本方案对纳米颗粒上个性化蛋白冠的SDS-PAGE分析进行了标准化,可实现对癌症特异性标志物的可重复、可扩展且低成本的检测。该方法专为胰腺导管腺癌的早期诊断而设计,为科研和临床环境中的复杂蛋白质组学方法提供了一种切实可行且符合REASSURED标准的替代方案。
本方案对纳米颗粒上个性化蛋白冠的SDS-PAGE分析进行了标准化,可实现对癌症特异性标志物的可重复、可扩展且低成本的检测。该方法专为胰腺导管腺癌的早期诊断而设计,为科研和临床环境中的复杂蛋白质组学方法提供了一种切实可行且符合REASSURED标准的替代方案。
纳米颗粒(NPs)在接触生物流体后形成个性化的蛋白质冠(PC),这一现象已成为一种极具前景的、用于早期癌症检测的微创策略。本研究介绍了一种利用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)对蛋白质冠进行分析的标准操作流程,该流程经过优化,以确保其稳健性、可重复性和自动化潜力。该方法在多种纳米颗粒(NP)平台、血浆来源和实验条件下均经过严格验证,展现出高度一致的可重复性,且操作者依赖性变异极小。与传统的蛋白质组学技术相比,该方法更快速、成本更低,符合世界卫生组织(WHO)对诊断工具提出的REASSURED标准。在应用于胰腺导管腺癌(PDAC)——一种早期生物标志物极为有限的高度侵袭性恶性肿瘤时,该工作流程在早期患者中仍实现了高达90%的分类准确率。这一标准化平台标志着向可规模化、临床可转化且经济可行的癌症筛查诊断工具迈出了重要一步。
纳米颗粒蛋白冠(NP-PC)
在纳米颗粒(NPs)暴露于生物流体后,其表面形成的蛋白冠(PC)的表征已成为疾病诊断和个性化医疗的一种强大策略1。这一吸附蛋白层在组成上具有动态性和疾病特异性,能够改变纳米颗粒的合成特性,并主导其生物学相互作用2。蛋白冠的组成并非随机形成,而是高度依赖于纳米颗粒的理化性质及其所处的生物环境3。纳米颗粒的尺寸、形状、表面电荷和组成等因素可显著影响吸附蛋白的亲和力、动力学行为及其结构排列。同样,生物流体的来源、复杂程度及其所处的疾病状态,也在决定蛋白冠最终组成方面发挥着关键作用4,5,6。
冠状结构的动态特性进一步增加了其分析的复杂性,因为其构型会随时间从松散结合的柔软外层逐渐演变为更稳定且紧密结合的内核7,8。这种由竞争性蛋白质吸附事件所导致的动态结构演变,需要采用时间分辨且标准化的方法才能进行有意义的表征9。尽管存在这些复杂性,目前普遍认为,蛋白冠(PC)并非单纯的实验假象,而是一种具有生物学信息价值的界面层,能够以非侵入性方式捕获系统性疾病的改变。本文所述方法的目标是标准化SDS-PAGE在个性化蛋白冠稳健、可重复且可及的图谱分析中的应用,尤其旨在通过液体活检策略实现癌症的早期检测10。
个性化PC及其在癌症检测中的相关性
该方法的科学依据在于个性化蛋白冠(personalized PC)的概念。当纳米颗粒(NPs)与患者血浆共孵育时,会吸附一层独特的蛋白质指纹,反映个体的生理或病理状态11,12。这一概念已得到多项研究的支持,这些研究表明,在疾病存在的情况下,蛋白冠的组成发生显著改变,包括胰腺导管腺癌(PDAC)、肺癌13、脑膜瘤14和多形性胶质母细胞瘤15。具体而言,在PDAC中,来源于患者血浆的蛋白冠与健康供体的蛋白冠存在显著差异。这些差异已被用于构建分类模型,诊断准确率最高可达90%。因此,蛋白冠可作为疾病特异性信号的纳米级富集器16。
近期研究发现,癌症患者的血小板(PCs)中富含参与炎症、凝血、补体激活及细胞外囊泡运输的蛋白质,这些生物学通路已知在恶性肿瘤中存在失调。17这些蛋白质模式在相同患者类别中具有高度可重复性,而在不同疾病状态下则明显不同,表明蛋白冠不仅可作为通用的疾病传感器,还能作为特定疾病的分类工具。在胰腺导管腺癌(PDAC)这一最致命且最具隐匿性的恶性肿瘤之一的背景下,本研究团队率先开发了基于蛋白冠特征分析的纳米颗粒增强血液(NEB)检测方法。18,19,20这种微创方法利用纳米颗粒富集低丰度及疾病相关血浆蛋白的能力,使其可被检测到 通过 简单、台式电泳分离
相较于传统蛋白质组学技术的优势
开发该方法的依据源于传统蛋白质组学技术(如质谱法(MS))的局限性。尽管质谱法能够实现深度的蛋白质组覆盖,但其成本高昂、耗时较长,且不适用于高通量筛选或现场即时诊断21。另一个关键挑战在于质谱技术本身固有的复杂性,样品制备、仪器校准、采集参数以及数据分析流程的差异,均会导致不同实验室间所报告的蛋白质组(PC)组成存在显著差异22。相比之下,对蛋白质组进行SDS-PAGE分析可快速且经济地捕捉与疾病相关的蛋白质组模式。尤为重要的是,SDS-PAGE的读数并不依赖于对单个生物标志物的绝对鉴定,而是基于对整体蛋白质谱系统性变化的检测,这些变化可通过密度测定和多元统计方法进行分析。
与基于抗体的检测方法不同,后者局限于已知靶标且易发生交叉反应,而SDS-PAGE能够无偏倚地呈现蛋白质的整体图谱,保持原始样本的完整性,并可与LC-MS/MS等互补技术平台联用,实现蛋白质鉴定。此外,由于SDS-PAGE无需样本分级或去高丰度蛋白等预处理步骤,因此特别适用于分析微量生物样本,这一特性在早期诊断或脆弱人群筛查等应用中至关重要23。基于上述诸多优势,本实验方案符合世界卫生组织(WHO)提出的REASSURED标准(实时 connectivity、样本采集简便、成本低廉、高灵敏度、高特异性、操作友好、结果稳健、无需专用设备、易于推广),使其成为可扩展诊断应用中的实用工具24。基于以上证据,我们提出假设:将纳米颗粒(NPs)与患者血浆共同孵育后,其表面会吸附形成一种可重复且具有疾病特异性的蛋白冠(PC),该蛋白冠可通过SDS-PAGE进行系统性分析。我们进一步提出,对这些个体化蛋白冠进行标准化电泳分析,能够区分癌症患者与健康个体,从而提供一种稳健且具有临床转化潜力的诊断工具。
工作流程与临床适用性
基于SDS-PAGE的蛋白冠分析流程系统化地规范了每一步操作:从纳米颗粒(NPs)的制备及其与稀释血浆的孵育,到蛋白冠的分离、凝胶电泳以及定量的密度分析(图1)。关键参数如孵育时间、血浆稀释度和纳米颗粒类型25均经过精细优化,以确保实现最佳的蛋白质捕获效果和凝胶图像分辨率。该方案还考虑了实际应用中的多个因素,如样本通量、储存稳定性以及批次间的一致性26。此外,由于SDS-PAGE是一种非破坏性技术,可无缝结合质谱(MS)等互补性蛋白质组学方法,用于鉴定单个蛋白条带的分子组成15。该工作流程已优化为具有高操作者间重复性,适用于手动和自动化移液平台,并在不同纳米颗粒化学性质和血浆浓度条件下均表现出良好的稳健性。这些特性确保该方法可广泛应用于多种实验室环境,既适用于集中式诊断中心,也适用于分散式研究实验室。因此,该技术特别适合从事早期诊断、生物标志物发现和转化纳米医学研究的科研人员与临床医生。该方法可应用于多种疾病类型,并可扩展至除血浆外的其他生物流体,如唾液或尿液。本方案的灵活性与稳健性使其成为临床验证流程、大规模筛查研究以及即时检测平台的理想候选技术。
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本方案提供了制备纳米颗粒(NP)、与人血浆(HP)孵育、分离以及分析在各类纳米颗粒表面形成的蛋白冠(PC)的详细且标准化的操作流程。图2以图示形式展示了整个实验流程,涵盖了从纳米颗粒合成到蛋白质谱的多变量SDS-PAGE分析的各个连续实验步骤。重要的是,本研究团队已在先前的研究中对该方法进行了标准化18,26,以确保实验结果的可重复性和可靠性。所用试剂和设备列于材料表中。
1. 纳米颗粒的制备与表征
2. 人血浆的制备
3. PC 的形成

4. 通过SDS-PAGE进行PC分析
5. 蛋白质谱型分析
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标准化PC实验面临的主要挑战之一在于尽量减少技术性因素和操作者依赖性带来的变异性,这一点此前已有研究指出26。关于实验变量(如操作者偏差以及自动化工具对可重复性的影响)的作用,目前仍存在尚未解决的问题18,28。
首先,本研究对所提出方案的稳健性和可重复性进行了系统性评估。研究目的有两个方面:(i)评估不同操作人员使用手动或自动化移液系统所获得SDS-PAGE图谱的一致性;(ii)评估该方案在不同纳米颗粒化学性质和生物流体条件下的适用性。
为了评估所提出方案的可重复性和通用性,该方案在三种具有不同理化性质的纳米颗粒(NP)体系中进行了测试:氧化石墨烯(GO)、金纳米颗粒...
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不同纳米颗粒类型的实验方法通用性与可重复性
本文所述方案为在纳米颗粒(NP)与人血浆(HP)孵育后形成的蛋白冠(PC)的分离与表征提供了标准化且可重复的操作流程。如先前及当前研究33所示,该方法能够生成基于SDS-PAGE的分子指纹图谱,捕捉个性化蛋白冠中具有生物学和诊断学意义的特征。手动与自动化操作流程之间观察到的一致性,解决了蛋白冠研究中的一个核心难题:最大限度减少技术性及操作者依赖性带来的变异性。正如Giulimondi等26所强调,操作者偏倚和操作流程的异质性长期以来阻碍了该领域的标准化进程。研究结果表明,在受控条件下,这些变量可被有效降低,同时不损害数据质量。
该方案与自动化移液平台的兼容性对于未来的临床转化和高通量应用尤为重要。该方案能够在具有不同表面电荷和相互作用倾向的多种纳米颗粒类型之间产生可重复的图谱,进一步证明了其广泛的适用性。综上所述,这些结果提供了有力证据表明:(1)该方案在...
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作者无任何利益冲突需要披露。
该研究部分由意大利大学与科研部(MUR)国家补充投资计划资助,该计划由欧盟—下一代欧盟(NextGenerationEU)资助,项目 "D3 4 HEALTH—面向可持续医疗保健的数字驱动型诊断、预后与治疗"PNC0000001,主题线3 第2项,任务4,组成部分2 CUP:B53C22006120001。本研究还得到了AIRC基金会IG 2020-ID. 24521项目(项目负责人:Pozzi Daniela)的资助。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 1.5 mL 蛋白质低吸附 LoBind 管 | eppendorf | 22431081 | |
| 10x Tris/甘氨酸/SDS | Biorad | 1610732 | |
| 离心机 | Labortechnik | Z 216 MK Hermle | 在 4 °C 条件下以 18,620 RCF 离心 20 分钟 |
| ChemiDoc 成像系统 | Bio-Rad | 12003153 | 用于凝胶图像采集 |
| 氯仿 | Sigma Aldrich | C2432-1L | DOTAP 的溶剂 |
| Corning 1-200 µL 通用适配散装包装移液器吸头 | corning | 4845 | |
| Criterion TGX 免染预制聚丙烯酰胺凝胶 | Biorad | 5678095 | |
| 蒸馏水 6 × 1 L | thermo fisher | 15230001 | |
| DOTAP (1,2-二油酰基-3-三甲基铵丙烷) | Avanti Polar Lipids | 890890P-200mg | 用于制备阳离子脂质体;溶于氯仿,蒸发,水合并挤出 |
| Enduro 300V 电源 | Labnet | E0303-230V | |
| GloMax Discover 微孔板读板仪 | Promega | GM3000 | |
| 金纳米颗粒(柠檬酸盐稳定) | Sigma-Aldrich | 742031-25ML | 作为纳米材料使用;未经进一步纯化直接使用 |
| 梯度聚丙烯酰胺凝胶 (4–20% TGX) | Bio-Rad | 5678095 | 用于 SDS–PAGE |
| Grant Instrument Thermoshaker HC24N(24 × 1.5 mL 微量离心管) | Fisher scientific | PHMT-PSC24N | |
| 氧化石墨烯 (GO) 溶液 | Graphenea | GO-4-1000 | 作为纳米材料使用;稀释至 0.25 mg/mL 并进行超声处理 |
| 人血浆 (HP) | Sigma-Aldrich | P9523-5ML | 用于纳米颗粒孵育 |
| ImageLab 软件 | Bio-Rad. 版本 6.1.0.07 | / | 用于将凝胶图像导出为 tiff 文件 |
| Laemmli 上样缓冲液 2x | Biorad | 1610737 | 用于重悬沉淀物 |
| MATLAB | MathWorks. 版本 R2022a | / | 用于图像处理、数据分析和轮廓计算 |
| Mini-Extruder | Avanti Polar Lipids | 610020 | 用于脂质体制备 |
| NuPAGE 样品还原剂 (10X) | Thermo Scientific | NP004 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Corning | 21-031-cm | 用于 DOTAP-HP 样品 |
| Pierce BCA 蛋白质定量检测试剂盒,1 套(1 L) | ThermoFisher | 23225 | |
| 透明移液器吸头 0.5–10 µL | Axygen | T-300-STK | |
| PIPETMAN L P10L,0.5–10 µL,金属弹射器 | Gilson | FA10002M | |
| PIPETMAN P20,2–20 µL,金属弹射器 | Gilson | F144056M | |
| PIPETMAN P200,20–200 µL,金属弹射器 | Gilson | F144058M | |
| PIPETMAX 自动移液系统 | Gilson | GSYS0021 | 用于自动化样品处理 |
| 聚碳酸酯滤膜 (0.1 µm) | Avanti Polar Lipids | 610005-1EA | 用于脂质体挤出 |
| Precision Plus Protein 全蓝预染蛋白标准品 | Biorad | 1610373 | |
| Precision Plus Protein 未染色标准品 | Biorad | 1610363EDU | |
| Vibra cell 超声破碎仪 VC505 | Sonics and Materials inc. | VC505 | |
| ZetaSizer | Malvern | ZS90 | 用于动态光散射 (DLS) 和微电泳 (ME) 测量 |
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