Rapid Analysis and Exploration of Fluorescence Microscopy Images

Benjamin Pavie; Satwik Rajaram; Austin Ouyang; Jason M. Altschuler; Robert J. Steininger III; Lani F. Wu; Steven J. Altschuler

doi:10.3791/51280

JoVE Journal
Biology

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JoVE Journal Biology

Rapid Analysis and Exploration of Fluorescence Microscopy Images

快速分析和荧光显微镜图像的探索

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11:41 min

March 19, 2014

DOI: 10.3791/51280-v

Benjamin Pavie*¹, Satwik Rajaram*¹, Austin Ouyang², Jason M. Altschuler^1,3, Robert J. Steininger III¹, Lani F. Wu¹, Steven J. Altschuler¹

¹Green Center for Systems Biology,UT Southwestern Medical Center, ²Advanced Imaging Research Center,UT Southwestern Medical Center, ³Princeton University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

在这里，我们描述了快速分析和探索使用PhenoRipper，最近开发的图像分析平台的荧光显微镜图像的集合的工作流。

该程序的总体目标是使用图像分析平台快速分析和探索荧光显微镜图像。这是通过首先将细胞接种到板中，向每个孔中添加扰动并孵育板来实现的。然后使用自动荧光显微镜采集图像，并使用 pheno loader 工具将图像半自动加载到 pheno ripper 图像分析平台上。

设置分析参数后，表型开膛手会自动识别图像中反复出现的块类型，并为每张图像生成表型图谱，可以使用表型浏览器进行探索。最终，最终的聚类图显示了不同条件和图像特征之间的关系，从而可以比较高通量成像筛选产生的复杂而微妙的表型。与需要自动识别单个细胞的现有方法相比，该技术的主要优点是它更快、更容易使用。

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