Name: RNA的分离绿脓杆菌殖民小鼠胃肠道 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-09-28T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 52 s
Description: 学习从定植于小鼠盲肠的铜绿假单胞菌中分离高质量RNA的方法。该技术采用多次裂解和酸性酚氯仿抽提步骤，可获得适用于qPCR、转录组分析和RNA测序的RNA样品。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

本工作由美国国立卫生研究院资助，资助项目编号为 AI62983（AYK）、AI22535（GPB）。

1. 小鼠模型 P. aeruginosa 胃肠道定植与播散
<ol>
<li>将6-8周龄雌性C3H/HeN小鼠（Harlan）通过口服抗生素处理以耗竭共生菌群，然后如先前所述4进行铜绿假单胞菌（PA）单一定植。</li>
</ol>
2. 收集小鼠盲肠腔内容物
<ol>
<li>将已清洗的不锈钢研钵浸入液氮中。</li>
<li>采用二氧化碳窒息法处死小鼠。</li>
<li>将小鼠尸体固定在泡沫板上，并用95%乙醇冲洗。从胸骨至会阴部沿中线作纵向切口切开皮肤，剥离皮肤和腹膜以暴露腹腔。</li>
<li>完整切除盲肠。用镊子夹住盲肠，置于不锈钢研钵上方，用解剖剪剪断盲肠两端。</li>
<li>将装有1 ml盲肠冲洗缓冲液（10 mM TrisHCl、1 mM EDTA和200 mM NaCl）5的P1000移液器吸头插入盲肠近端，将冲洗缓冲液及盲肠腔内容物冲入不锈钢研钵中。1 ml冲洗缓冲液足以将全部盲肠内容物冲洗出来。盲肠冲洗物接触研钵后会立即冻结。</li>
<li>用无菌研杵研磨盲肠冲洗物。</li>
<li>将研磨后的冷冻盲肠腔内容物转移至浸没于干冰/乙醇浴中的50 ml聚丙烯圆锥形离心管中。</li>
<li>对每只额外的小鼠重复步骤2.2至2.7。</li>
<li>于-80°C保存。</li>
</ol>
3. 细菌RNA提取
<ol>
<li>在65°C水浴中，将含有1体积酸性酚/氯仿（5:1，v/v）的50 ml Oak Ridge离心管（管盖用Parafilm封口）预热（体积基于两份盲肠腔内容物的最终总体积，约为3 ml）。</li>
<li>将装于50 ml聚丙烯圆锥形离心管中的0.5体积裂解缓冲液（2% SDS、16 mM EDTA和200 mM NaCl）6煮沸5分钟。</li>
<li>将煮沸的裂解缓冲液加入盲肠腔内容物中，混匀，于100°C加热5分钟，期间定期涡旋振荡。</li>
<li>将100°C的盲肠内容物/裂解液样品加入装有65°C酸性酚/氯仿的Oak Ridge离心管中，用Parafilm密封管盖。</li>
<li>于65°C孵育10分钟，期间每2分钟涡旋振荡一次。</li>
<li>在4°C下以2,500 g离心15分钟。</li>
<li>小心转移水相（避免触及白色界面）至新的50 ml Oak Ridge离心管中。水相体积约为盲肠内容物、裂解缓冲液和酸性酚/氯仿总体积的50%。加入等体积的酸性酚/氯仿。</li>
<li>用Parafilm密封管盖，高速涡旋振荡充分混匀。</li>
<li>在4°C下以2,500 g离心15分钟。</li>
<li>重复步骤3.7至3.9，直至水相与有机相之间无可见白色界面。</li>
<li>小心将水相转移至新的50 ml Oak Ridge离心管中，加入等体积的氯仿/异戊醇（24:1，v/v）。</li>
<li>密封管盖，充分涡旋振荡混匀。</li>
<li>在4°C下以2,500 g离心15分钟。将水相（体积约为总反应体积的50%）转移至15 ml聚丙烯圆锥形离心管中，加入等体积异丙醇。</li>
<li>于-20°C孵育至少2小时或过夜。</li>
<li>在4°C下以2,500 g离心45分钟，管底将形成凝胶状沉淀。弃去上清液。</li>
<li>用1 ml预冷的70%乙醇洗涤沉淀，涡旋振荡。在4°C下以10,000 g离心5分钟。</li>
<li>弃去上清液，将离心管倒置，使沉淀在室温下干燥10分钟。</li>
<li>将RNA沉淀重悬于200 μl无RNase的水中。</li>
</ol>
4. DNase 处理（Turbo DNA-Free，Applied Biosystems）
<ol>
<li>加入 20 μl 10X Turbo DNase 缓冲液和 2 μl Turbo DNase，轻轻混匀。</li>
<li>在 37° 下孵育 20 分钟。</li>
<li>加入 20 μl 重悬的 DNase 失活试剂，充分混匀。</li>
<li>在室温下孵育 5 分钟，期间偶尔混匀。</li>
<li>在室温下以 10,000 g 离心 1.5 分钟，将上清液转移至新的微量离心管中。</li>
<li>加入等体积的冷（4°）酸性酚/氯仿，涡旋混匀 1 分钟。</li>
<li>在室温下以 12,500 g 离心 2 分钟。</li>
<li>将水相转移至新管中，加入等体积的氯仿/异戊醇（49:1 v/v），涡旋混匀。</li>
<li>在室温下以 12,500 g 离心 2 分钟。</li>
<li>将水相（约总体积的 50%）转移至新管中。</li>
<li>加入 0.1 倍体积的 3M 醋酸钠（pH 5.5）和 2.5 倍体积的冰冻 100% 乙醇，涡旋混匀。</li>
<li>在 -20° 下孵育至少 2 小时，或在 -80° 下孵育 30 分钟。</li>
<li>在 4° 下以 12,000 g 离心 30 分钟。</li>
<li>弃去上清液。</li>
<li>用 1 ml 冰冻的 70% 乙醇在 4° 下以 10,000 g 离心 5 分钟洗涤沉淀。</li>
<li>弃去上清液，在空气中干燥 10 分钟。</li>
<li>将沉淀重悬于 100 μl 无 RNase 水中。可能需要置于 65° 水浴中以助溶解。</li>
<li>为检测 DNase 处理的效果，可对处理与未处理样品进行标准 RT-PCR 反应，扩增核糖体蛋白（或其他参考基因），并设置无逆转录酶对照。</li>
</ol>
5. RNA 纯化步骤（Qiagen，RNeasy 试剂盒）
<ol>
<li>参见Qiagen RNeasy Mini手册第56-57页（4th 第2版，2006年4月。按指示操作。 </li>
</ol>
6. 代表性结果
采用本方案从两个盲肠中回收的细菌总RNA量约为2-3 μg。所获得的RNA在数量和质量上均足以用于后续的qPCR、转录谱分析和RNA测序实验。RNA纯度通常通过测定样品在260 nm与280 nm处的吸光度比值（260 nm/280 nm）7来评估，但该方法无法提供有关RNA完整性的信息。Agilent Bioanalyzer是一种基于微流控技术的平台，可用于DNA、RNA、蛋白质和细胞的片段大小分析、定量及质量控制，并采用一种称为RNA完整性数（RNA Integrity Number, RIN）8的指标来评估RNA完整性。采用本方案提取的RNA，其260/280比值范围为1.7至2.0，RIN值≥7.0。图1展示了采用本方案回收的细菌RNA在Agilent Bioanalyzer上的分析示例。
<img src="/files/ftp_upload/3293/3293fig1.jpg" alt="电泳结果；DNA分离、片段长度分析图谱及凝胶条带，DNA标记物。" data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="图1"> 图1. 从小鼠盲肠内容物中分离并回收的Pseudomonas aeruginosa总RNA样本的Agilent Bioanalyzer电泳图谱及类凝胶图像。RIN 8.0。

<ol><li>Bodey, G. P., Bolivar, R., Fainstein, V., Jadeja, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Infections+caused+by+Pseudomonas+aeruginosa%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Infections caused by Pseudomonas aeruginosa.</a> Rev Infect Dis. 5, 279-279 (1983).</li>
<li>Bertrand, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Endemicity%2C+molecular+diversity+and+colonisation+routes+of+Pseudomonas+aeruginosa+in+intensive+care+units%5BTitle%5D)+AND+%22Intensive+Care+Med%22%5BJournal%5D)">Endemicity, molecular diversity and colonisation routes of Pseudomonas aeruginosa in intensive care units.</a> Intensive Care Med. 27, 1263-1268 (2001).</li>
<li>Koh, A. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utility+of+in+vivo+transcription+profiling+for+identifying+Pseudomonas+aeruginosa+genes+needed+for+gastrointestinal+colonization+and+dissemination%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Utility of in vivo transcription profiling for identifying Pseudomonas aeruginosa genes needed for gastrointestinal colonization and dissemination.</a> PLoS One. 5, e15131-e15131 (2010).</li>
<li>Koh, A. Y., Priebe, G. P., Pier, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Virulence+of+Pseudomonas+aeruginosa+in+a+murine+model+of+gastrointestinal+colonization+and+dissemination+in+neutropenia%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Virulence of Pseudomonas aeruginosa in a murine model of gastrointestinal colonization and dissemination in neutropenia.</a> Infect Immun. 73, 2262-2272 (2005).</li>
<li>Alexander, R. J., Raicht, R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Purification+of+total+RNA+from+human+stool+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Dig+Dis+Sci%22%5BJournal%5D)">Purification of total RNA from human stool samples.</a> Dig Dis Sci. 43, 2652-2658 (1998).</li>
<li>Fitzsimons, N. A., Akkermans, A. D., de Vos, W. M., Vaughan, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+gene+expression+detected+in+human+faeces+by+reverse+transcription-PCR%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">Bacterial gene expression detected in human faeces by reverse transcription-PCR.</a> J Microbiol Methods. 55, 133-140 (2003).</li>
<li>Manchester, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+UV+methods+for+measurement+of+protein+and+nucleic+acid+concentrations%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Use of UV methods for measurement of protein and nucleic acid concentrations.</a> Biotechniques. 20, 968-970 (1996).</li>
<li>Schroeder, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RIN%3A+an+RNA+integrity+number+for+assigning+integrity+values+to+RNA+measurements%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements.</a> BMC Mol Biol. 7, 3-3 (2006).</li>
<li>Turnbaugh, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+core+gut+microbiome+in+obese+and+lean+twins%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A core gut microbiome in obese and lean twins.</a> Nature. 457, 480-484 (2009).</li>
</ol>

未声明任何利益冲突。

本文所述的RNA提取方法可用于从鼠类胃肠道中收获足量的高质量Pseudomonas aeruginosa总RNA。该方法不仅限于P. aeruginosa，也可能适用于其他细菌。从肠道中回收足够数量的微生物会因不同微生物而有显著差异。在我们的鼠类模型中，P. aeruginosa通常在粪便中的定植水平为每克5 × 107至5 × 108 cfu/g4。由于回收的盲肠内容物约为0.5克，因此从两个盲肠中回收的P. aeruginosa数量估计为5 × 107至5 × 108 cfu。若使用其他微生物，建议先验证其在胃肠道的定植水平，再计算为获得目标cfu数量所需的盲肠个数。还需注意的是，在使用该特定鼠类模型时，未感染PA且经抗生素处理的小鼠，其盲肠内容物中无法分离出可定量的RNA。
我们的小鼠模型 铜绿假单胞菌 胃肠道定植与播散试图模拟该病原体的发病机制 P. aeruginosa 癌症和干细胞移植患者中的菌血症。在此类患者群体中，由于抗生素或化疗药物治疗（例如抗生素导致胃肠道共生菌群减少），常出现共生菌群继发性减少，从而导致致病微生物过度生长（例如单一病原菌定植） P. aeruginosa）以及免疫抑制后的继发性播散。该小鼠模型的优缺点此前已有论述。4本研究的目的是提供一种从胃肠道中分离微生物总RNA的方法。该方案可轻松适用于其他研究胃肠道微生物致病机制不同方面的鼠类模型（例如，共生菌群相互作用、细菌对炎症性肠病的影响等）。 
该方法的一个优点是结合了多种裂解步骤，包括冻融、机械破碎（使用研钵和研杵研磨、匀浆）、煮沸以及化学裂解（例如SDS）。尽管包含多种裂解步骤，某些微生物（尤其是革兰氏阳性细菌以及真菌/酵母）可能仍需要额外的机械破碎。在热裂解/酸性苯酚-氯仿孵育（步骤3.5）之后，加入微珠（细菌使用0.1 mm，酵母使用0.5–0.7 mm）并进行后续的振荡破碎步骤，应足以裂解这些微生物9, 10。
鉴于从小鼠盲肠中回收的材料性质复杂，必须进行多次冷酸酚/氯仿抽提（步骤 3.7 至 3.9），才能获得适用于后续下游反应的高质量且完整的 RNA。通常需要进行 3 至 5 次冷酸酚/氯仿抽提，直至水相与有机相之间的白色界面完全消失。最后，DNase 处理（步骤 4）与 RNeasy 纯化步骤（步骤 5）的结合对于去除污染性 DNA 以及小分子非 mRNA（5S rRNA 和 tRNA）至关重要。如前所述，采用本方案所获得的 RNA 在数量和质量上均足以满足后续转录谱分析3、qPCR（未发表）以及 RNA Seq（未发表）实验的要求。

<table><tbody><tr><td>研钵和研杵</td><td>Fisher Scientific</td><td>12-947-1</td><td></td></tr><tr><td>匀浆器</td><td>Omni</td><td>TM-125</td><td></td></tr><tr><td>橡树岭离心管（50 ml）</td><td>Nalge Nunc international</td><td>3119-0050</td><td></td></tr><tr><td>酸性苯酚/氯仿</td><td>Ambion</td><td>AM9720</td><td></td></tr><tr><td>氯仿</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C2432</td><td></td></tr><tr><td>异戊醇</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W205702</td><td></td></tr><tr><td>异丙醇</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>190764</td><td></td></tr><tr><td>焦碳酸二乙酯（DEPC）</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>40718</td><td></td></tr><tr><td>DNase</td><td>Ambion</td><td>AM2238</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy 试剂盒</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td></td></tr><tr><td>3M 醋酸钠</td><td>Ambion</td><td>AM9740</td><td></td></tr><tr><td>100% 乙醇</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td></td></tr></tbody></table>

定植于小鼠胃肠道的pseudomonas aeruginosa的rna提取

RNA Isolation of Pseudomonas aeruginosa Colonizing the Murine Gastrointestinal Tract

铜绿假单胞菌 （PA）感染可导致免疫系统受损宿主出现严重的发病率和死亡率，例如白血病患者、重度烧伤患者或器官移植患者1对于发生血流感染高风险的患者，胃肠道（GI）是定植的主要储存库2，但铜绿假单胞菌（PA）从一种无症状的定植微生物转变为侵袭性且常致死的病原体的机制尚不明确。此前，我们进行了 体内 通过回收定植小鼠盲肠内细菌细胞中的PA mRNA进行转录谱分析实验 3 以鉴定宿主免疫状态改变期间细菌基因表达的变化。
与任何转录谱分析实验一样，限制性步骤在于分离出足量且高质量的 mRNA。由于胃肠道中含有大量酶、碎片、食物残渣和颗粒物，RNA 的分离具有很大挑战性。本文介绍一种从鼠类胃肠道中可靠且可重复地分离细菌 RNA 的方法。该方法采用一种已建立的铜绿假单胞菌（PA）胃肠道定植及中性粒细胞减少诱导播散的小鼠模型4。在确认 PA 胃肠道定植后，处死小鼠并收集盲肠内容物，迅速冷冻。随后通过机械破碎、煮沸、苯酚/氯仿抽提、DNase 处理以及亲和层析相结合的方法提取 RNA。RNA 的浓度和纯度通过分光光度法（Nanodrop Technologies）和生物分析仪（Agilent Technologies）进行确认（图 1）。该胃肠道微生物 RNA 分离方法也可轻松适用于其他细菌和真菌。

本文介绍了一种从鼠类盲肠中回收的Pseudomonas aeruginosa中可靠提取RNA的方法。所获得的RNA在数量和质量上均足以用于后续的qPCR、转录谱分析和RNA测序实验。该技术可适用于其他肠道微生物的RNA提取。

定植于小鼠胃肠道的Pseudomonas aeruginosa的RNA提取

铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa, PA）感染在免疫系统受损的宿主中可导致显著的发病率和死亡率，例如患有……的患者

本实验的总体目标是从鼠源性 ECM 中回收的产气克雷伯菌中分离总 RNA。首先收集管腔内容物，然后分离细菌 RNA。然后进行D'S处理和RNA纯化。最后，通过生物分析仪和分光光度分析对RNA进行定量，并检测其纯度。最终可获得足够质量和数量的细菌RNA，用于后续实验分析，如定量PCR（QPCR）、转录谱分析或RNA测序实验。与现有的三醇提取等方法相比，该技术的主要优势在于其结合了多个裂解步骤，并采用极为严格的酸性条件和氯仿抽提步骤，以确保获得高质量的RNA。对该方法进行可视化演示至关重要，因为裂解和抽提步骤难以掌握，而书面方案往往省略了对成功至关重要的细微操作细节。本实验操作将由我实验室的博士后研究员Eduardo Lopez Medina和实验室主管Megan Neubauer进行演示。在开始收获样品前，IMSA会在液氮浴中清洗不锈钢研钵。然后，在处死一只定植了产气假单胞菌的6至8周龄C3 HHEN小鼠后，将动物仰卧置于泡沫板上，并用95%乙醇冲洗腹部。接着，从胸骨至会阴部沿中线纵向切开皮肤。然后拉开皮肤和腹膜，暴露腹腔。现在使用镊子切除整个盲肠。将盲肠悬置于不锈钢研钵上方，然后用解剖剪剪断盲肠的两端。用P1000移液器吸头吸取1 mL的Sequel Flush 8缓冲液，随后将吸头插入盲肠的近端。将测序冲洗液八号缓冲液和测序管腔内容物冲入不锈钢研钵中。现在研磨测序样品。用无菌研杵冲洗八号内容物。然后将乙醇倒入盛有干冰的容器中，并将一个50毫升聚丙烯圆锥形管放入干冰-乙醇浴中。将研磨后的冷冻结肠内容物转移至该圆锥形管中，并将管子置于-80摄氏度保存。接下来的这一系列步骤是整个实验过程中最难的部分。鉴于从MI盲肠中提取的材料性质复杂，必须进行多次冷丝状提取，才能获得可接受的均一性和完整性，通常需要进行三到五次提取，直至水相与有机相之间的宽界面完全消失。将一份体积的酸性酚-氯仿转移至一个50毫升的橡树岭离心管中。用封口膜密封管盖，然后将离心管置于65°C水浴中温育。取一半体积的裂解缓冲液加入50毫升聚丙烯圆锥管中，然后将缓冲液煮沸五分钟。从-80摄氏度冰箱中取出结肠腔内容物后，用手快速搓拭管壁使其短暂升温，随后将煮沸的裂解缓冲液加入该管中。振荡混合物，以充分混匀裂解缓冲液与结肠腔内容物溶液。将裂解缓冲液和SQL管腔内容物煮沸五分钟。期间定期涡旋混合，打开含有苯酚-氯仿溶液的橡树岭离心管，将SQL内容物的裂解样品转移至该管中。然后用封口膜重新密封管盖，并将离心管放回65°C水浴中孵育10分钟，每隔两分钟轻轻摇动一次。在4°C条件下，以2,500 × g离心15分钟洗涤样品。随后小心地将水相转移至一个新的50毫升Oak Ridge离心管中，避免接触任何白色界面。然后向新管中加入等体积的酸性酚-氯仿。用封口膜密封管盖，并通过高速涡旋振荡充分混匀管内物质。继续离心样品，并将水相转移至离心管中。若上层水相体积过小，可将其转移至直径较小的离心管中。继续此操作，直至水相与有机相之间无可见的白色界面。当白色界面消失后，小心地将水相转移至新的离心管中。然后向管中加入等体积的氯仿-异戊醇，盖紧管盖，并通过涡旋充分混匀内容物。接下来，再次离心样品后，将水相转移至一个15毫升聚丙烯圆锥形离心管中，并加入等体积的异丙醇。然后在-20摄氏度下孵育溶液至少2小时或过夜。孵育完成后，将离心管以45分钟离心。在确认管底出现凝胶状沉淀后，移除上清液。随后，加入1毫升冰浴预冷的70%乙醇，通过涡旋振荡管体清洗沉淀，然后在4°C条件下以10,000 × g离心5分钟。最后，移除上清液并将管子倒置，使沉淀在室温下静置干燥10分钟。然后将RNA沉淀重悬于200微升无RNA酶的水中。首先，向微量离心管中加入20微升10× Turbo DNase缓冲液和2微升Turbo DNase，轻轻混匀溶液。随后将管子在37摄氏度孵育20分钟，然后向管中加入20微升重悬的DNA灭活试剂，充分混匀。室温下轻轻混匀，继续孵育5分钟。接着，在微型离心机中以10,000 × g离心1.5分钟，使沉淀聚集，然后将上清液转移至新的微量离心管中。向沉淀中加入等体积的冷酸性酚-氯仿溶液，再通过涡旋振荡1分钟，充分混匀。在12,500 ×g条件下离心溶液2分钟后，将水相转移至新管中，并加入等体积的氯仿-异戊醇。然后在相同条件下再次离心溶液，之后通过涡旋振荡混合溶液。将水相转移至新的微量离心管中。然后加入0.1倍体积的3摩尔醋酸钠和2.5倍体积的冰冻100%乙醇。涡旋混匀管内溶液。将样品在-80摄氏度孵育30分钟。然后在4 °C条件下，以12,000 × g离心30分钟，弃去上清液。最后用1 mL冰冷的70%乙醇洗涤沉淀。弃去上清液，并将沉淀在空气中干燥10分钟。然后将沉淀重悬于100微升无RNA酶的水中。Agilent Bioanalyzer是一种基于微流控技术的平台，用于DNA、RNA、蛋白质和细胞的片段大小分析、定量及质量控制，其利用一种称为RNA完整性指数（RNA integrity number，RIN）的指标来评估RNA质量。采用本方案提取的RNA，其260/280比值范围为1.7至2.0，RIN值大于或等于7.0。左侧显示的是细菌RNA的安捷伦生物分析仪电泳图谱示例，右侧显示的是从小鼠小肠液内容物中回收的假单胞菌（Pseudomonas arosa）的凝胶样图像。通过本实验流程后，可进一步采用其他方法，如定量PCR或RNA测序，以回答更深入的问题，例如精细的基因表达谱分析。

rna-isolation-pseudomonas-aeruginosa-colonizing-murine

Research

科研

JoVE Journal

Immunology and Infection

免疫学与感染

RNA的分离绿脓杆菌殖民小鼠胃肠道

来源：Morrill, S. R., et al. 厌氧培养细菌建立小鼠阴道定植模型。J. Vis. Exp.

建立小鼠阴道厌氧菌定植模型

来源： Taylor, M. N., 等。 利用单条线虫数据量化异质性 秀丽隐杆线虫- 细菌相互作用 视频实验杂志 (2022)本视频展示了将无菌且年龄匹配的Caenorhabditis...

评估无菌 C. elegans 中的肠道细菌定植

小鼠鼻咽部的定植 肺炎链球菌 并描述了随后对黏附或募集细胞的提取方法。该技术包括冲洗鼻咽部并通过鼻孔收集冲洗液，适用于多种检测指标，包括差异细胞计数和mRNA表达分析。 原位.

鼻腔定植Streptococcus pneumoniae期间炎症反应的表征

蠕虫分选仪通过根据荧光报告基因的表达对秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis...

由细菌病原体不同程度定植的 C. elegans 的自动化分离

本文描述了一种利用大肠埃希菌 K1（Escherichia coli...

新生大鼠中神经致病性Escherichia coli感染的非侵入性模型

在此，我们描述了一种简单且可重复的小鼠感染模型实验方案，用于评估基因修饰菌株的减毒特性 铜绿假单胞菌 与美国食品药品监督管理局（FDA）批准的 大肠杆菌...

框内基因缺失突变体的构建 铜绿假单胞菌 并在简单的感染小鼠模型中检测毒力减退

一种尿路致病性小鼠模型 E. coli (UPEC) 经尿道接种以建立潜伏性胞内膀胱储存库及随后的膀胱暴露于 G. vaginalis...

复发性 大肠杆菌 由尿路感染引发的 Gardnerella vaginalis 小鼠膀胱暴露术

本方案介绍了一种利用厌氧培养的人源阴道细菌建立小鼠阴道定植模型的方法。我们主要关注Gardnerella vaginalis ，同时也提供了针对Prevotella bivia和Fusobacterium...

小鼠阴道定植的厌氧培养细菌模型

Caenorhabditis elegans 是生物学中的主要模式物种之一，然而几乎所有研究都是在缺乏其天然共生微生物的情况下进行的。本文所述方法将有助于增进我们对这些共生微生物多样性的理解，为未来开展功能性的 C. elegans...

模式线虫天然微生物群的分离与表征 秀丽隐杆线虫

本实验方案描述了在非炎症条件下使小鼠定植 pks+ Escherichia coli 所需的步骤，以及验证定植效果和评估粪便中 pks+ E. coli...

在非炎症条件下小鼠pks+ Escherichia coli的定植

学习从定植于小鼠盲肠的铜绿假单胞菌中分离高质量RNA的方法。该技术采用多次裂解和酸性酚氯仿抽提步骤，可获得适用于qPCR、转录组分析和RNA测序的RNA样品。

定植于小鼠胃肠道的Pseudomonas aeruginosa的RNA提取

探索更多视频