2023年12月29日
本文提供了一步一步制备链霉亲和素亲和载网的方案,用于通过冷冻电子显微镜对难以处理的大分子样品进行结构研究。
近年来,冷冻电镜(cryo-EM)技术取得了诸多进展,包括显微镜硬件本身的改进,从而提高了图像的整体质量;同时,图像处理软件也不断发展,能够逐步应对许多样品中存在的大量异质性。然而,样品制备仍然是冷冻电镜中最大的瓶颈之一。样品用量可能受限,且在玻璃化过程中,蛋白质容易吸附到疏水性的气液界面。
这可能导致样品变性、较大蛋白复合物解离,以及在冷冻电镜图像中出现优势取向。这些载网利用链霉亲和素与生物素之间的高亲和力相互作用,将生物素标记的样品固定,从而保护其免受疏水性气液界面的影响。我们可使用极少量的样品,且样品的随机生物素标记提供了一种策略,用以克服使用其他支撑层时可能出现的优势取向问题。
首先,用70%乙醇清洁实验台区域,然后用氯仿反复冲洗5微升玻璃注射器数次。使用前,用100%乙醇清洗碳镀膜载网,并将载网置于干净的滤纸上干燥。
同时,用100%氯仿清洗每支抗毛细管镊子,随后用100%乙醇清洗。为每张待制备的载网,在Parafilm的洁净面准备好三滴50微升的结晶缓冲液。用结晶缓冲液填充培养皿盖,并用镜头纸擦拭35毫米未涂层培养皿的表面。
在培养皿边缘均匀撒上适量分析纯滑石粉。将200微升移液器吸头浸入蓖麻油中,吸取一滴中等大小的油滴。将油滴滴至培养皿缓冲液表面。
在吸取等分试样之前,先用溶解的脂质冲洗五微升玻璃注射器两次。然后,轻轻将悬挂的0.5微升脂质液滴接触蓖麻油表面,在中心位置形成脂质单层。准备一个载片,上面依次放置数滴液体。
使用防毛细管镊子夹取载网,使镊子的直臂和镀碳面朝向单层膜。转移单层膜时,将载网的镀碳面接触单层膜持续一到两秒。随后,依次将缓冲液的球形盖接触置于Parafilm上的三滴50微升结晶缓冲液。
向网格上缓冲液剩余的球形液滴中加入4 µL链霉亲和素。将网格置于湿盒中,室温孵育两小时。在Parafilm的洁净面准备一滴300 µL的洗涤缓冲液。
将载网置于300微升冲洗缓冲液液滴中,以洗涤未结合的链霉亲和素。使用干燥的防毛细管镊子的弯曲端插入液滴中拾取载网。用滤纸吸去载网上的液体,将其金面朝下放置,并干燥15至20分钟。
干燥后,将载网翻转,使金面朝上。将载网放入碳镀膜仪中,以便在载网的金面镀上一层薄碳。使用链霉亲和素亲和载网冷冻的生物素化样品的显微照片显示,背景中呈现出连续的载网图案。
快速傅里叶变换中的衍射图样进一步证实了晶格的成功形成。在完成冷冻电镜数据采集后,可通过计算方法对链霉亲和素晶格产生的信号进行掩膜处理,从而获得一幅经减除的显微图像。快速傅里叶变换结果显示,链霉亲和素的衍射图样已成功被去除。
本文介绍了一种制备链霉亲和素亲和载网的详细方案,该载网在利用冷冻电子显微镜(cryo-EM)对难以处理的大分子样品进行结构研究时至关重要。该方法解决了样品制备中的常见问题,如蛋白质变性和取向偏好。
链霉亲和素亲和载网制备技术解决了冷冻电镜样品制备中长期存在的瓶颈问题,使得在样品量有限的情况下仍可实现大分子的高保真结构分析。该方法通过减少气液界面引起的变性及取向伪影,提高了在早期发现和结构生物学流程中结构预测的可靠性。其稳健的实验方案支持在企业范围内推广应用,适用于具有挑战性的靶标及复杂组装体。
该制备方案在样品制备与结构分析的界面处实现整合,连接了结构复杂靶标的早期发现与先导物识别阶段。