Research Article
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Es wird eine Methode zur Transkription von Getreideprofilen vorgestellt. Das mikroarraybasierte Genexpressionsprofiling beginnt mit der Isolierung hochwertiger Gesamt-RNA aus Getreidekörnern und setzt sich mit der Generierung von cDNA fort. Nach cRNA-Kennzeichnung und Mikroarray-Hybridisierung werden Empfehlungen zur Signalerkennung und Qualitätskontrolle gegeben.
Die Charakterisierung der Genexpression hängt von der RNA-Qualität ab. Bei keimenden, entwickelnden und reifen Getreidesamen wird die Extraktion hochwertiger RNA oft durch hohen Stärke- und Zuckergehalt behindert. Diese Verbindungen können sowohl die Ausbeute als auch die Qualität der extrahierten Gesamt-RNA reduzieren. Die Verschlechterung der Quantität und Qualität der gesamten RNA kann sich in der Folge signifikant auf die nachgeschalteten transkriptomischen Analysen auswirken, die möglicherweise nicht genau die räumliche und/oder zeitliche Variation im Genexpressionsprofil der getesteten Proben widerspiegeln. In diesem Protokoll beschreiben wir eine optimierte Methode zur Extraktion von RNA insgesamt mit ausreichender Quantität und Qualität, die für die gesamte Transkriptomanalyse von Getreidekörnern verwendet werden kann. Das beschriebene Verfahren eignet sich für mehrere nachgelagerte Anwendungen, die für die transkriptomische Profilierung von Entwicklungs-, Keim- und reifen Getreidesamen verwendet werden. Die Methode der Transkriptom-Profilierung mit einer Microarray-Plattform wird gezeigt. Diese Methode wurde speziell für die Genexpressionsprofilierung von Getreide mit beschriebenen Genomsequenzen entwickelt. Das detaillierte Verfahren von der Mikroarray-Handhabung bis zur abschließenden Qualitätskontrolle wird beschrieben. Dazu gehören cDNA-Synthese, cRNA-Kennzeichnung, Mikroarray-Hybridisierung, Dia-Scanning, Feature-Extraktion und Datenqualitätsvalidierung. Die mit dieser Methode erzeugten Daten können verwendet werden, um das Transkriptom von Getreide während der Keimung, in verschiedenen Stadien der Kornentwicklung oder unter verschiedenen biotischen oder abiotischen Stressbedingungen zu charakterisieren. Die hier vorgestellten Ergebnisse veranschaulichen hochwertige Transkriptomdaten, die für nachgelagerte Bioinformatik-Analysen zugänglich sind, wie die Bestimmung von differenziell exprimierten Genen (DEGs), die Charakterisierung von Genregulierungsnetzen und die Durchführung einer Transkriptom-weiten Assoziationsstudie (TWAS).
Das Transkriptom stellt den vollständigen Satz von Ribonukleinsäure-Transkripten (RNA) dar, die durch das Genom eines Organismus zu einem bestimmten Zeitpunkt und insbesondere umwelt- und Wachstumsbedingungen exprimiert werden. Jede Zelle hat ihr individuelles Transkriptom, das ihren aktuellen physiologischen und metabolischen Zustand widerspiegelt. Eine Sammlung von Zellen, die aus einem ähnlichen Gewebe oder Organ abgeleitet werden, wird in einer typischen Transkriptom-Studie verwendet, aber einzellige und räumlich aufgelöste Transkriptomik wird immer beliebter1. Transkriptomische Analysen beginnen mit der Extraktion der gesamten RNA aus einem ausgewählten Gewebe zu einem bestimmten Zeitpunkt und unter definierten Wachstumsbedingungen. Zu diesem Zweck empfehlen wir die Verwendung einer neu entwickelten Methode zur Extraktion von RNA insgesamt aus Proben mit hohem Stärke- oder Zuckergehalt, wie z. B. Getreidesamen2. Der Vergleich von Transkriptomen zwischen verschiedenen Proben führt zur Identifizierung von RNA-Molekülen mit unterschiedlicher Häufigkeit. Diese RNA-Moleküle werden als differenziell exprimierte Gene (DEGs) betrachtet. Die Fülle von Transkripten, die aus bestimmten Markergenen abgeleitet werden, kann dann verwendet werden, um den Entwicklungsstatus abzuschätzen oder die Reaktion eines Organismus auf Umweltschwankungen zu bestimmen. Gene ohne nachweisbare Veränderungen in ihrer Transkriptionüberfluss über die entwicklungsfähigen Zeitpunkte zu studieren werden oft als Referenz oder Housekeeping-Gene verwendet.
Die RNA wird in der Regel durch verschiedene Methoden nachgewiesen und quantifiziert, wie Z.B. Northern Blotting und quantitative Reverse-Transkriptase-Polymerase-Kettenreaktion (qRT-PCR), aber aktuelle Hochdurchsatz-Transkriptomik-Methoden basieren stark auf der Nukleinsäure-Hybridisierung mittels Mikroarray-Technologie sowie DER RNA-Sequenzierung (RNA-Seq). RNA-Seq ist derzeit sehr beliebt, da es mehrere Vorteile für transkriptomische Anwendungen mit hohem Durchsatz bietet, wie an anderer Stelle überprüft3,4. Obwohl eine ältere Technologie, Genexpression Profiling mit Mikroarray-Chips ist immer noch weit verbreitet, weil es eine etablierte Technologie ist, die weniger Hintergrund in der Bioinformatik erfordert. Im Vergleich zu RNA-Seq sind die aus Mikroarray-Experimenten generierten Datensätze kleiner und leichter zu analysieren. Darüber hinaus ist es kostengünstiger, vor allem, wenn es um große Stichprobenzahlen geht. In unserem Labor verwenden wir routinemäßig transkriptomische Analysen mit der Mikroarray-Technologie, um die Rolle zentraler regulatorischer Knotenpunkte zu bestimmen, die die molekularen Netzwerke und Pfade steuern, die am Wachstum, der Entwicklung und dem Stoffwechsel von Getreidekörnern5,6,7,8,9beteiligt sind. Wir verwenden es auch routinemäßig zur Durchführung genomweiter Genexpressions-Profiling-Studien, um ein mechanistisches Verständnis der Reaktion von Getreidekörnern auf abiotische Belastungen zu erhalten10, sowie in der Durchführung von Transkriptom-weiten Assoziations- (TWAS) und Linkage-Mapping-Studien, um Gene zu identifizieren, die für Getreidekornqualität und Ernährung verantwortlich sind11,12. Andere Gruppen haben auch die Mikroarray-Technologie bei der Bereitstellung entwicklungsspezifischer Genexpressionsatlas in Gerste13, Reis14,15,16, Sorghum17und Weizen18verwendet.
Der Zweck dieser Veröffentlichung ist es, eine kurze Textzusammenfassung und eine detaillierte visuelle Beschreibung der Methode zu liefern, die wir derzeit in unserem Labor für die transkriptomische Profilierung von Getreidekörnern mit einer Agilent-Mikroarray-Plattform anwenden. Bitte beachten Sie, dass andere Microarray-Plattformen verfügbar sind, aber nicht von dieser Methode abgedeckt werden. Wir beginnen das Protokoll mit einer detaillierten Beschreibung der RNA-Extraktion aus der Entwicklung oder Keimung von Getreidesamen. Basierend auf unserer Erfahrung ist die Erlangung eines qualitativ hochwertigen und hochmengenreichen Transkriptoms, das für nachgelagerte transkriptomische Analysen zugänglich ist, oft der Engpass bei der Verwendung von Getreidesaatgutgeweben. Wir haben mehrere kommerziell erhältliche RNA-Extraktionskits ausprobiert, aber keines hat zufriedenstellende Ergebnisse geliefert. Daher haben wir ein chemisches Extraktionsprotokoll entwickelt, um einen rohen RNA-Extrakt zu erhalten, der dann mit einem handelsüblichen Kit einer Spaltenreinigung unterzogen wird. Mit dieser Methode erhalten wir routinemäßig und reproduzierbar hochwertige RNA2 (Abbildung 1), die für verschiedene nachgeschaltete Anwendungen verwendet werden kann, um ein Transkriptomprofil zu erzeugen.
1. Gesamte RNA-Extraktion und -Reinigung
HINWEIS: Arbeiten Sie immer unter der Dunstabzugshaube, da diese Methode die Verwendung von schädlichen flüchtigen organischen Lösungsmitteln beinhaltet. Vor Beginn des Experiments wird ein Mikrofugenrohr aus nukleasefreiem Wasser in einem 50 °C-Wärmeblock vorwärmen. Dieses nukleasefreie Wasser wird verwendet, um die gesamte RNA aus der Spinspalte in Schritt 1.8 zu löschen.
2. cDNA-Synthese gefolgt von cRNA-Transkription und -Kennzeichnung
HINWEIS: Dieser Schritt eignet sich für die gleichzeitige Verarbeitung von 24 Proben. Es wird vorgeschlagen, dass der gesamte Schritt kontinuierlich an einem Tag durchgeführt wird, aber optionale Stopp- und Pausenpunkte identifiziert werden. Achten Sie darauf, drei Mikrofugenrohr-Wärmeblöcke bei 80 °C, 65 °C und 37 °C vorzuwärmen, bevor Sie mit den folgenden Schritten beginnten. Diese Temperatureinstellungen werden wie in den folgenden Schritten angegeben geändert. So wird der 37 °C-Wärmeblock nach der Vorbereitung des Spike Mix auf 40 °C eingestellt (oder wenn er bereits vorbereitet wurde). Bereiten Sie einfarbigespike Mix, T7 Promoter Mix und cDNA Master Mix mit dem Low Input Quick Amp Gene Expression Labeling Kit (siehe Tabelle der Materialien) basierend auf den Anweisungen des Herstellers vor. Diese Zubereitung ist abhängig von der Menge an beginnenden RNA-Extrakten, die in der Regel zwischen 10 und 200 ng für die gesamte RNA oder 5 ng für PolyA-RNA reichen. Wir verwenden routinemäßig 50 ng Gesamt-RNA als Ausgangsmaterial für die Mikroarray-Hybridisierung2 und für die unten beschriebene Methode. Bei der Vorbereitung eines Master-Mix für 24 Proben, fügen Sie 2 zusätzliche Reaktionen, um für Pipettiervariationen zu berücksichtigen. Verwenden Sie in diesem Schritt immer nukleasefreie Mikrofugenrohre und nukleasefreies Wasser.
3. cRNA-Reinigung
4. Mikroarray-Hybridisierung und Scannen
HINWEIS: Dieser Schritt dauert nur 3-4 h und daher kann die Hybridisierung von 24 Proben nach dem Mittagessen gestartet werden. Ein Bediener kann bequem bis zu 4 Dias (32 Samples) laufen lassen. Der Morgen des folgenden Tages ist für das Waschen und Scannen von Mikroarray-Dias vorgesehen. Weitere Läufe können dann am Nachmittag des zweiten Tages durchgeführt werden. Dieser Schritt wird wiederholt, bis alle Proben hybridisiert und gescannt werden. Es wird dringend empfohlen, farbfreie, pulverfreie Latexhandschuhe für die Handhabung und Verarbeitung der Dias zu verwenden, um sicherzustellen, dass die Proben nicht mit farbigen Pigmenten kontaminiert sind, die die Mikroarray-Analysen stören können. Abgesehen von handelsüblichen Mikroarrays, werden die folgenden benutzerdefinierten Arrays von unserer Gruppe entworfen und sind bei Agilent bestellbar: Bestellcode 028827 für Gerste (Hordeumvulgare), 054269 für Reis (Oryzasativa subs. Japonica), 054270 für Reis (Oryzasativa subs. Indica) und 048923 für Weizen (Triticumaestivum).
Diese Methode ist für die Extraktion von Getreidesamenproben mit erheblichen Mengen an kontaminierender Stärke oder Zucker optimiert. Es wurde entwickelt, um die gesamte RNA aus 24 Samenproben pro Tag zu extrahieren. Es sollte kontinuierlich an einem Tag durchgeführt werden, aber optionale Stopp- und Pausenpunkte werden im gesamten Protokoll identifiziert. Alternativ kann der Leser seine bevorzugten RNA-Extraktionskits oder manuelle chemische Extraktionsverfahren verwenden. Aufgrund unserer bisherigen Erfahrungen sind kommerziell erhältliche pflanzentaugliche RNA-Extraktionskits jedoch aufgrund erheblicher Mengen an Stärke, Proteinen, Zucker und/oder Lipidkontamination nicht für Samen geeignet. Bei der beschriebenen Methode folgt auf eine chemische Extraktion von RoherRNA die Säulenreinigung mit einem kommerziellen RNA-Extraktionskit. Dies bietet in der Regel RNA mit höherer Qualität und Ausbeute. Abbildung 1 zeigt das Ergebnis eines BioAnalyzer-Laufs, um die Qualität der RNA-Extraktion mit der hier beschriebenen Methode zu testen. Die Ergebnisse werden für Gerstenblätter (Proben 1 und 2 mit niedrigem Stärkegehalt) und Gerstensamen (Proben 3 und 4 mit hohem Stärkegehalt) dargestellt. Der RNA-Integritätswert (RIN) für alle Proben beträgt 10.
Abbildung 1 zeigt ein repräsentatives Gel des gereinigten RNA-Extrakts, bei dem die Qualität mit einem Bioanalyzer getestet wurde. Die Proben 1 und 2 sind typische Ergebnisse für Proben mit niedrigem Stärkegehalt wie Gerstenblätter, bei denen zusätzliche rRNA-Bänder aus Chloroplasten erkennbar sind. Die Proben 3 und 4 sind repräsentative Ergebnisse für Proben mit hohem Stärkegehalt wie Gerstensamen, die 18S und 28S rRNA zeigen. Bitte beachten Sie, dass für grüne Pflanzengewebe wie Blattproben aufgrund von Chloroplasten rRNA kein automatisierter RIN-Wert berechnet werden kann. Die Integrität und hohe Qualität kann jedoch visuell durch das Fehlen von Abbauprodukten festgestellt werden, die typischerweise als niedermolekularer Abstrich erscheinen. Der RIN-Wert für Proben mit hoher Stärke, wie z. B. Gerstensamen, beträgt in der Regel 10, indem das in diesem Dokument beschriebene Protokoll verwendet wird.
Darüber hinaus präsentieren wir hier auch eine repräsentative Daten eines Zeitverlaufsexperiments von zwei Elite-Gersten-Inzuchtlinien (Sofiara und Victoriana), die für die Analyse der Mälzereiqualität19verwendet werden. Während des Mälzereiprozesses wird Stärke in Zucker umgewandelt. Daher stellen die Proben Gewebe mit unterschiedlichen Anteilen an Stärke und Zuckergehalt dar. Da der industrielle Mälzereiprozess dem Keimungsprozess ähnelt, wurden die Transkriptome von zwei Gerstenlinien analysiert, die sich in ihrer Mälzereiqualität unterscheiden. RNAs wurden aus keimenden Samen bei 2, 24, 48, 72, 120, 144 und 196 h nach Imbibition in biologischen Triplicaten extrahiert. Die RNA-Vorbereitung und Hybridisierung zum kundenspezifischen Gersten-Mikroarray-Chip wurde wie oben beschrieben durchgeführt. Abbildung 2 zeigt das normalisierte Raster, das aus der Mikroarray-Hybridisierung im Bericht zur Qualitätskontrolle (QC)(Abbildung 3) und dem Histogrammdiagramm für erkannte Signale ausgelesen wird. Das Raster gibt das Beispiel für abgeleitete Signale aus jeder Ecke des Chips, einschließlich Hintergrund und Spike-in-Auslesepunkte, die für die Kalibrierung verwendet werden. Das Histogramm zeigt die Abweichung von nachweisbaren Punkten mit den jeweiligen Signalintensitäten an. Eine erfolgreiche Hybridisierung ergibt eine breite Gaußsche Kurve mit nur kleinen Ausreißern, wie in der Abbildung dargestellt. Gescheiterte Hybridisierungen können zu einer starken Verschiebung hin zu einer Seite ("grüne Monster") führen.
Schließlich ist in Spalte 4 von Abbildung 3ein repräsentatives Ergebnis der akzeptablen Werte dargestellt. Um die Zuverlässigkeit der durchgeführten Experimente anzuzeigen, werden die Ergebnisse mit der GeneSpring-Software weiter ausgewertet. Die gesammelten Daten werden als Hauptkomponentenanalyse (PCA) dargestellt. Das PCA integriert die Werte ausgewählter Punkte (Gene) als Vektor. Die Anzahl der ausgewerteten Punkte, die verwendet werden, kann von mehreren hundert bis zum gesamten Chip variieren und ist abhängig von der verwendeten Software. Jeder Chip (Probe) ergibt einen Wert (Vektor), der sich aus den integrierten Signalintensitäten für die analysierten Punkte ergibt. Daher zeigt die relative Position im Diagramm (PCA) die Ähnlichkeit der Proben zueinander an. Je näher die Proben sind, desto ähnlicher sind sie. Technische Replikationen sollten enger beieinander liegen als biologische, und biologische Replikationen einer Probe sollten sich enger zusammenschließen als Proben aus verschiedenen Zeitpunkten, Geweben oder Bedingungen.
Abbildung 1: Elektrophorese-Dateilaufzusammenfassung, die nach Überprüfung der Qualität der RNA mit Bioanalyzer erhalten wurde. Die Proben 1 und 2 sind Gerstenblattgewebe, wie durch zusätzliche ribosomale Bänder aus Chloroplasten angezeigt. Die Proben 3 und 4 sind Gerstensamengewebe mit 18S- und 28S-rRNA-Bändern. Ein RIN-Faktor wird nicht immer für grüne Gewebe wie Blatt berechnet, aber nach dem Gel ist die Qualität der RNA sehr gut. Der RIN-Wert für die Proben 3 und 4 ist 10. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbildung 2: QC-Bericht über erfolgreiche Gersten-Mikroarray-Hybridisierung. A + zeigt erkannte Signale auf dem Gitter aus allen Ecken des Chips an. Das Histogramm zeigt die Anzahl der Signale, die nach Signalintensität (Fluoreszenz) als Logarithmus nach Hintergrundsubtraktion kategorisiert sind. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbildung 3: Zusammenfassung der Qualitätskontrolle (QC) nach Hybridisierung und Scannen. Die Werte für die hybridisierte Folie sind in Spalte 2 (Wert) angegeben und der Bereich der akzeptablen Werte wird in Spalte 4 angezeigt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
| Wash Chamber Assembly | Inhalt und Etikett | Zweck |
| Schale 1 | Leer, auf der Laborbank bis zum nächsten Tag verlassen | Füllen Sie mit Waschpuffer 1 am nächsten Tag, verwendet, um die Mikroarray-Dias zu zerlegen |
| Schale 2 | Fügen Sie ein Microarray-Schiebegestell und eine kleine magnetische Rührstange hinzu; Etikett mit "Wash Buffer 1", auf der Laborbank bis zum nächsten Tag | Wird verwendet, um die Mikroarray-Dias mit Wash Buffer 1 am nächsten Tag zu waschen |
| Schale 3 | Fügen Sie einen kleinen magnetischen Rührstab hinzu, beschriften Sie mit "Wash Buffer 2" und legen Sie ihn in einen 37 °C Mini-Inkubator. | Wird verwendet, um die Mikroarray-Dias mit Wash Buffer 2 am nächsten Tag im 37 °C Mini-Inkubator zu waschen |
Tabelle 1: Vorbereitung der Waschkammer-Baugruppen.
| Schritte | Gericht | Waschpuffer | Temperatur | Zeit |
| Demontage | 1 | 1 | Ambient | So schnell wie möglich |
| (Schritt 4.13) | ||||
| Erste Wäsche | 2 | 1 | Ambient | 1 Min. |
| (Schritt 4.14) | ||||
| Zweite Wäsche | 3 | 2 | 37 °C | 1 Min. |
| (Schritt 4.15) |
Tabelle 2: Inkubationstemperatur und -zeit für Waschkammerbaugruppen.
Die Autoren haben keine konkurrierenden finanziellen Interessen.
Es wird eine Methode zur Transkription von Getreideprofilen vorgestellt. Das mikroarraybasierte Genexpressionsprofiling beginnt mit der Isolierung hochwertiger Gesamt-RNA aus Getreidekörnern und setzt sich mit der Generierung von cDNA fort. Nach cRNA-Kennzeichnung und Mikroarray-Hybridisierung werden Empfehlungen zur Signalerkennung und Qualitätskontrolle gegeben.
Diese Arbeit wurde im Rahmen des CGIAR-Themenbereichs Global Rice Agri-Food System CRP, RICE, Stress-Tolerant Rice for Africa and South Asia (STRASA) Phase III und IZN (Interdisciplinary Centre for Crop Plant Research, Halle (Saale), Deutschland, unterstützt. Wir danken Mandy Püffeld für ihre hervorragende technische Unterstützung und Dr. Isabel Maria Mora-Ramirez für den Austausch von Informationen und Erfahrungen mit dem Weizenchip. Wir danken Dr. Rhonda Meyer (RG Heterosis, IPK Gatersleben, Deutschland) für die Kommentare und die kritische Lektüre des Manuskripts.
| ß-mercaptoethanol | Roth | 4227.3 | 300 ul bis 20 mL RNA-Extraktionspuffer unmittelbar vor der Verwendung |
| hinzufügen Bioanalyzer 2100 | Agilent Technologies | Zur Bestimmung der Qualität und Quantität des RNA-Extrakts | |
| Crushed Ice Maker | Verschiedene Marken | Zur Aufbewahrung von Proben auf Eis während der Probenverarbeitung | |
| Dewarkolben | Verschiedene Marken | Zur Verwendung als Behälter für flüssigen Stickstoff | |
| Ethanol, absolut | Roth | 9065.1 | |
| Genexpressions-Hybridisierungskit | Agilent Technologies | 5188-5242 | Kit Komponenten: 2X Hi-RPM Hybridisierungspuffer 25X Fragmentierungspuffer 10X Genexpressionsblocker |
| Genexpressionswaschpuffer Kit | Agilent Technologies | 5188-5325 | Kit Komponenten: Gene Expression Wash Buffer 1 Gene Expression Wash Buffer 2 Triton X-102 |
| Heat Block | Verschiedene Marken | Es wird empfohlen, mindestens einen Heat Block für 1,5 ml Röhrchen und einen weiteren für 2,0 ml Röhrchen zu haben | |
| Hybridisierungs-Ofen | Agilent | G2545A | Edelstahlofen für die Microarray-Hybridisierung von Sheldon Manufacturing, der zur Hybridisierung der Probe in Microarrays über Nacht verwendet wird. |
| Hybridisierung Dichtungsschieber-Kit | Agilent | G2534-60014 | |
| iQAir Luftreiniger | Um sicherzustellen, dass das Experiment in einem Bereich mit niedrigem Ozongehalt durchgeführt wird | ||
| Isopropanol | Roth | 9866.5 | |
| Fusselfreies Papier, Kimwipes | Kimberly-Clark Professional | KC34155 | |
| Low Input Quick Amp Labeling Kit | Agilent Technologies | 5190-2305 | Kit-Komponenten: T7 Primer 5x First Strand Buffer 0,1M DTT 10 mM dNTP Mix AffinityScript RNAse Block Mix 5x Transkriptionspuffer NTP Mix T7 RNA Polymerase Blend Nukleasefreies Wasser Cyanin 3-CTP |
| Metallspatel, klein | Stellen Sie sicher, dass der kleine Metallspatel in die Mikrofuge-Röhrchen passt, um ein einfaches Schöpfen der Proben zu gewährleisten. | ||
| Microarray-Scanner | Agilent Technologies | Agilent SureScan oder Agilent C Microarray-Scanner werden empfohlen | |
| Mikrofuge-Röhrchen, nukleasefrei | Verschiedene Marken | mit | einem Volumen von 2,0 mL und 1,5 mL |
| Mikrozentrifuge | Eppendorf | 5810 R | Es wird empfohlen, mindestens eine Mikrofuge bei Umgebungs- und Kältetemperatur mit Rotoren zu haben, die jeweils 24 1,5-ml- und 2,0-ml-Mikroschleierröhrchen |
| aufnehmen könnenMini-Inkubator | Labnet | I5110-230V | Jeder kleine Inkubator ist geeignet. |
| Mörser und Stößel | Jeder kleine Mörser und Stößel aus Keramik oder Marmor, der dem kryogenen Mahlen mit flüssigem Stickstoff standhält. | ||
| NaCl | Sigma-Aldrich | S7653-1KG | |
| Nanodrop 1000 | Peqlab / Thermofisher | ||
| Nukleasefreies Wasser | Biozym | 351900302 | |
| Einfarbiges RNA-Spike-In-Kit | Agilent | 5188-5282< | strong>Kit Komponenten: Einfarbiges RNA Spike-Mix Verdünnungspuffer-Ozonbarriere-Schiebeabdeckungsset |
| Agilent | G2505-60550 | Optionales, aber sehr empfohlenes | |
| PCR-Röhrchen, 0,2 mL, RNase-freies | Stratagene | Z376426 | |
| Phenol:Chloroform:Isoamyl-Gemisch (25:24:1) | Roth | A156.2 | |
| Pipettenspitzen, nukleasefrei, Filterspitzen | Verschiedene Marken | Für 2, 20, 20, 100, 200 und 1000 ul Volumina | |
| Pipettierset | Verschiedene Marken | Für 2, 20, 20, 100, 200 und 1000 μl Volumen | |
| RNA-Extraktionspuffer | 10 mM Tri-HCl pH 8,0 150 mM LiCl 50 mM EDTA 1,5 % EDTA 15 μl/ml β-Mercaptoethanol | Wir verwenden routinemäßig Roth- oder Sigma-Chemikalien; β-Mercaptoethanol täglich frisches | |
| RNase-freies DNase-Set | Qiagen | 79254 | |
| RNeasy Mini Kit | Qiagen | 74104< | strong>Kit Komponenten: RNeasy Mini-Spin-Säule (rosa) 1,5 ml Sammelröhrchen 2 ml Sammelröhrchen Puffer RLT Puffer RW Puffer RPE Nukleasefreies Wasser |
| RNeasy Plant Mini Kit | Qiagen | 74904 | Kit Komponenten: RNeasy Mini-Spin-Säule (rosa) QIAshredder-Spin-Säule (lila) 1,5 ml Entnahmeröhrchen 2 ml Sammelröhrchen Puffer RLT Puffer RLC Puffer RW1 Puffer RPE Nukleasefreies Wasser |
| Objektträgerhalter für DNA-Microarray-Scanner | Agilent | G2505-60525 | |
| Objektträger-Färbeschale mit abnehmbarem Gestell | DWK Life Sciences 900200 | Fisher Scientific 08-812 | Wir empfehlen DWK Life Sciences Wheaton™ 20-Objektträger-Färbeschale aus Glas mit abnehmbarem Gestell (komplett mit Schale, Abdeckung und Glasschieber) |
| Natriumchlorid | Roth | P029.1 | |
| Ultratiefkühlschrank | Verschiedene Marken | Kann Proben bei -80 & Grad lagern; C | |
| Vortex-Mischer | Verschiedene Marken | : Mindestens einer für einen Einrohr-Wirbelmischer und ein weiterer für den Wirbelmischer, der mehrere Röhrchen wirbelmischen kann |
