鼠。 该表格显示了出生率以及获得携带预期敲入等位基因且无供体DNA随机整合(rTG)的小鼠的效率。在所有项目中均成功获得了携带预期敲入等位基因的小鼠。a:新生小鼠数/移植胚胎数;b:携带敲入等位基因的小鼠数/检测小鼠总数;c:无法确定是否存在预期等位基因;d:携带rTG等位基因的小鼠数/检测小鼠总数;rTG:供体质粒的随机整合;W/O:无。
| 靶向染色体区域 | 数量 | floxed 长度 (kb) | 同源臂长度 (kb) | |||||
| 胚胎 | 新生小鼠 | 检测数量(断奶个体) | 无 rTG 的 floxed 个体 | |||||
| 注射数 | 移植数 | 5' 臂 | 3' 臂 | |||||
| 3qC | 325 | 313 | 93 (29.7%)a | 87 | 9 (10.3%)b | 1.3 | 1.2 | 1.1 |
| 4qB1 | 210 | 200 | 36 (18.0%)a | 29 | 6 (20.7%)b | 1.6 | 1.2 | 0.9 |
| 4qC4 | 272 | 256 | 112 (43.8%)a | 100 | 5 (5.0%)b | 2.4 | 1.0 | 1.4 |
| 5qF | 143 | 137 | 40 (29.2%)a | 40 | 6 (15.0%)b | 1.8 | 1.0 | 1.1 |
| 5qF | 255 | 227 | 80 (35.2%)a | 76 | 2 (2.6%)b | 1.3 | 1.1 | 0.9 |
| 9qE3.1 | 289 | 261 | 80 (30.7%)a | 77 | 9 (11.7%)b | 1.2 | 1.2 | 1.2 |
| 10qB3 | 284 | 269 | 88 (32.7%)a | 78 | 3 (3.8%)b | 1.3 | 1.1 | 0.9 |
| 10qC1 | 243 | 231 | 40 (17.3%)a | 38 | 4 (10.5%)b | 2.1 | 1.0 | 1.3 |
| 14qE5 | 390 | 372 | 139 (37.4%)a | 135 | 5 (3.7%)b | 1.1 | 0.8 | 0.9 |
| 17qA3.3 | 383 | 374 | 99 (26.5%)a | 95 | 2 (2.1%)b | 2.1 | 0.6 | 0.8 |
表2:通过显微注射生产条件性基因敲除小鼠(floxed mice)。 该表格显示了出生率以及获得携带目标flox等位基因且无供体DNA随机整合(rTG)的小鼠的效率。在所有项目中均成功获得了携带目标flox等位基因的小鼠。a:出生仔鼠数/移植胚胎数;b:携带flox等位基因的小鼠数/检测小鼠总数。rTG:供体质粒的随机整合;W/O:无。
本研究中,采用自然交配获得的C57BL/6J小鼠受精卵(未经冻融处理)用于基因组编辑小鼠的制备。通过在细胞周期中最有利于基因敲入发生的时相,将crRNA-tracrRNA-Cas9复合物和供体DNA(RNPD)同时注射到这些受精卵的两个原核中,实现了基因盒敲入和条件性基因敲除(floxed)小鼠的高效出生率及充分的基因组编辑效率。本研究进一步增强了SPRINT-CRISPR方法15的适用性,证明该方法即使在C57BL/6J遗传背景下也能确保足够的敲入效率,并可应用于条件性基因敲除小鼠的制备。
由于实验设备成本较低且技术易于掌握,电穿孔法是一种广泛应用的基因组编辑小鼠制备方法8。此外,i-GONAD 方法19可在存在于输卵管中的着床前胚胎上直接进行基因组编辑,无需使用受体小鼠。与这些方法相比,本文所介绍的方法在硬件和软件两方面准备和维持实验环境时成本较高且耗时较长。然而,一旦实验设施建立完毕,仅需使用市售的CRISPR元件(crRNA、tracrRNA和Cas9蛋白)以及少量简单的环状质粒载体作为供体DNA,即可实现复杂基因盒的定点插入(knock-in)和条件性基因敲除(floxed)小鼠的制备。这意味着在制备过程中,无需耗时(或相对昂贵)的长单链寡核苷酸(lsODN)5,6或腺相关病毒载体20,便可大量构建复杂的基因组编辑小鼠品系。
与原始的 SPRINT-CRISPR 方法不同15,使用新鲜(冻融后)的受精卵。通过自然交配获得新鲜受精卵时,可忽略在冻融过程中可能产生的技术误差 体外 受精或冷冻与解冻。此外,胚胎操作过程可在约半天内完成(图1)采用当前方法。另一方面,本方法的一些局限性包括需要较多雄性小鼠、受精时间的控制较为宽松,以及难以完全准确预测可用于显微注射的受精卵数量。与原始的SPRINT-CRISPR方法相比,该方法可能具有更高的出生率表1尽管如此,由于实验操作者、靶基因、遗传背景以及胚胎确认时间的不同,尚不能得出本方法在出生率方面更优的结论。
如表1所示,在大多数基因盒敲入项目中,大量小鼠存在随机整合等位基因。必须消除随机整合,因为它可能导致内源基因的意外破坏以及转基因的异位表达。未来面临的挑战是找到能够减少随机整合事件数量,同时保持足够敲入效率的实验条件。
几乎所有利用导致DNA双链断裂的基因组编辑效应因子进行的小鼠受精卵基因组编辑,都可能在靶位点诱导意外的突变9,21。本文未描述这些意外靶向突变的结果,因为我们目前不具备管理下一代小鼠以提供明确证据的条件。排除由意外靶向诱变引起混淆的最佳方法是将首建鼠(founders)与野生型小鼠交配,而不是首建鼠之间相互交配。原则上,由此杂交产生的N1代小鼠在等位基因的一侧为野生型(WT),因此如果检测到预期的敲入(KI)等位基因,则它们为WT/KI杂合子。因此,在生命周期相对较短且繁殖能力强的实验小鼠中,靶向位点的意外诱变并非严重问题。然而,当该技术应用于体型较大的哺乳动物时,仍需进一步改进。
已证实该技术可在除C57BL/6J以外的近交系小鼠中制备基因盒敲入小鼠,但目前相关项目数量不足,且数据变异程度较高。因此,本研究未包含此类信息。认为有必要对此开展进一步研究,以推动小鼠遗传学与疾病模型研究的发展。
作者声明无竞争利益。
本工作得到了科学研究(B)(19H03142:SM)、科学研究(A)(20H00444:FS)、科学研究(A)(21H04838:SM)以及创新领域科学研究项目的支持 "高级动物模型支持平台" (16H06276:致 ST)来自日本文部科学省。资助方在研究设计、数据收集与分析、发表决定或稿件撰写中未发挥任何作用。我们感谢 Ryoichi Mori 在基因组编辑设计方面提供的有益讨论。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 盐酸阿替美唑 | ZENOAQ | - | |
| 自动伤口夹 | BD | 427631 | |
| 自动伤口夹施加器 | BD | 427630 | |
| 布托啡诺 | Meiji Seika Pharma | - | |
| C57BL/6J 小鼠 | Jackson Laboratory Japan | - | 大于10周龄 |
| 校准移液管,100 µL | Drummond Scientific Company | 2-000-100 | 用于收集受精卵和胚胎移植 |
| Cas9 | Thermo Fisher Scientific | A36499 | |
| Cas9 核酸酶反应缓冲液 | NEB | B7203 | |
| CellTram 4r 油 | Eppendorf | 5196000030 | |
| CRISPOR | http://crispor.tefor.net/ | 用于CRISPR-Cas9系统的基因组编辑实验的网络工具 | |
| crRNA | IDT | - | |
| 凝胶/PCR提取试剂盒 | FastGene | FG-91302 | |
| 人绒毛膜促性腺激素(hCG) | ASKA Animal Health | - | |
| 透明质酸酶 | Merck Sigma-Aldrich | H3884 | |
| ICR 小鼠 | Jackson Laboratory Japan | - | 大于10周龄,体重28 g或以上 |
| 倒置显微镜 | Leica | ||
| KOnezumi | https://www.md.tsukuba.ac.jp/LabAnimalResCNT/KOanimals/konezumi.html | 用于自动化基因敲除策略以生成基因敲除小鼠的网络应用程序 | |
| M16培养基 | Merck Sigma-Aldrich | M7292 | |
| M2培养基 | Merck Sigma-Aldrich | M7167 | |
| 美托咪啶 | ZENOAQ | - | |
| 微型剪刀 | Natsume Seisakusho | MB-54-1 | |
| 微电极拉制仪 | Narishige | MF-900 | 用于持卵移液管的火焰抛光和微注射针的弯曲 |
| 显微操作装置 | Narishige | ||
| 微移液管拉制仪 | Sutter Instrument | P-1000 | 可编程移液管拉制仪 |
| 咪达唑仑 | Maruishi Pharmaceutical | - | |
| MILLEX-GV 0.22 µm 滤器 | Merck Millipore | SLGV033R | |
| 矿物油 | Nacalai | 26114-75 | 用于受精卵培养和注射腔室 |
| 培养皿(35 mm,未处理) | Iwaki | 1000-035 | 用于受精卵培养 |
| 压电显微操作仪 | PRIME TECH | PMM-150 | |
| 质粒小提试剂盒 | FastGene | FG-90502 | 小量制备旋转柱试剂盒 |
| PMM操作液 | PRIME TECH | KIT-A | 微注射用操作液 |
| 孕马血清促性腺激素(PMSG) | ASKA Animal Health | - | |
| 聚乙烯吡咯烷酮 | Merck Sigma-Aldrich | P5288 | |
| RNase | QIAGEN | 19101 | |
| 无RNase水 | IDT | - | tracrRNA辅助试剂 |
| 精细止血钳 | Natsume Seisakusho | C-18 | |
| 十二烷基硫酸钠 | SIGMA | 151-21-3 | |
| 带缝合线的缝合针 | Natsume Seisakusho | C11-60B2 | |
| 无丝细壁硼硅酸盐玻璃 | Sutter Instrument | B100-75-10 | 用于微注射针和持卵移液管 |
| tracrRNA | IDT | - |