Der intrazelluläre pH-Wert ist streng reguliert und es wurden Unterschiede im pH-Wert zwischen dem Zytoplasma und den Organellen berichtet1. Die Regulierung des zellulären pH-Werts ist entscheidend für die homöostatische Kontrolle physiologischer Prozesse, zu denen gehören: Protein-, DNA- und RNA-Synthese, vesikulärer Transport, Zellwachstum und Zellteilung. Veränderungen der zellulären pH-Homöostase können zu nachteiligen funktionellen Veränderungen führen und das Fortschreiten verschiedener Krankheiten fördern2. Für die Messung des intrazellulären pH-Werts stehen verschiedene Methoden zur Verfügung, von denen jedoch nur sehr wenige die gleichzeitige Messung des pH-Werts im Zytoplasma und in Organellen ermöglichen. Hier beschreiben wir detailliert eine schnelle und genaue Methode zur gleichzeitigen Messung des zytoplasmatischen und organellären pH-Werts mittels konfokaler Mikroskopie an lebenden Zellen3. Dieses Ziel wird durch die Verwendung von zwei pH-empfindlichen ratiometrischen Farbstoffen erreicht, die eine selektive zelluläre Kompartimentpartitionierung aufweisen. Zum Beispiel ist SNARF-1 im Zytoplasma kompartimentiert, während HPTS in endosomalen/lysosomalen Organellen kompartimentiert ist. Obwohl HPTS häufig als zytoplasmatischer pH-Indikator verwendet wird, kann dieser Farbstoff nach seiner Aufnahme durch die Pinozytose spezifisch Vesikel entlang des endosomal-lysosomalen Weges markieren3,4. Mit diesen pH-empfindlichen Sonden ist es möglich, den pH-Wert innerhalb des endozytären und zytoplasmatischen Kompartiments gleichzeitig zu messen. Die optimale Anregungswellenlänge von HPTS variiert je nach pH-Wert, während sie für SNARF-1 von der optimalen Emissionswellenlänge abhängt. Nach der Beladung mit SNARF-1 und HPTS werden die Zellen in verschiedenen pH-kalibrierten Lösungen kultiviert, um für jede Sonde eine pH-Standardkurve zu erstellen. Die Zellbildgebung durch konfokale Mikroskopie ermöglicht die Eliminierung von Artefakten und Hintergrundgeräuschen. Aufgrund der spektralen Eigenschaften von HPTS ist diese Sonde besser geeignet für die Messung des leicht sauren endosomalen Kompartiments oder zum Nachweis einer Alkalisierung der endosomen/lysosomalen Organellen. Diese Methode vereinfacht die Datenanalyse, verbessert die Genauigkeit von pH-Messungen und kann verwendet werden, um grundlegende Fragen im Zusammenhang mit der pH-Modulation während der Zellreaktion auf externe Herausforderungen zu beantworten.