IR-TEx:专为疟疾病媒阿诺菲斯甘巴病设计的大数据转录组学的开源数据集成工具

该协议意义重大，因为这是冈比亚阿诺菲雷斯蚊子的转录数据第一次在一个地方自由、方便地获得。这项技术允许所有研究人员，即使是那些没有生物信息学背景的研究人员，能够自由、轻松地获得他们最喜欢的基因和抗杀虫剂蚊子的表达数据。首先，请按照 LSTM IR-TEx 项目页面底部的链接在 Web 浏览器中运行 IR-Tex Web 应用程序。

网页初始化后，单击页面顶部的应用程序按钮，该按钮将显示应用程序和相关输出。阅读与成绩单 ID 框中的默认条目相关的每个输出。选择暴露于除虫菊酯杀虫剂或未接触任何杀虫剂类和相关记录与相关系数大于 0.98 的条件和 Anopheles Coluzzii 数据集。

要探索感兴趣的成绩单的表达，请先选择成绩单。然后，将成绩单 ID 输入成绩单 ID 框，记住成绩单以 RX 结束取决于感兴趣的等构形式。选择要询问的数据集，包括国家/地区的相关框，包括接触状态、感兴趣的物种和感兴趣的杀虫剂类别。

确保这些标准导致包含的数据集大于一个。单击选择菜单底部的"更新视图"或按"返回"，暂时忽略绝对相关值。为应用程序提供更新时间。

对于第一个图表，每个数据集都具有耐药种群之间的 Log2 折叠变化，以及感兴趣的记录记录实验室易感蚊子种群之间的变化。除相关调整的 P 值外，阅读图表下的信息，作为每个相关数据集的耐药和易感蚊子之间的折叠变化。每行表示微阵列上的单个探测器。

阅读下表，如感兴趣的成绩单重要的实验数，以及符合所选标准的实验总数。要以选项卡分隔格式下载数据，请单击两个表下的"下载"按钮。这允许用户使用 Excel 等程序以更简单的方式浏览数据。

地图上的每个点代表每个数据集中耐药蚊子的近似收集地点，其中兴趣记录以不同方式表达。颜色遵循应用中解释的红绿灯系统。通过右键单击、单击"将图像保存为"并选择适当的文件夹来保存图形输出。

在应用程序出现输出错误的实例中，很可能没有数据集与输入的条件匹配。跨多个数据集的脚本表达模式的相关性可用于预测转录函数，并可能从同一路径阐明共同调节的脚本。单击"更新视图"之前，将绝对相关值滑块移动到 0.85，然后单击"更新视图"或"返回"。

检查关联表以查找现在显示并与输入的和脚本关联的多个脚本。阅读图形输出下面的表格，其中包含每个成绩单的关联值。要以选项卡分隔格式下载数据，请单击"下载"按钮。

操作绝对相关值滑块，观察最底部图形和表中的任何更改。相关性值的越低，将显示更多的成绩单，但会引入更多的噪声。安装 IR-TEx 后，打开 RStudio 补充编码文件 1 并运行每行以设置 IR-TEx 的系统。

成功安装并更新所有包后，请转到"文件"，打开。找到IR_TEx。r，突出显示并打开。

现在，这应该在 RStudio 的顶部窗口中可见。要运行应用，请按窗口右上角的"运行应用"按钮。将弹出第二个窗口，应用将在其中加载。

加载完成后，要获得完整功能，请单击位于加载窗口右上右侧的"浏览器中打开"。用户可以向使用冈比亚 Anopheles 15k Agilent 阵列生成的 IR-TEx 添加新的电阻数据集，如 TEx 协议中所述。打开附加文件2.txt。

此 RNA 寻线文件表示新数据应基于的模板。列 A 是标识符，列 B 是原始折叠更改，列 C 是调整 P 值。运行 R 代码以将标识符匹配到跨平台的单个选项卡分隔文件中，然后组织和规范化数据。

说明包含在文件中。任何文件路径都将用 Mac OS 的向前斜杠或 Windows 的双向前斜杠分隔。备份原始文件。

将补充涂层文件 2 末尾生产的文件输出到首选位置，供下一步使用。补充编码文件2将输出一个新的Fold_Changes。txt 文件。

执行补充编码文件 3 中包含的代码。查找名为"FC_DistribPlot"在指定为文件路径的文件夹中的 png。

检查 Log2 折叠更改的分布，以验证 Log2 折叠更改分布在数据集中几乎相同。此处显示的是 GS TMS1 和 AGAP 009110 RA 在两个多抗 Anopheles Coluzzii 人群中分别来自科特迪瓦和布基纳法索的 mRNA 表示。与实验室易感的阿诺菲斯·科卢齐N-古佐的比较表明，这些记录在两个独立的多抗性人群中受到显著调节。

RNA-I诱导击倒是在LSTM实验室T-Oscillae菌落的蚊子上进行的。这个殖民地来自科特迪瓦，对用于公共卫生的所有主要杀虫剂都有抵抗力。与GP注射控制相比，GS TMS1表达的衰减导致在德尔塔·马瑟兰接触后死亡率显著增加，这证明此转录本在除虫菊酯耐药性方面的重要性。

相反，AGAP 009110 RA 的击倒导致暴露后死亡率没有显著变化。在可用于这些物种的21个微阵列数据中，有20个数据组表示GST MS1。在每个地点，与易感人群相比，抗药性人群的折叠变化要高得多。

所有数据集都是从多年来不同的实验，而不是为基于微分析的干净方法设计的，因此可能需要降低正常 P 值的串联性。进一步表型击倒评估可以与其他杀虫剂，和生命史特征进行。如果有结果看起来足够好，下游寄生可以决定蛋白质的作用。

这项技术是首次将冈比亚阿诺菲斯物种复合物的杀虫剂耐药性记录数据整合到该领域的所有研究人员。