Name: 沿海海水样品的过滤体积小（1 - 3L） (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: 学习小体积海水过滤技术以收集海洋微生物生物量，用于研究微生物多样性和生态系统健康。该方法适用于环境微生物学和海洋生物学研究。

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我们感谢加拿大创新基金会、不列颠哥伦比亚知识发展基金以及加拿大自然科学与工程研究委员会（NSERC）对沿海和开阔海域低氧区域持续研究工作的支持。D.A.W. 获得了来自NSERC、Killam以及由TULA基金会资助的微生物多样性与进化研究中心提供的博士后奖学金支持。

<ol>
<li>过滤装置的设置<ol>
<li>过滤前，先擦去满瓶外表面的冷凝水，并称重。</li>
<li>将一个灭菌桶放在泵的一侧，废液瓶放在另一侧。</li>
<li>然后将一个装满样品的瓶子放入灭菌桶中；但此时不要打开瓶盖。</li>
<li>将管路穿过蠕动泵，使管路的鲁尔端插入废液瓶中。</li>
<li>使用镊子取下无菌25 ml移液管中的棉塞，并将该移液管连接到管路的另一端。</li>
</ol></li>
<li>海水过滤<ol>
<li>开始过滤海水时，打开瓶盖并插入移液管。启动泵并将流速设为1。观察确保水流方向正确。</li>
<li>让约100 ml水通过整个管路系统。</li>
<li>关闭泵，并将Sterivex滤器连接到管路自由端的雄性鲁尔接头上。</li>
<li>继续过滤，直至瓶中无剩余海水。</li>
</ol></li>
<li>滤器的保存<ol>
<li>为保存滤器，首先用30–60 ml注射器排出残留的水分。</li>
<li>用Parafilm封住Sterivex滤器底部。使用移液管向滤器中加入1.8 ml裂解缓冲液，保留约200 µl空间，以便后续加入试剂。</li>
<li>然后用一小块Parafilm密封Sterivex滤器顶部，并用日期和样品编号标记滤器。</li>
<li>将滤器置于预先标记好的50 ml离心管中，于-80°C保存。</li>
</ol></li>
<li>清理工作<ol>
<li>将25 ml移液管插入含有0.1% HCl的烧瓶中，开启泵。</li>
<li>HCl清洗后，用灭菌水冲洗管路。 最后，称量已空的1 L瓶子的质量，以计算通过滤器的水体积。</li>
</ol></li>
</ol>
代表性结果：每1升水样可获得一个Sterivix滤膜，其中含有大于0.22 µm的生物量。该滤膜保存在裂解缓冲液中，用于后续的DNA提取与分析。最终结果为每1升水样对应一个保存在裂解缓冲液中的Sterivix滤膜，可直接用于DNA提取。滤膜中含有大于0.22 µm的生物量。在进行环境DNA（eDNA）提取前，滤膜可保存于-80°C。

作者无任何利益冲突需要披露。

使用后必须用湿毛巾擦拭工作台和泵，以清除残留的盐水痕迹，否则会腐蚀设备。尽管该操作步骤简单，但所需时间可能较长，具体取决于待过滤样品中生物量或碎屑的浓度。

<table><tbody><tr><td>蠕动泵</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL 软管</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>用于过滤装置</td></tr><tr><td>软管夹</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>用于过滤装置</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; 管道接头</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>用于过滤装置</td></tr><tr><td>聚丙烯预滤器外壳</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>用于过滤装置</td></tr><tr><td>金属鲁尔接头（软管端转雄性鲁尔锁）</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>用于过滤装置</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; 磁铁</td><td></td><td></td><td>用于过滤装置</td></tr><tr><td>三口瓶盖</td><td></td><td></td><td>用于过滤装置</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX 滤器</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>直径 47 mm、孔径 2.7 &amp;mu;m 的 GF/D 滤膜</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>裂解缓冲液</td><td></td><td></td><td>0.75 M 蔗糖，40 mM EDTA，50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td></td><td></td><td>用于过滤后冲洗</td></tr><tr><td>高压灭菌水</td><td></td><td></td><td>用于过滤后冲洗</td></tr></tbody></table>

小体积（1–3 l）近海海水样品过滤法

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

工作流程始于采集近海海水样品，用于后续的微生物群落、营养盐和痕量气体分析。本次演示的样品采自位于萨尼奇湾（Saanich Inlet）运行的 HMS John Strickland 船只甲板上。本视频记录了从水体中过滤获取小体积（约 1 L）微生物生物量的过程。该方案是此前所述大体积采样方案的延伸，主要区别在于：此处省略了预过滤步骤，因此所有尺寸类别的生物量均被收集，直至 0.22 μm 滤膜的截留极限。此类样品特别适用于核酸分析。装置准备、过滤和清洁步骤各需约 20 至 30 分钟。若同时使用两台蠕动泵，可同时处理多达 8 个样品。为防止采样间隔期间形成生物膜，所有过滤设备在使用后必须立即用稀盐酸和去离子水冲洗，并进行高压灭菌处理。

本视频记录了从水体中对微生物生物量进行小体积（约1 L）过滤的过程。

小体积（1–3 L）近海海水样品过滤法

实验流程始于沿海海水样品的采集，用于后续的微生物群落、营养盐和痕量气体分析。对于今天的……

大家好，我是来自不列颠哥伦比亚大学微生物学与免疫学系Steven Hallam实验室的David Walsh。今天我们将向您展示一种用于过滤小体积海水以获取微生物生物量的实验方法。我们实验室采用该方法研究海洋环境中微生物的多样性。那么，让我们开始吧。过滤前，先将满瓶上的冷凝水擦拭干净，并称重。将一个 autoclave bin 放在泵的一侧，另一侧的 autoclave bin 中放置废液瓶。然后将装满样品的瓶子放入高压灭菌桶中。但此时不要取下瓶盖。将管路穿过蠕动泵，使管路的末端置于烧杯内。使用镊子从无菌的25毫升移液管中取出棉塞，并将移液管连接到管路的另一端。开始过滤海水时，打开瓶盖，插入移液管。启动泵，将流速设置为一表（watch），以确保水沿正确方向被泵入。让约 100 毫升水通过整个管路。关闭泵，将一个 stericup X 滤器连接到管路自由端的公接头上，然后将滤器插入废液瓶中。打开泵，并将流速设置为 1。继续过滤，直到瓶中无水残留。储存滤膜时，首先使用30至60毫升注射器排出任何残留的水分。使用移液器向滤膜中加入 1.8 毫升裂解缓冲液，滤膜中保留约 200 微升的空间。为后续添加试剂，用一小段封口膜密封 x 滤膜的底部和顶部，并用日期和样品编号标记滤膜。将滤膜置于预先标记好的 50 毫升 Falcon 管中，在 -80 摄氏度条件下保存。将25毫升移液管插入含有0.1%盐酸的烧瓶中，并启动泵。盐酸清洗后，用高压灭菌水冲洗管路。最后，称量现已空置的一升瓶的质量，以计算通过滤膜的水的体积。每升水样可获得一个X滤膜，其中含有大于0.2微米的生物量。该滤膜保存在裂解缓冲液中，用于后续DNA提取。在进行环境DNA（eDNA）提取之前，提取和分析用滤膜可保存在-80摄氏度条件下。我们刚刚演示了一种用于收集海水生物量的小体积过滤方案。进行此操作时，重要的是在使用后用湿毛巾擦拭工作台和泵，以去除残留的盐水，否则可能会腐蚀设备。尽管该操作步骤简单，但过滤所需时间可能因样品中生物量或碎屑的浓度不同而有很大差异。以上就是全部内容。感谢观看，祝您的实验顺利成功。

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科研

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Biology

生物学

沿海海水样品的过滤体积小（1 - 3L）

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