Verwendung eines Hochdurchsatz- In-vitro- Mikrofluidik-System auf die mündliche Multi-Spezies-Biofilme entwickeln

Summary

Das Ziel dieser Verfahren ist es, die Papier Verwendung eines mikrofluidischen Systems für die Entwicklung von Mehrarten Biofilmen, die typischerweise bei humanen supragingivale Plaque identifiziert Arten enthalten beschreiben. Methoden, um die Biofilmarchitektur Biofilm Lebensfähigkeit und ein Konzept für die Ernte Biofilm für kulturabhängig oder kulturunabhängige Analysen hervorgehoben zu beschreiben.

Abstract

Es gibt nur wenige Hochdurch in vitro-Systeme, die die Entwicklung von Multi-Spezies in Biofilmen zahlreiche Arten üblicherweise in in vivo oral Biofilmen detektiert enthalten erleichtern. Darüber hinaus ist ein System, das natürliche humane Speichel verwendet als Nährstoffquelle, statt künstlicher Medien, um die Expression von zellulären und Biofilm-spezifische Eigenschaften, die in vivo nachahmen Gemeinschaften unterstützt besonders wünschenswert. Wir beschreiben ein Verfahren für die Entwicklung von Mehrarten oralen Biofilmen, die vergleichbar sind, mit Bezug auf die Artenzusammensetzung, um Zahnbelag supragingivalen, unter ähnlichen Bedingungen wie die menschliche Mundhöhle. Genauer gesagt, wird diese Methoden Artikel beschreiben, wie ein im Handel erhältlicher Mikrofluidsystem kann angepasst werden, um die Entwicklung von Multi-Spezies orale Biofilme abgeleitet erleichtern und innerhalb gepoolt Speichel gezüchtet. Darüber hinaus kann eine Beschreibung, wie das System in Verbindung mit einem confoca verwendet werdenl Laserabtastmikroskop zur 3-D Biofilm Rekonstruktionen für architektonische und Lebensfähigkeit Analysen erzeugen vorgestellt. Angesichts des breiten Vielfalt von Mikroorganismen, die in Biofilmen in der mikrofluidischen Systems (einschließlich Streptococcus, Neisseria, Veillonella, Gemella und Porphyromonas) wachsen, wird ein Protokoll auch beschreiben, wie Sie die Biofilm-Zellen für die weitere Subkultur oder DNA-Extraktion und Analyse Ernte vorgelegt werden. Die Grenzen sowohl der Mikrofluidik Biofilm System und die aktuellen State-of-the-art Datenanalysen angesprochen. Letztlich ist es vorstellbar, dass dieser Artikel eine Basistechnik, die die Untersuchung der oralen Biofilmen verbessern und helfen bei der Entwicklung von weiteren Technologien, die mit dem Mikrofluid-Plattform integriert werden können, bereitzustellen.

Introduction

Biofilme sind architektonisch komplexe Gemeinschaften von Bakterien, die auf Oberflächen ¹ zusammengefasst sind. Diese Gemeinschaften enthalten typischerweise zahlreiche Arten, die miteinander innerhalb des Biofilms ² interagieren. Oral Biofilme, die optisch auffälliger als Zahnbelag, sind ein ständiges Problem bei Menschen und ihre unkontrollierte Entwicklung führt zur Erzeugung von taxonomisch diverse Mehrartengemeinschaften ^3. Die Komponente Bakterien dieser verschiedenen Gemeinden können bis zu 1.000 Mal resistenter gegen Antibiotika als ihre freischwebenden (Plankton) Gegen ^4-6 sein. Die Nichtbeachtung dieser mündlichen Biofilm Gemeinden, die Karies und Parodontitis verursachen können, zu behandeln, hat zu einer erheblichen Belastung der öffentlichen Gesundheit ergeben: mehr als 500 Millionen Besuche in der Zahnarztpraxis pro Jahr in den USA, und ein etwa 108 Milliarden Dollar zur Behandlung oder Vorbeugung von Zahnfleisch Erkrankung und Karies ^7.

Inhalt ">" Während viele Mikrobiologen befürworten Studium mikrobiellen Verhalten unter natürlichen Bedingungen, einige von ihnen tun. Das ist, weil ihre Moral für die Überwindung der Schwierigkeiten wird ständig von den attraktiven einfache Arbeit mit Laborkulturen. "-Smith ⁸ geschwächt.

Derzeit wird oral Biofilm-Forschung mit einer Vielzahl von in vivo und in vitro Ansätzen durchgeführt, benachteiligt jede mit ihren eigenen Vorteile und ^9,10. In-vitro-Ansätze verwenden oft Modell Biofilmsystemen, die relativ einfach zu installieren sind, aber klinische fehlt / realen Welt Relevanz ^10,11. In-vivo-Ansätze bei Tiermodellsysteme, die bestimmte Aspekte der menschlichen Mundraum aufgrund der Unterschiede in Anatomie, Physiologie, Mikrobiologie und Immunologie zwischen Tieren vermehren kann, aber wiederum leiden unter Einschränkungen und Menschen ¹² der Regel ^{verlassen, 13.} Es sollte angemerkt werden, dass die orale Biofilmekann auch auf Email-Oberflächen in einem Stent innerhalb der Mündungen Probanden gehalten entwickelt werden, aber dieser Ansatz ist derzeit relativ aufwendig und arbeitsintensiv, ^14,15. Letztlich werden neue Wirkstoffe und Technologien zur Verbesserung der Gesundheitsversorgung Mund beim Menschen unter kontrollierten klinischen Studie Bedingungen ¹¹ getestet. Derzeit ist eine häufig verwendete Vorgehensweise zur Ermittlung und Bewertung neuer Zahnpflegemittel, zuerst durchführen Laborstudien zur möglichen Wirksamkeit zu erkennen, und führen Sie dann Tierversuche und "Feldversuche", die Ärzte verwenden, um den Erfolg der Technologie ^{9 auszuwerten, 16,17.} Leider neigen Laborstudien an Modellsystemen, die einen großen Platzbedarf besetzen verlassen, sind technologisch anspruchsvolle zu bedienen, und enthalten oft vereinfacht Gemeinden eine oder höchstens einige wenige Arten, potenzielle reale Bedeutung ^10,18 abzuleiten. Da Zahnbelag Biofilmen enthalten mehrere Arten und Form in einem komplEx fließt Speichelmilieu, die Entwicklung von Biofilmen, die man selbst oder einige Arten in künstlichen Medien ist unwahrscheinlich, dass Gemeinden, die in einer ähnlichen Weise wie in einem realen Szenario ^10,19 verhalten zu generieren. Um die Zeit, Kosten, Ausbildungsanforderungen, und die Armen Repräsentativität der Labormodell Biofilmsystemen im Vergleich zur realen Umgebung anzusprechen, haben wir vor kurzem eine Hochdurchsatz und umwelt Germane Biofilmsystem ²⁰ (Abbildung 1). Diese Systeme profitieren von der Verwendung von zellfreien gepoolten menschlichen Speichel (CFS) als Medium und unbehandeltem menschlichem Mischbakterienzellen enthaltenden Speichel (CCS) als Inokulum. Einzigartig ist, verbindet das System auch Mikrofluidik-Technologie, einem konfokalen Laser Scanning Mikroskop und kulturunabhängige bakterielle Vielfalt Analysetechnik. Somit ist die Modellsystem umwelt Germane (mit Speichel als ein Inokulum zum Multispezies Biofilme bei 37 wachsen ° C in filtersterilisiert fließtSpeichel) und die orale Biofilme enthalten Arten (einschließlich Streptococcus, Neisseria, Veillonella und Porphyromonas-Spezies) in Häufigkeiten, die den in frühen supragingivale Plaque ²⁰ gefunden.

Wenn man bedenkt, dass diese Arbeit beschreibt den Einsatz des neu entwickelten Modellsystem, muss besonderes Augenmerk auf die Zusammenlegung der konfokalen Laser-Scanning-Mikroskop (CLSM) Mikrofluidik und kulturunabhängige Vielfalt Analysetechnologien geben. Die Vereinigung dieser Technologien von unserer Arbeitsgruppe beabsichtigt war und nicht nur fügt eine Hochdurchsatzfähigkeit des neu entwickelten Modellsystem, sondern erlaubt auch die Fragen, die gestellt werden, die nicht leicht adressiert werden, bevor mit anderen Systemen werden. Erstens hat CLSM deutliche Vorteile gegenüber traditionellen Mikroskopie, wie es für die dreidimensionale Analyse von Biofilmen. Oft unbeachtet, dies ist äußerst wichtig, da Biofilme heterogene Witzh bezüglich Artenzusammensetzung und räumliche Lage sowie die physiologischen Bedingungen an unterschiedlichen räumlichen Stellen innerhalb des Biofilms ^6,21 auferlegt. Zusammen mit dreidimensionalen Rendering-Software und Bildanalyse-Software, die Biofilmarchitektur räumlichen Beziehungen zwischen Komponentenarten, und das Ausmaß der antimikrobiellen Abtötung analysiert ^22-24 werden. Solche Fähigkeiten sind nicht mit Standard-Durchlicht oder Epifluoreszenzmikroskopie. Weiter hat Mikrofluidik insbesondere Aufmerksamkeit erregt auf dem Gebiet der Mikrobiologie es ermöglicht die Untersuchung von Biofilmen unter sorgfältig kontrollierten Bedingungen (Durchfluss, Temperatur, pH, etc.) und erfordert nur kleine Flüssigkeitsvolumina ^25-27. Als Vergleichspunkt, Aufwachsen einer oralen Biofilm im menschlichen Speichel innerhalb einer Durchflußzelle Modellsystem (ein System, die wohl als die Hauptstütze Modell für viele oral Biofilm Studien wird) für 20 h bei einer ähnlichen Strömungsrate und Scher wie diejenige erreichtin einem mikrofluidischen System erfordert mindestens 200 ml, im Gegensatz zu 800 & mgr; l in der mikrofluidischen Vorrichtung ^28-31. Auf diese Weise ermöglicht ein Mikrofluidik-Modell Biofilmsystem das Studium der Menge begrenzte Material unter definierten Bedingungen. Schließlich hat Pyrosequenzierungstechnologie im letzten Jahrzehnt optimiert, dass nur geringe Mengen an Material erfordern, um eine Gemeinschaft Analyse durchzuführen, und ist vielseitig genug, um Tiefe von der Ablaufsteuerung, um die Identität auch seltene Biofilmspezies erhalten. Der Einsatz dieser Technologie, wie bakterielle Tag-kodierte FLX Amplikon Pyrosequenzierung (bTEFAP) hat für relevante Fragen der Ökologie von Biofilmen dürfen angesprochen ^32,33 werden. Solche Fragen durchdrungen Schwierigkeiten in der Vergangenheit, wenn Pyrosequenzierung war nicht verfügbar, da der benötigten Zeit und Plasmid-Bibliotheken und die komplexen technischen und Analyseschritte erforderlich, um Daten abzuleiten ^33,34 verursachten Kosten. Natürlich ist ein großer Vorteil, mit kulturunabhängige apAnsätze, wie Pyrosequenzierung, ist, dass die Bakterienspezies, die nicht isoliert innerhalb der üblichen Labormedien (dh lebensfähigen, aber nicht-kultivierbaren Arten) gezüchtet werden können, können gezüchtet und identifiziert innerhalb der Modellsystem und ihre relative Häufigkeit in der Community quantitativ ^{35, 36} . Um Sicht bereits 1963 hinzufügen schätzte die späten Sigmund Socransky dass etwa 50% der Bakterien im Material von der menschlichen Mund Sulkus isoliert nicht mit Laborwachstumsbedingungen ³⁷ kultiviert werden.

Das Ziel dieser Arbeit ist es, Methoden Beschreibung des Ansatzes zur oralen Multi-Spezies-Biofilmen in einem handelsüblichen Mikrofluid (BIOFLUX) Systems unter sich bilden: (i) Bedingungen repräsentativ für die menschliche Mundhöhle und (ii) mit einem Artenzusammensetzung und Fülle, ist vergleichbar mit supragingivale Plaque. Darüber hinaus verwenden sowohl Freeware und kommerzielle Software, markieren wir, wie Grund BiofilmArchitektur Maßnahmen von CLSM Daten abgeleitet werden, wobei der Schwerpunkt auf Ansätze zur Biofilm Biomasse, Rauheit, und Lebensfähigkeit zu quantifizieren (basierend auf Live / Dead-Färbung). Schließlich werden die erforderlich ist, um Biofilm Material für Vielfalt Analyse bTEFAP ernten Schritten beschrieben.

Protocol

Die hier beschriebene Speichelentnahme Protokoll wurde von der University of Michigan Institutional Review Board für Menschenversuch überprüft.
HINWEIS: Im Hinblick auf die institutionelle Bewertungen für menschliche Subjekt der Arbeit dieser Art sollten nach vorheriger Vereinbarung und Berechtigungen von der Gasthochschule sammelte werden. Insbesondere in Abhängigkeit von der Institution, IRB oder Ethik Genehmigung Möglicherweise müssen gesucht und genehmigt werden, bevor Speichelentnahme aus Freiwilligen fortfahren. Als Hilfe für die Antragstellung, kann eine nützliche NIH-Algorithmus / Grafik hier: http://grants1.nih.gov/grants/policy/hs/PrivateInfoOrBioSpecimensDecisionChart.pdf

1. Vorbereitung der Pooled Speichel für die Verwendung als umwelt Germane Wachstumsmedium

1. Rekrutieren> 5 Personen für Speichel Spende. Keine identifizierenden Informationen Nehmen Sie nicht, sicherzustellen, dass keine individuals wird Speichel spenden, wenn sie krank sind, oder haben orale Antibiotika in den letzten 3 Monaten getroffen haben oder Nahrung oder Flüssigkeit verbraucht wird, mit Ausnahme von Wasser, in der vorhergehenden 2 Stunden vor der Spende.
2. Sammeln Speichel in 50 ml Kunststoffröhrchen. Bündeln die gesammelten Speichel in einen Kunststoffbecher, halten sie auf Eis. Verwenden Sie keine Glas als Polymere im Speichel wird auf die inneren Glasoberflächen haften.
3. Fügen Dithiothreitol (DTT) bis zu einer Endkonzentration von 2,5 mM aus einer 100-fach Lager. (Auf in Einweg-Aliquots bei -20 froren ° C). Rühre 10 Minuten in einem Kunststoffbecher auf Eis.
4. Um Partikel zu entfernen, Zentrifuge die gepoolte Speichel für 30 min bei 17.500 x g.
5. Verdünne den Speichel mit 3 Volumina dH ₂ O auf ein Viertel eingeengt Speichel zu ergeben.
6. Filter-sterilisiert Speichel mit 0,22 um Polyethersulfon (PES), geringe Proteinbindung Filter. Verwenden Sie Filter mit großer Oberfläche, oder verwenden Sie mehrere Filter mit kleinen Flächen. Halten Speichel in einKunststoffbehälter auf Eis und filtert.
7. Frieren Sie das gepoolte Speichel bei -80   ° C in 50 ml Plastikröhrchen, bis sie benötigt, um Bakterien wachsen. Jeder Kunststoffrohr ist nur für eine Verwendung und sollte nicht mehr als 35 ml enthalten, da jeder Mikrofluidik und kann maximal 1,2 ml (1,2 ml x 24 Wells = 28,8 ml) und Raum wird in jedem Röhrchen benötigt als Speichel beim Gefrieren ausdehnt.
8. Für den Einsatz, Tauwetter die gepoolten Speichel bei Raumtemperatur. Einmal aufgetaut, Filter-Sterilisierung wieder (0,22 um Polyethersulfon, geringe Proteinbindung Filter, um alle Niederschläge zu entfernen).

2. Herstellung der Pooled Speichel für die Verwendung als Inokulum

1. Rekrutieren> 5 Personen für Speichel Spende. Keine identifizierenden Informationen Nehmen Sie nicht, sicherzustellen, dass keine Personen werden Speichel spenden, wenn sie krank sind, haben orale Antibiotika in den letzten 3 Monaten in den letzten 2 Stunden vor der Spende entnommen oder haben Nahrung oder Flüssigkeit verbraucht wird, mit Ausnahme von Wasser,. Sammeln samples über 30 min.
2. Sammeln Sie Speichel in 50 ml Plastikröhrchen bei Raumtemperatur und bündeln die gesammelten Speichel in einen Kunststoffbecher bei Raumtemperatur.
3. Verdünnen gepoolte Speichel mit autoklaviertem allgemeinen Reagenzqualität Glycerin, eine Aktie mit einem letzten Quote von 25% Glycerin, 75% zellhaltigen Speichel [CCS] ergeben.
4. Gefriert Speichel bei -80 ° C in 3 ml Einweg Aliquoten bis benötigt.
5. Wenn erforderlich, um die Mikrofluidsystem zu inokulieren werden Aliquots bei Raumtemperatur, bevor es in dem Mikrofluidsystem, wie in Schritt 3 des Protokolls unten beschrieben pipettiert taut und vorsichtig auf einem Vortexer für 5 s geschüttelt.

3. Wachstum von Oral Multi-Spezies-Biofilme

1. CFS Vorbehandlungs
   1. Erste Schicht die BIOFLUX mikrofluidischen Kanälen mit CFS. 100 l CFS zu jeder Steckdose gut. Mit dem BIOFLUX Steuerungssoftware, wählen Sie "Manuell" und stellen Sie Flow aus Kanälen "B1-B24" that zu verwenden.
   2. Als nächstes setzen Scher bis 1,0 dyn / cm² und starten Fluss für 2 min bei Raumtemperatur, um eine homogene Verteilung der CFS gesamten Kanal zu gewährleisten. Sorgen Sie für eine Flüssigkeit in jedem Eingangskanal, um zu überprüfen, dass CFS floss durch alle Kanäle gleichmäßig.
   3. Inkubieren Platte bei Raumtemperatur für 20 min.
   4. Entfernen Sie den CFS / Vorbehandlung Lösung, die in den Austrittsbohrungen bleibt und Transfer zu den Einlassbohrungen. Das Gesamtvolumen von 100 ul wird dazu dienen, gegen die Druckwaage mit dem Inokulum aus dem Auslaß angewendet.
2. Impfung
   1. Zu jeder Steckdose gut, fügen Sie 100 ul der CCS-Impfstoff. Setzen Sie den mikrofluidischen Platte auf der Wärmeplatte (Temperatur auf 37 ° C eingestellt ist), wählen Sie Anleitung in der Steuerungssoftware und stellen Sie Flow aus der Steckdose Brunnen zu den Einlassbohrungen (reverse) bei 1,0 dyn / cm² für genau 6 Sek.
   2. Inkubieren der mikrofluidischen Platte bei 37 ° C für 40 min, damitfür die anfängliche Haftfähigkeit und das Wachstum der Bakterien in dem Inokulum.
3. Übernachtung Wachstum
   1. Für die inokulierten Kanäle verwendet absaugen Abfall Inokulum aus jeder der Austrittsbohrungen. Sie können bis zu 1 ml Gesamtvolumen von CFS in jede der Einlaßbohrungen (kann auf der Oberseite des vorhandenen CFS durchgeführt werden).
   2. Inkubieren Sie die Mikrofluid-Platte bei 37 ° C, wählen Sie die manuelle und setzen das Programm bei 0,2 dyn / cm² für 20 Stunden laufen.
4. Stain Vorwäsche
   1. Aspirieren von Fluid aus der Eintritts- und Austrittsbohrungen und mit 100 ul PBS (pH 7,4) zu jeder der Einlassbohrungen. Durchfluss für 20 min bei 0,2 dyn / cm².
5. Stain Mischung zusätzlich
   1. Für die Lebensfähigkeit der Zellen Färbung machen 100 ul Flecken Mischung für jeden Kanal, gefärbt werden. Insbesondere hinzufügen 3 ul SYTO 9 und 3 ul Propidiumiodid pro ml PBS mit kommerziellen Lebensfähigkeit der Zellen Färbekit wie Live / Dead. Dies erzeugteine Färbelösung, enthaltend 10 uM SYTO 9 und 60 & mgr; M Propidiumiodid.
   2. Saugt den verbleibenden PBS von den Eintrittsbohrungen und dann mit 100 ul der Zelllebensfähigkeit Flecken Mischung auf jedes Einlaß gut. Soll bei 0,2 dyn / cm ² von der Einlassfluss und führen Sie die Lösung für 45 Minuten bei Raumtemperatur Steckdose.
6. Post-Färbung Wasch
   1. Saugt den restlichen Flecken in jeder der Einlaßbohrungen und mit 100 ul PBS in jedes Einlaß gut. Soll bei 0,2 dyn / cm² von Einlassstrom und starten Sie das PBS-Lösung für 20 Minuten bei Raumtemperatur Steckdose, um überschüssiges Fleck zu entfernen.

4. Bildsammlung, 3D-Rendering, und Bildanalyse

1. Verwenden Sie ein umgekehrtes konfokalen Laser-Scanning-Mikroskop (CLSM) zur Bild Biofilm Daten aus dem mikrofluidischen System zu sammeln. Stellen Sie sicher, dass die CLSM der Lage ist, das Gewicht des BIOFLUX Platte, die 150 g erreichen können, zu widerstehen.
   HINWEIS: Angesichts der Groschennsions der mikrofluidischen Kanälen, die Notwendigkeit einer Sensibilität für Biofilm-Struktur zu erkennen, und die Anforderungen zu erkennen Fluoreszenzsignal von unterschiedlicher Intensität, passen die CLSM mit einer 40X 1,25 NA Objektiv oder eine ähnliche optische Qualität, Vergrößerung und numerische Apertur.
2. Vereinheitlichung der Emissionserfassung Tore mit Verstärkungs- und Offset-Messungen konstant gehalten wird. Stellen Sie sicher, dass die Laserleistung 25% nicht überschreiten, da dies zu Fotobleichen führen.
3. Konvertieren CLSM-Dateien aus dem L eica Ich mage F ile Typ (LIF) zu OME (O pen M icroscopy E nvironment) Dateityp. Dies ermöglicht eine größere Leichtigkeit des Zugangs und Kompatibilität zwischen Softwareprogramme. Verwenden Sie handelsübliche Software wie Imaris, Dateien auf diese Art umzuwandeln.

3D-Rendering für Bilder / Abbildungen

4. Einmal auf OME-Format konvertiert, eine handelsübliche Software wie Imaris um die Bilder machenin 3D. Führen Sie dies durch eine Kombination von "Easy3D" und "übertreffen" Optionen.
   HINWEIS: Die Liebe zum Hintergrundsignal und Schwellen sollte vorgenommen werden. Die Histogramm-Funktion in Imaris kann die Sammlung Bereich zu erhalten, und dies sollte konstant gehalten zwischen den Bildern, die analysiert werden.
5. Bilder mit der Funktion "Momentaufnahme" zu sparen und sich sorgfältig überlegen, Bildauflösung vor dem Speichern Dateitypen.
6. Montieren Sie Bilder in Zahlen mit Bildbearbeitungssoftware wie Corel Draw oder Adobe Illustrator.

3D-Bildanalyse für Grafiken und Tabellen

7. Nutzen Sie kostenlos verfügbare ImageJ ²³ und COMSTAT / COMSTAT2 ³⁸ für die Bildanalyse. Laden Sie die Pakete von http://rsb.info.nih.gov/ij/ und http://comstat.dk/ auf. Haben die letzte Java-Update installiert.
   HINWEIS: Die Software-Plattform Java muss installiert werden Prior die Verwendung der Bildanalyse-Software.
   1. Verwenden Sie die ImageJ Software mit COMSTAT2 Plugin, um die OME-Dateien für jedes Bild in Biofilm "Hyperstack" -Modus und Ausblick mit "aufgeteilt Kanäle" zu importieren.
   2. Individuell analysieren die beiden Kanäle (rot / Propidiumiodid / tot Befinden Kanal 0, grün / SYTO-9 / LIVE-Sein Kanal 1) mit dem "Histogramm" Funktion der ImageJ. Diese Funktion führt die Gesamtzahl der Pixel von 8-Bit-OME Dateien (als "count" dargestellt) an jeder der Farbintensität von 0 bis 255 (als "Wert" gezeigt), wobei 0 die Pixel ohne Signal (Hintergrund) und 255 Befinden Pixel mit kompletten Signalsättigung.
   3. Exportieren Sie die Daten in eine Tabellenkalkulation und zu standardisieren, alle Signalwerte durch Gewichtung der einzelnen Pixel durch die entsprechende Signalintensität. Dies wird durch Multiplizieren der Gesamtzahl bei einer gegebenen Signalintensität durch den numerischen Wert von 8 Bit (0-255) der genannten Signalintensität durchgeführt wird.
   4. Zusammenfassend alle gewichteten Werte, von 0 bis 255, für beide Kanäle für jeden Biofilm Bild aufgenommen. Nehmen Sie die Summe der gewichteten Werte für beide Kanäle, um die prozentuale Gesamtsignal aus einem der Kanäle zu bestimmen. Tun dies, um das relative Verhältnis oder Prozent roten und Prozent grünes Signal (dh den Prozentsatz "tot" und die prozentuale "LIVE" für jede Behandlung) zu bestimmen.
   5. Statistische Analysen durchführen, beispielsweise mit zweiseitigen Student-T-Test für ungleiche Varianz modifiziert. Werte von p <0,05 werden als signifikant und die Werte von p <0,01 sind als sehr wichtig.

5. Ernten Biofilm-Zellen für die Kultur-unabhängige Analyse

1. Entfernen Sie alle verbracht und unbenutzt Speichel von Ein- und Auslaufbrunnen. Mit 1 ml sterilem destilliertem Wasser dreimal Waschen Sie die Vertiefungen.
2. 100 l sterilem destilliertem Wasser zu den Einlassbohrungen und mit Hilfe des Software-Steuerschnittstelle, übergeben diesteriles destilliertes Wasser nach vorne durch die Kanäle auf> 8,0 dyn / cm ² (Durchfluss> 745 & mgr; l / h, Scherung von 800 s ^-1) für mindestens 5 min. Wiederholen in umgekehrter Richtung für mindestens 5 min und wiederholen Sie die Forward- und Reverse Waschschritt Prozess.
3. Prüfen Sie durch Licht oder durch Epifluoreszenzmikroskopie (wenn Zellen wurden gefärbt / beschriftet) zur gründlichen Biofilmentfernung (Abbildung 2). Sammeln Sie die 100 ul Zellsuspension und bei -80 ° C für die kulturunabhängige Analyse. Eine kostengünstige Analyse von Community-Zusammensetzung kann durch Verwendung bakterieller Tag-kodierte FLX Amplikon Pyrosequenzierung (bTEFAP) mit Hilfe der in Nance et al Ansatz erreicht werden. ²⁰

Results

3D-Rendering von Biofilmen

Repräsentative Ergebnisse sind in 3 gezeigt. Ein nützliches Werkzeug in Imaris Software ist die Möglichkeit, jede Scheibe des gesammelten Biofilm Stapel zu untersuchen und zu kombinieren, um dreidimensionale Rekonstruktionen zu erstellen. Zusätzlich können künstliche Abschattungseffekte hinzugefügt werden visuell zur Interpretation dreidimensionalen Strukturen. Die erbrachten Biofilmen kann in jede Richtung mit unterschied...

Discussion

Diese Methodenpapier hebt die grundlegenden Schritte zur Einrichtung erforderlich und führen Sie ein Mikrofluidsystem in einer Weise, die für die Entwicklung von oralen Multi-Spezies-Biofilme aus gepoolten menschlichen Speichel abgeleitet und in filtersterilisiert 25% gepoolten menschlichen Speichel wachsen lassen. Ansätze, um den Biofilm zu charakterisieren sind, gegeben, aber es sollte daran erinnert werden, dass diese beschriebenen Ansätze modifizierbar sind und zusätzliche Technologien, wie beispielsweise Flecken od...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Falcon 50 ml konische Zentrifugenröhrchen	Fisher Scientific	14-432-22
Falcon 15 ml konische Zentrifugenröhrchen	Fisher Scientific	14-959-49D
Dithiothreitol (weiße Kristalle oder Pulver/Elektrophorese), Fisher BioReagents	Fisher Scientific	BP172-5
Sorval Ultrazentrifuge (SS-34 kompatibel)	Thermoscientific	Einheitsabhängig
Thermo Scientific SS-34 Rotor	Thermoscientific	28-020
Thermo Scientific Typ 1 Deionisiertes Wasser in Reagenzqualität	Thermo  Scientific Inc	23-290-065
Nalgene Schnellstromfiltereinheiten und Flaschenaufsatzfilter, PES-Membran, steril.	VWR	73520-986
Glycerol	Thermo Fisher Scientific Inc	NC0542269
BioFlux Mikrofluidik-System	Fluxion	Bioflux 200 System
Bioflux 24-Kanal-Platte	Fluxion	910-0004
PBS (Gibco)	Thermo Fisher Scientific Inc	10010023
DEAD Färbung (Invitrogen)	Invitrogen	L7012
Konfokales Laser-Scanning-Mikroskop	Lecia	SPE oder gleichwertiges System
Epifluoreszenzmikroskop	Mehrere Auswahlmöglichkeiten	Mehrfachauswahl
Pyrosequenziereinrichtungen	Mehrfachauswahl	Mehrfachauswahl
Decon SaniHol 70 Ethanol Solution	Fisher Scientific	04-355-122
Ultratiefkühlschrank -80  ° C	Mehrfachauswahl	Mehrfachauswahl
Tipps (20, 200 und 1.000  μ l)	Mehrfachauswahl	Mehrfachauswahl
Einkanal-Pipettierer mit variablem Volumen (20, 200, 1.000 μ l)	Mehrfachauswahl	Mehrfachauswahl<
Bioflux dedizierte Software	Bioflux
Imaris	Bitplane
Leica SPE	Leica
ImageJ	Freeware (http://imagej.nih.gov/ij/)
COMSTAT/COMSTAT 2	Freeware (http://www.comstat.dk/)