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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Dieses Protokoll wird bei der Etablierung und Aufrechterhaltung von gnotobitischen amerikanischen Kakerlaken (Periplaneta americana) verwendet, indem die Eierhüllen (Oothecae) vor dem Schlüpfen an der Oberfläche sterilisiert werden. Diese gnotobitischen Insekten enthalten ihre vertikal übertragenen Blattabacterium-Endosymbionten, haben aber axenische Eingeweide.
Gnotobitische Tiere sind ein leistungsfähiges Werkzeug für die Untersuchung von Kontrollen der Struktur und Funktion des Mikrobioms. Hier wird ein Protokoll für die Etablierung und Erhaltung von gnotobitischen amerikanischen Kakerlaken (Periplaneta americana )vorgestellt. Dieser Ansatz umfasst integrierte Sterilitätsprüfungen für die laufende Qualitätskontrolle. Gnotobitische Insekten werden hier als Kakerlaken definiert, die noch ihr vertikal übertragenes Endosymbiont (Blattabacterium) enthalten, aber keine anderen Mikroben haben, die sich normalerweise auf ihrer Oberfläche und in ihrem Verdauungstrakt befinden. Für dieses Protokoll werden Eihüllen (Oothecae) aus einer (nichtsterilen) Stammkolonie entfernt und oberflächensterilisiert. Nach dem Sammeln und Sterilisieren werden die Oothecae bei 30 °C für ca. 4-6 Wochen auf Brain-Heart Infusion (BHI) Agar inkubiert, bis sie schlüpfen oder aufgrund einer Kontamination entfernt werden. Geschlüpfte Nymphen werden in einen Erlenmeyerkolben überführt, der einen BHI-Boden, steriles Wasser und steriles Rattenfutter enthält. Um sicherzustellen, dass die Nymphen keine Mikroben beherbergen, die unter den gegebenen Bedingungen nicht auf BHI wachsen können, verwendet eine zusätzliche Qualitätskontrollmaßnahme Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus (RFLP), um auf nicht-dosdosymbiotische Mikroben zu testen. Gnotobiotische Nymphen, die mit diesem Ansatz erzeugt werden, können mit einfachen oder komplexen mikrobiellen Gemeinschaften geimpft und als Werkzeug in Darmmikrobiomstudien verwendet werden.
Gnotobitische Tiere haben sich als unschätzbare Werkzeuge für Mikrobiomstudienerwiesen 1,2,3. Keimfreie und definierte Flora-Tiere haben die Aufklärung von Wirt-Mikroben-Interaktionen ermöglicht, einschließlich immunologischer Reaktionen des Wirts, der Epithelreifung des Darms und des Wirtsstoffwechsels1,4,5,6,7. Gnotobitische Tiere, die mit einer vereinfachten Gemeinschaft geimpft wurden, haben auch zu einem vollständigeren Verständnis der Mikroben-Mikroben-Interaktionen in einer Darmgemeinschaft beigetragen, insbesondere bei der Entschlüsselung von Kreuzfütterung und antagonistischen Beziehungen8,9,10,11. Das derzeit bevorzugte Modellsystem für Untersuchungen im Darmmikrobiom von Säugetieren ist das murine Modell. Während dieses System bei den oben beschriebenen Entdeckungen von entscheidender Bedeutung war, sind die damit verbundenen Kosten ein wesentliches Manko. Spezialisierte Ausrüstung und hochqualifizierte Techniker sind notwendig, um eine gnotobitische Einrichtung einzurichten und zu warten. Dies, in Kombination mit zusätzlicher Sorgfalt, die jedem Aspekt der gnotobitischen Tierpflege gewidmet werden muss, führt dazu, dass ein gnotobiotisches Tier zehn- bis zwanzigmal mehr kostet als ein Standardtiermodell12. Aufgrund hoher Kosten können sich viele Forscher möglicherweise kein gnotobiotisches Mausmodell leisten. Während murine Modelle die am weitesten verbreitete Wahl für Studien sind, die auf die menschliche Gesundheit übertragen werden sollen, gibt es immer noch viele physiologische und morphologische Unterschiede zwischen menschlichen und Mausdärmen13. Offensichtlich reicht kein singuläres Modell aus, um die ständig wachsende Anzahl von Fragen zu den vielen Aspekten des Darmmikrobioms zu beantworten.
Insektenmodelle sind aufgrund ihrer geringeren Wartungskosten im Vergleich zu Säugetierarten eine günstigere Alternative. Umfangreiche keimfreie und gnotobiotische Forschung an einer Vielzahl von Insektenarten hat zur Entwicklung mehrerer häufig verwendeter Modelle geführt. Mücken und Drosophila sind aufgrund ihrer Relevanz für globale Krankheiten und genetische Traktierbarkeit gängige Modelle für keimfreies Arbeiten14,15. Ein weiteres aufkommendes Modellsystem ist das der Honigbiene (Apis mellifera), da es für die Bestäubungs- und Sozialitätsforschungvon Bedeutung ist 16. Vielen dieser häufig verwendeten Insekten fehlt jedoch die taxonomische Komplexität, die in Säugetier-Darmgemeinschaften17beobachtet wird, was ihre Fähigkeit einschränkt, Interaktionen höherer Ordnung zu modellieren. Nicht nur, dass die gesamte Vielfalt der Mikroben, die im Darm von amerikanischen Kakerlaken gefunden werden, Säugetieren ähnlicher ist, sondern viele der im Kakerlakendarm vorhandenen Mikroben gehören zu Familien und Phyla, die häufig in der Darmmikrobiota von Säugetieren und Menschen gefunden werden18. Das Hinterdarm der Kakerlake ist auch funktionell analog zum Dickdarm von Säugetieren, da es sich um eine Fermentationskammer handelt, die dicht mit Bakterien gefüllt ist, um die Extraktion von Nährstoffen zu unterstützen19,20. Schließlich ermöglicht die Allesfresser-Natur von Kakerlaken eine Vielfalt von Diätregimen, die mit Diätspezialisten nicht möglich wären.
Amerikanische Kakerlaken können ein nützliches Modellsystem zum Verständnis der mikrobiellen Darmgemeinschaften in höheren Organismen sein, aber der Status der Kakerlake als Schädling macht dieses System auch für die Schädlingsbekämpfung relevant21. Die Nutzung grundlegender Kenntnisse über den Einfluss der Darmgemeinschaft auf die Gesundheit und Physiologie von Kakerlaken hilft bei der Entwicklung neuer Techniken zur Schädlingsbekämpfung.
Das Ziel dieser Methode ist es, eine umfassende Beschreibung der Etablierung und Aufrechterhaltung von gnotobitischen amerikanischen Kakerlaken (Periplaneta americana) zu skizzieren, aber dieses Protokoll könnte verwendet werden, um Nymphen jeder oviparen Kakerlake zu erzeugen. Es umfasst eine Methode zur effizienten, nichtinvasiven Sammlung reifer Oothekanen und eine zerstörungsfreie Technik zur Überwachung des gnotobitischen Status der Insekten22,23,24. Während frühere Methoden zur Erreichung und Aufrechterhaltung von gnotobiotischen Kakerlaken die Oothekasammlung23,24,25,26,27beschreiben, wird die Oothekareife entweder in Form von artspezifischen Hinweisen interpretiert (in Blattella germanica22,24,25) oder nicht explizit beschrieben27,28, was die Implementierung für diejenigen, die mit dem System nicht vertraut sind, erschwert. Da die hier beschriebene Methode natürlich fallengelassene Oothekanen verwendet, fehlt der Fehler, Eier vorzeitig zu entfernen. Dieses Protokoll enthält sowohl kulturabhängige als auch kulturunabhängige Methoden der Qualitätskontrolle, und die kulturabhängige Methode erfordert keine Opfer von Insekten. Schließlich führt diese Methode Informationen aus mehreren gnotobiotischen Kakerlakenstudien zusammen, um ein umfassendes Protokoll mit allen notwendigen Informationen zur Erreichung und Aufrechterhaltung von gnotobitischen Kakerlaken zu erstellen.
1. Materialaufbereitung
2. Sammlung von Oothecae
3. Reinigung von Oothecae
4. Sterilisation und Inkubation von Oothecae
5. Erhaltung von gnotobitischen Nymphen
6. Qualitätskontrolle der Sterilität
7. Aseptische Verfolgung des Nymphenwachstums
Lagertanks werden wie in Abbildung 1dargestellt aufgestellt. "Schwangere" Weibchen werden durch die Oothek identifiziert, die am hinteren Bauch befestigt ist, wie in Abbildung 2 dargestellt. Die Inkubation von Oothecae auf BHI-Agar ermöglicht eine zerstörungsfreie gnotobitische Qualitätskontrolle. In einigen Fällen ist die Sterilisation nicht erfolgreich, und das Wachstum erscheint um die Ootheka herum, wie in Abbildung 3B. Diese Oothekanen sollten entfernt und entsorgt werden. In unseren Händen wurde eine durchschnittliche Ausfallrate von 10% für die Sterilisation beobachtet (n = 51). Die Ootheken schlüpfen durchschnittlich 34 Tage nach der Sterilisation ohne Wachstum auf dem Medium, wie in Abbildung 3A zu sehenist. Wir haben typische Schlupfraten von 41% (n = 46) für sterilisierte, nicht kontaminierte Ootheken beobachtet, mit durchschnittlich 11 Nymphen pro Oothek. Größere Nymphen werden in BHI-Kolben überführt, die mit Folie bedeckt sind, wie in Abbildung 4dargestellt. Die Folie verhindert eine Kontamination, und die Nymphen haben Platz zum Wachsen. RFLP der 16S rDNA von einer homogenisierten Nymphe wird verwendet, um den gnotobiotischen Status zu bestätigen. Es wurde beobachtet, dass gnotobitische Nymphen langsamer wachsen als ihre nicht sterilen Gegenstücke, wie abbildung 5 dargestellt. Abbildung 6 zeigt Ergebnisse von erfolgreich gnotobitischen Insekten sowie Standardnymphen (nichtsterilen) Nymphen.
Während dieser Test noch keine Kontamination in Ermangelung eines positiven Kulturergebnisses identifiziert hat, wurde dieser Schritt routinemäßig während kritischer Experimente durchgeführt, um das Vorhandensein von kontaminierenden sauerstoffempfindlichen oder anspruchsvollen Mikroben auszuschließen. Ein langsameres Wachstum wurde bei den gnotobiotischen Kakerlaken im Vergleich zu Standard- / nichtsterilen Insekten beobachtet.

Abbildung 1: Aufbau der Kakerlaken-Bestandskultur.
Kartonrohre sind am anderen Ende des Tanks gestapelt zu sehen. Essen und Wasser befinden sich beide in der Nähe der Vorderseite des Tanks. Baumwolltuchbezug und Gummiband wurden aus Sichtgründen entfernt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 2: Eine "schwangere" amerikanische Kakerlake.
Der Pfeil zeigt die Ootheka an. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 3: Bilder von erfolgreich gnotobitischen Nymphen, die auf BHI-Slants geschlüpft und erfolglos sterilisiert wurden.
Oothecae wurden sterilisiert und inkubiert, wie in diesem Protokoll beschrieben. (A) Das Fehlen eines mikrobiellen Wachstums auf der BHI-Neigung deutet darauf hin, dass die Insekten frei von kultivierbaren Organismen sind. (B) Oothecae auf Slants, die zur Koloniebildung führen, sollten als kontaminiert verworfen werden. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 4: Gnotobiotischer Aufzuchtapparat.
Insekten werden in sterilen Kolben gehalten, die mit einem Foliendeckel bedeckt sind, um eine Kontamination zu verhindern. Der sekundäre Behälter (grüner Deckel) wird mit 2% Bleichmittel sterilisiert, gefolgt von 70% Ethanol. Der Luftstrom ist im Sekundärbehälter nicht eingeschränkt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 5: Repräsentative Wachstumsratendaten, die Körperlängen von gnotobitischen und nichtsterilen Nymphen vergleichen. Beide Insektengruppen wurden mit autoklavierten Nagetieren gefüttert. Gnotobiotische Insekten (hier: n = 105) werden wie beschrieben auf BHI gehalten. Nichtsterile Insekten (hier: n = 50) leben in Kolben mit autoklaviertem Hackschnitzelbett mit kleinem Geschirr für Wasser. Nichtsterile Nymphen wachsen durchschnittlich 0,059 mm / Tag, während gnotobitische Nymphen mit 0,028 mm / Tag wachsen (p < 0,0001). Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 6: Ein repräsentatives Gelbild der RFLP-Ergebnisse zur Qualitätskontrolle.
Whole-16S-Genamplikone wurden mit RsaI verdaut. DNA für PCR wurde aus Nymphen extrahiert, die in 1x PBS homogenisiert wurden. "G Nymph" -Bahnen entsprechen gnotobitischen Nymphen, während "Kon-Nymphen" -Bahnen konventionellen, nichtsterilen Gegenstücken entsprechen. Basierend auf der virtuellen Restriktionsverdauung wird erwartet, dass das Endosymbiont (Blattabacterium) Bänder in den Größen 402 bp, 206 bp und 163 bp mit einem Abstrich von Bändern zwischen 163 bp und 148 bp aufwies. Ein gnotobiotisches Insekt sollte nur das Blattabacterium-Banding-Muster zeigen. Es wird erwartet, dass eine gemischte Bakteriengemeinschaft einen Abstrich von Bändern mit unterschiedlichen Größen hat, die hier als "andere bakterielle 16S-Fragmente" bezeichnet werden. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Die Autoren haben keine Interessenkonflikte offenzulegen.
Dieses Protokoll wird bei der Etablierung und Aufrechterhaltung von gnotobitischen amerikanischen Kakerlaken (Periplaneta americana) verwendet, indem die Eierhüllen (Oothecae) vor dem Schlüpfen an der Oberfläche sterilisiert werden. Diese gnotobitischen Insekten enthalten ihre vertikal übertragenen Blattabacterium-Endosymbionten, haben aber axenische Eingeweide.
Diese Publikation wurde vom National Institute of General Medical Sciences der National Institutes of Health unter der Vergabenummer R35GM133789 unterstützt. Der Inhalt liegt ausschließlich in der Verantwortung der Autoren und stellt nicht unbedingt die offizielle Ansicht der National Institutes of Health dar. Die Autoren möchten Josey Dyer für die Verfolgung von Sterilisationsraten, Lukenraten und Wachstumsraten der gnotobiotischen Kakerlaken danken.
| 2X Mastermix | New England BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
| Autoklavierbares Rattenfutter | Zeigler | NIH-31 Modifiziertes autobakterielles | |
| DNA-Extraktionskit | Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. Bakterielles DNA-Kit; enthält Lysozym, Glasperlen, Proteinase K, Puffer (Proteinase K, Bindung, Waschen, Elution), DNA-Säulen, 2-ml-Sammelröhrchen-Bindungspuffer |
| Omega Bio-Tek | PD099 | im Omega Biotek Bakterien-DNA-Extraktionskit ("HBC"-Puffer) | |
| Gehirn-Herz-Infusion (BHI) | Brühe Forschungsprodukte International | B11000 | |
| Zarte Arbeitstücher | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | KimWipes |
| DNA-Aufreinigungskit | Omega Bio-Tek | D6492 | E.Z.N.A. Cycle Pure Bausatz; D6493 kann ebenfalls verwendet werden; enthält Puffer (Reinigen, Waschen, Elution) |
| Elutionspuffer | Omega Bio-Tek | PDR048 | im Omega Biotek Extraktionskit für bakterielle DNA |
| Glasperlen | OmegaBio-Tek | n/a | im Extraktionskit für bakterielle DNA von Omega Biotek enthalten |
| Hybridisierungsofen | UVP | 95-0330-01 | Wir verwenden einen Hybridisierungsofen zum Vorwärmen von Elutionspuffer, aber ein Wasserbad könnte wahrscheinlich auch gebrauchte |
| biologische Sicherheitswerkbank mit Laminarströmung | NuAire, Inc. | Das Protokoll NU-425-400 | bezeichnet dies als "Laminar-Flow-Haube" für Kürze |
| Lysozym | Omega Bio-Tek | n/a | ,das im bakteriellen DNA-Extraktionskit von Omega Biotek enthalten ist: |
| Peressigsäure-Stammlösung (32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
| Vaseline | Vaseline | n/a | |
| Proteinase K-Puffer | Omega Bio-Tek | PD061 | enthalten im bakteriellen DNA-Extraktionskit von Omega Biotek ("TL-Puffer") |
| Reinigungspuffer | Omega Bio-Tek | PDR042 | im CyclePure-Kit von Omega Biotek ("CP"-Puffer) |
| RsaI | New England BioLabs | R0167 | Enthält CutSmart (Aufschluss) |
| Puffer Sekundärer Behälter | n/a | n/a | ein Plastikbehälter mit Deckel (z. B. ein Kritter Keeper) eignet sich dafür gut (25 cm lang x 15 cm breit x 22 cm hoch); Es sollte groß genug sein, um BHI Schrägen und Reagenzgläser |
| Spektralphotometer | ThermoFisher | ND-2000 | aufzunehmen Kataloginfo ist für NanoDrop2000 |
| Thermoschüttler | Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R |
| Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | 10 nm Tris, 1 mM EDTA, pH 8 |
| Waschpuffer | Omega Bio-Tek | PDR044 | im bakteriellen DNA-Extraktionskit von Omega Biotek enthalten ("DNA-Wasch"-Puffer) |
| Holzhackschnitzel-Einstreu | P.J. Murphy Forest Products | Sani-Chips |