Name: 从人类胚胎干细胞的染色质免疫沉淀 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2008-07-22T00:31:00.000+00:00
Duration: 10 min 36 s
Description: 了解染色质免疫沉淀技术用于研究人类胚胎干细胞分化过程中的染色质动态变化。该方法通过甲醛交联、超声破碎和免疫沉淀等步骤，帮助科研人员深入解析干细胞多能性维持与分化的分子机制。

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本研究工作由加州再生医学研究所（CIRM）向 F.S. 提供的资助（项目编号：RS1-00477-1）支持。

解冻胚胎干细胞（视频中未展示）
ES 细胞在含有 10% DMSO 的培养基中冻存。由于 DMSO 可能诱导 ES 细胞发生分化，因此建议在当天较晚时解冻细胞，并于次日早晨更换培养基，以尽量减少残留 DMSO 的影响。
<ol>
<li>用0.1%明胶包被6孔组织培养板，至少孵育15分钟，接种细胞前立即吸除明胶溶液。</li>
<li>在37°C水浴中解冻ES细胞（约5×106个细胞，相当于一个汇合度达到100%的6孔板），并加入10 ml预热的ES细胞培养基中稀释。</li>
<li>在台式临床离心机中以1000 rpm离心10分钟，沉淀细胞。</li>
<li>吸除上清液，并将细胞轻轻重悬于10 ml 37°C预热的培养基中。</li>
<li>将细胞悬液转移至6孔板中，在37°C、含5% CO2的湿化培养箱中培养。</li>
<li>次日更换培养基，以去除死细胞和残留的DMSO。</li>
</ol>
ES 细胞培养物的传代与扩增
胚胎干细胞通常每2至3天传代一次，培养基每隔一天更换一次。因此，胚胎干细胞需要每天进行观察和处理。根据我们的经验，无饲养层培养的胚胎干细胞增殖迅速，会快速酸化培养基，使其变为黄色。若任由细胞酸化培养基（例如未每天更换培养基或传代时稀释度过低），将导致细胞进入危机状态，引发过度分化和细胞死亡，此后其全能性将无法保证。接种细胞密度过低、传代过程中细胞分散不充分或接种不均匀也会引起类似问题，因为细胞在达到汇合前会形成大团聚集体，而这些聚集体内部的细胞将发生分化或死亡。即使细胞在注射时外观正常，其若曾受到不当处理，也会显著降低生殖系传递能力。
<ol>
<li>对于已长满的6孔板细胞，吸去培养基，并用2-3 ml预热至37°C的PBS洗涤细胞，移液时避免直接冲击细胞。</li>
<li>加入1 ml 1×胰蛋白酶溶液覆盖细胞，消化3-4分钟，或直至细胞均匀分散成小团块。</li>
<li>加入1 ml培养基以中和胰蛋白酶活性。</li>
<li>收集消化后的细胞，将细胞（通常为原孔的2/5）接种至新制备的明胶包被的6孔板中。</li>
</ol>
冻存 ES 细胞
<ol>
<li>按照上述方法对一个汇合的6孔板（约1 × 107 个细胞）进行胰蛋白酶消化。</li>
<li>用9 ml培养基收集消化后的细胞，并在1,000 rpm下离心5分钟，形成细胞沉淀。</li>
<li>吸除上清培养基，将细胞沉淀重悬于1 ml新鲜配制的冻存液中。将0.5 ml细胞悬液分装至两个冻存管中。</li>
<li>将冻存管于-80°C过夜冷冻，随后转移至液氮中进行长期保存。</li>
</ol>
ChIP-on-chip 实验流程
免疫沉淀
<ol>
<li>甲醛交联细胞（适用于悬浮细胞） <ol>
<li>每次免疫沉淀使用 5 × 107 – 1 × 108 个细胞。</li>
<li>向细胞悬液中加入新鲜甲醛，使其终浓度为 1%。</li>
<li>室温下用甲醛溶液孵育细胞 10 分钟。</li>
<li>加入 1/10 体积的 1.25 M 甘氨酸以淬灭甲醛。</li>
<li>用 10 ml 1× PBS 洗涤细胞两次。</li>
<li>将细胞收集至 50 ml 锥形管中，在 4°C 下以 700 × g 离心 5 分钟。弃去上清液，将沉淀重悬于 1.5 ml 裂解缓冲液中，并转移至 1.5 ml 微量离心管中。</li>
</ol></li>
<li>将细胞在液氮中快速冻融三次，并使用组织研磨器破碎细胞。细胞交联完成后，可长期保存于 -80°C 冻存。</li>
</ol>
准备磁珠（所有步骤均在 4°C 下进行）
<ol>
<li>向1.5 ml低吸附微量离心管中加入50 µl Dynal磁珠。每个免疫沉淀反应准备一管磁珠。加入1 ml封闭液。</li>
<li>使用Dynal磁力架收集磁珠。将离心管置于磁力架上，静置约15秒，使磁珠吸附至管壁一侧。将磁力架翻转两次以促进磁珠完全聚集，随后用移液器吸除上清液。</li>
<li>加入1 ml封闭液，并通过从磁力架上取下磁条并反复翻转磁力架（保持离心管在位）的方式轻柔重悬磁珠，重复10–20次，或直至磁珠均匀分散。参照步骤2方法收集磁珠，随后用移液器吸除上清液。</li>
<li>按照步骤3所述方法，再用1.5 ml封闭液洗涤磁珠一次。</li>
<li>将磁珠重悬于750 µl封闭液中，并加入10 µg抗体。在旋转仪上于4°C孵育至少6小时，或过夜。</li>
<li>按照步骤3所述方法，用1 ml封闭液洗涤磁珠三次。</li>
</ol>
细胞超声处理
<ol>
<li>从 -80°C 取出冷冻的细胞沉淀，转移至用于超声处理的离心管中。目前我们倾向于使用标准聚丙烯15 ml锥形管的底部进行超声处理。在5 ml刻度处将管子切成两段，丢弃上半部分。在准备过程中，可用封口膜或管盖覆盖管口。</li>
<li>将离心管置于微量离心管架上，调整位置，使超声探头距离管底约0.5–1.0 cm。注意确保探头居中，不接触管壁。（探头位置可能影响超声过程中溶液是否产生泡沫。通常，泡沫的出现表明DNA剪切效果不佳。）</li>
<li>对悬浮液进行6次超声处理，每次20秒。超声过程中应将样品置于冰水浴中。为减少泡沫产生，首次脉冲时先将输出功率设为0，再手动逐渐增加至最终功率。（若出现明显泡沫，可通过20,000g离心去除所有气泡，随后轻轻重悬全部沉淀物，确保无泡沫残留。）</li>
<li>在4°C下以20,000g离心10分钟，沉淀碎片，收集上清液至1.5 ml离心管中。</li>
<li>从每个样品中保留50 µl细胞裂解液作为输入DNA，储存于-20°C。每批超声处理的裂解液应至少保留一份输入DNA样品。请注意，超声处理的效果以及DNA片段大小的分布情况，只有在交联逆转并纯化DNA后才能进行检测。</li>
</ol>
染色质免疫沉淀
<ol>
<li>将超声处理细胞步骤（Cell sonication）第&nbsp;4 步中相当于 5 × 107 – 1 × 108 个细胞的染色质加入到“磁珠制备”（Preparing magnetic beads）第 6 步&nbsp;获得的 50 µl 抗体/磁珠混合液中，终体积为 1 ml（如有需要，可用裂解缓冲液调整）。在 4°C 条件下于旋转仪上孵育过夜。</li>
</ol>
洗涤
<ol>
<li>使用 Dynal MPC 收集磁珠。将离心管置于支架上，使磁珠吸附在管壁一侧，此过程约需 20 秒。将支架倒置两次，以帮助收集全部磁珠。用移液器吸除上清液，并在不同样品间更换吸头。</li>
<li>向每根离心管中加入 1 ml 裂解缓冲液，轻轻重悬磁珠。可通过从支架上取下磁铁条并保持离心管固定于支架中，反复倒置支架 10–20 次，直至磁珠均匀重悬。收集磁珠后，用移液器吸除上清液。更换吸头后，重复此洗涤步骤 5 次。</li>
<li>按照步骤 2 的方法，用 1 ml IP1 缓冲液洗涤磁珠 6 次。</li>
<li>按照步骤 2 的方法，用 1 ml IP2 缓冲液洗涤磁珠 6 次。</li>
<li>按照步骤 2 的方法，用 1 ml TE 8.0 缓冲液洗涤磁珠 6 次。</li>
<li>在 4°C 下以 960 ×g 离心 3 分钟，去除残留的 TE 缓冲液。</li>
</ol>
洗脱
<ol>
<li>加入 210 µl 洗脱缓冲液，将离心管置于 65°C 水浴中孵育 15 分钟以从磁珠上洗脱产物。每 2 分钟涡旋振荡数秒。此孵育时间可延长至 30 分钟，有助于提高洗脱产物的回收率。</li>
<li>在室温下以 16,000g 离心 1 分钟，使磁珠沉淀。</li>
<li>吸取 200 µl 上清液并转移至新离心管中。样品可在 -20°C 冻存过夜。</li>
</ol>
交联逆转
<ol>
<li>将洗脱步骤第&nbsp;3 步中获得的免疫沉淀 DNA 在 65°C 下孵育至少 6 小时，最多 15 小时，以逆转交联（交联逆转时间过长通常会导致芯片分析中的背景噪音增加）。该孵育可在烘箱中进行，以确保管内受热均匀，并减少冷凝水的形成。</li>
<li>解冻超声处理后保留的 50 µl 输入 DNA（步骤 13），加入 150 µl（3 倍体积）洗脱缓冲液并混匀。将此输入 DNA 在 65°C 下孵育，进行交联逆转，操作同交联逆转步骤 1。自此之后，每管免疫沉淀 DNA 或输入 DNA 均视为独立的管或样品，用于后续处理步骤。</li>
</ol>
DNA 纯化
<ol>
<li>加入 8 µl 浓度为 10 mg/ml 的 RNaseA（终浓度为 0.2 mg/ml），通过反复倒置离心管混匀，并在 37°C 下孵育 2 小时。</li>
<li>加入 4 µl 浓度为 20 mg/ml 的蛋白酶 K（终浓度为 0.2 µg/ml），通过反复倒置离心管混匀，并在 55°C 下孵育 2 小时。</li>
<li>加入 400 µl 苯酚:氯仿:异戊醇（P:C:IA），涡旋振荡，并使用 2 ml Heavy Phaselock 管分离相（遵循 Eppendorf 提供的说明）。</li>
<li>如果 P:C:IA 溶液陈旧或 pH 值偏低，会导致 DNA 降解，从而在微阵列分析中产生噪声，并导致有效靶标的检测丢失。</li>
<li>将水相转移至新的离心管中，该管内已含有 16 µl 5M NaCl（终浓度为 200 mM）和 1.5 µl 20 µg/µl 的糖原（共 30 µg）。</li>
<li>加入 800 µl 乙醇。在 -20°C 下过夜孵育，或在 -80°C 下孵育 30 分钟。</li>
<li>在 4°C 下以 20,000g 离心 10 分钟以沉淀 DNA。加入 500 µl 80% 乙醇洗涤沉淀，涡旋重悬沉淀后，再次在 4°C 下以 20,000g 离心 5 分钟。</li>
<li>去除残留的 80% 乙醇。短暂离心以收集残留液体，并用移液器小心吸除液体，避免触碰沉淀。让离心管自然晾干至沉淀刚好干燥：沉淀仍应保持微润外观。将每个沉淀重悬于 70 µl 10 mM Tris-HCl（pH 8.0）中。</li>
<li>沉淀过度干燥可能导致其难以重悬，或易碎裂并从管壁脱落。</li>
<li>可选步骤：保留 15 µl 免疫沉淀样品以供后续使用。该样品可用于进行基因特异性 PCR，以验证微阵列结果。</li>
<li>通过紫外吸收法（260 nm）测定浓度。</li>
</ol>
注意：以下步骤包括文库构建和扩增，使用经过修改的 GenomePLex WGA 试剂盒，并采用 Sigma 公司不含 dNTPs 的 10X Amp Mix：
文库构建
可从 Sigma 公司的 GenomePLex WGA 试剂盒中获取含 10X Amp Mix 的组分
<ol>
<li>在 PCR 管中，向来自纯化 DNA第&nbsp;11 步的 10 µl DNA 样本中加入 2 µl 1X 文库制备缓冲液。</li>
<li>加入 1 µl 文库稳定溶液。</li>
<li>充分涡旋混匀，离心集液后，将样本置于 95°C 热循环仪中孵育 2 分钟。</li>
<li>将样本在冰上冷却，再次离心集液，然后放回冰上。</li>
<li>加入 1 µl 文库制备酶，充分涡旋混匀，随后短暂离心。</li>
<li>将样本放入热循环仪中，按以下条件孵育：
<ul>
<li>16°C 孵育 20 分钟</li>
<li>24°C 孵育 20 分钟</li>
<li>37°C 孵育 20 分钟</li>
<li>75°C 孵育 5 分钟</li>
<li>4°C 保存</li>
</ul>
</li>
<li>从热循环仪中取出样本，短暂离心。样本可立即进行扩增，或在 20°C 保存三天。</li>
</ol>
扩增
可从 Sigma 公司的 GenomePLex WGA 试剂盒（含 10X 扩增混合液）中获得
<ol>
<li>将以下试剂加入第3步的15 µl反应体系中，配制主混合液： 
<ul>
<li>7.5 µl 10X 扩增混合液（不含 dNTPs）</li>
<li>5.0 µl WGA DNA聚合酶</li>
<li>3.0 µl 的 10 mM dNTP（每种）贮存液（终浓度 0.4 mM）</li>
<li>用无核酸酶水将终反应体积补至75 µl</li>
</ul>
</li>
<li>充分涡旋混匀。短暂离心后，开始热循环反应。 
<ul>
<li>初始变性：95°C，3分钟</li>
<li>进行14个循环，步骤如下：</li>
<li>94°C 变性 15 秒</li>
<li>65°C 退火/延伸 5 分钟</li>
</ul>
循环结束后，将反应物在4°C下保存，或在-20°C下储存，直至进行分析或纯化。</li>
<li>使用Qiagen公司的PCR Purification®试剂盒按照制造商说明书纯化DNA，并通过紫外吸收法（260 nm）测定浓度。</li>
<li>再次进行一轮扩增循环 文库构建,&nbsp;步骤 1&nbsp;通过 扩增，步骤2，&nbsp;并作如下调整。 • 关于步骤中所需 DNA 的量&nbsp;3，上图&nbsp;启动片段化过程：若DNA浓度约为200–300 µg/ml，取2.5 µl样品，加水调整至终体积为10 µl。 如果DNA浓度约为50-60 µg/ml，则取5 µl样品，加水调整至终体积为10 µl。 • 在第二次扩增过程中，将主混合液中的dNTPs（含dTTPs）替换为含有10 mM dATP、10 mM dGTP、10 mM dCTP、8 mM dTTP和2 mM dUTP的混合液，其总体浓度与前一混合液相同。 </li>
<li>使用紫外-可见分光光度计（260 nm）测定DNA含量。通常，每个反应可获得超过9 µg的扩增DNA。 注意：DNA靶标的标记使用Affymetrix公司的GeneChip® WT Double-Stranded DNA Terminal Labelling Kit，按照制造商提供的说明书进行，具体步骤如下： </li>
</ol>
扩增的片段目标
<ol>
<li>根据目标样本将要杂交的芯片类型，使用下表中相应的方案对样本进行片段化。
 表 1. 单芯片的片段化反应体系
<table border="1">
<tbody>
<tr>
<td class="jove_content">组分 每次反应的体积/用量</td>
</tr>
<tr>
<td class="jove_content">双链 DNA 7.5 µg</td>
</tr>
<tr>
<td class="jove_content">10X cDNA 片段化缓冲液 4.8 µl</td>
</tr>
<tr>
<td class="jove_content">UDG, 10 U/µl 1.5 µl</td>
</tr>
<tr>
<td class="jove_content">APE 1, 100 U/µl 2.25 µl</td>
</tr>
<tr>
<td class="jove_content">无核酸酶水 加至 48 µl</td>
</tr>
</tbody>
</table>
来自 Affymetrix 的 GeneChip® WT 双链 DNA 末端标记试剂盒
 表 2. 多芯片组合的片段化反应体系
<table border="1">
<tbody>
<tr>
<td>组分 每次反应的体积/用量</td>
</tr>
<tr>
<td>双链 DNA 9 µg</td>
</tr>
<tr>
<td>10X cDNA 片段化缓冲液 4.8 µl</td>
</tr>
<tr>
<td>UDG, 10 U/µl 1.5 µl</td>
</tr>
<tr>
<td>APE 1, 100 U/µl 2.25 µl</td>
</tr>
<tr>
<td>无核酸酶水 加至 48 µl</td>
</tr>
</tbody>
</table>
来自 Affymetrix 的 GeneChip® WT 双链 DNA 末端标记试剂盒
</li>
<li>根据上述任一表格配制片段化反应体系。轻弹混匀，离心收集至管底。</li>
<li>将反应体系置于以下条件孵育：
<ul>
<li>37°C 孵育 1 小时。</li>
<li>93°C 孵育 2 分钟。</li>
<li>4°C 孵育至少 2 分钟。</li>
</ul>
</li>
<li>轻弹混匀，离心收集，将 45 µl 反应产物转移至新管中。</li>
<li>从每个样本中取出 2 µl 用于凝胶迁移分析。</li>
</ol>
标记片段化的双链DNA
<ol>
<li>按照下表所述配制双链 DNA 标记混合液： 
表 3. 双链 DNA 标记混合液的组成
<table border="1">
<tbody>
<tr>
<td>组分 每次反应的体积/用量</td>
</tr>
<tr>
<td>5X TdT 缓冲液 12 µl</td>
</tr>
<tr>
<td>TdT 2 µl</td>
</tr>
<tr>
<td>DNA 标记试剂，5 mM 1 µl</td>
</tr>
<tr>
<td>总体积 15 µl</td>
</tr>
</tbody>
</table>
该试剂可从 Affymetrix 的 GeneChip® WT 双链 DNA 末端标记试剂盒中获得
</li>
<li>向 DNA 样品中加入 15 µl 双链 DNA 标记混合液，轻轻弹动混匀，并短暂离心。</li>
<li>将反应体系在以下条件下孵育：
<ul>
<li>37°C 孵育 60 分钟。</li>
<li>70°C 孵育 10 分钟。</li>
<li>4°C 孵育至少 2 分钟。</li>
</ul>
</li>
<li>从每个样品中取出 2 µl 用于凝胶迁移分析。</li>
</ol>
凝胶迁移分析
<ol>
<li>制备 4% 琼脂糖凝胶。</li>
<li>将扩增片段目标产物步骤 5 和标记片段化的双链 DNA步骤 4 中的样品在 65°C 下孵育 2 分钟。</li>
<li>加入 10 µl 链霉亲和素（1 mg/ml），并在室温下孵育样品 5 分钟。</li>
<li>将步骤&nbsp;3 的样品在 4% 琼脂糖凝胶上电泳（凝胶迁移分析，步骤&nbsp;1），以检测标记产物的迁移偏移情况。</li>
</ol>
芯片杂交与芯片洗涤
由加利福尼亚大学河滨分校基因组中心完成。
阵列分析
通过计算分析完成。
缓冲液成分：
封闭液：PBS + 0.5% 牛血清白蛋白（BSA）。
裂解缓冲液：50 mM HEPES-KOH，pH 7.5 140 mM NaCl 1 mM EDTA 1% Triton X-100 0.1% SDS 1 mM PMSF 最终 pH 7.5
IP1：裂解缓冲液 + 500 mM NaCl
IP2：10 mM Tris-HCl 250 mM LiCl 1 mM EDTA 0.5% NP-40 0.5% 脱氧胆酸钠 终末 pH 8.0
TE：10 mM Tris，pH 7.4 1 mM EDTA
最终 pH 为 8.0 洗脱缓冲液：TE 缓冲液 + 1% SDS。

<ol><li>Evans, M. J., Kaufman, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+in+culture+of+pluripotential+cells+from+mouse+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos.</a> Nature. 292, 154-156 (1981).</li>
<li>Boyer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Polycomb+complexes+repress+developmental+regulators+in+murine+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Polycomb complexes repress developmental regulators in murine embryonic stem cells.</a> Nature. 441, 349-353 (2006).</li>
<li>Lee, T. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+developmental+regulators+by+Polycomb+in+human+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Control of developmental regulators by Polycomb in human embryonic stem cells.</a> Cell. 125, 301-313 (2006).</li>
<li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Twenty-five+years+of+the+nucleosome%2C+fundamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Twenty-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li>
<li>Guenther, M. G., Jenner, R. G., Chevalier, B., Nakamura, T., Croce, C. M., Canaani, E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+and+Hox-specific+roles+for+the+MLL1+methyltransferase%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A.%22%5BJournal%5D)">Global and Hox-specific roles for the MLL1 methyltransferase.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.. 102, 8603-8608 (2005).</li>
<li>Lee, T. I., Johnstone, S. E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+immunoprecipitation+and+microarray-based+analysis+of+protein+location%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Chromatin immunoprecipitation and microarray-based analysis of protein location.</a> Nat. Protoc. 1, 729-748 (2006).</li>
<li>Sanchez-Elsner, T., Gou, D., Kremmer, E., Sauer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Noncoding+RNAs+of+trithorax+response+elements+recruit+Drosophila+Ash1+to+Ultrabithorax%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ash1 to Ultrabithorax.</a> Science. 311, 1118-1123 (2006).</li>
</ol>

染色质免疫沉淀（ChIP）是一种用于解析细胞分化过程中染色质相关事件的有价值技术。该方法成功的关键前提是拥有高质量的抗体，以及能够获得缺乏目标抗原的对照细胞或组织来源的染色质。将ChIP与DNA微阵列技术相结合，可获取大量信息。ChIP结果的验证依赖于合适的测试系统的可用性，这些系统能够将蛋白质的动态结合、蛋白质修饰和/或RNA与细胞发育过程中生物学功能的执行联系起来。

<table><tbody><tr><td>蛋白酶K</td><td>试剂</td><td>Roche Group</td><td>#EO0491</td><td></td></tr><tr><td>RNase-A</td><td>试剂</td><td>Fermentas</td><td>#EN0531</td><td></td></tr><tr><td>甲醛 37%</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>FX040-13</td><td></td></tr><tr><td>氯仿</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>3150</td><td></td></tr><tr><td>乙醇</td><td>试剂</td><td>Goldshield</td><td></td><td></td></tr><tr><td>苯酚:氯仿:异戊醇</td><td>试剂</td><td>Invitrogen</td><td>15593-031</td><td></td></tr><tr><td>SA, 第V组分</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>2930</td><td></td></tr><tr><td>Dubecco&amp;rsquo;s 磷酸盐缓冲液</td><td>试剂</td><td>GIBCO, by Life Technologies</td><td>14190</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>5330</td><td></td></tr><tr><td>氯化钠</td><td>试剂</td><td>Fisher Scientific</td><td>S271-10</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>4050</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>9410</td><td></td></tr><tr><td>十二烷基硫酸钠</td><td>试剂</td><td>JT Baker</td><td>4095-02</td><td></td></tr><tr><td>氯化锂</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>5910</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>9230</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>试剂</td><td>Calbiochem</td><td>492015</td><td></td></tr><tr><td>脱氧胆酸钠</td><td>试剂</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP349-100</td><td></td></tr><tr><td>乙酸铵</td><td>试剂</td><td>Applichem</td><td>631-61-8</td><td></td></tr><tr><td>甘氨酸</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>4840</td><td></td></tr><tr><td>甘氨酸</td><td>试剂</td><td>EMD Millipore</td><td>4840</td><td></td></tr><tr><td>dynalbeads, 蛋白A</td><td>试剂</td><td>Invitrogen</td><td>100.02D</td><td></td></tr><tr><td>dynalbeads, 蛋白G</td><td>试剂</td><td>Invitrogen</td><td>100.04D</td><td></td></tr><tr><td>1.5 ml 低吸附微量离心管, Xtreme</td><td>其他</td><td>Phenix Research Products</td><td>MAX-815S</td><td></td></tr><tr><td>相锁凝胶轻型, 2.0 ml</td><td>试剂</td><td>Eppendorf</td><td>955154037</td><td></td></tr></tbody></table>

人类胚胎干细胞的染色质免疫沉淀

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

后生动物体内多种多样细胞的功能与结构复杂性源于少量的干细胞。干细胞具有两个基本特性：自我更新能力以及多能性，后者使干细胞几乎能够分化为任何类型的细胞1。干细胞向分化细胞的发育过程伴随着多能性的丧失、结构与形态的变化，以及转录因子和信号分子的层级化活性，这些分子的活动建立并维持了细胞类型特异性的基因表达模式。在分子水平上，细胞分化涉及染色质结构与组成的动态变化，对这些动态变化的检测可为干细胞的功能特征及细胞分化过程提供有价值的见解2,3。染色质是一种高度压缩的DNA-蛋白质复合物，当细胞将染色体DNA与蛋白质（主要是组蛋白）包装在一起时形成4。干细胞特性与细胞分化已被证实与特定调控蛋白阵列的存在相关，这些蛋白包括表观遗传因子、组蛋白变体以及转录因子2,3,5。
 染色质免疫沉淀（ChIP）是一种用于检测染色质中RNA、蛋白质及蛋白质修饰存在的有效方法6,7。比较不同类型细胞的染色质，可揭示细胞分化过程中蛋白质与染色质相互作用的动态变化。
染色质免疫沉淀涉及对染色质的纯化 体内 交联的染色质。分离得到的染色质通过酶消化或机械力被剪切为较小的片段。利用特异性抗体对目标蛋白或蛋白与DNA的修饰进行免疫沉淀，以富集染色质片段。沉淀的DNA或RNA经纯化后，可作为PCR或基于DNA微阵列分析的模板。成功的染色质免疫沉淀（ChIP）实验的前提是使用高质量的针对目标抗原的抗体，以及获取来自不表达目标分子的对照细胞的染色质。ChIP技术能够将蛋白、蛋白与RNA的修饰以及RNA的存在情况与特定的目标DNA序列相关联；根据所选用的下游检测工具，该技术可检测目标分子在特定基因上的结合情况，或在整个基因组范围内的分布状况。通过比较不同分化阶段细胞中蛋白质在染色质上的分布，可揭示伴随细胞谱系进展过程中染色质组成发生的动态变化。

ESC的分化伴随着染色质结构和组成的细胞类型特异性变化。检测这些变化可为定义干细胞特性及细胞分化的机制提供重要见解。染色质免疫沉淀（ChIP）是一种有价值的手段，可用于解析干细胞分化背后的分子机制。

后生动物有机体中众多细胞的功能与结构复杂性源于少量的干细胞。干细胞是……

大家好，我是来自加利福尼亚大学河滨分校生物化学系Frank Zawa博士实验室的Stefan Burani。今天我们将向您展示染色质免疫沉淀的实验操作流程。现在就开始吧。该实验流程从人胚胎干细胞的甲醛交联开始。交联前，将人胚胎干细胞从液氮中取出，在37摄氏度下解冻五分钟，然后用培养基洗涤。随后将细胞接种于明胶包被的六孔板中，并培养扩增两至三天。每次免疫沉淀反应需要从 5000 万至 1 亿个细胞开始。首先将细胞裂解并在悬浮液中收集。向每份细胞悬浮液中加入新鲜的醛类交联剂至终浓度为 1%，室温孵育 10 分钟。接下来，加入十分之一体积的1.25摩尔甘氨酸以淬灭甲醛，并孵育10分钟。用10毫升PBS重悬细胞两次，然后将细胞转移至50毫升锥形管中。在4摄氏度下，以1000转/分钟离心5分钟，使细胞沉淀成团。离心后，弃去上清液，并将沉淀重悬于 1.5 毫升裂解缓冲液中。最后，将细胞转移至 1.5 毫升微量离心管中。细胞转移完成后，在液氮中快速冷冻三次，然后使用组织研磨器破碎细胞。细胞交联完成后，即可用于免疫沉淀，或可无限期地在零下80摄氏度冷冻保存。交联细胞后，需准备磁珠以进行后续操作。将50微升DI磁珠加入1.5毫升低吸附微量离心管中，每个免疫沉淀反应准备一管磁珠。然后加入一毫升封闭液。现在使用磁力架收集磁珠。将离心管置于磁力架上。让磁珠聚集在管壁一侧，大约需要15秒。可将管架倒置两次，以帮助磁珠聚集。收集磁珠后，可使用移液器移除上清液。去除上清液后，加入 1 毫升封闭液，并通过移除磁力架上的磁铁并翻转磁力架，轻轻重悬磁珠。保持离心管位置不变，重复此操作 10 至 20 次，或直至磁珠均匀分散。重悬后，像之前一样收集磁珠。收集完毕后，可用移液器移除上清液。使用1.5毫升封闭液重复此洗涤步骤一次。第二次洗涤后，可将磁珠重悬于750 µL封闭液中，然后加入10 µg抗体。在我们的研究中，使用针对MLL蛋白的抗体，在4°C下孵育至少6小时或过夜，置于旋转混合仪上。在此孵育期间，您可以对交联的染色质进行超声处理，我们将在过夜孵育结束后立即演示该步骤。移除抗体溶液，然后用一毫升溶菌酶缓冲液洗涤磁珠三次，操作方法与之前相同，使用磁力架收集磁珠。洗涤完成后，即可加入您已制备的染色质。在开始超声处理之前，您需要先从零下80摄氏度取出冷冻的细胞沉淀，并使其融化。准备一个15毫升的锥形管用于超声处理。具体操作是在5毫升刻度处将管子切成两段，并丢弃上半部分。可用石蜡膜或管盖覆盖离心管。在设置过程中，使用试管架固定离心管，使探针位于管底上方约0.5至1厘米处。确保探针位于中心位置，且不接触管壁，以防止溶液起泡。现在对悬浮液进行六轮超声处理，每轮20秒。每次超声处理之间，应将每个样品置于冰水浴中，以减少起泡。首先将输出功率设为零，然后在第一次脉冲期间手动逐渐增加至最终功率。处理一段时间后，将样品转移至1.5毫升离心管中，在4°C条件下以13,000 RPM离心10分钟，以沉淀碎片并收集上清液。将SINA转移至新的1.5毫升离心管中。每个样本保留50微升细胞裂解液作为输入DNA。后续将用于检测共享染色质的大小。可于 -20 °C 保存。每批超声处理的裂解液应至少保留一份输入 DNA 等分试样。现在我们已准备好对染色质进行免疫沉淀，以氨基沉淀染色质。首先，将上一步收集的染色质（相当于5000万至1亿个细胞）加入到先前配制的50微升抗体磁珠混合液中，调整总体积至1毫升。如有必要，可使用裂解缓冲液定容并涡旋振荡以充分重悬。将磁珠与该混合物在4°C的旋转仪上孵育过夜。孵育后，使用磁力架收集珠子，将离心管放入架子中，使珠子聚集在管壁一侧。此过程大约需要20秒。轻敲架子两次，以帮助收集全部珠子。然后使用移液器更换吸头，在样品间转移，去除上清液。接下来需要洗涤磁珠。为此，向每个管中加入一毫升裂解缓冲液，并轻轻重悬磁珠。可通过移除架上的磁条，将管架连同样品管一起倒置10至20次，或直至磁珠均匀重悬。随后，重新放回磁条以收集磁珠。用移液器吸去上清液。重复此洗涤步骤三到五次。每次洗涤之间请记得更换吸头。接下来，按照上述方法，用一毫升 IP 一缓冲液洗涤磁珠四到六次。然后，用1毫升IP2缓冲液将磁珠同样洗涤4到6次。最后，用1毫升pH为8.0的TE缓冲液将磁珠再洗涤4到6次，洗涤方法与其他洗涤步骤相同。最后一次洗涤后，去除TE缓冲液。现在在4摄氏度下以3000 RPM离心三分钟，以去除任何残留的TE缓冲液。此时珠子已准备好用于洗脱染色质。首先加入210微升洗脱缓冲液，将离心管置于65摄氏度的恒温混匀仪中，在800 RPM条件下孵育15分钟，或最长至30分钟，以提高洗脱物的回收率。在13,000 RPM条件下离心 beads 1分钟。离心后，移除上清液中的200微升 S 部分，转移至新管中，然后加入200微升 TE 0.0。现在我们的样品已准备好用于CROs连接，以逆转交联并沉淀DNA。将上清液置于65摄氏度的水浴中孵育，时间至少6小时，最多15小时。此孵育步骤可在水浴中进行，以尽量减少冷凝。接下来，加入50微升的输入DNA。在超声处理后，通过在65摄氏度下孵育，使交联的DNA逆转，此操作与洗脱液的处理方式相同。现在我们准备纯化DNA。随后使用苯酚-氯仿抽提法纯化DNA，再通过乙醇沉淀技术进行沉淀。沉淀的DNA沉淀物重悬于水中，可于-20°C保存。如需后续使用，可将纯化的输入DNA在琼脂糖快速凝胶上电泳，以检测染色质剪切后的片段大小。理想情况下，染色体片段长度应在250至750个碱基之间。我们刚刚向您展示了如何从人类胚胎干细胞中进行染色质免疫沉淀实验。在进行该实验时，重要的是要使用具有合适大小范围的高亲和力抗体结合染色质，并采用高严谨性的洗涤步骤。以上就是全部内容。感谢观看，祝您的实验顺利。

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从人类胚胎干细胞的染色质免疫沉淀

我们展示了一种染色质免疫沉淀（ChIP）方法，用于鉴定小鼠胚胎组织中组织特异性基因表达启动期间或之后，组织特异性基因上的因子相互作用。该方案在正常胚胎发育过程中研究组织特异性基因激活时具有广泛的适用性。...

利用小鼠早期胚胎对组织特异性基因进行染色质免疫沉淀实验

染色质调控因子和染色质状态如何影响基因组的问题 在体 对于理解发育中胚胎早期细胞命运决定机制至关重要。本文概述了在全基因组水平上研究染色质特征最常用的方法——ChIP-Seq。 非洲爪蟾...

通过ChIP-Seq获得的Xenopus胚胎中染色质调控因子和状态的全基因组快照

基因转录的精细调控是胚胎细胞命运决定的基础。本文描述了染色质免疫沉淀实验，用于研究干细胞向心肌细胞分化以及小鼠胚胎心脏发育过程中的表观遗传调控机制。...

胚胎干细胞和组织心肌分化的表观遗传调控

本文介绍了一种染色质免疫沉淀（ChIP）及ChIP-seq文库构建方案，用于从稀有鸡胚样本中生成全基因组表观基因组谱图。...

低丰度胚胎样本的染色质免疫沉淀（ChIP）实验方案

本文介绍了一种优化的高通量染色质免疫沉淀测序（ChIP-sequencing）实验方案及相应的计算分析流程，用于从冻存的肿瘤组织和细胞系中确定全基因组范围内的染色质状态模式。...

利用高通量ChIP-测序在肿瘤组织中进行全基因组染色质状态作图的整合平台

本文介绍了进行 ChIP-Seq 和 CARIP-Seq 的方法，包括用于下一代测序的文库构建，以在胚胎干细胞中生成全基因组表观遗传学和染色质相关 RNA...

CARIP-Seq 与 ChIP-Seq：在胚胎干细胞中鉴定染色质相关 RNA 及蛋白质-DNA 相互作用的方法

染色质环境的调控是实现基因正常表达所必需的重要过程。本文中，我们描述了一种通过在特定基因位点可逆性地招募染色质修饰机器来控制基因表达的方法。...

利用化学表观遗传修饰剂重定向细胞机制以抑制基因转录

该方法旨在追踪细胞系中由PRC2介导的染色质结构域的形成过程，并且可适用于许多其他系统。...

一种研究方法 从头合成 染色质结构域的形成

本方案重点介绍从速冻组织中制备染色质的方法，适用于交联染色质免疫沉淀（X-ChIP）后续进行定量PCR分析（X-ChIP-qPCR）或高通量测序（X-ChIP-seq）。...

从冷冻嵌合肝组织中提取染色质用于染色质免疫沉淀分析

本方案描述了染色质捕获结合高通量测序（Capture...

通过捕获式 Hi-C 解析高分辨率 3D 染色质结构 via Capture Hi-C

了解染色质免疫沉淀技术用于研究人类胚胎干细胞分化过程中的染色质动态变化。该方法通过甲醛交联、超声破碎和免疫沉淀等步骤，帮助科研人员深入解析干细胞多能性维持与分化的分子机制。

人类胚胎干细胞的染色质免疫沉淀

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