本方案介绍了一种多模态方法,结合拉曼光谱与层析相位显微技术,用于无标记、非侵入性地对活体人乳腺癌细胞进行表型分析。该方法包含一个用户友好、无主观偏倚的分析流程,可实现快速、定量的形态-化学分析,为癌症研究和细胞生物学提供详细的分子与结构信息。
本方案介绍了一种多模态方法,结合拉曼光谱与层析相位显微技术,用于无标记、非侵入性地对活体人乳腺癌细胞进行表型分析。该方法包含一个用户友好、无主观偏倚的分析流程,可实现快速、定量的形态-化学分析,为癌症研究和细胞生物学提供详细的分子与结构信息。
本文介绍了多模态共聚焦拉曼微光谱技术(RS)与层析相位显微技术(TPM),用于快速对人乳腺癌细胞(MDA-MB-231)进行形态-化学表型分析。利用这些先进显微技术的非侵入性特点,我们在细胞天然生理环境中,无需标记即可从活细胞中获取详细的形态-分子数据。我们开发了去除了人为偏倚的数据处理流程,用于分析高光谱拉曼图像(覆盖600 cm-1至1800 cm-1的拉曼模式,可特异性表征多种分子键和亚细胞结构),以及三维折射率层析图提供的形态学数据(可在纳米级分辨率下测量细胞体积、表面积、贴壁面积和球形度,同时提供干质量和密度信息)。通过对RS和TPM所提供的丰富单细胞信息进行系统性解析,我们以定量方式展示了这种多模态显微方法在肿瘤性乳腺癌细胞表型分析中的优势。我们的工具还能在无需任何标记的情况下,进一步揭示亚细胞层面的信息。最后,我们研究并讨论了由RS和TPM所获得数据集中的独特特征或相关性信息。我们相信,当生物医学研究需要对培养中的活细胞进行快速且非侵入性的分析时,本研究所提供的工具和定量数据分析流程有望彻底改变表型分析任务,并具有未来向临床诊断应用转化的潜力。
细胞鉴定与表型分析是生物医学研究的关键环节1。能够在形态学和分子水平上对细胞进行表征,对于理解细胞功能、分化过程及病理状态至关重要1,2,3。这一技术在肿瘤学领域尤为重要,因为准确的细胞分型对于肿瘤诊断、疾病分期判断以及最终确定治疗靶点具有重要意义2。传统的细胞鉴定方法无法提供时间动态信息,且通常依赖于染色或标记等侵入性技术,这些操作可能干扰细胞的天然状态,并在数据中引入潜在偏差4。因此,迫切需要发展非侵入性策略,以在细胞保持天然、未受干扰的状态下,实现对其准确而全面的表型分析。
在此背景下,无标记多模态成像方法通过结合互补的成像模式,同时获取细胞的形态学和分子信息,从而彻底改变了细胞生物学研究2,5。这些方法能够对细胞进行整合性且非侵入式的表征,而传统的单一技术往往难以实现这一点2,5,6。例如,尽管荧光显微镜等显微技术已广泛应用于细胞形态和功能成像,但其本身存在固有局限性。荧光方法常受到光漂白、光毒性和可靶向分子数量有限等问题的困扰,从而限制了其分析能力4。此外,这些方法通常需要使用外源性标记物或染料,可能干扰细胞的天然状态或导致人为假象7。
多模态成像平台结合了多种成像技术的优势,能够在无需标记的情况下从活细胞中获取不同类型的数据,从而克服了上述局限性。将拉曼光谱(RS)与其他成像方式(如相差显微镜或层析相位显微镜(TPM))相结合,已成为克服单一技术局限性的有效策略。事实上,多模态成像能够更深入地理解细胞表型,特别是在癌症等复杂的生物条件和病理状态下,分子与结构特性对于精确表征至关重要2,5。
无标记拉曼光谱(RS)非常适合细胞的化学成像8。通过检测分子振动模式,RS可提供生化指纹信息,揭示细胞分子组成的深层细节9,10,11。从生物样品获取的拉曼光谱包含多种生物分子的信息,如脂质、蛋白质、核酸和代谢物,这些分子在理解细胞分子特性方面起着关键作用9,12。RS的主要优势之一在于其非侵入性,能够在不改变细胞生理状态的情况下,对处于天然状态的活细胞进行表征。
尽管拉曼光谱技术具有诸多优势,但也存在一些局限性。事实上,虽然拉曼光谱能够提供详细的分子信息,却无法获得关于细胞形态或结构的定量信息2。这正是双光子显微成像(TPM)等互补成像技术发挥关键作用之处。
TPM 是一种定量相位成像(QPI)技术13,14,能够实现对细胞形态的高分辨率、无标记、定量信息的可视化15,16。与传统显微技术不同,TPM 无需使用对比剂,而是通过测量样品折射率(RI)变化所引起的相位偏移来工作17。相位偏移可提供有关细胞结构特性的信息,包括其体积、表面积、形状及内部结构2,18。TPM 可达到纳米级的高空间分辨率,因此是记录活细胞高分辨率形态细节的理想技术。此外,通过重建三维 RI 断层图像,可在活体环境中可视化亚细胞结构18,相比二维投影可提供更准确的信息。然而,TPM 的主要局限之一在于缺乏化学特异性,因为它主要提供细胞形态和相位分布的信息,无法区分不同的化学组分或识别生化特征。
将拉曼光谱(RS)与双光子显微成像(TPM)结合为多模态技术,可在细胞表型分析中提供显著优势。拉曼光谱能够提供丰富的分子信息,而双光子显微成像则补充了结构信息,使得细胞形态得以被详细分析。近年来,已有多个聚焦于癌症研究的研究成功实现了拉曼光谱与双光子显微成像的联合应用2,19,20。例如,先前的研究报道,将拉曼光谱与全息相位显微成像数据进行共定位,可提供互补的分子与形态学信息,从而区分不同类型的细胞以及肿瘤发展的不同阶段2。这些研究凸显了多模态成像在提升细胞表型分析准确性方面的强大能力,尤其在癌症研究中,细胞的分子与结构特征与其恶性程度及生物学行为密切相关2,20。
尽管多模态成像技术近年来取得了进展,但在数据处理与分析方面仍存在诸多挑战21。多模态成像技术产生的大量数据往往难以分析,必须采用简便直接的方法来提取有意义的信息。为应对这一挑战,需建立用户友好的数据处理流程,以应对数据的复杂性,并最大限度减少分析过程中的人为偏差。此类流程对于实现结果的准确性与可重复性,以及将这些方法转化为临床和诊断应用至关重要。
本研究旨在展示将拉曼光谱(RS)与双光子显微成像(TPM)相结合,用于无标记、高速且非侵入性地对活体单个癌细胞进行表型分析的潜力。通过融合这两种强大的成像技术,我们对人乳腺癌细胞(MDA-MB-231)的分子和形态学特性进行了全面而定量的表征。本研究还强调了建立无人为偏差的数据处理流程的重要性,以确保从多模态数据集中提取的信息准确可靠。在此,我们致力于构建一个可用于癌细胞表型分析的稳健平台,并可推广至其他类型的细胞。该方法具有高度的通用性和灵敏性,有望广泛应用于从基础细胞生物学研究到临床诊断在内的多种生物医学领域。
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1. 样品制备
2. 高通量拉曼显微镜系统
注意:本研究中用于MDA-MB-231活细胞成像的自制拉曼显微镜的技术细节此前已有描述22。简而言之,所使用的定制高通量拉曼显微镜系统采用由532 nm激光泵浦的785 nm钛宝石激光器(图1A)。785 nm拉曼激发激光耦合至倒置IX83荧光显微镜主体,通过749 nm二向色镜将激发光经UPLSAPO60× 1.2 NA水浸物镜导入样品。偏振器用于调节显微镜后端口处的平均激光功率。白光以类似方式耦合,实现明场成像。系统通过自动切换二向色滤光片在拉曼模式与明场模式之间转换。该系统结合了基于振镜和载物台扫描的方式,实现高通量成像。自定义的MATLAB脚本与开源显微镜控制软件、数据采集(DAQ)板及信号检测系统交互,以自动化数据采集过程。后向散射的拉曼光由同一物镜收集,可见光则被785 nm二向色镜滤除,并导向近红外光谱仪和电荷耦合器件(CCD)探测器。该装置支持多维成像,可在多个位置和z层面上同步采集明场、荧光和拉曼信号2,22。
3. RS 数据分析
4. TPM 测量方案
5. TPM 数据分析
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我们描述了一种基于共聚焦拉曼光谱(RS)和双光子显微技术(TPM)的无标记活细胞形态-化学表征工作流程。我们测试了该工作流程获取人乳腺癌细胞系MDA-MB-231分子组成和形态参数的能力(图1)。
将 MDA-MB-231 细胞接种于石英玻璃底培养皿中。使用自行搭建的共聚焦拉曼显微镜(图 1A),在 785 nm 连续激光激发下,采集单个细胞在拉曼位移(Ω)600 cm-1 至 1800 cm-1 范围内的拉曼光谱,即生物物质拉曼振动图谱的指纹区27。每例单细胞拉曼信号采集约耗时 40 分钟。实验过程中采用载物台培养箱以维持细胞的生理状态。此外,为验证本方法的非侵入性,测量后我们持续将细胞传代培养至少两代,并在此期间密切监测细胞增殖情况,未观察到生长异常或非正常脱落现象。所得拉曼光谱以三维 XY-Ω 超立方体形式表示,其中 XY 平面上的每个像素点对应指纹区的一个光谱。
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我们提出了一种多模态方法及简明的分析流程,整合了两种先进的无标记成像技术:拉曼光谱(RS)和双光子显微(TPM)。所述工作流程实现了对活体人乳腺癌单细胞(MDA-MB-231)快速、无创的形态-化学表型分析,无需外源性标记。
拉曼光谱(RS)是一种非破坏性技术,可通过检测分子的振动模式来表征生物样品的生化组成9,27,34,35。由于水的拉曼散射信号可忽略不计,RS适用于水相环境。这一优势使得在无需复杂样品前处理的情况下,即可对活细胞在其培养条件下进行精确的分子检测2,36。RS还具备提供多种生物分子(如脂质、蛋白质和核酸)分子指纹的独特能力,这对于确定细胞表型至关重要37
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作者声明无利益冲突。
本研究由麻省理工学院-意大利基金会的Progetto Rocca项目、美国国立卫生研究院资助(项目编号:P41EB015871、UH3CA275687、R01DC021326)、韩国首尔Apollon公司以及韩国国家癌症中心(NCC-24H1170)资助。Leonardo Bianchi 感谢获得Progetto Rocca博士后奖学金,以支持其在麻省理工学院与米兰理工大学开展合作研究。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| CCD相机 | Princeton Instruments | PIXIS 100BR eXcelon | 用于检测拉曼散射信号。 |
| CCD相机控制软件 | Princeton Instruments | LightField | |
| 连续波钛宝石激光器(波长:785 nm) | Spectra-Physics | 3900 S | 用于拉曼显微成像的激发光源。 |
| 二向色镜 | ThorLabs | DMSP750B | 749 nm二向色镜,将785 nm拉曼激发光导向样品,并滤除荧光和明场信号。 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | A5256701 | |
| 荧光显微镜主体 | Olympus | IX83 | |
| 激光器(波长:532 nm) | Spectra-Physics | Millennia eV | 作为785 nm钛宝石激光系统的泵浦激光器。 |
| MATLAB软件 | MathWorks | 2023a | |
| MDA-MB-231细胞系 | ATCC | HTB-26 | |
| 近红外光谱仪 | Andror | Holospec HS-HSG-785-LF | 用于分析背向散射光的光谱。 |
| 物镜(60× 1.2 NA,水浸) | Olympus | UPLSAPO60× | |
| 载物台培养室 | Tokai Hit | stxg-welsx-set | |
| 开源显微镜控制软件 | µManager | Micro-Manager-2.0 | |
| 青霉素-链霉素(10,000 U/mL) | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| 无酚DMEM/F-12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 21041025 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Gibco | 10-010-023 | |
| 石英玻璃底培养皿 | Waken B Tech | SF-S-D12 | |
| 拉曼数据分析软件 | RamApp | 基于网络的拉曼高光谱数据处理工具。 | |
| sCMOS相机 | Hamamatsu Photonics | Orca Flash 4.0 v2 | |
| 注射泵 | Chemyx | Fusion 720 | |
| 断层相位显微镜 | Tomocube, Inc. | HT-2H | 用于获取定量相位图像的商用系统。 |
| TPM数据分析软件 | Tomocube, Inc. | TomoStudio | 用于分析断层相位显微镜(TPM)数据的软件。 |
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