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Das Verständnis der Gewebe- und Zellveränderungen, die sowohl bei der akuten Verletzungsreaktion als auch während des Wundheilungsprozesses auftreten, ist von größter Bedeutung bei der Untersuchung von Erkrankungen des Magen-Darm-Traktes (GI). Das murine Kolosonnenbiopsiemodell ist ein nützliches Werkzeug, um diese Prozesse zu definieren. Zusätzlich kann das Zusammenspiel zwischen Darm-Luminal-Gehalt (z.B. Mikroben) und dem Dickdarm untersucht werden. Die Wundinduktion und die Fähigkeit, den Wundverschluss im Laufe der Zeit zuverlässig zu verfolgen, können jedoch eine Herausforderung darstellen. Darüber hinaus muss die Gewebevorbereitung und -orientierung standardisiert erfolgen, um histologische und molekulare Veränderungen optimal abzuhören. Hier stellen wir eine detaillierte Methode vor, die biopsieinduzierte Verletzungen und die Überwachung des Wundverschlusses durch wiederholte Koloskopien beschreibt. Es wird ein Ansatz beschrieben, der konsistente und reproduzierbare Messungen der Wundgröße, die Fähigkeit, das Wundbett für molekulare Analysen zu sammeln sowie das Wundbett beim Schnitt von Geweben zu visualisieren, sicherstellt. Die Fähigkeit, diese Techniken erfolgreich durchzuführen, ermöglicht Studien über die akute Verletzungsreaktion, Wundheilung und Luminal-Host-Wechselwirkungen innerhalb des Dickdarms.