Name: 生物样本库、个性化医疗和研究应用的乳腺活检和乳房切除术样本采集程序的优化 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-09-02T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 42 s
Description: 学习优化乳腺癌样本采集技术用于生物样本库和个性化医疗。本方案通过超声引导活检和三维类器官培养，从菲律宾患者获取高质量RNA，支持精准治疗预测和基因表达研究。

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本研究由菲律宾科学技术部健康研究与发展理事会（DOST-PCHRD）资助，并与菲律宾基因组中心（PGC）及菲律宾大学迪里曼分校生物学研究所（UPD-IB）合作开展。作者还要感谢Lech Havel Tizon先生、Conrad Chong先生和Susan Valibia女士在优化本实验方案过程中提供的协助，&#160;以及参与本方案拍摄工作的病理科住院医师&#160;Clarisse Veronica Mirhan博士和Patricia Franco博士。

这是一项前瞻性观察性研究，收集了100名不同分期的菲律宾乳腺癌患者的去标识化生物样本（肿瘤组织和正常乳腺组织）以及临床病理、治疗和预后数据。本研究由菲律宾总医院（PGH）、菲律宾基因组中心（PGC）和菲律宾大学迪里曼分校生物研究所（IB）合作开展，各单位承担指定任务。该方案已通过伦理审查。&#160;在菲律宾大学马尼拉分校研究资助管理办公室注册（RGAO-2020-0933），并经该校研究伦理委员会（UPMREB）审查批准，伦理批号为UPMREB 2020-822-01。所有实验室均遵守各机构的生物安全指南。从PGH招募患者，确保了在临床病理因素、种族和环境暴露方面的变异性和代表性。样本的获取、收集、运输及其他相关物流安排，均以先前项目中制定并验证的标准操作程序（SOP）为框架执行。
注意：有关实验方案流程的概述以及参与本研究的各机构所承担角色，请参见图1 — 实验方案的示意图流程。
1. 采集乳腺样本前的操作步骤
<ol>
	<li>在门诊咨询或术前会议期间，识别并筛选符合研究纳入条件的患者。
	<ol>
		<li>癌症患者的纳入标准
		<ol>
			<li>纳入年龄为19至75岁、经诊断为I期、II期和III期乳腺癌的菲律宾女性，以及年龄为19至70岁、经诊断为IIIb期和IV期乳腺癌的菲律宾女性。</li>
			<li>纳入临床上怀疑或经病理学确诊为任何分期的浸润性乳腺癌病例。</li>
			<li>纳入将接受手术治疗（改良根治性乳房切除术或根治性乳房切除术）的患者，手术可作为初始治疗（临床I期或II期）或在新辅助化疗后进行（IIIb期、IIIc期）。IIIa期患者可根据医生建议选择直接手术或接受新辅助治疗。对于IV期患者，纳入愿意接受乳腺肿瘤及邻近正常组织粗针穿刺活检者。IV期乳腺癌患者不接受手术治疗。</li>
			<li>纳入在招募前已接受新辅助治疗且具有完整医学和临床治疗反应记录的III期乳腺癌患者。</li>
			<li>纳入能够理解并签署知情同意书的患者。</li>
		</ol>
		</li>
		<li>癌症患者的排除标准
		<ol>
			<li>排除既往或同时患有其他恶性肿瘤的患者，包括既往诊断为乳腺癌者。</li>
			<li>排除患有双侧乳腺癌的患者。</li>
			<li>排除曾接受过新辅助放疗或激素治疗的患者。</li>
			<li>排除曾接受过粗针穿刺活检或切开活检且不同意重复活检操作的患者（因无法获取化疗前的新鲜肿瘤标本），特别是那些将接受新辅助化疗的患者。</li>
			<li>排除曾接受过切除活检且无残余肿瘤的患者。</li>
			<li>排除因合并症而无法耐受手术治疗或新辅助化疗的患者。</li>
		</ol>
		</li>
		<li>退出标准
		<ol>
			<li>告知参与者，他们可出于安全或其他原因在任何时候退出研究，且不会影响其医疗照护。本非干预性研究不会影响参与者的治疗选择。</li>
		</ol>
		</li>
	</ol>
	</li>
	<li>获得患者的知情同意，并填写数据收集表。 
	注：由指定的负责人（FIC）或顾问医生与大学研究助理（URA）共同获取知情同意。</li>
	<li>在确认患者参与研究后，获取并核实其粗针穿刺活检手术的时间安排。</li>
	<li>所有操作须遵守机构伦理委员会和生物安全委员会制定并批准的指南。</li>
</ol>
2. 乳腺活检样本采集步骤
注意：有关 III 期和 IV 期患者粗针乳腺活检操作的详细工作流程，请参见图 2，该图展示了每次操作中样本的分布情况。
<ol>
	<li>在采集标本前，预先标记试管，标签为 GB，表示基因组学-乳腺（标本所属的研究项目），xxx 为参与者编号，范围从 001 到 100 或更高，以及字母 A、C 和 D。以下是用于标记试管的字母代码： 
	A — 表示用于送至 PGC 的空心针活检肿瘤组织 
	C — 表示用于生物样本库保存的空心针活检肿瘤组织 
	&#8203;D — 表示空心针活检正常组织
	<ol>
		<li>为送测样本分配实验室标签：&#34;BC&#34; 加两个两位数的样本编号（例如，BC01、BC21）。每个样本均对应一个 &#34;GB&#34; 编码，该编码与标本采集时分配的编码相对应。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>在门诊诊所、手术室或其他无菌环境中，使用 14 G 空心针活检枪在超声引导下最多获取九个组织芯。
	<ol>
		<li>对每个组织芯，于肿瘤中心处获取长约 2 cm 的乳腺组织样本，并在距肿瘤 1 cm 处获取邻近的正常组织。从每位参与者采集两种类型的标本：肿瘤组织和正常组织。</li>
		<li>将每个样本交由超声检查助理（URA）放入含有磷酸盐缓冲液（PBS）的培养皿中。 
		注：&#160;本研究中，仅对 III 期和 IV 期乳腺癌患者进行空心针活检。对于 III 期患者，空心针活检提供化疗前的肿瘤样本；对于 IV 期患者，空心针活检作为原发肿瘤样本，因未实施乳房切除术。对于 I 期和 II 期乳腺癌患者，不进行空心针活检，而是从乳房切除标本中获取肿瘤及邻近正常组织。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>将活检标本沿中线切开，平均分配至研究用途和组织病理学分析。
	<ol>
		<li>对于肿瘤组织，使用 14 G 针头，每位研究患者最多获取 9 个组织芯。</li>
		<li>在培养皿中将获取的肿瘤组织芯分为两组：用于 RNA 分析的样本（6 个组织芯）和用于生物样本库保存的样本（3 个组织芯）。</li>
		<li>将每个组织芯纵向切成两半；若难以纵向切割，则可横向切成两半。使用无菌刀片进行切割。将其中一半组织芯送至 RNA 分析或用于生物样本库保存，另一半送至病理科进行常规组织病理学分析。</li>
		<li>对于正常组织，使用 14 G 针头，每位研究患者最多获取 3 个组织芯。应使用与获取肿瘤组织不同的针头，以避免污染。若无法实现，则应先采集正常乳腺组织，再采集肿瘤组织。</li>
		<li>将获取的每个正常组织样本放入培养皿中（操作方式与肿瘤组织相同），并将组织芯切成两半。将样本分别用于研究及送至病理科进行组织病理学分析。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>采集样本后，按照既定方式和优先顺序将样本分配至各试管中。
	<ol>
		<li>将组织芯的一半放入已预装 1.25 mL RNA 稳定液的指定 2&#160;mL 冻存管中（所有用于 RNA 分析的组织芯集中放入一个冻存管，所有用于生物样本库保存的组织芯放入另一个冻存管，全程保持样本低温）；将对应的一半组织芯放入普通标本管/瓶中，并用 10% 中性缓冲福尔马林（10% NBF）固定，用于组织病理学分析。确保送往指定中心（如用于 RNA 分析的样本）的样本组与其对应的病理科标本具有相同的标本编码。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>填写手术病理申请单，并连同已用福尔马林固定的病理标本一并提交至病理科，进行常规组织病理学检查。</li>
	<li>用封口膜密封浸泡在含 RNA 稳定液试管中的空心针活检样本（理想比例为溶液与组织体积比 5:1，例如 0.25 cm 组织使用 1.25 mL RNA 稳定液）。</li>
	<li>将样本在 4 °C 下保存 24 小时，随后转移至超低温冰箱中，温度为 -80 °C。 
	注：有关储存的指南将在第 4 节（标本的储存、包装与运输）中详细讨论。</li>
</ol>
3. 乳腺切除样本采集流程
<ol>
	<li>遵循第1节中的乳腺样本采集前步骤。 
	注意：本研究中纳入的I期、II期和III期患者将在手术室（OR）接受乳房切除术。对于I期和II期患者，将直接进行乳房切除术；而对于III期患者，仅在完成8个周期的新辅助治疗后进行乳房切除术。对于IV期患者，不采集乳房切除术样本。参见 图3 有关详细的乳腺切除样本采集方案，展示每项操作中样本的分布情况。</li>
	<li>与合作者及病理科协调安排时间表，至少在预定操作日期前2天完成。若时间表有变动，须立即通知相关人员，以避免日程冲突。</li>
	<li>在采集标本前预先标记试管，GB 表示基因组学&#160;乳腺（标本所属的研究项目），xxx 为受试者编号，取值范围为 001 至 100 或更高，后跟字母 E 和 F。以下为用于标记试管的字母代码： 
	E - 表示乳房切除术、肿瘤组织，用于送至PGC、IB及用于生物样本库保存 
	&#8203;F - 表示乳房切除术，正常组织
	<ol>
		<li>为提交测序的样品分配实验室标签： &#34;BC&#34; 以及两位数的样本编号（例如，BC01、BC21）。每个样本均有对应的 &#34;英国&#34; 与标本采集时分配的编号相对应的代码</li>
	</ol>
	</li>
	<li>手术过程中，在等待标本期间填写外科病理学申请单。及时向负责病理医生发送更新信息，以便其为标本接收做好必要的准备工作。</li>
	<li>将乳腺标本切除并记录后，立即放入干净的塑料/标本袋中。确保乳房切除标本立即送至病理科进行大体检查，以尽量缩短冷缺血时间。送检时切勿将标本置于福尔马林中。 
	注意：乳房切除术期间的示例操作照片如下所示 图4 （乳房切除术过程中样本采集的代表性图像）。</li>
	<li>每个标本在进行大体检查时，应获取两种类型的样本：肿瘤组织和正常组织。
	<ol>
		<li>肿瘤组织
		<ol>
			<li>每个样本至少获取一块（建议更多）尺寸为 1 cm × 1 cm × 1 cm 的肿瘤组织。</li>
			<li>将获得的组织块进一步切成两部分，每半块大小为1 cm × 0.5 cm × 0.5 cm。将其中一半组织块交予URA用于生物样本库保存与分析，另一半则用福尔马林固定，用于常规组织病理学检查。</li>
			<li>将新鲜组织半块均匀地三等分，分别用于RNA测序、生物样本库保存和类器官培养。</li>
			<li>用于RNA测序：立即放入预冷并预先标记的5 mL冻存管中，&#160;预填充有2.5 mL&#160;RNA稳定溶液（不超过30分钟，必须始终保持低温）。</li>
			<li>用于生物样本库：立即将样本放入预先冷却、预先标记并预先装有2.5 mL RNA稳定液的5 mL冻存管中（不得超过30分钟，全程必须保持低温）。</li>
			<li>用于类器官培养：立即将组织放入预冷、预先标记并预先加入5 mL组织保存液和0.01 mL Primocin的15 mL锥形管中（操作时间不得超过30分钟，全程必须保持低温）。将来自样本不同区域的所有肿瘤组织块各取三分之一，合并至同一支锥形管中。</li>
		</ol>
		</li>
		<li>正常组织
		<ol>
			<li>每个样本至少获取一个（建议更多）尺寸为 1 cm × 1 cm × 1 cm 的正常乳腺组织块。</li>
			<li>将获得的组织块进一步切成两部分，每半块大小为1 cm × 1 cm × 0.5 cm。将其中一半组织块交予URA用于生物样本库保存与分析，另一半则用福尔马林固定，用于常规组织病理学检查。</li>
			<li>将组织块均分为两份用于研究，分别用于RNA测序和生物样本库保存。</li>
			<li>用于RNA测序：立即放入预冷并预先标记的&#160;5 mL 冻存管，预先加入 2.5 mL RNA 稳定溶液的冻存管（不超过 30 分钟，全程保持低温）。</li>
			<li>用于生物样本库保存时，立即放入预冷、预先标记并预先装有RNA稳定液的2.5 mL冻存管中（不超过30分钟，全程保持低温）。 
			注：标记的肿瘤样本 &#34;E&#34; 通常从标本的三个或更多不同部位获取。为避免混淆，用于RNA分析和生物样本库的肿瘤样本应分别放入标记为E1、E2、E3等的试管中，而用于细胞培养的混合肿瘤样本则应放入仅标记为E的试管中。对于标记为E1、E2和E3的样本，应记录每个组织样本相对于肿瘤的位置（如中心、10点钟位置）。</li>
		</ol>
		</li>
	</ol>
	</li>
	<li>用封口膜密封来自乳房切除术样本的冻存管。</li>
	<li>将冻存管置于 4 °C 保存 24 小时，随后转移至温度为 -80 °C 的超低温冰箱中进行长期保存。</li>
	<li>将装有汇集后肿瘤组织块的锥形管进行封装，并做好运输准备。这些肿瘤组织块将用于类器官的细胞培养。</li>
</ol>
4. 标本的保存、包装与运输
<ol>
	<li>立即用封口膜密封所有含有肿瘤和正常组织的冻存管，并于 4 °C 保存 24 小时。24 小时后，将冻存管转移至 -20 °C 保存约 2–4 小时，随后最终转移至 -80 °C 长期保存，直至运输前。</li>
	<li>在将样本运送进行 RNA 分析之前，更新样本追踪系统和数据库，包括常规组织病理学结果和肿瘤百分比，以确保样本身份的准确性。</li>
	<li>在运输前为每个样本填写运输清单。确保包装过程迅速，且装有样本的冻存管在室温（RT）下暴露时间不宜过长。
	<ol>
		<li>用封口膜密封所有冻存管管盖，防止泄漏。</li>
		<li>将所有冻存管放入试管架中。</li>
		<li>设置温度记录仪，并将其与试管一同放置在试管架上用于运输。</li>
		<li>先用吸水材料包裹冻存管，再用气泡膜包裹，然后将物品放入可重复密封的袋子中。密封袋子前，确保温度记录仪正在记录温度，且冻存管完好并保持直立。</li>
		<li>将冰袋放置在聚苯乙烯运输箱底部，然后将装有冻存管的可重复密封袋放在冰袋之上，再在袋子上方放置另一层冰袋。确保冻存管被冰袋夹在中间，以保证运输过程中样本保持低温。</li>
		<li>盖上聚苯乙烯箱并将其放入纸板运输箱中。若无足够大的纸板箱，可使用更大的聚苯乙烯箱。将填写完整的运输清单放入自封袋中，并置于箱内。箱内物品的摆放方式如 图 5 所示。</li>
		<li>密封纸板箱，并在外侧贴上相应的运输标签。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>通知接收方样本采集的时间安排以及预计的样本寄送时间。
	<ol>
		<li>用于类器官培养的样本仅限乳腺切除术来源的肿瘤组织，且必须以新鲜状态、湿冰运输，并在样本采集后 24 小时内送达。样本包装完毕并密封运输箱后，应立即预约快递运输。确保运输箱不会长时间置于高温环境中，因为剧烈的温度变化可能影响样本的活性。</li>
		<li>在交付快递前，记录寄出的冻存管/管子数量以及快递员离开生物样本库的时间。包裹到达后，确保接收方记录以下信息：到达指定中心的时间和签收时间、到达时的温度、收到的冻存管/管子数量，以及任何受损的样本。</li>
		<li>对于 RNA 分析，在送样前需确认待运输样本是否已具备外科病理科提供的组织病理学结果和肿瘤百分比。为每位患者选择肿瘤含量最高的组织块用于 RNA 提取。仅运输具有明确肿瘤百分比的样本。</li>
		<li>每次寄送的样本数量不超过 40 个，以便于批次处理。可任意组合来自穿刺活检或乳腺切除术的肿瘤组织，以及来自乳腺切除术的正常组织。若需运输穿刺活检来源的正常组织，请审查以下情况： 
		- 入组时为 3 期，但组织病理学结果显示为 4 期 
		- 入组时为 3 期，但组织病理学结果显示疾病出现局部区域进展</li>
		<li>确保所有样本均以湿冰运输。与运输 3D 细胞培养样本的流程相同，样本包装完毕并密封运输箱后，应立即预约快递运输。避免将运输箱长时间置于高温环境中，因为显著的温度波动可能影响样本的活性。</li>
		<li>在交付快递前，记录寄出的冻存管/管子数量以及快递员离开生物样本库的时间。包裹到达后，记录以下信息：到达指定中心的时间和签收时间、到达时的温度、收到的冻存管/管子数量，以及任何受损的样本（如有）。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>更新已寄送样本的数据库，并录入样本进一步处理前所需的所有必要信息。每周定期监控和评估数据库一次。</li>
</ol>

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</ol>

作者声明不存在任何需要披露的经济、个人或机构层面的利益冲突。

该方案的成功实施不仅依赖于技术上的精确性，还依赖于&#160;临床与研究团队之间的协调，以确保样本质量和数据完整性。本方案包含多个关键步骤，旨在提高诊断准确性，并获得适用于后续分子分析的高质量生物样本。关键步骤包括超声引导下粗针穿刺活检以获取正常及肿瘤乳腺组织、治疗反应数据的收集，以及肿瘤比例的定量分析。
对于可疑为癌症的可触及乳腺肿块，建议采用粗针穿刺活检（CNB）进行诊断。根据菲律宾外科医师学院（PCS）发布的早期乳腺癌临床实践指南9，粗针穿刺活检在乳腺肿块诊断中被广泛应用，其优势包括但不限于：提高诊断准确性；能够区分非浸润性癌与浸润性癌；并可通过免疫组织化学染色提供组织学诊断以及激素受体状态和其他预后标志物的信息。在本方案中，对患者实施超声引导下的CNB，以提高检出率，并确保对目标区域（肿瘤或正常组织）进行充分取样。多项研究支持在乳腺肿块诊断中使用超声引导下CNB。2020年在中东地区开展的一项研究结果显示，在109例经超声引导CNB检测出恶性病变的患者中，其对恶性肿瘤的敏感性为96.33%，特异性为75.10%<sup cla...

乳腺癌是中国台湾女性中最常见的癌症类型。在亚洲，菲律宾的乳腺癌死亡率最高之一，且死亡率与发病率之比较低1。这些数据可能在很大程度上受到缺乏乳腺癌筛查项目以及及时有效治疗手段的影响。在该国，乳腺癌通常在晚期才被诊断，因为大多数癌症患者仅在疾病进展到晚期阶段时才寻求医疗咨询。在乳腺癌发病率较高的菲律宾，53%的乳腺癌病例在III期和IV期才被确诊，仅有2-3%的病例在I期被发现1,2,3。除了推广乳腺癌筛查和加强患者教育外，还应进一步开展与乳腺癌相关的研究与开发工作，以降低该国乳腺癌的发病率。
全球生物样本库的建立推动了医学进步的步伐。生物样本库用于储存和保存具有科学价值的生物标本，以供未来的研究与开发使用4。此后，生物样本库被广泛应用于转化医学研究5以及改进个体化医疗策略6。在亚洲，生物样本库主要集中于东亚地区，尤其是中国、日本和韩国4。而在菲律宾等亚洲中低收入国家，生物样本库的概念仍处于发展阶段。菲律宾的生物样本库大多由私营医疗机构拥有，因此可能无法充分代表菲律宾更广泛人群的健康状况和暴露情况。
菲律宾大学马尼拉分校（UPM）菲律宾总医院（PGH）癌症生物样本库的建立，证明了设立由政府支持的癌症生物样本库在菲律宾推动癌症相关研究的可行性7。在此基础上，通过整合医学专业、科研创新与医疗政策的协作努力，我们致力于推动菲律宾乳腺癌诊疗与研究格局的积极转变。为此，亟需建立一套癌症表型组生物样本库工作流程，并采取更广泛的策略，以在全国范围内高效系统地收集全面且分层的患者特异性数据。本研究描述了乳腺活检与乳房切除术样本采集的操作方案，重点阐述其如何融入生物样本库体系。预期不仅将深化我们对菲律宾人群中乳腺癌发病机制的理解，还将促进符合患者独特遗传、环境及临床特征的精准治疗方案的开发。

<table><tbody><tr><td>37% 甲醛溶液</td><td>PHILUSA Corporation</td><td>N/A</td><td>用于组织样本的固定，以便进行组织病理学分析</td></tr><tr><td>70% 异丙醇</td><td>Green Cross Inc.</td><td>N/A</td><td>用作消毒剂</td></tr><tr><td>条形码打印机</td><td>Zebra</td><td>GC420t</td><td>用于打印条形码标签，以标记含有样本的试管</td></tr><tr><td>漂白剂</td><td>Green Cross Inc.</td><td>N/A</td><td>用作消毒剂；用于手术器械的去污染处理</td></tr><tr><td>蓝色冰袋</td><td>Rubbermaid</td><td>1002</td><td>用于在运输过程中保持样本的低温状态</td></tr><tr><td>14-G 核心针活检针</td><td>Bard</td><td>MN1410</td><td>一种侵入式管状外科器械，设计用于连接活检枪手柄，自动从解剖结构中取出少量组织样本（活检），同时尽量减少周围组织损伤，用于组织病理学检查/检测。</td></tr><tr><td>核心针乳腺活检枪</td><td>Bard</td><td>MG1522</td><td>可重复使用的核心活检器械，用于核心针活检过程中采集组织样本</td></tr><tr><td>一次性培养皿 90 mm × 15 mm</td><td>Phoenix Biomedical Products</td><td>LOT: 20220206</td><td>在将组织浸入 PBS 时，用于核心针活检标本的收集</td></tr><tr><td>杜氏磷酸盐缓冲液（PBS）</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>21600010</td><td>一种平衡盐溶液，广泛用于多种细胞培养应用，例如在细胞解离前洗涤细胞、细胞或组织的转运、细胞稀释计数以及试剂的配制。&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>镊子</td><td>本地供应商</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Kimtech Science KimWipes 精细任务擦拭纸</td><td>Kimberly Clark Professional</td><td>KC34120</td><td>尺寸 4.3 × 8.4 英寸（11.0 cm × 21.3 cm）；单层，280 张；用于清洁表面、部件、仪器和医疗办公室，可轻松清除液体、灰尘和微小颗粒。</td></tr><tr><td>MACS 组织保存液</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-100-008</td><td>用于优化新鲜器官和组织样本的保存</td></tr><tr><td>微量移液器</td><td>上海利辰仪器科技有限公司</td><td>STEM-GC-3197-Y</td><td>用于小体积液体的移液/转移</td></tr><tr><td>微量移液器吸头</td><td>Tarsons</td><td>521100</td><td>用于小体积液体的移液/转移</td></tr><tr><td>Parafilm 封口膜</td><td>Parafilm M</td><td>5259-04LC PM996</td><td>用于试管的气密性和防潮密封，防止泄漏</td></tr><tr><td>Primocin 250 mg（5 × 1 mL）</td><td>InvivoGen</td><td>ant-pm-05</td><td>用于防止组织受到微生物污染</td></tr><tr><td>冰箱（4 &amp;deg;C）</td><td>LG</td><td>型号：GR-Y331SLZB</td><td>用于组织样本和试剂的储存</td></tr><tr><td>RNAlater 溶液</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM7021</td><td>RNA 稳定溶液，用于组织的储存和生物样本库建设</td></tr><tr><td>无菌 15 mL 锥形管&amp;nbsp;</td><td>Thermo Scientific</td><td>339650</td><td>用于组织保存中所用试剂/培养基的分装</td></tr><tr><td>无菌 5 mL 冻存管</td><td>Thermo Scientific</td><td>5000-1020</td><td>用于组织保存中所用试剂/培养基的分装</td></tr><tr><td>无菌手术刀片（#11）</td><td>Surgitech</td><td>N/A</td><td>用于切割肿瘤和正常乳腺组织</td></tr><tr><td>手术剪刀（18.5 cm 7 &amp;frac14;&quot; 直刃）</td><td>Olten Instruments</td><td>BO-0125</td><td>用于切割肿瘤和正常乳腺组织</td></tr><tr><td>温湿度记录仪</td><td>Extech Instruments</td><td>42280</td><td>用于记录样本运输过程中的温度和湿度</td></tr><tr><td>组织标记染料</td><td>Epredia</td><td>3120123</td><td>用于染色切除手术标本的边缘，以便进行组织病理学分析</td></tr><tr><td>超低温冰箱</td><td>海尔生物医疗</td><td>DW-86L579</td><td>用于肿瘤和正常乳腺组织的长期保存</td></tr><tr><td>60 mL 尿液样本容器</td><td>Sure Guard</td><td>0016UCS06PC</td><td>用于组织样本的储存，以便进行组织病理学分析</td></tr><tr><td>自封袋</td><td>Reynolds Consumer Products LLC</td><td></td><td>用于样本运输时的包装</td></tr></tbody></table>

优化乳腺活检与乳房切除样本采集流程以用于生物样本库、个体化医学及科研应用

Optimization of Breast Biopsy and Mastectomy Sample Collection Procedures for Biobanking, Personalized Medicine, and Research Applications

乳腺癌是影响女性的最常见癌症，尤其在亚洲，其中菲律宾的发病率最高。尽管已有持续努力，但对乳腺癌生物学的理解仍显不足，加之缺乏有效的筛查项目和及时治疗，问题更加复杂。为应对这些挑战，生物样本库及其他生物标本储存机构在全球范围内迅速发展。菲律宾大学—菲律宾总医院（UP-PGH）已建立癌症生物样本库，展示了在菲律宾由政府支持开展癌症研究项目的可行性。该研究前瞻性地观察了100名处于不同疾病阶段的菲律宾乳腺癌患者，依托菲律宾大学—菲律宾总医院（UP-PGH）、菲律宾基因组中心（PGC）以及菲律宾大学迪里曼分校—生物学研究所（UPD-IB）的专业能力，整合了生物标本的采集、处理与储存，并同步收集全面的患者数据。实验流程包括RNA提取、文库构建和测序。此外，部分患者还参与了一项 体外 用于化疗预筛选的三维（3D）细胞培养实验。整合的数据旨在揭示潜在的治疗策略，以在标准临床方法不足的情况下实现个体化治疗。关键技术包括超声引导下粗针穿刺活检、精细的正常乳腺组织采集以及精确的肿瘤比例测定，以确保高质量的RNA提取、测序和3D细胞培养。本研究还针对既往生物样本库建设中遇到的挑战提出解决方案。最终，该研究有望显著推动乳腺癌研究的发展，并为协作研究、生物样本库建立以及在菲律宾等发展中国家推进精准医学提供示范模式。

在进行粗针穿刺活检采集样本时，超声引导下操作对患者的便利性、工作流程的效率以及样本RNA的完整性均有显著影响。若不采用超声引导，可能无法获得预期结果，患者将需要返回门诊重复操作，从而延长样本采集与处理的时间。
此外，由负责的病理学家确定每个样本的肿瘤比例，也是确保样本提取质量并尽量减少数据分析延迟的重要步骤。肿瘤比例是对乳腺组织样本中肿瘤成分的估计值。据此，可更方便地选择用于RNA提取和测序的组织块，仅将肿瘤比例较高的肿瘤组织块以及不含肿瘤组织的正常组织块送检提取。在缺乏不含肿瘤组织的代表性正常组织块的情况下，则送检肿瘤比例最低的样本。
病理学家根据估计的肿瘤百分比筛选样本后，将样本送检进行RNA提取和测序。质量欠佳的样本详细列表及其相应的RNA完整性数值（RIN）和浓度见表&nbsp;1。从该表可以看出，有2个样本因RIN值和浓度不同，在测序过程中的文库构建步骤失败，因此未纳入最终分析。影响文库质量的因素包括RIN值、样本浓度，以及样本采集与RNA提取和测序...

本文介绍了一种用于采集乳腺癌样本的详细方案，旨在优化样本在生物样本库、个体化医学及其他科研应用中的使用价值。文中详细描述了样本采集的工作流程，包括乳腺活检和乳房切除术的操作步骤，重点在于最大限度减少组织损伤并提高样本质量。

乳腺癌是影响女性的最常见癌症，尤其在亚洲，菲律宾的发病率最高。尽管持续开展相关工作，……

本研究的目标是改进用于生物样本库的癌症样本采集方法，以便通过高质量的RNA测序和类器官培养，实现对菲律宾人群乳腺癌组织的精准个体化治疗。近期进展包括在最近发表的一篇论文中，利用患者来源的类器官和RNA测序技术预测乳腺癌的治疗反应，特别是针对伴有淋巴血管侵犯且与耐药性相关的病例。我们采用超声引导下穿刺活检、RNA测序估算肿瘤细胞比例以及三维类器官培养技术，对乳腺癌组织进行精确分析。主要挑战包括从小型活检样本中获取高质量的RNA，以及类器官保存过程中的质量问题。因此，在从乳腺癌研究开始后，我们将进一步在更大的菲律宾队列中探索基因表达，并利用类器官测试以下癌症的治疗方法：甲状腺癌、卵巢癌、胰腺癌，以及叶状肿瘤等罕见癌症。首先，在门诊诊所、手术室或其他无菌环境中，于超声引导下设置14号核心针活检枪。对于每个穿刺样本，从肿瘤中心处采集长约2厘米的乳腺组织作为肿瘤组织样本，同时在距肿瘤1厘米处采集相邻的正常组织。每位患者需采集两种类型的标本：正常组织和肿瘤组织。将每份样本交给研究助理，放入含有PBS溶液的培养皿中。将九份肿瘤组织样本分为六份用于RNA分析的组织芯和三份用于生物样本库保存的组织芯。使用无菌刀片沿纵向或横向切割每份组织芯。将三份正常组织芯置于培养皿中。将芯样切成两半并分配用于分析。根据优先级将样品分装到各管中。将一半的芯样放入指定的2毫升冻存管中，每管加入1.25毫升RNA稳定溶液。将另一部分组织固定在含有10%中性缓冲福尔马林的标本瓶中。填写并提交外科病理学表格及固定后的标本至病理科。乳房切除术后，在记录完成后立即将标本放入洁净的标本袋中，并立即送往实验室病理科，无需添加福尔马林，以减少冷缺血时间。在大体检查期间获取至少一立方厘米的肿瘤组织块，并将其切成两半。将新鲜的一半组织块均匀分为三份，分别用于RNA测序、生物样本库保存和类器官培养。立即将用于RNA测序的组织放入预先冷却并预先标记、且已加入2.5毫升RNA稳定溶液的5毫升冻存管中。用于生物样本库时，使用含有相同溶液的5毫升冻存管。用于类器官培养时，使用15毫升锥形管，预先加入5毫升组织保存液和0.01毫升Primocin。将所有肿瘤组织块的三分之一移入一个锥形管中。获取至少一立方厘米的正常组织块，并将其切成两半，分别用于RNA生物样本库保存和常规组织病理学检查。将组织块转移至预先冷却并预先标记的冻存管中，每管容量为5毫升，内含2.5毫升RNA稳定溶液，用于RNA测序和生物样本库保存。随后用封口膜密封所有冻存管。在 4 摄氏度下保存 24 小时。然后转移至 -20 摄氏度保存 2 至 4 小时。最后，在 -80 摄氏度下保存。用封口膜密封冻存管盖。将密封好的冻存管放入试管架中，并用吸水纸和气泡膜包裹。将包好的试管架放入带有温度记录仪的可密封袋中。将冰袋放置在聚苯乙烯箱底部，然后将袋子放在冰袋上，再在袋子上方放置另一层冰袋。确保将试管夹在冰袋之间，以保证样本在运输过程中保持低温。将封好的聚苯乙烯盒放入纸板运输箱中，并在密封袋中放入装箱单。密封运输箱并贴上标签。在将样本移交快递前，记录离库时的冻存管数量和离库时间。在测序文库制备步骤中，有两份样本因RIN值和浓度不同而失败，最终分析中已将其排除。所有样本的测序质量得分均良好，其中超过90%的碱基识别准确率至少达到99.9%。明场成像显示，经新辅助治疗后的三期乳腺癌乳房切除组织成功形成了类器官，低倍和高倍镜下均可见大量类球状结构。

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科研

JoVE Journal

Medicine

医学

生物样本库、个性化医疗和研究应用的乳腺活检和乳房切除术样本采集程序的优化

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建立基于临床的生物样本库

核酸在存档组织中的降解、肿瘤异质性以及缺乏新鲜冷冻组织样本，可能对全球病理学实验室的癌症诊断服务产生不利影响。本文描述了利用多重磁珠检测技术优化一组生物标志物，用于乳腺癌的分类。...

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利用磁共振成像与活检数据指导前列腺癌生物样本库的取样流程

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通过改进取样技术与组织学表征提升前列腺肿瘤生物样本库的可靠性

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用于生物医学应用的海藻酸盐微球的制备

学习优化乳腺癌样本采集技术用于生物样本库和个性化医疗。本方案通过超声引导活检和三维类器官培养，从菲律宾患者获取高质量RNA，支持精准治疗预测和基因表达研究。

优化乳腺活检与乳房切除样本采集流程以用于生物样本库、个体化医学及科研应用

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