Alle in diesem Protokoll beschriebenen Arbeiten wurden mit zuvor etablierten murinen Organoiden und patientenabgeleiteten Organoiden durchgeführt. Alle tierischen Arbeiten wurden in Übereinstimmung mit den Richtlinien des Research Animal Resource Center des Memorial Sloan Kettering Cancer Center (IACUC: 06-07-012) durchgeführt. Alle patientenabgeleiteten Gewebe wurden in Übereinstimmung mit den Regeln und Vorschriften des Memorial Sloan Kettering Cancer Center (IRB: 12001) gesammelt.
1. Mittel- und Puffervorbereitung
- Vor Beginn des Experiments die Kellermembranmatrix (z.B. Matrigel) bei 4 °C über Nacht auftauen. Halten Sie es während des Gebrauchs auf Eis.
- Kulturplatten vor Experimenten für 24 h bei 37 °C platzieren. Dies wird der Kellermembran-Matrixkuppel (im Folgenden als Matrixkuppel bezeichnet) helfen, polymerisieren zu können. Die Beschichtung von Organoiden wird in Schritt 2.1.2 beschrieben.
- Bereiten Sie das organoide Medium gemäß dem etablierten Protokoll5vor.
- Bereiten Sie das organoide Medium ohne Zugabe eines epidermalen Wachstumsfaktors vor (EGF; siehe Tabelle der Materialien für Komponenten). EGF unterdrückt die AR-Transkriptionsausgabe und verleiht Anti-Androgen-Resistenz5.
- Bereiten Sie Dulbeccos Modified Eagle Medium (DMEM) mit 10% fetalem Rinderserum (FBS) vor.
HINWEIS: Dieses Medium wird verwendet, um die enzymatische Verdauung mit Trypsin-Ersatz in abschnitt2-4 zu hemmen.
- Bereiten Sie Arzneimittellösungen gemäß dem Herstellerprotokoll vor. Für Enzalutamid/mdv3100 (im Folgenden als Antiandrogen der zweiten Generation bezeichnet) wird eine Stammlösung von 100 M in Dimethylsulfoxid (DMSO) zubereitet. Der Vorrat kann bis zu 6 Monate bei -20 °C gelagert werden und muss nicht frisch gemacht werden.
2. Isolierung, enzymatische Verdauung und Etablierung von Organoiden
- Isolieren Sie Prostata-Organoide aus Maus oder menschlichem Gewebe nach den zuvor festgelegten Protokollen5,7. Eine kurze Beschreibung finden Sie unten.
- Mince und enzymatisch verdauen Prostatagewebe, um eine einzellige Suspension zu produzieren. In diesem Experiment wurde 1 ml von 5 mg/ml Kollagenase Typ II in ADMEM/F12 zur Verdauung von 50 mg Prostatagewebe verwendet.
- Sammeln Sie Zellen durch Zentrifugation bei 300 x g für 5 min, zählen Sie die Zellen, setzen Sie sie in der Kellermembranmatrix wieder auf und Platten mit der entsprechenden Dichte5,7 in den Matrixkuppeln auf vorgewärmten organoiden Kulturplatten (Plating Methode ist in Abbildung 1Adargestellt.
- Lassen Sie die Kuppeln verfestigen und fügen Sie Medien auf die Oberseiten der Kuppeln, so dass sie vollständig abgedeckt sind.
- Wachsen Sie Organoide auf die gewünschte Menge für nachgeschaltete Anwendungen. Die Zellennummer kann durch Standardzählmethoden bestimmt werden. Weitere Informationen zur Dichte finden Sie im anwendungsspezifischen Abschnitt des Protokolls.
- Mit einer P1000 Pipette, ziehen Sie das Medium und Pipette nach oben und unten zu stören. Wenn die Kellermembranmatrix vollständig gestört ist, übertragen Sie die Suspension in ein 15 ml konisches Rohr. Platzieren Sie nicht mehr als 10 Kuppeln pro einzelnem 15 ml konischen Rohr. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
- Ziehen Sie den Überstand ab und waschen Sie das Zellpellet mit 5 ml PBS. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
- Ziehen Sie den Überstand ab und setzen Sie das Pellet in 4 ml Trypsin-Ersatz wieder auf. 5-10 min mit Schütteln bei 37 °C verdauen. Fügen Sie ein gleiches Volumen organoiden Medium + 10% FBS, um den Trypsin-Ersatz zu hemmen. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
- Ziehen Sie den Überstand ab und setzen Sie ihn in 1 ml PBS wieder auf.
- Filtern Sie die Suspension mit einem 40-mm-Filter, um eine Einzelzellensuspension zu gewährleisten. Quantifizieren Sie die Zellennummer mit einem Hämozytometer oder einem gleichwertigen Zählgerät.
HINWEIS: Wenn es schwierig ist, lebensfähige Einzelzellen zu erhalten, verwenden Sie die Durchflusssortierung, um eine Einzelzellenlösung zu erhalten.
3. Beurteilung der Organoidbildungskapazität
HINWEIS: Um den Prozentsatz der Zellen zu bestimmen, die ein Organoid erzeugen können, kann ein Seeding-Assay als Proxy für das Stamm-/Vorläuferpotential durchgeführt werden. Die Organoidbildungskapazität ist auch wichtig für die Definition einer Zellsäzahl für die Lebensfähigkeits-Assays.
- Verdünnen Sie die in Schritt 2,7 bis 100 Zellen pro 10 l der Suspension erhaltene Zellsuspension mit organoiden Mitteln, die 10 M Rho-Kinase-Inhibitor Y-27632 enthalten.
- Übertragen Sie 1.100 Zellen (110 L Suspension) in ein neues konisches Rohr.
- Fügen Sie 285 L Kellermembranmatrix hinzu und suspendieren Sie die Zellen. Dies führt zu einer Matrixkonzentration von 70 %.
HINWEIS: Die Verdünnung der Kellermembranmatrix während der Aussaat reduziert die Streuung der Kuppelgröße, die durch die Viskosität der Proteinmatrix verursacht wird, erheblich.
- Samenzellen in 35 L Matrixkuppeln in einer vorgewärmten 24-Well-Platte, was zu 200 Zellen/Well führt. Platte 3-5 repliziert pro Probe (siehe auch Beschichtungsmethode in Abbildung 1A und Schritt 2.1.2).
- Um sicherzustellen, dass die Zellen innerhalb der Matrixkuppel verbleiben, kippen Sie die Platte um und legen Sie sie in einen Zellinkubator, um die Kellermembranmatrix zu erstarren.
- Nach 10 min entfernen Sie die Platte aus dem Inkubator und fügen Sie Medium mit dem Rho-Kinase-Inhibitor hinzu.
- Erfrischen Sie das Medium alle 2 Tage. Nach 7 Tagen, quantifizieren Sie die Anzahl der Organoide. Halten Sie den Rho-Kinase-Inhibitor in den Medien während des gesamten Experiments.
- Zählen Sie die Anzahl der pro Kuppel eingerichteten Organoide und berechnen Sie den Prozentsatz der Organoide, die aus der Gesamtzahl der plattierten Zellen (200 Zellen) gebildet werden.
HINWEIS: Die Organoiden-Betriebsverhältnisse variieren je nach Zelltyp und Genotyp zwischen 3%und 60%.
4. Bestimmung der pharmakologischen Reaktionen von Organoiden
- Weiter von Schritt 2.7, Samen 1.000-10.000 Zellen in einer Matrixkuppel. Verwenden Sie die Organoidbildungseffizienz und Wachstumsgeschwindigkeit als Proxy für die Bestimmung der endgültigen Zellzahl.
HINWEIS: Empfohlene Zellennummern sind in Tabelle 1angegeben. Verwenden Sie drei bis fünf Replikationen pro Bedingung pro Analyse. Verwenden Sie eine Endkonzentration von 70% Kellermembranmatrix, um Pipettierfehler zu reduzieren, die durch die Viskosität induziert werden.
- Saat 35 l Matrixkuppeln in einer 24-Well-Platte und lassen Sie die Kuppeln wie in Abschnitt 3 verfestigen (siehe auch Beschichtungsverfahren in Abbildung 1A und Schritt 2.1.2). Fügen Sie Medium mit dem Rho-Kinase-Inhibitor und Medikament der Wahl. Diese Methode kann auf alle Medikamente angewendet werden, aber in diesem Protokoll wird ein Anti-Androgen der zweiten Generation bei 10 M für ein Beispiel verwendet. Um die halbmaximale hemmende Konzentration (IC50) zu bestimmen, führen Sie eine log10 inkrementelle, und als Kontrolle, verwenden Sie das Fahrzeug, in dem das Medikament gelöst wurde.
- Erfrischen Sie das Medium alle zwei oder drei Tage und analysieren Sie die Organoide am 7. Tag, um die pharmakologische Reaktion des Arzneimittels zu bestimmen. Die Zeitpunkte können je nach Experiment und Medikament variieren.
HINWEIS: Organoide müssen nicht versucht werden, um diese Assays durchzuführen.
- Um Organoide intakt zu halten, mit einer P1000 Pipette, ziehen Sie das Medium und Pipette nach oben und unten, um die Kellermembranmatrix zu stören.
- Wenn die Kellermembranmatrix vollständig gestört ist, übertragen Sie die Suspension auf ein 15 ml konisches Rohr. Übertragen Sie nicht mehr als 10 Matrixkuppeln pro 15 ml konischem Rohr.
- Zentrifuge bei 300 x g für 5 min. Den Überstand abziehen und mit 5 ml PBS waschen.
- Organoide in 1 ml PBS wieder aufsetzen und die Organoide mit Trituration und einer gläsernen Pasteurpipette stören.
- Quantifizieren Sie die Anzahl der organoiden Fragmente. Seed 5 repliziert, die 100 organoide Fragmente enthalten, wie in Schritt 2.1.2 beschrieben.
- Führen Sie den Zelllebensfähigkeitstest wie unten in Abschnitt 7 beschrieben durch.
5. RNA-Isolierung von Organoiden
HINWEIS: Kommerziell erhältliche säulenbasierte Methoden liefern eine gute Quantität und Qualität der RNA. Um eine gute RNA-Menge zu gewährleisten, verwenden Sie mindestens eine Kuppel pro Probe; Es wird jedoch empfohlen, drei Kuppeln zu verwenden, die in einem einzigen Brunnen einer 12-Well-Platte gesät werden können.
- ß-Mercaptoethanol hinzufügen (1%) glutathionlyse puffer im RNA-Isolationskit.
- Ziehen Sie das Medium aus den Kellermembrankuppeln mit Organoiden ab und fügen Sie 750 l dieses Puffers hinzu. Pipette nach oben und unten mit einer P1000 Pipette. Überprüfen Sie, ob die gesamte Kellermembranmatrix aufgelöst wurde.
- 750 L Ethanol hinzufügen und durch Pipettieren mischen. Anschließend 700 l des Gemischs auf die Säule übertragen, bei 12.000 x g 1 min zentrifugieren und mit dem Rest des Lysats wiederholen.
- Führen Sie Wähungen und eine On-Column-DNase-Behandlung gemäß den Anweisungen des Herstellers durch. Elute-RNA in 30-50 l RNAse-freiem Wasser.
- Messen Sie die Konzentrationen mit einem Fluorometer bei OD = 260 nm und 280 nm und lagern Sie bei -80 °C oder setzen Sie sich mit nachgelagerten Anwendungen fort.
6. Proteinisolation von Organoiden
HINWEIS: Für die Proteinisolierung bereiten Sie den Standard-RIPA-Puffer vor, der Phosphatase- und Proteaseinhibitoren enthält (Materialtabelle). Es wird empfohlen, mindestens drei Kuppeln zu verwenden, die in einem einzigen 12 Brunnen gesät werden können.
- Mit einer P1000 Pipette, ziehen Sie das Medium aus der Zelle mit den Keller Membrankuppeln mit Organoiden und Pipetten nach oben und unten, um die Kellermembranmatrix zu stören.
- Wenn sie vollständig gestört ist, übertragen Sie die Aufhängung auf ein 15 ml konisches Rohr. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
- Den Überstand abziehen und mit 5 ml eiskaltem PBS waschen. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
- Ziehen Sie den Überstand ab und setzen Sie das Pellet in 4 ml Trypsin-Ersatz wieder auf. 5-10 min verdauen, während sie bei 37 °C schütteln.
- Fügen Sie ein gleiches Volumen des organoiden Mediums + 10% FCS hinzu, um den Trypsin-Ersatz zu hemmen. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
HINWEIS: Nach der Zentrifugation sollte keine Kellermembranmatrix im Pellet sichtbar sein.
- Den Überstand abziehen und mit 5 ml eiskaltem PBS waschen. Ziehen Sie den Überstand ab und setzen Sie das Zellpellet in 300 l Lysepuffer mit einer P1000 Pipet wieder ab und übertragen Sie es dann in ein 1,5 ml Mikrozentrifugenrohr.
- 10 min auf Eis bebrüten und anschließend 2x für je 30 s bei gekühltem Wasser bei einer Temperatur von 4 °C beschallen. Legen Sie die Röhre wieder auf Eis und führen Sie die Proteinquantifizierung mit Standardmethoden durch.
- Denaturieren Sie das Protein durch Zugabe von Natriumdodecylsulfat (SDS), das Belastungsfarbstoff enthält, und kochen Sie 5 min bei 95 °C. Lysate bei -80 °C lagern oder mit nachgeschalteten Anwendungen fortfahren.
7. Zelllebensfähigkeitstest mit Organoiden
HINWEIS: Die Zelllebensfähigkeit kann mit dem handelsüblichen Zelllebensfähigkeits-Assay-Kit und einem Luminometer beurteilt werden. Bereiten Sie Puffer gemäß den Anweisungen des Herstellers vor. Es werden fünf Replikationen pro Zustand empfohlen: eine Replikation, die aus einer 35-L-Kellermembran-Matrixkuppel in einem Brunnen einer 24-Well-Platte besteht.
- Zeichnen Sie das Medium der organoiden Kultur ab, wobei Sie darauf achten, die Matrixkuppeln intakt zu lassen.
- Fügen Sie 65 L PBS und Pipette nach oben und unten hinzu, um die Matrixkuppel zu stören.
- Fügen Sie 100 L des Zelllebensfähigkeits-Assay-Kit-Puffers hinzu und setzen Sie sie durch Pipettieren wieder auf.
- Bei Raumtemperatur (RT) 10 min mit Schütteln inkubieren.
- Übertragen Sie 100 l gemisch auf eine nicht transluzente Platte, die für das Luminometer geeignet ist, und führen Sie das Lesen gemäß den Anweisungen des Herstellers für das Zelllebensfähigkeits-Assay-Kit durch.
8. Zubereitung von Organoiden für xenografting
HINWEIS: Organoide sind auch für subkutane Transplantationen bei immungeschwächten Tieren sowie isogenen Mäusen geeignet. Um sicherzustellen, dass in vivo injizierte Organoide unterscheidbar sind, kennzeichnen Sie Organoide mit einem konstitutiv exzierenden Fluorophor5. Es wird empfohlen, ein Pilotexperiment für die Transplantation mit 5 x 105 Zellen bis 2 x 106 Zellen pro Injektion durchzuführen, mit Schritten von 5 x 106 Zellen, da die Pfropfeffizienz zwischen organoiden Linien variiert.
- Mit einer P1000 Pipette, ziehen Sie das Medium und Pipette nach oben und unten, um die Kellermembranmatrix zu stören. Wenn sie vollständig gestört ist, übertragen Sie die Aufhängung auf ein 15 ml konisches Rohr. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
HINWEIS: Übertragen Sie nicht mehr als 10 Matrixkuppeln pro 15 ml konischem Rohr.
- Den Überstand abziehen und mit 5 ml PBS waschen. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
- Ziehen Sie den Überstand ab und setzen Sie das Pellet in 4 ml Trypsin-Ersatz wieder auf. 5-10 min verdauen, während sie bei 37 °C schütteln.
- Fügen Sie gleicheVolumen des organoiden Mediums + 10% FBS hinzu, um den Trypsin-Ersatz zu hemmen. Zentrifuge bei 300 x g für 5 min.
- Ziehen Sie den Überstand ab und setzen Sie ihn in 1 ml PBS wieder auf. Filtern Sie die Suspension mit einem 40-mm-Filter, um eine Einzelzellensuspension zu gewährleisten. Quantifizieren Sie Zellen mit Standardmethoden.
- Drehen Sie die Zellen im PBS+ Rho-Inhibitor auf eine Konzentration von 2 x 106 Zellen pro 100 l aus (siehe Tabelle 2 für Zellkonzentrationen und absolute Zellzahl, die für unterschiedliche Konzentrationen erforderlich sind). Verwenden Sie ein gleiches Volumen der Kellermembranmatrix, um eine 1:1 Suspension zu erzeugen. Legen Sie die Suspension auf Eis.
- Injektion von Zellen nach Standardprotokollen und Überwachung des Xenograft-Wachstums mit Standardmethoden8.