Das grundlegende Protokoll hier beschriebenen auf pathogenen E. Colioptimiert und wurde erfolgreich angepasst für andere Bakterienarten, einschließlich Salmonella Enterica und Vibrio Cholerae. Für einige Arten, die nicht nach Bad eintauchen, einschließlich einige Salmonella Enterica Stämme und einige Anaerobier Zebrafisch Darm besiedeln kann lebensmittelbedingte Infektion wie hier beschrieben verwendet werden, Kolonialisierung erfolgreich zu etablieren. Im Vergleich zu Microgavage, die auch verwendet, um hohe bakterielle Belastungen im Larvenstadium Darmtrakt zu etablieren, lebensmittelbedingte Infektion ist technisch weniger anspruchsvoll und erfordert weniger spezialisierte Geräte. Jedoch sollten kritische Parameter für die bakterielle Arten und Stämme zu verwendenden optimiert werden. Zu diesen Faktoren gehören Bakterien- und Paramecium Dichte für die Bakterien-Paramecium Kokultur Schritt: Wenn bakterielle Zahlen innerhalb von Pantoffeltierchen niedrig sind, könnte dies durch Erhöhung der bakterielle Dichte in der Kokultur Schritt verbessert werden. Einige Bakterienarten beschädigen das Paramecium Host, und dies sollte von Mikroskopie bewertet werden.
Ein weiterer wichtiger Faktor in diesem Protokoll ist Beutefang von Zebrafisch. Die Jagd Rate wie hier beschrieben auf der Annahme basiert, dass jede Beutefang Ergebnisse in der Einnahme von einem Paramecium Streik. Hohe Dichten von Pantoffeltierchen pro Fisch werden im Protokoll zur hohen Jagd Preise sorgen. Jedoch Beutefang ist abhängig von der Dichte der Pantoffeltierchen im System, und in sehr verdünnter Paramecium Kulturen, möglicherweise Jagd Preise so niedrig wie Pantoffeltierchen 13-15 pro Stunde21,22. Eine Einschränkung ist, dass Beute Datenerfassungsraten sind auch stark abhängig von Lichtverhältnissen und in der Dunkelheit, Datenerfassungsraten sind 80 % niedriger als bei Lichtverhältnissen21 und dies sollte beim Einrichten von Experimenten berücksichtigt werden. Wenn Belichtungszeiten um Beute erweitert werden, um die Besiedlung zu optimieren, hat Betrachtung gegeben zu sekundäre Exposition gegenüber Bakterien durch Kot. Unter den Bedingungen beschriebenen – 2 h der Beute Exposition – ist diese Ausstellung zu vernachlässigen, da Darm Passage von Bakterien mehr als 1 h ist und die Konzentration von Bakterien im Fahrzeug viel höher als im Kot ist. Wenn Beute Belichtungszeit deutlich erhöht wird, kann jedoch ein wichtiger Faktor geworden.
Angemessene Kontrollen sollten in diesem Protokoll einschließlich der Besiedlung der Zebrafisch nach Fütterung mit Pantoffeltierchen, enthält nicht-pathogenen E. Coli enthalten MG1655. Wenn mehrere Bakterienstämme für ihre Fähigkeit, den Zebrafisch-Host zu kolonisieren verglichen werden, ist es wichtig zu prüfen, ob ihre Halbwertszeit im Pantoffeltierchen vergleichbar ist. Bakterielle Mutationen, Kompromisse bei der Zellwand Integrität oder Acid sensing, einschließlich können bakterielle Stabilität innerhalb Pantoffeltierchen beeinträchtigen. In solchen Fällen hat die Zebrafisch Fütterung entfallen die Unterschiede in der Dosierung angepasst werden.
Das hier beschriebene Protokoll kann verwendet werden, um bakterielle Besiedlung und seine Folgen, namentlich durch bildgebende bakteriellen Besiedelung der Zebrafisch, wie oben beschrieben, sowie die Bestimmung KBE pro Zebrafisch von Gewebe Homogenat3, zu untersuchen oder Infektion-assoziierten Morbidität und Mortalität untersucht. Im Idealfall sollte für bakterielle Visualisierung Bakterienstämme, die mit dem Ausdruck fluoreszierende Proteine wie mCherry oder rot fluoreszierenden Proteins (RFP) verwendet werden. Dies ermöglicht die Visualisierung der wachsenden Bakterienpopulationen. Wenn der Bakterienstamm nicht genetisch gefügig ist oder die Verwendung von fluoreszierenden Protein-Expression ist aus anderen Gründen ausgeschlossen, können Bakterien mit einem fluoreszierenden Farbstoff, wie FM 4-64FX, vor der Zusammenarbeit mit Pantoffeltierchen Kultur gefärbt. Bei dem beschriebenen Protokoll hier Kokultur mit Pantoffeltierchen verringert nicht die Helligkeit des Farbstoffs und gefärbte Bakterien sind deutlich sichtbar im Zebrafisch Darm. Der Farbstoff wird jedoch im Laufe der Zeit verdünnt werden, bedeutende bakterielle Vermehrung innerhalb des Zebrafisch-Hosts auftreten sollte. In beiden Fällen sind rot fluoreszierenden Bakterien über grün-fluoreszierende Bakterien, vorzuziehen, da Gewebe Autofluoreszenz im grünen als im roten Kanal höher sein kann.
Es hat sich herausgestellt, dass dieses Protokoll für angepasst werden kann aerobe und mikroaerophil Bakterienarten. Es sind möglicherweise Anpassung für die Fütterung von Sporen und Pilzarten, obwohl dies noch zu experimentell getestet werden.