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在活性形式下,与质膜相关的Ras单体(一种鸟嘌呤核苷酸结合蛋白)会招募Raf,即一种与Ras结合的无活性蛋白激酶。 通过 其Ras结合结构域。
这种结合会形成具有功能的Ras-Raf复合物,从而启动下游信号传导过程。
为了观察细胞内 Ras-Raf 相互作用,首先将基因工程改造的细胞悬浮液加入多孔载玻片的孔中。这些细胞表达两种非荧光融合蛋白——其中一种由 Ras 与光激活荧光蛋白的一半片段连接而成 通过 其N端连接荧光蛋白的一半,另一个是Raf与其C端连接的同一荧光蛋白的另一半。
在细胞内,含有Ras的融合蛋白会锚定在质膜上,并与含有Raf的融合蛋白相互作用,使荧光蛋白的片段重新组装成完整的光可激活荧光基团。当Ras与Raf不发生结合时,两个荧光基团半段则保持分离状态。
向载玻片中加入固定剂试剂。固定剂分子会与蛋白质形成交联,从而稳定蛋白质复合物。
去除固定剂试剂,加入成像缓冲液。将玻片置于设定为光激活定位显微镜(PALM)的荧光显微镜下。使用高强度激光照射细胞,激活少量荧光分子的子集。
对每个纳米级的单荧光标记Ras-Raf复合物所产生的随机来源的荧光进行成像,这些荧光以高分辨率荧光点的形式可见。
为准备成像样品,将约 5.5 × 104 个稳定表达细胞接种至 8 孔玻璃底培养板的每个孔中,每孔加入 350 微升不含酚红的 DMEM 培养基。使用新鲜的含戊二醛的多聚甲醛固定细胞,更换为 PBS 或成像缓冲液后,涡旋 100 纳米金颗粒,并向每孔加入 35 微升,用于在成像过程中追踪载物台漂移。
接近显微镜并开启405纳米和561纳米激光器。此时保持快门关闭,确保561纳米二向色镜和陷波滤光片已就位。打开图像采集软件。
打开EMCCD相机并使其冷却,将曝光时间设置为100毫秒,EMCCD增益设置为适当值。在物镜上添加浸油,并将样品固定在显微镜载物台上。接着,使用明场或561纳米激光将样品调至焦点。
对Ras及其他膜蛋白进行成像时,使用60倍平场复消色差全内反射荧光(TIRF)物镜(数值孔径为1.49),并将显微镜设置为TIRF模式。
调整激发激光的位置,使其照射到TIRF物镜后焦面时偏离中心,从而导致激光在到达盖玻片与缓冲液界面时发生偏折。持续调节激光入射位置,直至达到临界角,激光被完全反射回来。
寻找一个视野中包含多个金颗粒的细胞进行成像。然后,设置一个感兴趣区域,该区域应包含该细胞或其部分区域以及金颗粒。
如果由于表达水平较高而已经发生足够的激活,则开始采集时关闭405纳米激光器,开启561纳米激光器。否则,将405纳米激光器调至出厂最低功率并逐渐增加,直至每帧出现数十个分子,或单个分子之间充分分离为止。
在持续采集数据的过程中,逐渐增加405纳米激光的功率,以保持荧光点密度大致恒定。继续图像采集,直至较高的405纳米激光功率不再引发新的激活事件。