Wir stellen eine Methode zur Erzeugung von cDNA aus Umwelt-mRNA. In der Regel Gesamt-RNA zunächst aus der Umgebung gesammelt, rRNA selektiv entfernt, mRNA wird selektiv verstärkt und cDNA aus der angereicherten mRNA-Pool synthetisiert wird sequenziert. Recovered Sequenzen annotiert werden unter Verwendung von Standard Bioinformatik Techniken, um die exprimierten Gene zu identifizieren.
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Methodenartikel
Analyse von Genexpressionsdaten aus marinen mikrobiellen Gemeinschaften mit Environmental Transcriptomics
In diesem Artikel
Zusammenfassung
Zusammenfassung
Analog zu Metagenomik, Umwelt Transkriptomik (metatranscriptomics) abruft und Sequenzen Umwelt mRNAs aus einer mikrobiellen Assemblage ohne vorherige Kenntnis, welche Gene die Gemeinde könnte zum Ausdruck. So bietet die unvoreingenommene Sicht auf Gemeinschaft Genexpression
Protokoll
Arbeiten mit RNA
Da RNasen sind allgegenwärtig und mRNAs abgebaut schnell, Standard-Vorsichtsmaßnahmen für die Arbeit in einer Ribonuklease-freie Umgebung zu beachten und Proben sollten verarbeitet oder konserviert werden so bald wie möglich nach der Entnahme.
Teil 1: Environmental RNA Collection (entworfen, um Biomasse in der 0,2 bis 3,0 mu m Kornfraktion sammeln)
Zubehör benötigt:
Masterflex-Schlauch
Schlauchpumpen
3 mu m hohes Volumen plissiert Kapsel-Filter
0,22 um Supor oder Polycarbonat 142 mm-Filter
142 mm-Filter Turm (Geotec....
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Diskussion
Die Untersuchung der Genexpression durch natürliche mikrobielle Gemeinschaften hat sich in den letzten Jahren häufig als Mittel, um die ökologische Rolle und Funktion von Mikroorganismen zu entdecken. In Kombination mit dem Nachweis, Quantifizierung und Charakterisierung von marinen Mikroorganismen, können Analysen der Genexpression verwendet werden, um Phylogenie Link in natürlicher mikrobieller Gemeinschaften funktionieren. Viele Techniken der gezielten funktionellen Genexpression beruhen auf spezifischen Sonden oder .......
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Danksagungen
Die Finanzierung wurde von der Gordon and Betty Moore Foundation Zuschüsse und der National Science Foundation Grant MCB-0702125 zur Verfügung gestellt.
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Materialien
| Name | Unternehmen | Katalognummer | Kommentare | |
|---|---|---|---|---|
| PowerSoil Bead Tubes | Kit | MoBio | 12866-25-PBT | |
| RNeasy Mini Kit | Kit | Qiagen | 74104 | |
| TURBO DNA-free | Kit | Ambion | AM1907 | |
| mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit | Kit | Epicentre Biotechnologies | MOP51010/MOP51024 | |
| MICROBExpress Bacterial mRNA Enrichment Kit | Kit | Ambion | AM1905 | |
| MICROBEnrich Kit | Kit | Ambion | AM1901 | |
| MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit | Kit | Ambion | AM1790 | |
| Universal RiboClone cDNA Synthesis System | Kit | Promega Corp. | C4360 | |
| Wizard DNA Clean-Up System | Kit | Promega Corp. | A7280 |
Referenzen
- Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).
- Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).
- Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).
- Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).
- Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).
- Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).
- Poretsk....
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Nachdrucke und Genehmigungen
