Name: 变性梯度凝胶电泳（DGGE） (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-02-25T00:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: 学习使用变性梯度凝胶电泳技术分析微生物生物膜中的细菌群落，通过16S rRNA序列研究其时空动态变化。该方法为微生物生态学研究提供了有效的群落分析工具。

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作者无任何利益冲突需要披露。

变性梯度凝胶电泳（dgge）

Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

变性梯度凝胶电泳（DGGE）

好的。大家好，我叫Celeste Peterson，是哈佛大学的一名研究员，研究方向是微生物生物膜群落。我通过分析细菌群落的16S rRNA序列，来研究这些序列在时空变化中的动态特征。为此，我采用了变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术。这并非我所在井的正常情况，运行时需保持在60°C，且缓冲液需持续泵送。因此，我们将缓冲液预热约一小时，直至达到60°C，然后便可运行该装置。现在，我将用稀释的uc溶液清洗此板，以去除杂质，并进行光照处理。任何类似的情况都可能导致出现规律性条带。彻底擦去所有水分非常重要。因此，当我组装凝胶时，会将该芯片放在凝胶的外侧。因此，凝胶将位于这两片玻璃之间，而芯片位于外侧，不会影响到中间的凝胶。现在我将把凝胶组装到这些夹具中，然后将其压紧，并通过向右旋转来固定。与任何凝胶一样，确保底部平齐非常重要。为防止产生气泡，现在我们将凝胶翻转并放入此处，使其与垫圈密封。因此，在操作时需确保凝胶的玻璃板与此处的垫圈完全对齐。侧边的卡扣随后插入，并向下按压以完成密封。这是一个30毫升的注射器。这部分和这部分随Bio-Rad试剂盒提供，只需如此安装即可。其作用是去除管中的多余水分。因此，将导管连接到凝胶上以加样。首先，将一个接头插入导管中，然后连接带有该小型接头的针头，并将其准确置于凝胶的正中心位置，确保其位于底部玻璃板稍下方。接着，此导线接头将插入长导管中，并连接两个分别装有高密度和低密度溶液的等体积注射器。这些是预先配制好的溶液。蓝色溶液中，我加入了一种染料，用于指示这是变性程度最高的溶液，而这个低密度溶液则是变性程度最低的溶液。这些溶液中已包含所有所需成分。现在我将开始制备，实际上我要制备的量是原来的两倍。一旦混合完成，你大约有五分钟到七分钟的时间在凝胶上升之前完成灌胶。现在我们用该溶液填充注射器中的胶液。因此，我将加入约15的溶液。然后，为了去除任何气泡，我会将容器倒置并轻轻挤压，直到顶部的气泡消失。现在，这个小螺丝将插入这个凹槽中。该适配器将与此处的夹具对齐，并用C型夹紧密固定。然后将这段管路连接到注射器上。另一侧的高密度基质在需要递送时也以相同方式操作。因此，我将平稳地顺时针转动这个旋钮。首先，蓝色溶液会先流出，因为它的密度较大，将形成凝胶的底层部分。随后一段时间，透明溶液将开始填充凝胶，从而形成梯度。片刻之后，将凝胶轻轻倾斜一定角度，一旦倒完凝胶，立即冲洗试管，因为凝胶会迅速聚合。就是这个小组在这里。然后按压下去。这个小的，另一侧也进行同样的操作。好的。大家好，我叫Celeste Peterson，是哈佛大学的一名研究员，研究方向是微生物群落。我通过分析细菌的16S rRNA基因序列，来研究这些序列在时间和空间上的变化情况，从而对细菌群落进行特征分析。为此，我采用了变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术。因此，DGE 指的是变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis）。其基本原理是，在凝胶中存在一个变性剂梯度，DNA 在电泳迁移过程中会逐渐发生变性。不同的 16S 物种将在梯度的不同位置停止迁移。因此，它最终成为群落中不同硅藻物种的“指纹”。我的实验目标是确定群落中存在哪些物种，以及它们在时间和空间上的变化情况。我可以运行硅藻 DDD 凝胶电泳，然后切下条带，鉴定每个群落中所代表的物种。因此，在进行A DDG凝胶实验时，最大的问题之一就是确定最佳的梯度。对于特定的研究体系，需要通过反复试验来摸索最适合的梯度类型。我今天使用的梯度为35%至55%的尿素。该技术可能出现的一个主要问题是，在电泳图谱的稀疏区域会出现拖尾现象。我发现，无论出于何种原因，解决这一问题的最佳方法之一是将凝胶电泳运行较长时间，随后拖尾现象便会消失。目前我仅将其用于一般的细菌群落分析，但该方法也可用于特定细菌类群，以观察其随时间的变化情况，而这类分析通常能获得非常清晰的电泳图谱。您还可以使用DDGE检测单个基因中的突变。

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学习使用变性梯度凝胶电泳技术分析微生物生物膜中的细菌群落，通过16S rRNA序列研究其时空动态变化。该方法为微生物生态学研究提供了有效的群落分析工具。

变性梯度凝胶电泳（DGGE）

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