2020年11月3日
本文提供了一种基于CRISPR/Cas9的原代人B细胞基因组编辑的详细分步实验方案,用于基因敲除(KO)和敲入(KI),以研究基因在B细胞中的生物学功能以及B细胞治疗药物的开发。
该方案允许研究人员精确敲除B细胞中的某个基因,以研究该基因的功能缺失效应,或插入外源基因以实现稳定的外源基因表达,可用于科研或治疗目的。该方法的主要优势在于提供了一个通用平台,能够以高效率、简便且精确地对B细胞进行基因工程改造。该方法可用于改造B细胞,使其表达重组抗体或酶,随后将这些B细胞回输体内,用于治疗感染性疾病或酶缺乏症。
首先,在37摄氏度水浴中解冻B细胞。等待过程中,将两毫升预热的胎牛血清(FBS)转移至无菌的15毫升锥形管中。当B细胞完全解冻后,立即将一毫升预热的FBS逐滴加入样品中。
室温孵育1分钟。轻轻吹打重悬样品,并将全部体积逐滴转移至含有2毫升预热胎牛血清(FBS)的锥形管中。用无菌PBS补至15毫升,盖紧管盖后轻轻倒置混匀2到3次。
将样品在400 × g条件下离心5分钟,然后弃去上清液,注意不要扰动细胞沉淀。用1毫升预平衡的B细胞扩增培养基重悬细胞沉淀,并进行细胞计数。总细胞数应约为10的7次方个细胞。
将细胞转移至含有20毫升预平衡B细胞扩增培养基的培养瓶中。细胞终浓度应约为每毫升5 × 10⁵个细胞。将培养瓶垂直放入组织培养箱中孵育。
通过将每转染反应一微克化学修饰的sgRNA与1.5微克化学修饰的酿脓链球菌Cas9核mRNA混合,制备CRISPR/Cas9转染底物。作为对照,在八联管条的0.2毫升离心管中加入一微升TE缓冲液以替代sgRNA。开启电穿孔仪,并准备核转染试剂。
将每转染反应100万个B细胞计数后转移至无菌锥形管中。用无菌PBS调节体积至15毫升,于400 × g离心5分钟。离心后,弃去上清液。
用10毫升无菌PBS重悬细胞,在400 × g离心5分钟,然后彻底弃去上清液,注意不要扰动细胞沉淀。向细胞沉淀中加入每100万B细胞0.5微克的化学修饰GFP mRNA。每100万B细胞用20微升原代细胞转染试剂重悬沉淀,轻轻吹打5至6次以混匀。
将每转染反应20.5 µL转移至含有CRISPR/Cas9试剂的0.2 mL离心管中。用移液器轻轻吹打混匀一次,然后将全部液体转移至电转杯中。盖上杯盖,轻轻敲击实验台面,使液体均匀覆盖电转杯底部。
使用电穿孔仪上的人原代B细胞程序进行转染。将电穿孔后的细胞在室温下静置15分钟。然后将80微升预平衡的B细胞扩增培养基加入电穿孔反应的比色杯中。
将比色皿放入组织培养孵育箱中孵育30分钟。轻轻吹打数次以混匀,然后将比色皿中全部样品转移至含有1毫升B细胞扩增培养基的48孔组织培养板的适当孔中。细胞的终浓度应为每毫升100万个细胞。
进行基因敲入实验时,将重组腺相关病毒6型载体以500,000感染复数加入含有电穿孔细胞的适当孔中。将培养板置于37摄氏度、5%二氧化碳及湿度适宜的组织培养孵育箱中。在基因敲除实验中,B细胞计数显示,在电穿孔后24小时,对照组和CD19基因敲除样本的细胞活力均超过80%,但细胞回收率略有下降。
转染后第五天收集B细胞,用于流式细胞术和滴度分析。对照组和基因敲除样本的代表性散点图分别显示CD19阴性细胞占14%和95%,表明在基因敲除样本中CD19表达显著降低。基因组测序的色谱图显示,CD19基因敲除B细胞中出现双峰,提示在CRISPR/Cas9介导的双链断裂后发生了核苷酸的插入或缺失。
对敲除样本的色谱图进行插入缺失(indel)分析,结果显示CD19位点的indel形成比例较高,这与流式细胞术检测到的CD19蛋白丢失百分比一致。敲入实验的B细胞在工程化后第12天收集。散点图显示,在接受重组腺相关病毒六型载体与RNP共同处理的样本中,EGFP阳性细胞占64%,而在对照组及仅使用载体的样本中,EGFP阳性细胞则无或极少。
连接PCR扩增结果显示,在敲入样本中观察到1.5千碱基对的扩增产物,而在对照样本或仅含载体的样本中均未检测到PCR产物。细胞计数表明,与对照样本或仅含载体的样本相比,基因编辑过程对敲入样本的细胞回收率影响更大。然而,所有样本在基因编辑后三天内均迅速恢复。
该操作还可用于引入碱基编辑工具,以改变B细胞基因组中的单个碱基对,从而诱导或纠正单点突变。此外,也可用于引入提前终止密码子或改变剪接位点,实现多个基因的敲除,同时避免染色体易位的风险。在该技术出现之前,对人类B细胞进行基因改造需要依赖其他更具挑战性的基因工程方法。
该技术是一种更简便、成本更低且更快捷的替代方法。它还可能用于合成用于临床的细胞治疗产品。
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本研究提供了一种基于CRISPR/Cas9的原代人B细胞基因组编辑的详细实验方案,可用于基因敲除和敲入,以探索基因功能并开发B细胞治疗手段。
本方案利用CRISPR/Cas9技术实现对原代人B细胞的精确基因组编辑,支持靶点验证和治疗性蛋白表达。该方法为开发针对传染病和酶缺乏症的B细胞疗法提供了一个可扩展的平台。该技术增强了基因功能研究的预测可靠性,并降低了转化应用的风险。
该方法可整合到早期发现阶段以进行靶点验证,通过转基因表达推进先导化合物的鉴定,并通过功能性B细胞工程支持临床前研究。