Mikrobielle Klassifikationssysteme

Unter Klassifikation versteht man den Prozess der Einteilung von Organismen in hierarchisch umfassende Gruppen auf der Grundlage ihrer phänotypischen Ähnlichkeiten oder evolutionären Beziehungen. Eine Art umfasst eine oder mehrere Stämme, und eng verwandte Arten werden zu Gattungen zusammengefasst. Gattungen werden weiter in Familien, Familien in Ordnungen, Ordnungen in Klassen und so weiter bis hin zur Domäne klassifiziert, die den breitesten taxonomischen Rang darstellt und aus einer Kombination phänotypischer und genotypischer Daten abgeleitet wird.

Die Nomenklatur der Organismen folgt dem binomialen System, das von Carl Linnaeus entwickelt wurde, wobei jedem Organismus ein Gattungsname und ein Artepitheton zugewiesen werden, die kursiv geschrieben sind. Die Benennung neuer mikrobieller Taxa wird vom Internationale Kommission für die Systematik der Prokaryoten (ICSP) geregelt, das den Internationaler Code der Nomenklatur der Prokaryoten (auch bekannt als Bakteriologischer Code) überwacht. Dieser legt die formellen Verfahren fest, die für die Validierung erforderlich sind. Ein neuer Artname muss von einer detaillierten Beschreibung der unterscheidenden Merkmale begleitet werden sowie von der Einlagerung lebensfähiger Kulturen in mindestens zwei internationalen Sammlungen. Wenn Organismen noch nicht kultiviert oder in Reinkultur gewonnen werden können, wird ein vorläufiger Name mit dem Präfix „Candidatus“ vergeben. Zum Beispiel: Candidatus Pelagibacter ubique (eine weit verbreitete bakterielle Art, die im Labor sehr schwer zu kultivieren ist), Candidatus Heliomonas lunata (eine bakterielle Art, die im Labor nicht als Reinkultur gezüchtet werden kann). Aktualisierte und validierte Listen von Bakterien und Archaeen sind unter List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature (http://www.bacterio.net) und Prokaryotic Nomenclature Up-to-Date (http://www.dsmz.de) verfügbar.

Das Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology ist das am weitesten anerkannte Klassifikationssystem für Bakterien und Archaeen. Seit seiner Erstveröffentlichung im Jahr 1923 ist es eine unverzichtbare Ressource für Mikrobiologen und bietet detaillierte Informationen einschließlich systematischer Tabellen, Abbildungen und Identifikationswerkzeuge. Eine weitere bedeutende Ressource ist The Prokaryotes, die umfassende Einblicke in Physiologie, Ökologie, Phylogenie und Kultivierung prokaryotischer Organismen bietet.

Nationale mikrobielle Kultursammlungen wie die American Type Culture Collection, die Belgian Coordinated Collection of Microorganisms, die Sammlung des Institut Pasteur und viele weitere spielen eine wichtige Rolle in der mikrobiellen Systematik. Diese Sammlungen bewahren lebensfähige Kulturen unter Bedingungen, die ihre genetische Integrität erhalten, und gewährleisten so den Zugang für Forschung und Biodiversitätserhalt. Im Gegensatz zu traditionellen Museumspräparaten werden diese Kulturen in lebendem Zustand gehalten, was eine fortlaufende Untersuchung und Charakterisierung ermöglicht. Solche Sammlungen sichern auch Typstämme, die als Referenzpunkte für zukünftige taxonomische Vergleiche dienen.