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Methodenartikel

Schnelle Generierung von Amyloid aus nativen Proteinen in vitro

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DOI:

10.3791/50869

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5. Dezember 2013

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In diesem Artikel

Zusammenfassung

Proteine können entweder eine native Struktur annehmen oder sich in unlösliches Amyloid fehlfalten. Bedingungen, die den Fehlfaltungsweg begünstigen, führen zur Bildung verschiedener Arten von Amyloidfibrillen. Die hier beschriebenen Methoden ermöglichen eine schnelle Umwandlung von nativen Proteinen in Amyloid in vitro.

Zusammenfassung

Proteine erfüllen entscheidende Aufgaben in Organismen, indem sie Funktionen ausüben, die aus ihren spezifischen dreidimensionalen Falten hervorgerufen werden. Obwohl die nativen Strukturen von Polypeptiden viele Zwecke erfüllen, ist heute anerkannt, dass die meisten Proteine eine alternative Anordnung von Beta-Faltblatt-reichem Amyloid annehmen können. Unlösliche Amyloidfibrillen werden zunächst mit mehreren menschlichen Beschwerden in Verbindung gebracht, aber sie werden zunehmend als funktionelle Akteure gezeigt, die an verschiedenen wichtigen zellulären Prozessen beteiligt sind. Darüber hinaus enthält Amyloid, das sich im Patientengewebe ablagert, nichtproteinhaltige Bestandteile wie Nukleinsäuren und Glykosaminoglykane (GAGs). Diese Cofaktoren können die Bildung von Amyloid erleichtern, was zur Bildung verschiedener Arten von unlöslichen Niederschlägen führt. Indem wir uns unser Verständnis zunutze machten, wie sich Proteine über ein Zwischenstadium des löslichen Amyloid-Vorläufers fehlfalten, haben wir eine Methode entwickelt, um native Proteine in vitro in Amyloidfibrillen umzuwandeln. Dieser Ansatz ermöglicht es, Amyloid in großen Mengen herzustellen, die Eigenschaften von Amyloid zu untersuchen, das aus bestimmten Proteinen erzeugt wird, und die strukturellen Veränderungen zu bewerten, die mit der Umwandlung einhergehen.

Einleitung

Proteine sind die am häufigsten vorkommenden biologischen Makromoleküle, die in allen Zelltypen vorkommen. Sie kommen in einer Vielzahl von Größen, Strukturen und posttranslationalen Modifikationen vor und erfüllen in ihrer nativen Form eine enorme Bandbreite wichtiger biologischer Funktionen. Mehr als zwei Dutzend aberrante Polypeptide wurden mit zahlreichen pathologischen Erkrankungen des Menschen in Verbindung gebracht, wie z. B. Alzheimer, Parkinson und Typ-2-Diabetes1-4. Die terminalen fehlgefalteten Proteine akkumulieren als Amyloidfibrillen die unlöslichen stabilen Aggregate, die extrazellulär oder intrazellulär auftreten.

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Protokoll

1. MES-Puffer vorbereiten

  1. Verwenden Sie MES-Puffer (0,1 M, 2-(N-Morpholino)ethansulfonsäure und 0,9 M NaCl), um sowohl reines Protein-Amyloid als auch stabilisierte lösliche Proteinoligomere herzustellen. Wiegen Sie 1,95 g MES und 5,27 g NaCl. Fügen Sie H2O hinzu und stellen Sie den pH-Wert auf 4,7 ein. Füllen Sie das endgültige Volumen auf 100 ml auf. Bei 4º C bis zu 6 Monate lagern.

2. Nur-Protein-Amyloid direkt aus nativen Proteinen zubereiten

  1. Wiegen Sie das Protein Ihrer Wahl (jedes native Protein oder Peptid) und rekonstituieren Sie es auf 10 mg/ml in MES-Puffer.
  2. Inkubieren Sie bei 65....

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Ergebnisse

Die Fähigkeit, native Proteine direkt in Amyloid umzuwandeln, beruht auf der Konformationsänderung, die bei hoher Temperatur im MES-Puffer erfolgt. Eine Präzipitation in der Lösung ist ein guter Hinweis auf Proteinaggregation und möglicherweise auf Amyloidbildung. Um dagegen lösliche Proteinoligomere zu stabilisieren, wird EDC zur Vernetzung der Proteine verwendet, um die im MES-Puffer induzierte oligomere Konformation festzulegen. Dadurch entstehen stabilisierte Proteinoligomere als multimerische Proteine (Abbil.......

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Diskussion

Das hier beschriebene Verfahren bietet eine schnelle und flexible Möglichkeit, Amyloidfibrillen in vitro aus praktisch jedem Protein oder Peptid der Wahl herzustellen. Mehrere verschiedene Arten von Amyloid können zuverlässig hergestellt werden - reine Proteinfibrillen oder Hybridaggregate, die DNA, RNA oder Glykosaminoglykane enthalten. Die damit verbundenen Verfahren sind einfach, unkompliziert und erfordern keine fortgeschrittene technische Schulung. Das nach dieser Methode hergestellte Amyloid ist recht stab.......

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Offenlegungen

Wir haben nichts offenzulegen.

Danksagungen

Diese Arbeit wird durch Zuschüsse an W.C. vom National Institutes of Health Grant AI074809 und dem University of Texas M. D. Anderson Cancer Center Institutional Research Grant Program unterstützt.

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Materialien

Liste der in diesem Artikel verwendeten Materialien
NameUnternehmenKatalognummerKommentare
2-(N-Morpholino)ethansulfonsäure (MES)Sigma-AldrichM8250
NaClFisherBP358-10
1-ethyl-3-[3-dimethyl-aminopropyl]carbodiimidhydrochlorid (EDC)Thermo/Pierce22980
DNA aus LachsspermaSigmaD1626
RNA aus Torula-HefeSigmaR6625
Heparin aus der Darmschleimhaut des SchweinsSigmaH3149
Tris-BasisFisherBP152-1
Ausrüstung:
WasserbadFisher ScienceIsotemp 210
Slide-A-Lyzer DialysekassetteThermo/Pierce66380

Referenzen

  1. Selkoe, D. J. Folding proteins in fatal ways. Nature. 426, 900-904 (2003).
  2. Schnabel, J. Protein folding: The dark side of proteins. Nature. 464, 828-829 (2010).
  3. Goldberg, A. L.

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Nachdrucke und Genehmigungen

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