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Die bodenbürtigen Pilze, aus denen der Fusarium oxysporum species complex (FOSC) besteht, sind wirkungsvolle hemibiotrophe Pflanzenpathogene, die bei einer Vielzahl von Kulturen schwere Krankheiten und Ertragsverluste verursachen können1. Die durch F. oxysporum f. sp. niveum (Fon) verursachte Fusariumwelke der Wassermelone hat in den letzten Jahrzehnten weltweit an Umfang, Häufigkeit und Schweregrad zugenommen 2,3. Bei Sämlingen ähneln die Symptome der Fusariumwelke oft einer Dämpfung. Bei älteren Pflanzen wird das Laub grau, chlorotisch und nekrotisch. Schließlich schreitet das Welken der Pflanzen zum vollständigen Zusammenbruch der Pflanze und zum Todfort 4. Direkter Ertragsverlust tritt aufgrund der Symptome und des Pflanzentodes auf, während indirekter Ertragsverlust aufgrund von Sonnenschäden auftreten kann, die durch die Beseitigung des Blattdaches verursachtwerden 5. Sexuelle Fortpflanzung und damit verbundene Fortpflanzungsstrukturen wurden bei F. oxysporum nie beobachtet. Der Erreger produziert jedoch zwei Arten von asexuellen Sporen, Mikro- und Makrokonidien, sowie größere, langfristige Überlebensstrukturen, die als Chlamydosporen bezeichnet werden und viele Jahre im Boden überleben können6.
Das FOSC wird basierend auf beobachteten Wirtsbereichen in Formae speciales eingeteilt, die normalerweise auf eine oder wenige Wirtsartenbeschränkt sind 1. Obwohl jüngste Forschungen darauf hindeuten, dass dieser Artenkomplex eine Zusammensetzung von 15 verschiedenen Arten sein könnte, sind die besonderen Arten, die Wassermelonen infizieren, derzeit unbekannt7. F. oxysporum f. sp. niveum (Fon) ist der Name für die Gruppen von Stämmen, die ausschließlich Citrullus lanatus oder die domestizierte Wassermelone 8,9 befallen. F. oxysporum-Stämme innerhalb der meisten pathogenen Formae speciales weisen ein gewisses Maß an Diversität in Bezug auf ihre genetischen Komponenten und ihre Virulenz gegenüber einer Wirtsart auf. Zum Beispiel kann ein Stamm alle Sorten eines Wirts infizieren, während ein anderer nur die anfälligeren Sorten infizieren kann. Um eine solche Variation zu berücksichtigen, werden diese Gruppen informell in Rassen eingeteilt, die auf evolutionären Beziehungen oder gemeinsamen phänotypischen Merkmalen basieren. Innerhalb von Fon wurden vier Rassen (0, 1, 2 und 3) basierend auf ihrer Pathogenität gegen eine Reihe ausgewählter Wassermelonensorten charakterisiert, wobei die Entdeckung von Rasse 3 kürzlich10 stattfand.
Trotz dieser scheinbaren Vielfalt sind die Morphologien von Sporen oder Hyphen zwischen den Rassen der Fon-Rassen nicht unterscheidbar, was bedeutet, dass molekulare oder phänotypische Assays benötigt werden, um die einzigartige Rasse eines Isolatszu identifizieren 11. Die molekulare Forschung hat einige genetische Unterschiede identifiziert. Zum Beispiel wurde die Rolle von Secreted in Xylem (SIX) -Effektoren seit Jahren in F. oxysporum untersucht, und einige dieser Effektoren wurden auf den Chromosomen lokalisiert, die während des horizontalen Gentransfers ausgetauschtwurden 12. Zum Beispiel ist SIX6 in den Fon-Rennen 0 und 1 zu finden, aber nicht in Rennen 213. SIX Effektoren wurden mit der Pathogenität von F. oxysporum f. sp. lycopersici und F. oxysporum f. sp. cubense in Verbindung gebracht, die Fusariumwelke auf Tomaten bzw.Bananen verursachen 14,15,16,17. Die Analyse von SIX-Effektorprofilen unter Stämmen von F. oxysporum f. sp. spiniciae, dem Fusarium-Welkeserreger auf Spinat, hat eine Klassifizierung ermöglicht, die die genetische und phänotypische Vielfalt genau widerspiegelt18. Die Unterschiede zwischen den Virulenzmechanismen von Fon-Rassen sind jedoch derzeit nicht vollständig verstanden, und molekulare Assays, die bei ihrer Verwendung entwickelt wurden, haben inkonsistente und ungenaue Ergebnissegezeigt 19. Daher sind phänotypische Ergebnisse von Infektionsassays derzeit der beste Weg, um Isolate zu klassifizieren.
F. oxysporum infiziert zunächst Wirte durch die Wurzeln, bevor es sich auf den Weg zum Xylem20 macht. Dies macht die direkte Inokulation der Wurzeln einer bestimmten Wirtssorte zu einer effektiven Möglichkeit, eine Rassentypisierung durchzuführen, und ist die Grundlage der Wurzel-Dip- und Tray-Dip-Impfmethoden21. Wenn ein Wirt nicht infiziert wird, befindet sich F. oxysporum im Boden und kann jahrelang inaktiv bleiben. Der Anbau anfälliger Wassermelonensorten im Boden aus einem Interessengebiet ist eine Möglichkeit, auf das Vorhandensein von Fon zu testen. Die Erweiterung dieser Methode auf Sorten mit unterschiedlichen bekannten Widerstandsniveaus in Böden, die absichtlich mit Fon befallen sind, ist auch eine gute Möglichkeit, eine Rassentypisierung durchzuführen (Tabelle 1) und ist die Grundlage der befallenen Kernaussaatmethode. Die modifizierte Tray-Dip-Methode ist eine Variation der ursprünglichen Tray-Dip-Methode, die eine Hochdurchsatz-Renntypisierung ermöglicht, bei der viele Pflanzen und Feldisolate schnell untersucht werdenkönnen 22. Zu den wichtigen Faktoren eines schnellen und erfolgreichen rassentypisierenden Bioassays gehören die Verwendung von Sorten, die Unterschiede in der Resistenz gegen die verschiedenen Erregerrassen aufweisen, die Sicherstellung, dass das Inokulum während der Infektion sowohl biologisch aktiv als auch reichlich vorhanden ist, die Aufrechterhaltung einer Umgebung, die sowohl für den Erreger als auch für den Host förderlich ist, und die Verwendung eines konsistenten Bewertungssystems für die Schwere oder Inzidenz der Erkrankung. Dieses Papier beschreibt die Root-Dip23,24, die befallene Kernaussaat 25,26 und modifizierte Tray-Dip 22-Methoden für die phänotypische Rassentypisierung basierend auf den oben beschriebenen Prinzipien.