Dieses Protokoll ermöglicht die Entnahme von Tränenproben mit Schirmer-Streifen, die trocken bei Raumtemperatur gelagert werden, bevor die anschließende Probenvorbereitung für die massenspektrometrische Analyse erfolgt. Der Arbeitsablauf für die filtergestützte Probenvorbereitung (FASP) mit Suspensions-Trapping-Mikrosäule ermöglichte eine schnelle Probenvorbereitung innerhalb von Stunden, verglichen mit den üblicherweise verwendeten In-Solution-Aufschlussverfahren an Tagen, die eine Inkubation über Nacht erfordern. Die Ausbeute an Peptidrückgewinnung war signifikant höher (p < 0,001) als das Standardprotokoll für den Aufschluss in Lösung und mit guter Reproduzierbarkeit bei einem Variationskoeffizienten (%CV) < 7 %. Ein Pool von Tränenproben wurde in sechs technischen Replikaten mit 74,2 ± 5,0 % Peptidrückgewinnung und 52,8 ± 1,6 % Peptidwiederfindung in Proben wiederholt, die mit In-Solution-Verfahren hergestellt wurden. Eine gepoolte Tränenprobe mit einer Proteinmenge von 36,3 μg wurde auf den Schirmer-Streifen gestochen und wie zuvor beschrieben extrahiert, die Extraktionseffizienz des Proteins betrug 81% (29,5 ± 6,8 μg, Mittelwert ± SD).
Beide Workflows luden 3 μg Peptide auf die MS, und die DDA-Suche ergab insgesamt 1.183 ± 118 Proteine (5.757 ± 537 verschiedene Peptide) und 874 ± 70 Proteine (4.400 ± 328 Peptide) bei 1 % FDR in der Suspensions-Trapping-Gruppe bzw. in der In-Solution-Gruppe. Die Analyse der Genontologie (GO) unter Verwendung des PANTHER-Klassifikationssystems ergab sehr ähnliche Proteome für beide Ansätze, wobei Bindung, katalytische Aktivität und molekulare Funktionsregulation ihre wichtigsten molekularen Funktionen sind (Abbildung 4).

Abbildung 1: Biegen Sie die Oberseite des Schirmer-Streifens vor dem Auftragen an der 0-mm-Markierung. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 2: Position des Schirmer-Streifens während der Tränenentnahme. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 3: Illustration des Schirmer-Streifen-Handlings vor der Proteinextraktion. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 4: Tortendiagramm zur Veranschaulichung der Genontologieanalyse für die Proteome, die mit dem In-Solution-Workflow und dem Suspensionsfallen-Workflow unter Verwendung des PANTHER-Klassifikationssystems identifiziert wurden. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.