Hier wird ein Protokoll zur Untersuchung der Pharmakodynamik, des Stammzellpotenzials und der Krebsdifferenzierung in Prostataepithelialorganoiden vorgestellt. Prostata-Organoide sind Androgen-responsive, dreidimensionale (3D) Kulturen in einem definierten Medium gewachsen, die dem Prostataepithel ähnelt. Prostata-Organoide können aus Wildtyp- und gentechnisch veränderten Mausmodellen, gutartigem menschlichem Gewebe und fortgeschrittenem Prostatakrebs hergestellt werden. Wichtig ist, dass von Patienten abgeleitete Organoide Tumoren in der Genetik und in vivo Tumorbiologie sehr ähnlich sind. Darüber hinaus können Organoide mit CRISPR/Cas9- und shRNA-Systemen genetisch manipuliert werden. Diese kontrollierte Genetik macht die Organoidkultur als Plattform attraktiv, um die Auswirkungen von Genotypen und Mutationsprofilen auf pharmakologische Reaktionen schnell zu testen. Experimentelle Protokolle müssen jedoch speziell an die 3D-Natur von organoiden Kulturen angepasst werden, um reproduzierbare Ergebnisse zu erzielen. Beschrieben sind detaillierte Protokolle für die Durchführung von Seeding-Assays, um die Organoidbildungsfähigkeit zu bestimmen. Anschließend zeigt dieser Bericht, wie medikamentöse Behandlungen durchgeführt und pharmakologische Reaktionen durch Durchführbarkeitsmessungen, Proteinisolation und RNA-Isolation analysiert werden können. Schließlich beschreibt das Protokoll, wie Organoide für Xenografting und nachfolgende In-vivo-Wachstumstests mit subkutaner Transplantation vorbereitet werden. Diese Protokolle liefern hochreproduzierbare Daten und sind weithin auf 3D-Kultursysteme anwendbar.