Ein. Generation von Frisch gewählte infizierten Erythrozyten
Für diesen Test werden die besten Ergebnisse erhalten werden, wenn unter Verwendung von frisch ausgewählt Kulturen für Oberflächenexpression von PfEMP1 Protein. In diesem speziellen Experiment das 3D7 P. falciparum Linie gewählt wurde mittels spezifischer Antikörper wie zuvor 1 beschrieben.
Tag 1
- Ernte 200 ul verpackt Blutzellen aus einer P. falciparum Kultur enthaltend 2-5% Spätstadium IE durch Zentrifugation bei 800 × g für 8 Minuten bei Raumtemperatur.
- Resuspendieren das Blut Pellet in 2 ml 37 ° C warmes 0,75% Gelatine Lösung in einem 14 ml steriles Röhrchen und lassen für 15-20 min bei 37 ° C, um die nicht-infizierten und Ring-Stadium IE zu sedimentieren lassen.
- Ernten die Late-Stage-IE, dh die obere Phase in ein neues 14 ml Tube und waschen zweimal mit 10 ml 37 ° C warmen RBC-wash Medien.
- Verdünnen Sie 50 ul von spezifischen Anti-PfEMP1-Antikörpern in 2 ml 37 ° C warmen RBC-Waschmedium und Sterilfilter.
- Mischen des gewaschenen Spätstadium IE mit der sterilisierten verdünnten Antiseren in einem 14 ml steriles Röhrchen und Inkubation 30 min bei 37 ° C unter vorsichtigem Rühren.
- Spin-Down bei 800 xg für 8 min bei Raumtemperatur und waschen zweimal mit 10 ml 37 ° C warmen RBC-wash Medien.
- Waschen 50 ul Dynabead Protein Eine Suspension zweimal mit RBC-wash Medien mit einem DynaMaq-15 Magnet.
- Resuspendieren Dynabeads in 300 ul RBC-wash Medien und fügen Sie sie der gewaschenen späten Stadium IE. Inkubieren für 30 min bei 37 ° C unter vorsichtigem Rühren.
- Übertragen des Rohres mit dem DynaMaq-15-Magnet. Lassen Sie für 1-2 min und entfernen Sie die gesamte Flüssigkeit.
- Resuspendieren Dynabeads in 4-5 ml RBC-wash Medien. Übertragen Sie den Schlauch wieder auf den Magneten und lassen Sie es für 1-2 min, bevor Sie die gesamte Flüssigkeit. Wiederholen Sie den Waschschritt einmal.
- Übertragen Sie die gewaschenen Perlen zu einem 25 cm 2 sterile culture fLASK mit 200 ul frisch verpackt roten Blutkörperchen. Fügen Sie 5-6 ml Albumax Medien in der Kultur. Bewahren Sie über Nacht bei 5% CO 2 bei 37 ° C.
Tag 2
- Entfernen Sie die Dynabeads aus der Kultur, wenn der ausgewählte IE hat die frischen roten Blutkörperchen durch die Übertragung all der Kultur auf eine 14 ml steriles Röhrchen reinvaded. Setzen Sie den Schlauch auf den DynaMaq-15 Magneten und lassen für 1-2 min. Dann gießen Sie die gesamte Flüssigkeit zurück zu einer Kulturflasche.
- Kultur für so wenige Zyklen wie möglich, bis einer Parasitämie von 5-10% und Parasiten sind in der ringstage.
- IE sollte durch FACS analysiert werden, um sicherzustellen, dass die richtige Oberfläche Phänotyp, dh Protein Expression von entweder PFD1235w and/orPF11_0008 wurde 1 erhalten.
2. Herstellung von Sonden
Die Antisense-RNA-Sonden wurden aus den variablen Regionen der PFD1235w und dem PF11_0008 var erzeugt </ Em> Gene aus P. falciparum 3D7 genomischer DNA. DNA wurde durch PCR amplifiziert und in den Vektor pSPT18 oder 19 für die Transkription, jeweils gemäß der Beschreibung des Herstellers (Roche). Die Sonden (580 Basenpaare (bp) und 590 bp in der Länge) wurden mit Digoxigenin (DIG) oder Biotin markiert unter Verwendung eines DIG-RNA-Markierungskits oder einer RNA-Markierung Biotin-Mischung sind. Wir bestätigten die Spezifität der Sonden sowohl durch Northern Blot-Analysen und einfacher Bezeichnung FISH-Analyse 1.
3. Thin Smear und Fixierung der Parasiten Vor In-Situ-Hybridisierung
Tag 1
Alle Schritte werden in einer RNase-freien Umgebung durchgeführt wird und alle Reagenzien sind RNase-frei oder mit Diethylpyrocarbonat (DEPC) oder RNase Zap (Invitrogen) vorbehandelt. Die Objektträger und Deckgläser sollten mit Alkohol gereinigt werden, um restliche Fertigung Fett zu entfernen. Es ist wichtig, um das Protokoll ohne Pause zwischen den Schritten durchzuführenUm das Risiko einer Kontamination zu minimieren Nuklease.
- Machen Sie eine dünne Blutausstrich von der Norm Streumethode 3. Mit der 100x Öl Objektiv des Mikroskops, zählen die IE und berechnen den Anteil der IE in der Kultur. Prüfen, ob die Parasitenstadien in ungefährer Synchronität sind, in dem Ring und der frühen Stadien der Trophozoiten IE Zyklus. Dies sind die pre-Replikation, uni-nukleieren Stufen exprimieren var-mRNA und geeignet für einzelne Zelle FISH Transkriptionsassays dieses Typs.
- Übertragen 50 ul des Parasiten Kultur bei einer Parasitämie von 5-10%, einem 1,5 ml RNase-freies Eppendorfröhrchen. Säule für 1 min bei 2.000 rpm bei Raumtemperatur.
- Entfernen Sie die Medien und 50 ul PBS pH 7,2 in DEPC-behandeltem Wasser. Man schüttelt das Rohr vorsichtig. Wiederholen Sie den Zentrifugalsedimentation Schritt zweimal, um die Zellen frei von Medien und Zelltrümmer zu waschen.
- Machen Sie vier gute Qualität dünne Abstriche. Für jeden Abstrich machen ein Abstrich aufein Durchmesser von 11 mm sowie einer 4 gut Rutsche, dh vier Glasobjektträger insgesamt in einem RNase-free Haube (ein kritischer Schritt). Welle gleitet kurz in die Luft zu trocknen. Make drei zusätzliche Folien für Negativkontrollen-one Rutsche für einzelne Sonde Färbung für jede andere irrelevant Gen durch Verwendung einer spezifischen Sonde, ein weiterer Schieber für RNase-Behandlung und einer dritten Folie mit IE nicht Expression des Gens von Interesse. Lassen Sie die Folien auf der Bank für 10-20 min trocknen.
- Befestigen Sie die dünnen Schichten durch Zugabe von 60 ul der Fixierung Lösung mit 4% Paraformaldehyd und 5% Eisessig in die Vertiefungen. Lassen Sie für 10 Minuten auf der Bank bei Raumtemperatur.
- Waschen der Objektträger in 2x SSPE-Puffer für 5 min unter leichtem Schütteln bei Raumtemperatur. Entfernen Sie kurz die überschüssige Flüssigkeit durch Berühren die Brunnen, welche die Zellen vorsichtig mit einem Papiertuch.
- Bedecken Sie die Folien mit 0,01% Pepsin in 0,01 M HCl für 2 min bei 37 ° C (ein äußerst wichtiger Schritt). Waschen der Objektträger in 2x SSPE, 5 min bei Raumtemperatur.
- Verdünnt das RNase-Lösung bis zu einer Endkonzentration von 10 ug / ml. Bedecken Sie die negative Kontrolle Abstriche mit 60 ul der RNase-Lösung. Inkubieren für 30 min bei 37 ° C und dann waschen Sie die Folien in 2x SSPE für 5 min bei Raumtemperatur.
- Fahren Sie direkt mit der Hybridisierung.
4. Hybridisierung von RNA-Sonden auf Fixed Slides
Tag 1
- Bereiten Sie die Hybridisierung Kammer, wie ThermoStar 100 HC4 oder eine leere Pipettenspitzen-Kasten in einem sauberen Ofen geschoben, durch Bespritzen mit RNase Zap und Abwischen mit einem Papiertuch reinigen. Füllen der Kanäle der Hybridisierungskammer oder dem Boden der Schachtel mit DEPC-behandeltem Wasser, um sicherzustellen, daß die Schieber nicht austrocknet während der Hybridisierung. Schließen Sie die Kammer und Vorwärmung auf 48 ° C.
- Verdünnt den Sonden in der Hybridisierungslösung bis zu einer Endkonzentration von 12 ng / ul. Denaturieren die Sonde Lösung bei 65 ° C für 5 min in einem Heizblock. Sofort auf Eis kühlen.
- Kurz an der Luft trocknen die Folien nach der 2x SSPE waschen. Entfernen Sie vorsichtig die überschüssige Flüssigkeit rund um den Brunnen mit einem Papiertuch.
- Öffnen Sie die Hybridisierung Kammer und legen Sie die Folien in der Kammer. Anwendung einer oder beide Sonden in einem Gesamtvolumen von 60 ul pro Vertiefung. Sorgfältig decken die Flüssigkeitstropfen mit einem RNase-free Deckglas mit einer sterilen Pinzette.
- Schließen Sie die Kammer und hybridisieren die Folien bei 48 ° C für mindestens 16 Stunden über Nacht.
5. Antikörper Konjugation und Fluoreszenz Amplification
Tag 2
Die folgenden Schritte werden auf der TSA Plus-Fluoreszenz Palette System von Perkin Elmer basiert. Alle Schritte werden bei Raumtemperatur durchgeführt.
- Waschen Sie die Slides 3 mal in TNT-Puffer für 5 min unter leichtem Schütteln.
- Blockieren Sie den Brunnen in 150 ul TNB-Puffer für 30 min.
- Verdünnt das HRP-konjugiertem α-DIG Antikörpers in TNB-Puffer in einem Verhältnis von 1:100 und das HRP-konjugiertem α-Biotin-Antikörper in TNB-Puffer, in einem Verhältnis von 1:500. Entfernen Sie überschüssiges TNB-Puffer von den Dias mit einem Papiertuch. Bei der Erfassung zwei Transkripte gleichzeitig können beide Antikörper auf einmal zu gehen. Tragen Sie eine Gesamtmenge von 100 ul des Antikörper-TNB-Lösung pro Well und vorsichtig mit einem Deckglas abdecken. Inkubieren Sie die Objektträger für 2 Stunden.
- Entfernen Sie die Deckgläser vorsichtig. Waschen der Objektträger in TNT-Puffer 3-mal für 5 min.
- Verdünnt das FITC-Fluorophor in der Tyramid Amplifikationsreagens in einem Verhältnis von 1:500 und anzuwenden 100 ul der Lösung in jede Vertiefung. Bedecken Sie die Wells mit Deckgläsern und inkubieren für 12 min.
- Entfernen Sie den Deckel rutscht sorgfältig waschen und die Folien 3 mal für 5 min in TNT-Puffer durch vorsichtiges Schütteln.
- Verdünnt das Cyan3-Fluorophors in der Tyramid Amplifikationsreagens in einem Verhältnis von 1:500. Fügen Sie 100 ul proauch dieser Lösung. Bedecken Sie die Wells mit Deckgläsern und inkubieren für 12 min.
- Entfernen Sie den Deckel rutscht vorsichtig und dann spülen Sie die Folien schnell durch Eintauchen in TNT-Puffer.
- Waschen Sie die Slides 3 mal mit TNT-Puffer für 5 min.
- Eintauchen der Objektträger schnell in DEPC-behandeltem Wasser.
- Lassen Sie die Folien an der Luft trocknen. Montieren Sie die Folien mit Anti-Fade Reagenz DAPI. Verschließen Sie die Ecken der Deckgläser mit Nagellack.
- Die Folien sind nun bereit für die Mikroskopie. Halten Sie die Folien mit Aluminiumfolie und bei 4 ° C abgedeckt, wenn das Experiment abgeschlossen am nächsten Tag ist. Eine vollständige Abdichtung der Seiten der Folien kann werden 24 Stunden nach dem Aufbringen des Anti-Fade-Reagens durchgeführt wird. Dadurch können die Folien für abgebildet werden bis zu einer Woche nachdem das Protokoll abgeschlossen ist.
6. Visualisierung der hybridisierten Sonden
- Schalten Sie das Mikroskop. Ein Standard Immunfluoreszenzmikroskop ist sufficient für diese Art von Experiment, aber wenn Sie Zugang zu einem konfokalen Mikroskop haben, können Sie dieses auch verwenden, für 3D-Bilder oder Videos von Ihrem gefärbten Zellen zu erhalten. Lassen Mikroskop zum Aufwärmen für 15-30 min. Schalten Sie den Computer und die Software.
- Prüfen Sie die Qualität der Färbung auf der Immunfluoreszenzmikroskop. Wählen Sie einen Ort mit ein paar Parasiten.
- Passen Sie die Verstärkung jedes Laser manuell. Passen Sie die Pixel zu 4-6 m -1 s -1 und die Schritte zu 512 x 512 Pixel wohnen.
- Nehmen Sie ein Testbild mit Frame Lambda. Stellen Sie die Laserverstärkung.
- Nehmen Sie ein Minimum von 20 gute Bilder von fluoreszierenden Einzelzellen. Mindestens 2-5 Bilder eines Feldes mit 5-20 Parasiten notwendig sind, um eine faire Überblick über den Prozentsatz an positiven Parasiten erhalten.