2013年1月9日
一种快速,经济实惠的方式来提取质量疟疾寄生虫的蚊子标本与载体DNA的方法。利用Chelex树脂螯合性能,简单的方法使基因分型疟疾寄生虫的蚊子中肠和唾液腺阶段,以及分子鉴定按蚊
该程序的总体目标是从异常的中肠和唾液腺切片、标本中提取疟疾、寄生虫和蚊子 DNA。这是通过首先在腹部和胸部之间的关节处准确切割蚊子来实现的,从而将中肠与唾液腺部分分开。接下来,每个部分在去离子水中单独研磨。
然后将组织悬液放置并洗涤并回收细胞沉淀。最后,重构细胞沉淀并煮沸,提取 DNA。最终,可以获得显示高质量蚊子和疟疾寄生虫 DNA 的结果,适合用作模板,通过 PCR 和等位基因特异性限制酶消化来识别异常、媒介种类和基因型疟疾感染。
因此,与有机提取和分选方法等现有技术相比,这种非常简单的技术的主要优点是它使用的试剂非常少,安全且容易获得的试剂也少得多,而且处理时间也少得多。要开始解剖蚊子,请将其放在一小块副体上,然后将其安装在解剖显微镜上。用一滴去离子水覆盖它。
为了软化组织的大小,蚊子的尸体精确地位于胸部和腹部之间的关节处。从而从腹部切开头部和胸部。将每个解剖的蚊子切片转移到干净的高压灭菌器中,1.5 毫升微量离心管,预先标有蚊子 ID 号和身体切片,丢弃封口膜,并使用 70% 酒精湿润的 Kim 湿巾仔细擦拭显微镜载物台,然后再处理到下一个蚊子以提取蚊子 DNA,首先将 20 微升去离子水移液到样品管中。
并使用移液器吸头将浸没的蚊子部分研磨成均匀的悬浮液。向样品匀浆中加入 100 微升高压灭菌器、1 个 XPBS 1% 皂苷溶液,轻轻涡旋混合。将样品在室温下孵育 20 分钟。
接下来以 20, 000 G 离心 2 分钟,弃去上清液。将沉淀重悬于 100 微升 1 XPBS 中。然后重复旋转。
每体积加入 75 微升无菌去离子水和 25 微升 20% 重量。Cellex 100 树脂悬浮液浸泡在去离子水中,并使用在本生灯中燃烧的无菌 23 号皮下注射针头轻轻涡旋以重悬沉淀。在样品管的盖子上穿一个孔。
将样品悬浮液在加热块中煮沸 10 分钟。以 20, 000 G 离心 1 分钟,然后将 DNA 溶液转移到预先标记的储存瓶中,用作 PCR 反应中的模板,以检查提取的 DNA 的质量,扩增节肢动物 mi 线粒体烟酰胺腺嘌二核苷酸脱氢酶亚基 4 基因的一个区域,预计可产生 400 个碱基对片段。接下来,为了区分 Ananais Gambia 物种,扩增基因间间隔区中 SNP 两侧的区域,预计该区域将为 Ananais Gambia Sens Stricto 产生 390 个碱基对的大小,为 ananais api 产生 315 个碱基对的大小。
然后 Ansis 对恶性疟原虫抗叶酸耐药多态性进行基因型分析。进行巢式 PCR 以扩增氨基酸密码子 16、51、59、108 和 164 两侧的区域。在寄生虫中,二氢叶酸还原酶基因对扩增子进行等位基因特异性消化,以检测抗叶酸耐药性。
相关多态性。检查 2%AROS 凝胶检查的反应。蚊子 DNA 提取物质量、肛门 RABIS 分子鉴定和恶性疟原虫基因分型的 PCR 检测结果示例表明,简化的 Kelex 方法产生的结果与标准盐析方案相似,尽管步骤更少,时间不到四分之一,并且相应提取物中的 DNA 质量相当,因此样品阳性率在异常方面也就不足为奇了。 冈比亚兄弟物种以及寄生虫感染率根据 McNear 卡方检验没有统计学差异。
在反应混合物中添加 BSA 会导致 PCR 阳性率普遍增加,因为简化 kelex 和常规盐析方案都去除了 PCR 抑制剂。然而,除了 kelex 提取物的 DNA 质量外,这种增加没有统计学意义。恶性疟原虫扩增子的等位基因特异性限制酶消化能够对中肠和唾液腺疟疾感染进行基因分型,以获得耐药等位基因。一旦掌握。
如果执行得当,这项技术应该能够在大约 37 分钟内完成。
本文介绍了一种快速且经济的方法,用于从疟原虫和蚊媒中提取高质量DNA。该方法利用Chelex树脂,可有效对疟原虫进行基因分型,并对按蚊物种进行分子鉴定。
在资源有限的环境中,对疟疾媒介和寄生虫进行可持续的分子监测需要在性能与操作简便性之间取得平衡的DNA提取方法。基于Chelex的方案在将试剂复杂性和处理时间从近三小时缩短至40分钟以下的同时,可获得与成熟的盐析法相当的DNA质量。这使得该方法成为在疟疾流行地区的研究与防控项目中实现可扩展、低成本基因分型和物种鉴定工作的实用工具。
该方法适用于从样本处理到遗传分析的整个发现流程,可为基于PCR的鉴定和分型检测提供可靠的输入材料。