2021年6月13日
本文介绍了一种小规模的质膜分离方案,用于表征在酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中过表达的白色念珠菌(Candida albicans)ABC(ATP结合盒)蛋白Cdr1。设计了一种C端可被蛋白酶切割的mGFPHis双标签,标签与Cdr1之间含有16个氨基酸残基的连接序列,以促进Cdr1的纯化及去垢剂筛选。
小规模质膜分离方案结合mGFPHis双标签,为在真核模式生物酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中表征膜蛋白提供了一种经济、快速、可靠且简便的方法。该技术最大的优势在于能够快速、简便地确定膜蛋白的表达水平、ATP酶活性以及最适合其纯化的去垢剂。该技术具有很高的用户友好性。
但需要牢记的一个重要要点是,应在 OD 600 为 2 时收获细胞,这可确保线粒体污染最低,并获得尽可能高的 ATP 酶活性。首先,在 30 摄氏度、200 转/分钟的条件下,将单个酵母菌落预培养于 10 毫升 YPD 培养基中 7 至 8 小时。然后取 10 毫升预培养物接种于 40 毫升新鲜 YPD 培养基中。
然后将细胞在30摄氏度、200转/分钟条件下过夜培养,直至细胞密度达到OD 600为1至3。次日,通过在4摄氏度、4,200 ×g条件下离心5分钟,收集40个光密度单位(ODU)的对数期细胞。用40毫升冰冻的无菌双蒸水重悬并洗涤细胞。
用1毫升预冷的冰水重复洗涤,并在每次洗涤步骤之间进行离心。将沉淀重悬于1毫升预冷的无菌冰水中,然后将细胞悬液转移至预先在冰上预冷的1.5毫升微量离心管中。在4°C条件下,以3,300 ×g离心3分钟收集细胞。
吸弃上清液,并将细胞沉淀重悬于500微升新鲜添加了1毫摩尔苯甲基磺酰氟(PMSF)的匀浆缓冲液中。将细胞悬液于-80摄氏度保存,直至后续使用。在冰上解冻细胞约一小时。
然后向500微升细胞悬液中加入冰冷的直径为0.5毫米的二氧化硅珠,使总体积达到1毫升。为了破碎细胞,将细胞悬液在最大振荡强度下涡旋震荡1分钟,重复6个循环,每个循环之间在冰上冷却3分钟。涡旋处理后,用加热的手术刀片在管底打一个细小的孔,通过低速离心10秒,将破碎的细胞匀浆收集到另一个预冷的1.5毫升微量离心管中。
将收集的细胞匀浆在4°C条件下以5,156 × g离心5分钟,以去除细胞碎片。取450 µL上清液转移至预冷的1.5 mL微量离心管中,加入1 mL预冷的匀浆缓冲液(含1 mM新鲜PMSF)。为分离血浆膜,将细胞悬液在4°C条件下以17,968 × g离心1小时。
弃去上清液,加入100 µL新配制的含有1 mM PMSF的匀浆缓冲液。然后用100 µL移液枪头轻轻搅拌,使质膜沉淀松散,并通过反复吹打重悬沉淀。使用与含有还原剂和去污剂的缓冲液相容的蛋白检测试剂盒,测定质膜制备物的蛋白浓度。
将质膜储存在负80摄氏度,或置于冰上以立即使用。在组装好的凝胶装置中加入四到五毫升分离胶,加至距顶部两厘米处。小心地在上层覆盖一到两毫升0.1% SDS,并在室温下静置60分钟,使聚丙烯酰胺凝胶充分凝固。
一小时后,从已聚合的分离胶上移除0.1% SDS层,并用双蒸水冲洗凝胶以去除残留的SDS。将浓缩胶混合液倒入分离胶上。将梳子插入浓缩胶中,并除去梳子周围的气泡。
然后在室温下静置 60 分钟,使浓缩胶凝固。取出梳子,用水冲洗胶孔。将凝胶放入电泳槽中,并用运行缓冲液将电泳槽加满至顶部。
取5至10微升质膜样品,与等体积的2倍蛋白上样缓冲液混合,立即将样品混合物加入凝胶的各个加样孔中,并浸没于电泳缓冲液中。在单独的加样孔中加入分子量范围为10至245千道尔顿的蛋白质分子量标记物,以便对各个蛋白质条带的大小进行估算。以200伏电压进行凝胶电泳,直至蓝色上样染料迁移至凝胶底部。
使用凝胶成像系统检测凝胶中的原位GFP荧光。荧光成像后,在室温下将凝胶加入10至20毫升蛋白质凝胶固定液中,轻轻振荡15分钟以固定蛋白质。随后用10毫升双蒸水漂洗两次,每次10分钟,然后将凝胶置于10毫升胶体考马斯亮蓝染色液中,在室温下轻轻振荡染色1小时,以显示蛋白质条带。
为了更清晰地观察蛋白质条带,在使用凝胶成像系统记录图像之前,用20毫升双蒸水脱色一次或两次,每次一小时。使用阳性对照质粒PS2对酿酒酵母A D Delta Delta进行转化,获得了较高的转化频率。阴性对照未获得Eurocell Prototron转化子。
在将转化后的AD Delta Delta细胞接种于CSM缺失尿嘧啶(URA)平板并培养三天后,获得了约50个URA营养型CDR1-mGFPHis转化子。无法在YPG琼脂平板上生长的小菌落(petite)转化子被剔除。采用凝胶内荧光法对不同浓度的CDR1-mGFPHis样品进行定量分析。
mGFP 荧光强度在整个浓度范围内呈线性关系,且背景荧光极低。通过改变细胞密度发现,裂解 40 ODU 的细胞可获得质量最高且 CDR1 ATPase 活性最高的质膜。然而,质膜的产量随细胞密度的增加而相应增加。
通过SDS-PAGE检测了31种具有不同性质的去垢剂对AD Delta Delta、CDR1-mGHPHis细胞粗制质膜中CDR1-mGHPHis蛋白的增溶能力。其中,β-和α-DDM以及Fos-choline 13是增溶CDR1-mGHPHis效果最好的去垢剂。然而,Fos-choline 13会导致CDR1-mGHPHis发生部分水解。
使用1%去垢剂溶解的粗制质膜蛋白,通过Superose 6 Increase 10/300 GL凝胶过滤柱进行分离。麦芽糖苷和LMNG提取的蛋白洗脱图谱显示,大部分CDR1-mGHPHis以形状良好的高斯峰在15.5毫升处洗脱;而用含葡萄糖的去垢剂溶解的CDR1-mGHPHis则表现为聚集态或宽幅聚集峰。DDM条件下的较高峰表明,大量由DDM溶解的CDR1-mGHPHis可能已发生变性。
在FSCC色谱图中,两性离子型Fos-胆碱和两种非离子型去垢剂中,仅Digitonin的色谱图与DDM相似。Fos-胆碱13呈现对称且尖锐的峰形,但其洗脱体积显著低于DDM。优化的双重标签还提高了纯化产率,并有助于确定膜蛋白的定位、转运及热稳定性。
异源表达技术还可用于高通量药物筛选,以及对多种其他膜蛋白的详细表征。
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本研究介绍了一种小规模的质膜分离方案,旨在对真核模式生物酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中的ABC蛋白Cdr1进行表征。该方法的主要优势在于快速、经济且可靠,可用于评估膜蛋白表达及ATP酶活性。
本方案可快速、小规模地从基因工程酵母中分离质膜,有助于在早期对ABC转运蛋白等膜蛋白靶标进行表征。通过实现对表达水平、ATP酶活性及去垢剂可溶性的快速评估,该方法可在发现阶段支持靶标验证和机制层面的风险排除。该方法通过在接近天然条件下提供关于膜蛋白行为的可靠定量数据,提高了先导化合物筛选中结果预测的可信度。
该方法适用于从靶点验证到先导化合物发现的整个研究流程,可在化合物优化之前对膜蛋白靶点进行早期功能筛选。