Extrahieren von DNA aus dem Gut Mikroben der Termite (Zootermopsis Angusticollis) und visualisieren Gut Mikroben

Zusammenfassung

Dieses Video zeigt die Technik zur Gewinnung von DNA aus den Arten von Mikroben mit Wohnsitz in der Termite Enddarm. Die Herstellung eines Nasspräparat Rutsche, die nützlich für die Visualisierung der gut mikrobiellen Gemeinschaft ist, ist auch dargestellt, und eine Tour durch die artenreiche gut Umfeld gegeben ist.

Zusammenfassung

Termiten gehören zu den wenigen Tieren bekannt, dass die Fähigkeit, allein bestehen durch den Verzehr von Holz haben. Die Termitendarm Trakt enthält eine dichte und artenreiche mikrobiellen Population, die in den Abbau von Lignocellulose unterstützt überwiegend in Acetat, der Schlüssel Nährstoff Betankung Termiten Stoffwechsel (Odelson & Breznak, 1983). Innerhalb dieser mikrobiellen Populationen sind Bakterien, methanogenen Archaea und in einigen ("lower") Termiten, Protozoen eukaryotische. So werden Termiten ausgezeichnete Versuchspersonen für die Untersuchung der Interaktionen zwischen Mikroben-Spezies und den zahlreichen biochemischen Funktionen, die sie durchführen, um den Nutzen ihrer Gastgeber. Die Artenzusammensetzung der mikrobiellen Populationen in Termiten guts sowie wichtige Gene in verschiedenen biochemischen Prozessen beteiligt wurde erforscht mit Hilfe molekularer Techniken (Kudo et al, 1998;. Schmit-Wagner et al, 2003;. Salmassi & Leadbetter, 2003). Diese Techniken sind abhängig von der Extraktion und Reinigung von hochwertigen Nukleinsäuren aus der Termitendarm Umwelt. Die Extraktion Technik in diesem Video beschrieben wird, eine modifizierte Zusammenstellung von Protokollen für die Extraktion und Reinigung von Nukleinsäuren aus Umweltproben (Mor et al, 1994 entwickelt;. Berthelet et al, 1996;. Purdy et al, 1996;. Salmassi & Leadbetter, 2003;. Ottesen et al 2006) und sie produziert DNA von Termiten Enddarm Material für die Verwendung als Vorlage für die Polymerase Kettenreaktion (PCR).

Protokoll

Zusammenfassung des Verfahrens für die Termiten ganzen Darm DNA-Extraktion:

1. Gefühlt Termiten auf Eis zu entfernen gut mit einer sterilen Pinzette und stabilisieren gut Proben in Puffer.
2. Homogenisieren Proben in PVPP / SDS / Phenol-Puffer.
3. Extrahieren und zu reinigen DNA aus Rohlysat mit Qiagen DNeasy Spalten.

Protokoll:

1. Auf Eis, entfernen Sie die Eingeweide aus Arbeiter Kaste Termiten mit einer sterilen Pinzette.
2. Sofort überweisen Sie den Mut und die Inhalte in einen sterilen, Nuklease-freies Röhrchen mit 50 uL eiskaltem 1x Mo....

Diskussion

Nach unserer Erfahrung ist die DNA aus der mikrobiellen Lebensgemeinschaften von Holz-Fütterung Termitenart wie Zootermopis nevadensis extrahiert rein genug für die PCR-Vorlage nach einer Runde der Extraktion und Reinigung. Jedoch können einige Termiten, wie Wurf-Fütterung und Boden-Fütterung Arten haben eine höhere Konzentration an Huminsäuren in ihren Darminhalt und kann zusätzliche Reinigung des Darms mikrobielle DNA erfordern. Die gesamte DNA-Ausbeute aus dem Bauch von 5 Z. nevadensis Arbeiter liegt im Bereich von 10-30 pg. Für Termiten.......

Materialien

Liste der in diesem Artikel verwendeten Materialien

Name	Unternehmen	Katalognummer	Kommentare
PVPP/SDS/Phenol	Puffer			Homogenisierungspuffer
DNeasy Tissue Kit	Kit	Qiagen	77607	Wird gemäß dem Protokoll zur Isolierung genomischer DNA aus rohen Lysaten verwendet (Anhang H, Produktanleitung Version: Juli 2003)
TE	Puffer	Sigma-Aldrich	T9285	1x-Puffer (1 mM Tris-HCl, 0,1 mM EDTA, pH 8,0) aus 100x-Konzentrat hergestellt
Zirkonia/Silica-Perlen	Zubehör	Biospec Products	11079101z	0,1 mm
PVPP	Reagenz	Sigma-Aldrich	P6755	1 % (w/v) Polyvinylpolypyrrolidon, hergestellt aus trockenem Reagenz als 1x-Suspension in TE-Puffer
Zootermopsis nevadensis	Tier			Termiten
SDS	Reagenz	Sigma-Aldrich	L4390	Natriumdodecylsulfat 20 %ige Lösung in Wasser, hergestellt aus trockenem Reagenz
Phenol	Reagenz	Sigma-Aldrich	77607	TE-gesättigt, ~73 %
MiniBeadbeater-8	Gerät	Biospec Products	963
BSS	gepufferte Salzlösung, pH 7,2			Zusammensetzung pro Liter: 2,5 g K2HPO4, 1,0 g KH2PO4, 1,6 g KCl, 1,4 g NaCl, 0,075 g CaCl, 1 g MgCl und 10 mL einer 1 M Lösung von NaHCO3
AxioPlan-2	Mikroskop	Carl Zeiss, Inc.		Ausgestattet mit 40x-Objektiv, 1,6x-Optivar und 10x-Augenlinsen. Die Proben wurden im Phasenkontrastverfahren betrachtet